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小泽老湿10086细胞生物学讲义纠错与存疑

来自osm&bio

之前高一停课期间将小泽Cell讲义抄了一遍发现了一些问题,但是限于当时水平有限,然后就是最近复盘发现一些小泽“中国最好细胞教材”的问题,一切内容均已经发给小泽老湿,欢迎各位大佬和各位同仁指正与完善!

By OH(无敌未花大王)

第一章

1

① “支原体是原核生物中没有细胞壁的种类”显然热源体 铁原体等一些古菌也没有

⑥:支原体无FtsZ?(大多数有)

https://www.researchgate.net/publication/47678385_FtsZ-less_cell_division_in_archaea_and_bacteria?use_xbridge3=true&loader_name=forest&need_sec_link=1&sec_link_scene=im&theme=light

https://studyguides.com/s/cmose450u5udg01qa1of7ckl5/ov/ftsz-protein-tubulin-homolog-essential-for-bacterial-cell-division

2

(1)“古菌主要分布在极端环境”?(小泽在笔者询问后亲口承认更加广泛的大量于其他环境。

“总结古菌与原真核的异同”

-HU,IHF属于类组蛋白,表格上称“细菌无组蛋白但有HU,IHF又说古菌有类组蛋白”表达容易误解

-表示“古菌通常无端粒酶”,但实际上,即使是少数线性基因的古菌并不依赖端粒酶而是依赖于同源重组or末端大量反向重复序列 -称内质网为多膜结构

3

(2)拟病毒与类病毒概念混乱

     将类病毒(viroid)译为拟病毒
     将拟病毒(virusoid)译为“病毒样小环”RNA
     且这两个词在讲义上均没有去s(是可数名词)

第二章

第三章

3

脂筏绝不仅分布于细胞膜和高尔基体膜

  如高尔基体、内质网还有线粒体、内体等等。值得注意的是,脂筏在从内质网到高尔基体再到细胞膜的这个路径上,所占比例越来越高。

  此外,内质网与线粒体之间的接触位点——线粒体相关内质网膜(MAM),也被认为具有脂筏样微域的特征。

第四章

5

(3)

TRPV1也可以受前列腺素激活(之前北斗的题目考过,我做错了)

(一)

1

(2)

小泽

  称“P2A/SERCA(肌浆网/内质网钙离子泵)可以被海绵状植物毒素抑制”

苟群一位大佬的指点

但是我并没能找到所谓“海绵状植物毒素”是什么 根据功能推断应当是毒胡萝卜素(感谢苟群一位大佬)

-Thapsigargin(毒胡萝卜素)是一种从地中海地区伞形科植物Thapsia garganica根部和果实中提取的天然倍半萜内酯类化合物。Thapsigargin能紧密结合并不可逆地抑制SERCA泵的活性。它通过稳定SERCA的一种无活性构象,阻止其将钙离子转运回内质网。它对不同亚型的亲和力有差异,对SERCA1的抑制常数(Ki)最低可至~0.2 nM。

-下游效应:钙失衡与细胞凋亡

-抑制SERCA会迅速消耗内质网中的钙储备,同时导致细胞质内钙离子浓度急剧升高。这种剧烈的钙稳态失衡会扰乱多种细胞功能,并激活内质网应激(ER Stress)和未折叠蛋白反应(UPR)。最终,这些信号会诱导几乎所有类型细胞的凋亡(程序性细胞死亡)。

总之就是非常毒

第五章

2

(2)

无需添加Ser-O-Xyl-Gal-Gal-GlcA(醛酸)核心四糖的糖胺聚糖:透明质酸(HA)

1ps

   表示“圆球体释放脂肪酸供乙醛酸循环体进行-ω‑氧化”

   乙醛酸循环体不能进行ω-氧化。只能进行β-氧化(α‑氧化只在普通过氧化物酶体,乙醛酸循环体不进行α氧化)

ω-氧化是对脂肪酸末端甲基的氧化,主要发生在动物的内质网中,作为β-氧化受阻时的次要补充途径。

第六章

第七章

emmm虽然非常无聊直径就是这里酵母细胞核体积约 1.8 μm³。在不同研究中,该数值在 1.8 μm³ 到 2.9 μm³ 之间浮动。占细胞体积应该约 10.5%。也有研究认为是 7% 或 6-8%。

原文中的1%是不严谨的,一般只有成熟植物细胞的核占比能到这个水准(不过注意,虽然占比小但体积可比酵母的大),虽然有液泡但酵母并达不到1%(好吧确实没有任何意义的存疑)

第八章

(一)

“因胞内ATP浓度大于ADP镁离子浓度远超钙离子,故结合位点通常被ATP与镁离子占据”

诚然如此,但关于ATP的部分还有其他较为重要的原因个人觉得与后者直接类比不妥

1  ATP结合在裂口处后,其γ-磷酸基团通过桥接His73和D-loop(残基40-50)区域,将D-loop稳定为有序的β-折叠构象,维持单体“张开”的活性态(T构象)。若结合ADP(缺少γ-磷酸),D-loop会变得高度柔性紊乱,使单体转为惰性态(D构象),聚合速率常数(kon)骤降约100倍,几乎无法成核。

(文献:Pollard, T.D. (1986). J Cell Biol, 103(6), 2747-54.

https://doi.org/10.1083/jcb.103.6.2747[reference:3])

2 亲和力方面在37°C、pH 7.5及生理盐浓度下,ATP亲和力约为ADP的3倍

(Wanger, M. & Wegner, A. (1983))

(三)(其实无关紧要但有点必要)

1②Latrunculin除了他的音译名拉春库林外更常用中文名应该是红海海绵素(问就是做题没认出来),源于其来源生物——红海海绵(Latrunculia magnifica)。还有个别文献中使用别名香椿素A / 锁菌素A。

第九章

第十章

1(2)

“永久失去了分裂能力的细胞,如神经细胞,心肌细胞”

这个说法对绝大多数成熟神经元(神经细胞)成立,但“神经细胞”这个概念在学术上包含胶质细胞,后者是有分裂能力的。严谨的表述应该是“成熟神经元”

第十一章

5③

潘氏细胞分泌的Cryptdin

中文名有多种译法 隐防御肽(《生物化学与分子生物学名词》)部分文献见隐窝素

第十二章

第十三章

一(二)(5)①

“伸展蛋白(Extensin):细胞壁中罕见的非糖蛋白,富含Hyp,Pro等,常发生Hyp-O-糖基化”

前后矛盾

伸展蛋白是细胞壁中富含羟脯氨酸的糖蛋白,常发生O-连接糖基化

其羟脯氨酸(Hyp)残基的羟基上,通常会连接阿拉伯糖(形成O-阿拉伯糖基化),而丝氨酸(Ser)残基上则连接半乳糖。正因为这些密集的糖链,伸展蛋白才能形成刚性的棒状结构,在细胞壁中起到交联纤维素和果胶的骨架作用

(PubMed,DOI: 10.1016/j.tcsw.2023.100094)

(一)

1

(1)“糖胺聚糖(GAGs)构......含有带负电的磺酸基或羧基”

糖胺聚糖(GAGs)携带的是硫酸基(-OSO₃⁻ 或 -NHSO₃⁻),绝对不是磺酸基(-SO₃H)。

两者的关键区别在于连接原子:

   硫酸基(酯键):硫原子通过氧(C-O-S)或氮(C-N-S)连接在糖环上。这是典型的硫酸酯结构,正是GAGs名称中“硫酸”二字的来源(如硫酸软骨素)。

   磺酸基(C-S键):硫原子直接连接碳原子(C-S)。这种结构在天然糖链中几乎不存在(唯一的典型例外是植物和藻类中的磺基喹诺糖(Sulfoquinovose))

第十四章

最后感谢我的教练和小泽本人的支持

小泽老湿真是太可爱了[舔]