锥虫在系统发育上属于“古虫界”（古虫界是并系群，可以舍弃）眼虫门动质体纲，和它同属一个纲的还有贾克第虫和利什曼虫。和它同属一个门的还有眼虫。眼虫门的特征是它们的鞭毛中除正常的由微管组成的轴丝外还有一种副轴丝。（图待补充）
动质体，又叫动基体
酸钙体
糖酵体
VSG
波动膜
（待完成）