== 杂乱知识点 ==

=== 生物化学 ===
关于细古真的甘油构型：

甘油本身无手性。甘油磷酸构型才是差异之处。

* '''细菌/真核：D（R）型甘油-3-磷酸'''
* '''古菌：L（S）型甘油-1-磷酸'''
G250（游离465/结合595）比R250多两个甲基。R250更灵敏，但不用于定量（背景容易混淆）

=== 分子生物学 ===
细菌：-35TTGACA -10TAATAT

TFII'''H'''磷酸化CTD→启动子清空

线粒体DNA pol与T3、T7噬菌体高度同源（均为单亚基），需转录因子TFAM、TFB2M（哺乳动物）

* T3、T7不需转录因子（自带RNA pol）
* 要转录且依赖宿主pol的，λ、T4需宿主σ+自带转录因子
色氨酸操纵子：'''3、4'''构成终止子

染色体骨架由非组蛋白构成，DNA向四周伸出形成放射环，18个放射环平面排列形成微带，106个微带构成子染色体

=== 细胞生物学 ===
层粘连蛋白：IV型胶原

核纤层蛋白：V型中间丝

EB1结合维管正极（稳定维管）

stathmin结合α/β二聚体负极（稳定单体）

核仁中'''纤维中心（RNA转录）电子密度最高'''

血细胞440nm有荧光

单克隆抗体识别单一表位，特异性强，但效价低于多克隆抗体，后者可识别多个表位。

'''血影'''通过'''锚'''蛋白和'''带3'''相连，'''肌动'''通过'''带4.1'''和'''血型糖'''相连

AQP每个亚基各有一个通道

肿瘤TNM分期

T：原发肿瘤，T1～T4，数字越大，肿瘤越大、浸润越深

N：区域淋巴结，N0无转移，N1～N3转移数量/范围递增

M：远处转移，M0无转移，M1存在远处转移

山中伸弥：小鼠成纤维细胞，c-myc、Klf4、Oct4、Sox2

=== 微生物学 ===
胃八叠球菌：纤维素厚壁

固氮酶类型：铁-铁、锌-铁、钒-铁

Park：五肽尾+NAM+UDP'''（无NAG）'''

'''热原体属'''Thermoplasma无细胞壁

固氮古菌：广古菌门产甲烷菌、深古菌门

假肽聚糖：产甲烷菌

芽孢的皮层和核心均有DPA-Ca

芽孢萌发可逆

=== 植物学 ===
花粉胚珠比：闭花受精<专性自交<兼性自交<兼性异交<专性自交

红藻：'''有单细胞'''种类，淡水种类多

褐藻：无单细胞种类，淡水种类少

原绿藻类：a、b、β-胡萝卜素，无藻胆素

被子植物多数是同株异花

原核RecA→植物Rad51

动物CDK1/2→植物CDKA

'''禾本科的一些知识'''

玉米雄小穗：2雄花、各3雄蕊

小麦有外胚叶，玉米没有

青蒿素：环状倍半萜。青蒿不含/极少含有青蒿素，青蒿素提取自黄花蒿

尼古丁：在烟草根部合成，通过木质部运输至叶片（储存在液泡中）

天然橡胶：顺式-1,4-聚异戊二烯。韧皮部乳管细胞合成，受伤时通过乳管破裂分泌

萝藦科（APG IV中并入夹竹桃科）有合蕊柱、花粉块，'''无唇瓣'''

ABA可促使一些短植物如浮萍、红藜、草莓在长日条件下开花，同时对长日植物的开花有抑制作用

外施IAA会抑制短日植物如苍耳成花，一些长日植物如天仙子、毒麦等的成花受外源IAA（低浓度？）的促进

（但一般来说，高浓度生长素处理对植物成花都表现为抑制效应）

=== 植物生理学 ===
导管流速：泊肃叶方程Q=πr4·Δq/8ηL

=== 动物学 ===
海盘属于海蛇尾（无皮鳃）

圆口纲鳃篮软骨条'''9横4纵'''

人肾为平滑多乳头，似猪（牛有沟多乳头，兔平滑单乳头）

观察果蝇唾腺染色体取用果蝇三龄'''雌'''幼虫

萤火鱿3种视锥细胞，其他仅1种不能感受色彩

胸大肌收缩翅膀向下

前气囊：'''2颈、1锁间、2前胸'''

人的舌骨：第二咽弓（舌骨小角、舌骨体）第三咽弓（舌骨大角）

獐、麝：雌雄均无角

麝雄性上犬齿特化为獠牙

=== 动物生理学 ===
血红素氧合酶HO：血红素→胆绿素+Fe2++CO

横管细胞膜，纵管肌浆网

=== 生态学 ===
地面火对植被破坏更小（相比林冠火）

=== 遗传学 ===
人'''编码序列'''（并非基因）占全基因组1.5%（？好像是外显子1.5）

=== 演化生物学 ===
'''蓝氏贾第虫'''：研究细胞核起源。'''有双层核膜，无核仁'''

== 新研究/与书上不符 ==

=== 生物化学 ===

* 核磁共振：多维核磁共振应用范围不被分子大小限制

=== 植物学 ===

* 草莓：内生菌根（书上为内外生菌根）

* 柑橘属：裂溶生'''先裂后溶'''（书上为溶生型）

=== 微生物学 ===

* 真核细胞固氮：The nitroplast: A nitrogen-fixing organelle

首次证实海洋单细胞藻类Braarudosphaera bigelowii中存在由蓝细菌UCYN-A内共生演化而来的硝质体（nitroplast），这是首个被发现的真核生物固氮细胞器，其复制分裂与宿主细胞高度同步，且依赖宿主编码的蛋白完成核心功能，完全符合细胞器的定义。

* 固氮酶新增钒-铁类型

== ''生物化学'' ==

=== 脂肪反应 ===
'''碘值'''：100克物质所能加成的碘的克数

碘会与双键发生加成反应，碘值越高，说明该物质中碳碳双键的数量越多，'''不饱和'''程度越高

'''皂化值'''：1克油脂碱水解时所需KOH的量

可用干计算油脂的'''Mr'''

'''酸值'''：中和1克油脂中游离脂肪酸所需KOH的量

可用于表示油脂水解、缓慢氧化后的酸败程度，酸值越高，说明油脂中'''游离脂肪酸'''越多，油脂的酸败程度可能越严重

'''乙酰化值'''：1克乙酰化的油脂所分解出的乙酸用KOH中和时所需KOH的质量

羟基反应生成乙酰酯，同时释放出乙酸，乙酰化值越高，说明原物质中含有的'''羟基'''数量越多。

=== 肠道细菌可以合成的维生素 ===
所有B、K₂

=== 双定位酶（1在细胞质、2在线粒体） ===
PEPCK（PEP羧激酶）

IDH（异柠檬酸脱氢酶）1也可以在过氧化物酶体

MDH（苹果酸脱氢酶）1也可以在过氧化物酶体、叶绿体

GOT/AST（谷草转氨酶）GPT/ALT（谷丙转氨酶）

=== 模体 ===
bHLH 碱性螺旋-环-螺旋（重点）

结构：碱性区（DNA结合）+ HLH（二聚化）

碱性区：富含Arg/Lys正电，插入DNA大沟

必须二聚体才能稳定结合E-box：CANNTG

== ''分子生物学'' ==

=== 关于“某某子”之类调控元件 ===
{| class="wikitable"
|+
|
!原核
!古核
!真核
!病毒
|-
!启动子
|✅
|✅
|✅
|✅
|-
!终止子
|✅
|✅
|✅
|✅
|-
!增强子
|❌
|❌
|✅
|✅
|-
!沉默子
|❌
|❌
|✅
|✅（部分）
|-
!衰减子（弱化子）
|✅
|❌
|❌
|❌
|-
!操纵子
|✅
|✅
|❌
|❌
|-
!绝缘子
|❌
|❌
|✅
|❌
|}

=== σ类型 ===
70：正常

'''54：氮饥饿'''

'''32：热休克'''

=== 密码子 ===
UAA赭石型Ochre：大肠杆菌最常见

UAG琥珀型Amber：中等频率，常用于基因工程插入点

UGA乳白型Opal：较低频率

染色体DNA的三种功能元件：

1）自主复制序列（ARS）：DNA复制的起点序列（富含AT）

2）着丝粒序列（CEN）：包括一个80-90bp的AT区和一个保守区

3）端粒序列（TEL）

== 细胞生物学 ==

=== 细胞程序性死亡PCD ===

=== 显带染色 ===
1968年由瑞典细胞学家Casperson首先建立的染色体Q带技术及其以后的发展，为核型研究提供了有力的工具。

'''Q带：'''喹吖因(Quinacrine)带，显示中期染色体经氨芥喹吖因或双盐酸喹吖因染色以后，在紫外线照射下所呈现的荧光亮带和暗带。

'''G带：'''吉姆萨(giemsa)带，是将中期染色体制片经胰酶、碱、热、尿素、去垢剂等处理后再用吉姆萨染料染色后所呈现的染色体区带。

一般来说，G带与Q带相符。但也有例外，如Q带显示的人Y染色体的特异荧光，在G带带型上并不出现。

'''R带'''(reverse band)是指中期染色体经'''磷酸盐'''缓冲液保温处理，以吖啶橙或吉姆萨染色，结果所显示的带型和G带明暗相间带型正好相反。

'''C带：'''异染色质部分。

'''T带：'''末端带(terminal band)，端粒，吖啶橙

'''N带：'''Ag-As染色带，核仁组织者区NOS的'''酸'''性蛋白质。

1975年以来，美国细胞遗传学家J.J.Yunis等建立了染色体高分辨显带技术，用氨甲蝶呤使培养的细胞同步化后，再用秋水仙胺短暂处理，获得大量晚前期和早中期分裂相，这些时期的染色体比典型中期染色体长，显带后可得到更多更细的带纹。如在人体细胞晚前期染色体组中可以分辨出843~1256条带，而中期染色体只能观察到320~550条带，因而更有助于发现细微的染色体异常。

== 生物技术 ==
'''双向电泳'''

横为IFE，纵为SDS-PAGE（横为等电，纵测分子）。

约靠近左下Mr/pI越小。

'''荧光显微镜'''

激发滤光片：过滤除紫外线以外的可见光

吸收滤光片：过滤紫外光

'''冷冻电镜单颗粒重构'''

①收集大量图像：从在不同随机方向上被冷冻固定的许多相同分子（颗粒）中收集成千上万张二维图像。

②图像处理与分类：对这些低信噪比的二维图像进行处理、对齐和分类。

③三维重建：将具有相似方向的二维图像进行平均和合并，通过计算方法（如傅里叶变换反投射算法）重建出分子的三维密度图。

④提高信噪比和分辨率：通过平均大量图像可以消除随机噪声，从而共同揭示出单个图像中看不到的精细细节，最终达到接近原子分辨率。

== ''植物学'' ==
===自交不亲和识别位点===

* SSI孢子体：柱头乳突细胞
'''十字花科、菊科、旋花科'''
* GSI配子体：花柱上端/胚囊
'''蔷薇科、茄科、豆科、禾本科、芸香科'''

=== 缠绕茎类型 ===
左旋：牵牛、马兜铃、菜豆

右旋：忍冬、葎草

中性：何首乌

=== 藻类光合相关 ===

==== 载色体膜层数 ====
'''2层膜：'''红藻、绿藻

'''3层膜：'''裸藻、甲藻

'''4层膜：'''金藻、黄藻、硅藻、褐藻、隐藻

=== 藻类世代交替 ===

==== 红藻 ====
紫菜成熟的配子体上会形成精子囊和顶端有受精丝的'''果孢'''n，精子与果胞受精形成合子，合子发育为'''果孢子'''2n，成熟后长成丝状体即'''壳斑藻'''2n，壳班藻通过减数分裂产生'''壳孢子'''n，再由壳孢子萌发为紫菜，完成一次世代交替

=== 维管植物起源 ===

==== 莱尼蕨 ====
中志留纪出现（425Ma）→中泥盆纪灭绝

* 二叉分枝。无其他器官（具假根）
* 孢子囊顶生。

* 木质部内始式
* 大型配子体（化石证据和孢子体同型）

'''大莱尼蕨：'''曾经为莱尼蕨类代表→被归入'''前维管植物'''

化石证据中央疏导组织未加厚，类似苔藓植物导水细胞。

==== 工蕨 ====
泥盆纪出现（408～360Ma）

* 无叶。二叉分枝
* 孢子囊侧生
* 木质部外始式
* '''现代石松类祖先'''（孢子囊侧生、木质部外始式）

==== 三相蕨 ====
'''可能由莱尼蕨演化而来'''

早泥盆纪出现→中泥盆纪灭绝（历时20Ma）

* 无叶。分枝更复杂，侧枝系统多样
* 孢子囊侧生
* 木质部内始式

=== 传统分类松杉柏 ===
{| class="wikitable"
|+
|
!松科
!杉科
!柏科
|-
!叶形
|针形、条形
|披针形、钻形、鳞形、'''条形'''
|鳞形、刺形
|-
!叶着生方式
|针形：2、3、5针一束，簇生于短枝
条形：螺旋状互生/单生
|螺旋状互生/单生（水杉：对生）
|鳞形：对生/轮生，紧贴小枝
刺形：3叶轮生
|-
!珠鳞和苞鳞
|离生
|半合生（下部愈合）
|合生
|-
!球果
|木质，成熟开裂
|木质，成熟开裂
|木质，成熟开裂/肉质浆果状，不开裂
|-
!种子
|长翅
|窄翅
|窄翅/无翅
|-
!气囊
|有
|无
|无
|}
珠鳞部分表皮特化为翅

珠鳞→种鳞

=== 木质素类型 ===

* '''H：p-香豆醇（对羟基苯基）无甲氧基'''
* '''G：松柏醇（愈创木基）1甲氧基'''
* '''S：芥子醇（紫丁香基）2甲氧基'''
* '''C：咖啡醇（儿茶基）无甲氧基'''

蕨类：H

裸子：G

双子叶+禾本科以外单子叶：G+S

禾本科：G+S+H

C：缺少O-甲基转移酶OMT。少数植物种皮（香荚兰、仙人掌、大戟）

=== 被子花粉粒类型 ===

* 2细胞型：大多数被子
* 3细胞型：'''禾本科、十字花科、菊科'''

=== [[上课去了の植物分类相关]] ===

=== 果实类型 ===
长角果：白菜、青菜、油菜（芸薹）、包菜（甘蓝）、花椰菜、萝卜、拟南芥、二月兰（诸葛菜）、菘蓝（板蓝根）、桂竹香、紫罗兰

短角果：荠菜、独行菜

== 植物生理学 ==

=== 光能分配 ===

* 状态I：用主要被PS I吸收的光，激发能向PS II分配增加
* 状态II：用主要被PS II吸收的光，激发能向PS I分配增加

光、Mg2+、ATP→LHC II磷酸化→状态II

PS II优先激发→PQ还原→LHC II激酶活化→LHC II磷酸化

状态'''II'''：b6f向'''非垛叠区'''分配

=== Rubisco ===
560kDa

最丰富的'''可溶性'''蛋白质（最丰富不可溶蛋白质为LHCP）

'''8大亚基'''（56kDa）'''8小亚基'''（14kDa）

大476AA 小123AA

* 每个大亚基1催化位点1调节位点。2个大亚基为一组，Mg2+作为连接桥
* 小亚基仅调节
'''光诱导：'''

* 大小亚基转录。光敏色素参与
* 翻译后修饰：钝化or锐化

钝化：暗中RuBP结合Rubisco

锐化：

# 光激活Rubisco活化酶（核基因编码）ATPase类似伴侣蛋白
# 结合ATP，14～16个活化酶多肽自聚合
# 结合Rubisco，ATP水解
# 多肽解聚，Rubisco构象变化，释放RuBP
# （未完）

== ''微生物学'' ==
（微生物实在是太差，故有很多单开的链接

=== [[上课去了の细菌染色整理]] ===

=== [[上课去了の微生物结构整理]] ===

=== IMViC ===
'''I：吲哚试验'''

'''M：甲基红试验'''

'''V：V-P试验'''

'''C：枸橼酸盐利用试验'''
{| class="wikitable"
|+
|
!原理
!阳性
!阴性
|-
!I吲哚
|色氨酸酶产生吲哚+'''对二甲基氨基苯甲醛'''
|红色
|无色
|-
!M甲基红
|分解葡萄糖大量产酸
|红色
|黄色
|-
!V-P
|分解葡萄糖产生'''乙酰甲基甲酯'''，'''碱性'''下氧化
|红色
|无色
|-
!C枸橼酸盐
|以枸橼酸为唯一碳源生长产生碱，溴麝香草酚蓝变色
|蓝色
|绿色
|}

=== 微生物计数法 ===

* '''比浊法'''（浊度计比色法/光电比浊法）：测OD600

总菌数。快、简便、无损、可连续测生长曲线

细菌生长动态监测

* '''血球计数板法'''

总菌数。直观、快、能看形态

酵母菌、霉菌孢子、单细胞微生物

* '''平板菌落计数法'''

活菌数。慢、操作繁杂、稀释易造成误差

食品/水/样品活菌定量、药敏、菌种计数

=== 病原体类型 ===

==== 细菌 ====
肺结核、百日咳、白喉、猩红热、伤寒、副伤寒、霍乱、破伤风、炭疽、淋病、梅毒、鼠疫、败血症

==== 病毒 ====
麻疹、风疹、水痘、带状疱疹、流行性腮腺炎、传染性单核细胞增多症、手足口病、艾滋病、狂犬病、登革热、脊髓灰质炎

=== 细菌抗药性机制 ===

* 外排泵：四环素、喹诺酮类

* 结核分枝杆菌→异烟肼

katG（过氧化氢酶-过氧化物酶）突变，异烟肼无法被激活

* 四环素

结合30S亚基的S12蛋白，阻止氨酰tRNA结合核糖体

=== 群体聚集现象 ===

* '''G+：AIP（寡肽类自诱导多肽）'''
* '''G-：高丝氨酸内酯'''

== 动物学 ==

== 动物生理学 ==

=== [[上课去了の生理学疾病整理]] ===

=== 各类受体通路 ===

==== 肾上腺素 ====
α1：Gq→PLC

α2：Gi→AC

β：Gs→AC

==== 去甲肾上腺素 ====
α1：Gq→PLC

α2：Gi→AC

β123：Gs

==== 抗利尿激素 ====
Gs→AC

=== 平滑肌 ===

* '''单个单位：小血管、消化道、输尿管、子宫'''

* '''多个单位：大血管、气道、睫状肌、虹膜肌、竖毛肌'''

去极化方式

* '''Ca2+内流：肠道、输精管'''

* '''Na+内流：膀胱、输尿管'''

=== γ/α僵直 ===
'''易化区'''：前庭核、小脑前叶两侧＆后叶中间部

'''抑制区'''：大脑皮层运动区、纹状体、小脑前叶蚓部

* '''γ僵直：'''中脑上下丘之间切断脑干（大脑运动区＆纹状体失衡）

解除：切断腰骶部后根

* '''α僵直：'''γ僵直+切除小脑前叶蚓部（易化区通过前庭脊髓束直接兴奋α）

解除：切断VIII听神经

== 遗传学 ==

=== 转座子 ===

==== Class I（Retrotransposon） ====
转座机制为'''复制-粘贴'''，以'''RNA'''为中间体，依赖'''逆转录酶、整合酶'''

主要存在于'''真核'''生物

===== LTR反转录转座子 =====
两端有长末端重复序列LTR，含调控元件，内部编码'''gag、pol'''基因，'''无env基因'''

转录为RNA→逆转录合成cDNA→整合酶插入新位点

结构类似逆转录病毒，'''无感染性'''

酵母'''Ty'''元件、植物Ty1-copia、人类HERV

===== 非LTR反转录转座子 =====
* '''LINE'''（长散在核元件，自主型）

6~8kb，含ORF1（'''RNA结合蛋白'''）、ORF2（'''逆转录酶+核酸内切酶'''）

靶位点引发逆转录（TPRT）

'''人类唯一具自主转座活性的转座子'''

* '''SINE'''（短散在核元件，非自主型）

100~400bp，'''无编码区'''，源自细胞小RNA

依赖LINE提供酶系完成转座，'''拷贝数极高'''

人类Alu元件

* '''SVA'''元件

由SINE-R、VNTR、Alu片段组成的复合元件

'''人类特有，非自主，依赖L1转座'''

==== Class II（DNA Transposon） ====
以'''剪切-粘贴'''为主要机制，'''无RNA中间体'''，直接以DNA移动；依赖'''转座酶'''

'''原核、真核均有分布，人类中多已失活'''

* '''IS'''（插入序列）

最简单，两端反向重复序列IR，'''仅编码转座酶'''

无外源功能基因，多见于细菌

* '''Tn'''（复合转座子）

两端为完整IS元件（提供转座酶），中间携带抗性等功能基因

Tn'''5'''（'''卡那霉素'''抗性）、Tn'''10'''（'''四环素'''抗性）

* '''Tn3家族'''（非复合转座子）

'''无IS臂'''，自身编码'''转座酶、解离酶、抗性基因'''

部分为复制型转座

Tn'''3'''（'''氨苄青霉素'''抗性）

* '''MITEs'''（微型反向重复转座元件）

短序列，'''两端有IR，无转座酶基因'''，非自主

'''高等植物'''中丰富，常调控邻近基因

玉米Tourist、Stowaway

特殊机制DNA转座子

滚环转座子（IS91）、Peel-and-Paste转座子（IS200）、DIRS、Polinton/Maverick，均属于Class Ⅱ

== 演化生物学 ==

=== Fst/Dxy ===
Fst'''高'''、Dxy'''高'''：长期分化+有限基因流，可能存在强选择或地理隔离

Fst'''高'''、Dxy'''低'''：近期分化+强烈漂变（小种群），或局部选择扫荡降低了群体内多样性

Fst'''低'''、Dxy'''高'''：长期分化+持续基因流，或祖先多态性高但近期基因交流频繁

Fst'''低'''、Dxy'''低'''：近期分化+高强度基因流，或分化时间极短

=== Tajima's D（田嶋D值） ===
是群体遗传学中经典的中性进化检验统计量，由日本遗传学家田嶋文生（Fumio Tajima）于1989年提出，用于判断DNA序列是随机中性演化还是受非随机过程（如自然选择、种群扩张/收缩）影响。

比较两种群体突变率估计量的差异：

θπ（Pi）：'''成对核苷酸差异'''的平均数，对'''中等'''频率突变更敏感

θW（Watterson's theta）：'''分离'''位点数量估计值，对'''稀有'''突变更敏感

计算公式：D=(θπ - θW)/标准偏差

中性进化下，θπ≈θW，D≈0。

D<0（负值）稀有突变过多

近期种群扩张、定向选择（选择性清除）、遗传搭便车

D>0（正值）中等频率突变过多

平衡选择、种群收缩、瓶颈效应、近亲繁殖

== 生物信息学 ==

=== 数据库 ===

==== '''KEGG'''（京都基因和基因组百科全书）数据库 ====
整合了基因组、化学和系统功能信息的数据库，其中最核心的为KEGG PATHWAY＆ORTHOLOGY

KEGG PATHWAY将生物代谢通路划分为6类

'''细胞过程'''（Cellular Processes）

'''环境信息处理'''（Environmental information Processing）

'''遗传信息处理'''（Geneticinformation Processing)

'''人类疾病'''（Human Diseases）

'''新陈代谢'''（Metabolism）

'''生物体系统'''（Organismal Systems）

==== '''GO'''数据库 ====
基因注释数据库，把基因的功能分成了'''细胞组分CC、分子功能MF、生物过程BP'''三个部分。

== 生物统计学 ==

=== GWAS ===

* 实验组：患病
* 对照组：健康

'''预期值'''E=(行合计×列合计)÷总合计

'''卡方'''χ²=Σ[(观测值-预期值)²÷预期值]

'''优势比'''OR=(病例×对照)÷ (病例×对照)

'''相对危险度'''RR=病例组暴露率÷对照组暴露率

暴露：携带某种与疾病可能连锁的SNP概率

'''归因危险度'''AR=病例组暴露率−对照组暴露率

'''自由度'''df=(行数-1)×(列数-1)

=== 诊断试验 ===
'''灵敏度'''=真阳性数÷(真阳性数+假阴性数)

'''特异度'''=真阴性数÷(真阴性数+假阳性数)

'''假阳性率'''=假阳性数÷(真阴性数+假阳性数)

'''假阴性率'''=假阴性数÷(真阳性数+假阴性数)

'''约登指数'''=灵敏度+特异度-1

'''阳性预测值'''=真阳性数÷(真阳性数+假阳性数)

'''阴性预测值'''=真阴性数÷(真阴性数+假阴性数)

'''符合率'''=(真阳性数+真阴性数)÷总例数

=== 检验方法 ===
方差检验：单因素ANOVA、Tukey 检验、Dunnett 检验、LSD 检验、SNK检验

==== 独立样本t检验 ====
适用数据：'''定量'''（连续、正态）

组数/设计：2组独立

核心用途：两组独立样本的均值差异比较

文献标志：t=、p=、两根柱状图对比

备注：生物、医学、实验类最基础检验，两组定量对比必用

==== 配对t检验 ====
适用数据：定量（连续、正态）

组数/设计：自身前后测/配对样本

核心用途：同一对象两次测量结果的差值比较

文献标志：t=、p=、前后数据对比图

备注：处理前vs处理后、配对样本对比最常用

==== 卡方检验(χ²) ====
适用数据：'''定性！'''（频数、率、分类变量）

组数/设计：≥2组独立

核心用途：两组及以上的比例、分布、构成比差异比较

文献标志：χ²=、df=、p=、百分比/堆积柱状图

备注：分类数据最常用统计方法

==== 单因素ANOVA ====
适用数据：定量（连续、正态）

组数/设计：≥3组独立

核心用途：判断多组独立样本整体是否存在显著差异

文献标志：F=、p=

备注：多组定量数据必做的前置检验，为事后两两比较做铺垫

==== Tukey检验 ====
适用数据：定量（连续、正态）

组数/设计：≥3组，ANOVA结果显著后使用

核心用途：所有组之间两两比较差异

文献标志：字母'''a/b/c'''标注

备注：多组两两对比的标准方法，文献中最常见

==== Dunnett检验 ====
适用数据：定量（连续、正态）

组数/设计：≥3组，ANOVA结果显著后使用

核心用途：仅各处理组与对照组比较，不做组间两两对比

文献标志：'''*、ns'''

备注：药物、处理组vs空白对照的首选检验

==== Fisher精确检验 ====
适用数据：定性（频数、分类变量）

组数/设计：≥2组，样本量小

核心用途：小样本分类数据的比例差异比较

文献标志：Fisher's exact、p=

备注：卡方检验不满足条件时的首选替代方法

==== Pearson相关 ====
适用数据：双定量变量（连续、正态）

组数/设计：2个变量

核心用途：分析两个变量间的线性相关程度

文献标志：r=、p=、散点图

备注：最常用的相关分析方法

==== Spearman相关 ====
适用数据：等级数据/偏态数据/非线性趋势

组数/设计：2个变量

核心用途：分析变量间的秩相关或趋势相关

文献标志：r=、p=

备注：数据不正态时替代Pearson相关

==== Bonferroni校正 ====
适用数据：任意数据类型

组数/设计：多组比较场景

核心用途：校正多次比较带来的假阳性问题

文献标志：校正后p值、α'=α/n

备注：保守但通用，多用于多重比较的p值校正

==== Wilcoxon秩和检验 ====
适用数据：定量（偏态、非正态）

组数/设计：2组独立

核心用途：非正态定量数据的两组差异比较，替代t检验

文献标志：Z=、p=

备注：数据不符合正态分布时的常用非参数检验

==== Kruskal-Wallis检验 ====
适用数据：定量（偏态、非正态）

组数/设计：≥3组独立

核心用途：非正态定量数据的多组差异比较，替代ANOVA

文献标志：H=、p=

备注：多组非参数检验中最常用

==== McNemar检验 ====
适用数据：定性（配对分类变量）

组数/设计：自身前后两次分类测量

核心用途：配对分类数据的前后率差异比较，即配对卡方

文献标志：χ²=、p=

备注：仅用于配对分类数据，使用场景较少

==== LSD检验 ====
适用数据：定量（连续、正态）

组数/设计：≥3组，ANOVA后

核心用途：多组两两比较

文献标志：p值标注

备注：检验标准宽松，假阳性率高，目前文献中已很少使用

==== SNK检验 ====
适用数据：定量（连续、正态）

组数/设计：≥3组，ANOVA后

核心用途：多组两两比较

文献标志：字母标注

备注：检验严格度介于LSD与Tukey之间，正逐步被淘汰

==== Cochran's Q检验 ====
适用数据：定性（多组配对分类变量）

组数/设计：≥3次重复测量

核心用途：多组配对分类数据的差异比较

文献标志：Q=、p=

备注：使用场景极特殊，日常文献中极少见到

上课去了の笔记

2026-04-15T06:42:27Z

上课去了：删除了首段

== 杂乱知识点 ==

=== 生物化学 ===
关于细古真的甘油构型：

甘油本身无手性。甘油磷酸构型才是差异之处。

* '''细菌/真核：D（R）型甘油-3-磷酸'''
* '''古菌：L（S）型甘油-1-磷酸'''
G250（游离465/结合595）比R250多两个甲基。R250更灵敏，但不用于定量（背景容易混淆）

=== 分子生物学 ===
细菌：-35TTGACA -10TAATAT

TFII'''H'''磷酸化CTD→启动子清空

线粒体DNA pol与T3、T7噬菌体高度同源（均为单亚基），需转录因子TFAM、TFB2M（哺乳动物）

* T3、T7不需转录因子（自带RNA pol）
* 要转录且依赖宿主pol的，λ、T4需宿主σ+自带转录因子
色氨酸操纵子：'''3、4'''构成终止子

染色体骨架由非组蛋白构成，DNA向四周伸出形成放射环，18个放射环平面排列形成微带，106个微带构成子染色体

=== 细胞生物学 ===
层粘连蛋白：IV型胶原

核纤层蛋白：V型中间丝

EB1结合维管正极（稳定维管）

stathmin结合α/β二聚体负极（稳定单体）

核仁中'''纤维中心（RNA转录）电子密度最高'''

血细胞440nm有荧光

单克隆抗体识别单一表位，特异性强，但效价低于多克隆抗体，后者可识别多个表位。

'''血影'''通过'''锚'''蛋白和'''带3'''相连，'''肌动'''通过'''带4.1'''和'''血型糖'''相连

AQP每个亚基各有一个通道

肿瘤TNM分期

T：原发肿瘤，T1～T4，数字越大，肿瘤越大、浸润越深

N：区域淋巴结，N0无转移，N1～N3转移数量/范围递增

M：远处转移，M0无转移，M1存在远处转移

山中伸弥：小鼠成纤维细胞，c-myc、Klf4、Oct4、Sox2

=== 微生物学 ===
胃八叠球菌：纤维素厚壁

固氮酶类型：铁-铁、锌-铁、钒-铁

Park：五肽尾+NAM+UDP'''（无NAG）'''

'''热原体属'''Thermoplasma无细胞壁

固氮古菌：广古菌门产甲烷菌、深古菌门

假肽聚糖：产甲烷菌

芽孢的皮层和核心均有DPA-Ca

芽孢萌发可逆

=== 植物学 ===
通气组织属于薄壁组织

花粉胚珠比：闭花受精<专性自交<兼性自交<兼性异交<专性自交

红藻：'''有单细胞'''种类，淡水种类多

褐藻：无单细胞种类，淡水种类少

间苯二酚蓝/苯胺蓝：胼胝质

盐酸间苯三酚：木质素

被子植物多数是同株异花

原核RecA→植物Rad51

动物CDK1/2→植物CDKA

'''禾本科的一些知识'''

玉米雄小穗：2雄花、各3雄蕊

小麦有外胚叶，玉米没有

青蒿素：环状倍半萜。青蒿不含/极少含有青蒿素，青蒿素提取自黄花蒿

尼古丁：在烟草根部合成，通过木质部运输至叶片（储存在液泡中）

天然橡胶：顺式-1,4-聚异戊二烯。韧皮部乳管细胞合成，受伤时通过乳管破裂分泌

萝藦科（APG IV中并入夹竹桃科）有合蕊柱、花粉块，'''无唇瓣'''

原绿藻类：a、b、β-胡萝卜素，无藻胆素

ABA可促使一些短植物如浮萍、红藜、草莓在长日条件下开花，同时对长日植物的开花有抑制作用

外施IAA会抑制短日植物如苍耳成花，一些长日植物如天仙子、毒麦等的成花受外源IAA（低浓度？）的促进

（但一般来说，高浓度生长素处理对植物成花都表现为抑制效应）

=== 植物生理学 ===
导管流速：泊肃叶方程Q=πr4·Δq/8ηL

=== 动物学 ===
海盘属于海蛇尾（无皮鳃）

圆口纲鳃篮软骨条'''9横4纵'''

人肾为平滑多乳头，似猪（牛有沟多乳头，兔平滑单乳头）

观察果蝇唾腺染色体取用果蝇三龄'''雌'''幼虫

萤火鱿3种视锥细胞，其他仅1种不能感受色彩

胸大肌收缩翅膀向下

前气囊：'''2颈、1锁间、2前胸'''

人的舌骨：第二咽弓（舌骨小角、舌骨体）第三咽弓（舌骨大角）

獐、麝：雌雄均无角

麝雄性上犬齿特化为獠牙

=== 动物生理学 ===
血红素氧合酶HO：血红素→胆绿素+Fe2++CO

横管细胞膜，纵管肌浆网

=== 生态学 ===
地面火对植被破坏更小（相比林冠火）

=== 遗传学 ===
人'''编码序列'''（并非基因）占全基因组1.5%（？好像是外显子1.5）

=== 演化生物学 ===
'''蓝氏贾第虫'''：研究细胞核起源。'''有双层核膜，无核仁'''

== 新研究/与书上不符 ==

=== 生物化学 ===

* 核磁共振：多维核磁共振应用范围不被分子大小限制

=== 植物学 ===

* 草莓：内生菌根（书上为内外生菌根）

* 柑橘属：裂溶生'''先裂后溶'''（书上为溶生型）

=== 微生物学 ===

* 真核细胞固氮：The nitroplast: A nitrogen-fixing organelle

首次证实海洋单细胞藻类Braarudosphaera bigelowii中存在由蓝细菌UCYN-A内共生演化而来的硝质体（nitroplast），这是首个被发现的真核生物固氮细胞器，其复制分裂与宿主细胞高度同步，且依赖宿主编码的蛋白完成核心功能，完全符合细胞器的定义。

* 固氮酶新增钒-铁类型

== ''生物化学'' ==

=== 脂肪反应 ===
'''碘值'''：100克物质所能加成的碘的克数

碘会与双键发生加成反应，碘值越高，说明该物质中碳碳双键的数量越多，'''不饱和'''程度越高

'''皂化值'''：1克油脂碱水解时所需KOH的量

可用干计算油脂的'''Mr'''

'''酸值'''：中和1克油脂中游离脂肪酸所需KOH的量

可用于表示油脂水解、缓慢氧化后的酸败程度，酸值越高，说明油脂中'''游离脂肪酸'''越多，油脂的酸败程度可能越严重

'''乙酰化值'''：1克乙酰化的油脂所分解出的乙酸用KOH中和时所需KOH的质量

羟基反应生成乙酰酯，同时释放出乙酸，乙酰化值越高，说明原物质中含有的'''羟基'''数量越多。

=== 肠道细菌可以合成的维生素 ===
所有B、K₂

=== 双定位酶（1在细胞质、2在线粒体） ===
PEPCK（PEP羧激酶）

IDH（异柠檬酸脱氢酶）1也可以在过氧化物酶体

MDH（苹果酸脱氢酶）1也可以在过氧化物酶体、叶绿体

GOT/AST（谷草转氨酶）GPT/ALT（谷丙转氨酶）

=== 模体 ===
bHLH 碱性螺旋-环-螺旋（重点）

结构：碱性区（DNA结合）+ HLH（二聚化）

碱性区：富含Arg/Lys正电，插入DNA大沟

必须二聚体才能稳定结合E-box：CANNTG

== ''分子生物学'' ==

=== 关于“某某子”之类调控元件 ===
{| class="wikitable"
|+
|
!原核
!古核
!真核
!病毒
|-
!启动子
|✅
|✅
|✅
|✅
|-
!终止子
|✅
|✅
|✅
|✅
|-
!增强子
|❌
|❌
|✅
|✅
|-
!沉默子
|❌
|❌
|✅
|✅（部分）
|-
!衰减子（弱化子）
|✅
|❌
|❌
|❌
|-
!操纵子
|✅
|✅
|❌
|❌
|-
!绝缘子
|❌
|❌
|✅
|❌
|}

=== σ类型 ===
70：正常

'''54：氮饥饿'''

'''32：热休克'''

=== 密码子 ===
UAA赭石型Ochre：大肠杆菌最常见

UAG琥珀型Amber：中等频率，常用于基因工程插入点

UGA乳白型Opal：较低频率

染色体DNA的三种功能元件：

1）自主复制序列（ARS）：DNA复制的起点序列（富含AT）

2）着丝粒序列（CEN）：包括一个80-90bp的AT区和一个保守区

3）端粒序列（TEL）

== 细胞生物学 ==

=== 细胞程序性死亡PCD ===

=== 显带染色 ===
1968年由瑞典细胞学家Casperson首先建立的染色体Q带技术及其以后的发展，为核型研究提供了有力的工具。

'''Q带：'''喹吖因(Quinacrine)带，显示中期染色体经氨芥喹吖因或双盐酸喹吖因染色以后，在紫外线照射下所呈现的荧光亮带和暗带。

'''G带：'''吉姆萨(giemsa)带，是将中期染色体制片经胰酶、碱、热、尿素、去垢剂等处理后再用吉姆萨染料染色后所呈现的染色体区带。

一般来说，G带与Q带相符。但也有例外，如Q带显示的人Y染色体的特异荧光，在G带带型上并不出现。

'''R带'''(reverse band)是指中期染色体经'''磷酸盐'''缓冲液保温处理，以吖啶橙或吉姆萨染色，结果所显示的带型和G带明暗相间带型正好相反。

'''C带：'''异染色质部分。

'''T带：'''末端带(terminal band)，端粒，吖啶橙

'''N带：'''Ag-As染色带，核仁组织者区NOS的'''酸'''性蛋白质。

1975年以来，美国细胞遗传学家J.J.Yunis等建立了染色体高分辨显带技术，用氨甲蝶呤使培养的细胞同步化后，再用秋水仙胺短暂处理，获得大量晚前期和早中期分裂相，这些时期的染色体比典型中期染色体长，显带后可得到更多更细的带纹。如在人体细胞晚前期染色体组中可以分辨出843~1256条带，而中期染色体只能观察到320~550条带，因而更有助于发现细微的染色体异常。

== 生物技术 ==
'''双向电泳'''

横为IFE，纵为SDS-PAGE（横为等电，纵测分子）。

约靠近左下Mr/pI越小。

'''荧光显微镜'''

激发滤光片：过滤除紫外线以外的可见光

吸收滤光片：过滤紫外光

'''冷冻电镜单颗粒重构'''

①收集大量图像：从在不同随机方向上被冷冻固定的许多相同分子（颗粒）中收集成千上万张二维图像。

②图像处理与分类：对这些低信噪比的二维图像进行处理、对齐和分类。

③三维重建：将具有相似方向的二维图像进行平均和合并，通过计算方法（如傅里叶变换反投射算法）重建出分子的三维密度图。

④提高信噪比和分辨率：通过平均大量图像可以消除随机噪声，从而共同揭示出单个图像中看不到的精细细节，最终达到接近原子分辨率。

== ''植物学'' ==
===自交不亲和识别位点===

* SSI孢子体：柱头乳突细胞
'''十字花科、菊科、旋花科'''
* GSI配子体：花柱上端/胚囊
'''蔷薇科、茄科、豆科、禾本科、芸香科'''

=== 缠绕茎类型 ===
左旋：牵牛、马兜铃、菜豆

右旋：忍冬、葎草

中性：何首乌

=== 藻类光合相关 ===

==== 载色体膜层数 ====
'''2层膜：'''红藻、绿藻

'''3层膜：'''裸藻、甲藻

'''4层膜：'''金藻、黄藻、硅藻、褐藻、隐藻

=== 藻类世代交替 ===

==== 红藻 ====
紫菜成熟的配子体上会形成精子囊和顶端有受精丝的'''果孢'''n，精子与果胞受精形成合子，合子发育为'''果孢子'''2n，成熟后长成丝状体即'''壳斑藻'''2n，壳班藻通过减数分裂产生'''壳孢子'''n，再由壳孢子萌发为紫菜，完成一次世代交替

=== 维管植物起源 ===

==== 莱尼蕨 ====
中志留纪出现（425Ma）→中泥盆纪灭绝

* 二叉分枝。无其他器官（具假根）
* 孢子囊顶生。

* 木质部内始式
* 大型配子体（化石证据和孢子体同型）

'''大莱尼蕨：'''曾经为莱尼蕨类代表→被归入'''前维管植物'''

化石证据中央疏导组织未加厚，类似苔藓植物导水细胞。

==== 工蕨 ====
泥盆纪出现（408～360Ma）

* 无叶。二叉分枝
* 孢子囊侧生
* 木质部外始式
* '''现代石松类祖先'''（孢子囊侧生、木质部外始式）

==== 三相蕨 ====
'''可能由莱尼蕨演化而来'''

早泥盆纪出现→中泥盆纪灭绝（历时20Ma）

* 无叶。分枝更复杂，侧枝系统多样
* 孢子囊侧生
* 木质部内始式

=== 传统分类松杉柏 ===
{| class="wikitable"
|+
|
!松科
!杉科
!柏科
|-
!叶形
|针形、条形
|披针形、钻形、鳞形、'''条形'''
|鳞形、刺形
|-
!叶着生方式
|针形：2、3、5针一束，簇生于短枝
条形：螺旋状互生/单生
|螺旋状互生/单生（水杉：对生）
|鳞形：对生/轮生，紧贴小枝
刺形：3叶轮生
|-
!珠鳞和苞鳞
|离生
|半合生（下部愈合）
|合生
|-
!球果
|木质，成熟开裂
|木质，成熟开裂
|木质，成熟开裂/肉质浆果状，不开裂
|-
!种子
|长翅
|窄翅
|窄翅/无翅
|-
!气囊
|有
|无
|无
|}
珠鳞部分表皮特化为翅

珠鳞→种鳞

=== 木质素类型 ===

* '''H：p-香豆醇（对羟基苯基）无甲氧基'''
* '''G：松柏醇（愈创木基）1甲氧基'''
* '''S：芥子醇（紫丁香基）2甲氧基'''
* '''C：咖啡醇（儿茶基）无甲氧基'''

蕨类：H

裸子：G

双子叶+禾本科以外单子叶：G+S

禾本科：G+S+H

C：缺少O-甲基转移酶OMT。少数植物种皮（香荚兰、仙人掌、大戟）

=== 被子花粉粒类型 ===

* 2细胞型：大多数被子
* 3细胞型：'''禾本科、十字花科、菊科'''

=== [[上课去了の植物分类相关]] ===

=== 果实类型 ===
长角果：白菜、青菜、油菜（芸薹）、包菜（甘蓝）、花椰菜、萝卜、拟南芥、二月兰（诸葛菜）、菘蓝（板蓝根）、桂竹香、紫罗兰

短角果：荠菜、独行菜

== 植物生理学 ==

=== 光能分配 ===

* 状态I：用主要被PS I吸收的光，激发能向PS II分配增加
* 状态II：用主要被PS II吸收的光，激发能向PS I分配增加

光、Mg2+、ATP→LHC II磷酸化→状态II

PS II优先激发→PQ还原→LHC II激酶活化→LHC II磷酸化

状态'''II'''：b6f向'''非垛叠区'''分配

=== Rubisco ===
560kDa

最丰富的'''可溶性'''蛋白质（最丰富不可溶蛋白质为LHCP）

'''8大亚基'''（56kDa）'''8小亚基'''（14kDa）

大476AA 小123AA

* 每个大亚基1催化位点1调节位点。2个大亚基为一组，Mg2+作为连接桥
* 小亚基仅调节
'''光诱导：'''

* 大小亚基转录。光敏色素参与
* 翻译后修饰：钝化or锐化

钝化：暗中RuBP结合Rubisco

锐化：

# 光激活Rubisco活化酶（核基因编码）ATPase类似伴侣蛋白
# 结合ATP，14～16个活化酶多肽自聚合
# 结合Rubisco，ATP水解
# 多肽解聚，Rubisco构象变化，释放RuBP
# （未完）

== ''微生物学'' ==
（微生物实在是太差，故有很多单开的链接

=== [[上课去了の细菌染色整理]] ===

=== [[上课去了の微生物结构整理]] ===

=== IMViC ===
'''I：吲哚试验'''

'''M：甲基红试验'''

'''V：V-P试验'''

'''C：枸橼酸盐利用试验'''
{| class="wikitable"
|+
|
!原理
!阳性
!阴性
|-
!I吲哚
|色氨酸酶产生吲哚+'''对二甲基氨基苯甲醛'''
|红色
|无色
|-
!M甲基红
|分解葡萄糖大量产酸
|红色
|黄色
|-
!V-P
|分解葡萄糖产生'''乙酰甲基甲酯'''，'''碱性'''下氧化
|红色
|无色
|-
!C枸橼酸盐
|以枸橼酸为唯一碳源生长产生碱，溴麝香草酚蓝变色
|蓝色
|绿色
|}

=== 微生物计数法 ===

* '''比浊法'''（浊度计比色法/光电比浊法）：测OD600

总菌数。快、简便、无损、可连续测生长曲线

细菌生长动态监测

* '''血球计数板法'''

总菌数。直观、快、能看形态

酵母菌、霉菌孢子、单细胞微生物

* '''平板菌落计数法'''

活菌数。慢、操作繁杂、稀释易造成误差

食品/水/样品活菌定量、药敏、菌种计数

=== 病原体类型 ===

==== 细菌 ====
肺结核、百日咳、白喉、猩红热、伤寒、副伤寒、霍乱、破伤风、炭疽、淋病、梅毒、鼠疫、败血症

==== 病毒 ====
麻疹、风疹、水痘、带状疱疹、流行性腮腺炎、传染性单核细胞增多症、手足口病、艾滋病、狂犬病、登革热、脊髓灰质炎

=== 细菌抗药性机制 ===

* 外排泵：四环素、喹诺酮类

* 结核分枝杆菌→异烟肼

katG（过氧化氢酶-过氧化物酶）突变，异烟肼无法被激活

* 四环素

结合30S亚基的S12蛋白，阻止氨酰tRNA结合核糖体

=== 群体聚集现象 ===

* '''G+：AIP（寡肽类自诱导多肽）'''
* '''G-：高丝氨酸内酯'''

== 动物学 ==

== 动物生理学 ==

=== [[上课去了の生理学疾病整理]] ===

=== 各类受体通路 ===

==== 肾上腺素 ====
α1：Gq→PLC

α2：Gi→AC

β：Gs→AC

==== 去甲肾上腺素 ====
α1：Gq→PLC

α2：Gi→AC

β123：Gs

==== 抗利尿激素 ====
Gs→AC

=== 平滑肌 ===

* '''单个单位：小血管、消化道、输尿管、子宫'''

* '''多个单位：大血管、气道、睫状肌、虹膜肌、竖毛肌'''

去极化方式

* '''Ca2+内流：肠道、输精管'''

* '''Na+内流：膀胱、输尿管'''

=== γ/α僵直 ===
'''易化区'''：前庭核、小脑前叶两侧＆后叶中间部

'''抑制区'''：大脑皮层运动区、纹状体、小脑前叶蚓部

* '''γ僵直：'''中脑上下丘之间切断脑干（大脑运动区＆纹状体失衡）

解除：切断腰骶部后根

* '''α僵直：'''γ僵直+切除小脑前叶蚓部（易化区通过前庭脊髓束直接兴奋α）

解除：切断VIII听神经

== 遗传学 ==

=== 转座子 ===

==== Class I（Retrotransposon） ====
转座机制为'''复制-粘贴'''，以'''RNA'''为中间体，依赖'''逆转录酶、整合酶'''

主要存在于'''真核'''生物

===== LTR反转录转座子 =====
两端有长末端重复序列LTR，含调控元件，内部编码'''gag、pol'''基因，'''无env基因'''

转录为RNA→逆转录合成cDNA→整合酶插入新位点

结构类似逆转录病毒，'''无感染性'''

酵母'''Ty'''元件、植物Ty1-copia、人类HERV

===== 非LTR反转录转座子 =====
* '''LINE'''（长散在核元件，自主型）

6~8kb，含ORF1（'''RNA结合蛋白'''）、ORF2（'''逆转录酶+核酸内切酶'''）

靶位点引发逆转录（TPRT）

'''人类唯一具自主转座活性的转座子'''

* '''SINE'''（短散在核元件，非自主型）

100~400bp，'''无编码区'''，源自细胞小RNA

依赖LINE提供酶系完成转座，'''拷贝数极高'''

人类Alu元件

* '''SVA'''元件

由SINE-R、VNTR、Alu片段组成的复合元件

'''人类特有，非自主，依赖L1转座'''

==== Class II（DNA Transposon） ====
以'''剪切-粘贴'''为主要机制，'''无RNA中间体'''，直接以DNA移动；依赖'''转座酶'''

'''原核、真核均有分布，人类中多已失活'''

* '''IS'''（插入序列）

最简单，两端反向重复序列IR，'''仅编码转座酶'''

无外源功能基因，多见于细菌

* '''Tn'''（复合转座子）

两端为完整IS元件（提供转座酶），中间携带抗性等功能基因

Tn'''5'''（'''卡那霉素'''抗性）、Tn'''10'''（'''四环素'''抗性）

* '''Tn3家族'''（非复合转座子）

'''无IS臂'''，自身编码'''转座酶、解离酶、抗性基因'''

部分为复制型转座

Tn'''3'''（'''氨苄青霉素'''抗性）

* '''MITEs'''（微型反向重复转座元件）

短序列，'''两端有IR，无转座酶基因'''，非自主

'''高等植物'''中丰富，常调控邻近基因

玉米Tourist、Stowaway

特殊机制DNA转座子

滚环转座子（IS91）、Peel-and-Paste转座子（IS200）、DIRS、Polinton/Maverick，均属于Class Ⅱ

== 演化生物学 ==

=== Fst/Dxy ===
Fst'''高'''、Dxy'''高'''：长期分化+有限基因流，可能存在强选择或地理隔离

Fst'''高'''、Dxy'''低'''：近期分化+强烈漂变（小种群），或局部选择扫荡降低了群体内多样性

Fst'''低'''、Dxy'''高'''：长期分化+持续基因流，或祖先多态性高但近期基因交流频繁

Fst'''低'''、Dxy'''低'''：近期分化+高强度基因流，或分化时间极短

=== Tajima's D（田嶋D值） ===
是群体遗传学中经典的中性进化检验统计量，由日本遗传学家田嶋文生（Fumio Tajima）于1989年提出，用于判断DNA序列是随机中性演化还是受非随机过程（如自然选择、种群扩张/收缩）影响。

比较两种群体突变率估计量的差异：

θπ（Pi）：'''成对核苷酸差异'''的平均数，对'''中等'''频率突变更敏感

θW（Watterson's theta）：'''分离'''位点数量估计值，对'''稀有'''突变更敏感

计算公式：D=(θπ - θW)/标准偏差

中性进化下，θπ≈θW，D≈0。

D<0（负值）稀有突变过多

近期种群扩张、定向选择（选择性清除）、遗传搭便车

D>0（正值）中等频率突变过多

平衡选择、种群收缩、瓶颈效应、近亲繁殖

== 生物信息学 ==

=== 数据库 ===

==== '''KEGG'''（京都基因和基因组百科全书）数据库 ====
整合了基因组、化学和系统功能信息的数据库，其中最核心的为KEGG PATHWAY＆ORTHOLOGY

KEGG PATHWAY将生物代谢通路划分为6类

'''细胞过程'''（Cellular Processes）

'''环境信息处理'''（Environmental information Processing）

'''遗传信息处理'''（Geneticinformation Processing)

'''人类疾病'''（Human Diseases）

'''新陈代谢'''（Metabolism）

'''生物体系统'''（Organismal Systems）

==== '''GO'''数据库 ====
基因注释数据库，把基因的功能分成了'''细胞组分CC、分子功能MF、生物过程BP'''三个部分。

== 生物统计学 ==

=== GWAS ===

* 实验组：患病
* 对照组：健康

'''预期值'''E=(行合计×列合计)÷总合计

'''卡方'''χ²=Σ[(观测值-预期值)²÷预期值]

'''优势比'''OR=(病例×对照)÷ (病例×对照)

'''相对危险度'''RR=病例组暴露率÷对照组暴露率

暴露：携带某种与疾病可能连锁的SNP概率

'''归因危险度'''AR=病例组暴露率−对照组暴露率

'''自由度'''df=(行数-1)×(列数-1)

=== 诊断试验 ===
'''灵敏度'''=真阳性数÷(真阳性数+假阴性数)

'''特异度'''=真阴性数÷(真阴性数+假阳性数)

'''假阳性率'''=假阳性数÷(真阴性数+假阳性数)

'''假阴性率'''=假阴性数÷(真阳性数+假阴性数)

'''约登指数'''=灵敏度+特异度-1

'''阳性预测值'''=真阳性数÷(真阳性数+假阳性数)

'''阴性预测值'''=真阴性数÷(真阴性数+假阴性数)

'''符合率'''=(真阳性数+真阴性数)÷总例数

=== 检验方法 ===
方差检验：单因素ANOVA、Tukey 检验、Dunnett 检验、LSD 检验、SNK检验

==== 独立样本t检验 ====
适用数据：'''定量'''（连续、正态）

组数/设计：2组独立

核心用途：两组独立样本的均值差异比较

文献标志：t=、p=、两根柱状图对比

备注：生物、医学、实验类最基础检验，两组定量对比必用

==== 配对t检验 ====
适用数据：定量（连续、正态）

组数/设计：自身前后测/配对样本

核心用途：同一对象两次测量结果的差值比较

文献标志：t=、p=、前后数据对比图

备注：处理前vs处理后、配对样本对比最常用

==== 卡方检验(χ²) ====
适用数据：'''定性！'''（频数、率、分类变量）

组数/设计：≥2组独立

核心用途：两组及以上的比例、分布、构成比差异比较

文献标志：χ²=、df=、p=、百分比/堆积柱状图

备注：分类数据最常用统计方法

==== 单因素ANOVA ====
适用数据：定量（连续、正态）

组数/设计：≥3组独立

核心用途：判断多组独立样本整体是否存在显著差异

文献标志：F=、p=

备注：多组定量数据必做的前置检验，为事后两两比较做铺垫

==== Tukey检验 ====
适用数据：定量（连续、正态）

组数/设计：≥3组，ANOVA结果显著后使用

核心用途：所有组之间两两比较差异

文献标志：字母'''a/b/c'''标注

备注：多组两两对比的标准方法，文献中最常见

==== Dunnett检验 ====
适用数据：定量（连续、正态）

组数/设计：≥3组，ANOVA结果显著后使用

核心用途：仅各处理组与对照组比较，不做组间两两对比

文献标志：'''*、ns'''

备注：药物、处理组vs空白对照的首选检验

==== Fisher精确检验 ====
适用数据：定性（频数、分类变量）

组数/设计：≥2组，样本量小

核心用途：小样本分类数据的比例差异比较

文献标志：Fisher's exact、p=

备注：卡方检验不满足条件时的首选替代方法

==== Pearson相关 ====
适用数据：双定量变量（连续、正态）

组数/设计：2个变量

核心用途：分析两个变量间的线性相关程度

文献标志：r=、p=、散点图

备注：最常用的相关分析方法

==== Spearman相关 ====
适用数据：等级数据/偏态数据/非线性趋势

组数/设计：2个变量

核心用途：分析变量间的秩相关或趋势相关

文献标志：r=、p=

备注：数据不正态时替代Pearson相关

==== Bonferroni校正 ====
适用数据：任意数据类型

组数/设计：多组比较场景

核心用途：校正多次比较带来的假阳性问题

文献标志：校正后p值、α'=α/n

备注：保守但通用，多用于多重比较的p值校正

==== Wilcoxon秩和检验 ====
适用数据：定量（偏态、非正态）

组数/设计：2组独立

核心用途：非正态定量数据的两组差异比较，替代t检验

文献标志：Z=、p=

备注：数据不符合正态分布时的常用非参数检验

==== Kruskal-Wallis检验 ====
适用数据：定量（偏态、非正态）

组数/设计：≥3组独立

核心用途：非正态定量数据的多组差异比较，替代ANOVA

文献标志：H=、p=

备注：多组非参数检验中最常用

==== McNemar检验 ====
适用数据：定性（配对分类变量）

组数/设计：自身前后两次分类测量

核心用途：配对分类数据的前后率差异比较，即配对卡方

文献标志：χ²=、p=

备注：仅用于配对分类数据，使用场景较少

==== LSD检验 ====
适用数据：定量（连续、正态）

组数/设计：≥3组，ANOVA后

核心用途：多组两两比较

文献标志：p值标注

备注：检验标准宽松，假阳性率高，目前文献中已很少使用

==== SNK检验 ====
适用数据：定量（连续、正态）

组数/设计：≥3组，ANOVA后

核心用途：多组两两比较

文献标志：字母标注

备注：检验严格度介于LSD与Tukey之间，正逐步被淘汰

==== Cochran's Q检验 ====
适用数据：定性（多组配对分类变量）

组数/设计：≥3次重复测量

核心用途：多组配对分类数据的差异比较

文献标志：Q=、p=

备注：使用场景极特殊，日常文献中极少见到

2026-04-14T00:08:42Z

上课去了：

用户:上课去了

2026-04-13T12:50:47Z

上课去了：

'''os好想前女友'''

你们好我是女的。

28届，不过要退役了

wx：shisalaasnglykglu

qq：3552432042。邮箱同号

hxx、某乎同名

平时用微信

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[[上课去了の笔记]]

讨论:上课去了の笔记

2026-04-13T10:22:41Z

上课去了：

哈喽--[[用户:极感|极感]]（[[用户讨论:极感|留言]]） 2026年4月9日 (四) 20:16 (CST)

· 细菌和真核生物：甘油骨架采用 L-型甘油-3-磷酸（sn-甘油-3-磷酸）。脂肪酸通过酯键连接在甘油的C1和C2位，磷酸基团在C3位，构成常见的甘油磷脂。

· 古菌：甘油骨架采用 D-型甘油-1-磷酸（sn-甘油-1-磷酸）。这是镜像对映体，并且其疏水尾链是长链异戊二烯（而非脂肪酸），通过醚键（而非酯键）连接到甘油上。--[[用户:极感|极感]]（[[用户讨论:极感|留言]]） 2026年4月12日 (日) 21:48 (CST)

芽孢皮层和核心：都含DPA-Ca（吡啶二羧酸钙），但核心含量更高。萌发''不可逆''

甘油类型我应该没有写错。芽孢可逆萌发是写题写到的。用户页有联系方式的--[[用户:上课去了|上课去了]]（[[用户讨论:上课去了|留言]]） 2026年4月13日 (一) 16:59 (CST)

讨论:上课去了の笔记

2026-04-13T08:59:46Z

上课去了：

哈喽--[[用户:极感|极感]]（[[用户讨论:极感|留言]]） 2026年4月9日 (四) 20:16 (CST)

· 细菌和真核生物：甘油骨架采用 L-型甘油-3-磷酸（sn-甘油-3-磷酸）。脂肪酸通过酯键连接在甘油的C1和C2位，磷酸基团在C3位，构成常见的甘油磷脂。

· 古菌：甘油骨架采用 D-型甘油-1-磷酸（sn-甘油-1-磷酸）。这是镜像对映体，并且其疏水尾链是长链异戊二烯（而非脂肪酸），通过醚键（而非酯键）连接到甘油上。--[[用户:极感|极感]]（[[用户讨论:极感|留言]]） 2026年4月12日 (日) 21:48 (CST)

芽孢皮层和核心：都含DPA-Ca（吡啶二羧酸钙），但核心含量更高。萌发''不可逆''

甘油类型我应该没有写错。芽孢可以萌发是写题写到的。用户页有联系方式的--[[用户:上课去了|上课去了]]（[[用户讨论:上课去了|留言]]） 2026年4月13日 (一) 16:59 (CST)