染色质构象捕获

染色质构象捕获的基本过程

染色质在细胞核中以折叠盘曲的形式存在，使得相距遥远的片段可能会彼此接近，承担着潜在的功能。为了检测哪些片段是彼此接近的，用到染色质构象捕获技术（chromosome conformation capture）。

第一步，将相互靠近的DNA之间交联，保持其联系。有两种办法：甲醛，或者紫外线。但甲醛的交联是可逆的（加热即可），而紫外线交联不可逆。因此一般用甲醛。

第二步，将DNA打碎为片段。然后，用DNA连接酶将被交联的片段末端连接，这样，两个相互接近的片段就首尾相连了。

第三步，解除交联，根据需要，将被连接的片段PCR、测序。

3C（chromosome conformation capture）

最基本的技术，用于探究已知的片段A和片段B时间是否有接近。两条PCR引物分别来自片段A和片段B，如果有产物，说明存在A与B的连接，也就证明了A和B的接近。

4C（circular chromosome conformation capture）

环状-3C技术；用于探究哪些片段会和已知片段A接近。先将片段A-片段X连成环状，再利用反向PCR扩增出各种各样的片段X，然后再利用高通量测序技术探究到底有哪些片段接近了片段A。

5C（Chromosome conformation capture carbon copy）

碳拷贝-3C技术；用于探究一定区域内（<1Mb）所有的相互接近的片段。

在这个区域内，设计大量的、带有已知接头(T7、T3)的引物，将他们退火到解交联的文库上，如果两个引物恰好相邻，就会被Taq连接酶连接在一起；

用已知接头进行高通量测序，就能知道在这区域内相靠近的所有片段。

Hi-C

可以用来探究全基因组内全部的相互接近的片段。

用hindⅢ切割交联的片段，用有生物素标记的核苷酸补平粘性末端；

连接平末端，用亲和素纯化经过连接的片段；

用T4DNA聚合酶的外切活性去除所有未经连接、具有开放末端的DNA；

添加接头，高通量测序。

ChIP-loop

ChIP+3C，确定已知蛋白质P是否参与已知片段A和片段B之间的互作。