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病毒分类整理

2022-04-26T05:00:27Z

Cxb：/* 病毒进化史 */

== 病毒进化史 ==
[[文件:进化史.png|缩略图|<ref>病毒进化史 <nowiki>https://www.bilibili.com/read/cv5205466/?from=readlist</nowiki> 来源：bilibili 作者：制御秘书长杜鹃</ref>]]
进化历史细则:1，类病毒与德尔塔病毒(以下简称丁肝病毒)繁殖方式一样，只是丁肝病毒多了一个德尔塔抗原。(蛇丁肝病毒多了一个疑似德尔塔棘突蛋白)

2，丁肝病毒的RNA是反义RNA，繁殖方式与反义RNA病毒一样(丁肝病毒：转录——德尔塔抗原催化RNA复制；反义RNA病毒：转录——基质蛋白催化RNA复制)

3，丁肝病毒生活需要细胞的DNA依赖的RNA聚合酶（主要是RNA聚合酶II——转录mRNA的RNA聚合酶）进行RNA复制（可见细胞的RNA聚合酶祖先是RNA依赖的RNA聚合酶）

4，正义RNA病毒、反义RNA病毒的RNA依赖的RNA聚合酶与逆转录病毒的逆转录酶拥有共同结构。

5，正义RNA病毒RNA复制时首先形成双链RNA，然后双链RNA转录形成正义RNA；双链RNA病毒首先进行转录形成正义RNA，最终正义RNA转录成为双链RNA，可谓是“师出同门”

6，正义RNA病毒复制时在细胞内形成小体，双链RNA病毒可直接作为小体

7，反义RNA病毒复制时不形成双链RNA，与正义RNA病毒完全不同

8，人体内有内源性博尔纳病毒基因(EBLN-1/2/3P)，而博尔纳病毒正是反义RNA病毒，可见反义RNA病毒可以整合在宿主DNA基因组中，这与逆转录病毒是一样的（可见，反义RNA病毒是逆转录病毒的祖先）

9，反义RNA病毒、逆转录病毒、拟逆转录病毒、单链DNA病毒与双链DNA病毒均可以通过内含子剪辑RNA来改变外显子的表达，这与细胞是一样的

10，逆转录病毒中的泡沫病毒有20%的概率会形成拥有双链DNA的病毒，这种病毒的生活方式与乙肝病毒一样（泡沫病毒中拥有双链DNA的病毒遗传信息流与乙肝病毒均为DNA→RNA→DNA，泡沫病毒中拥有双正义RNA的病毒遗传信息流为RNA→DNA→RNA）

11，乙肝病毒（DR1与DR2）、花椰菜花叶病毒（19S与35S）的DNA上均有两个正向重复序列（direct repeat），用以mRNA转录、pgRNA合成与病毒DNA合成。逆转录病毒的DNA上也有两个重复序列（long terminal repeat），用以mRNA转录、正义RNA合成与病毒DNA合成

12，无论是像HIV的逆转录病毒（retrovirus），还是像乙肝病毒的拟逆转录病毒（pararetrovirus），它们合成双链DNA的逆转录过程中，均会形成单链DNA，而且单链DNA也含有重复序列。而腺相关病毒这种无害的人细小病毒的单链DNA也含有重复序列（inverted repeat）

13，无论是拥有线型单链DNA的腺相关病毒，还是拥有环状单链DNA的M13噬菌体，它们均拥有重复序列以作为启动子

14，人体细胞内的DNA很多都是逆转录病毒（少数为反义RNA病毒）整合而来

15，反义RNA病毒的RNA依赖的RNA聚合酶与逆转录酶、DNA聚合酶和RNA聚合酶结构相似

16，非洲猪瘟病毒与原始细胞的DNA聚合酶均缺失外切酶修复校正功能，由此可知，原始细胞由原始双链DNA病毒进化而来。

17，原始DNA病毒的DNA聚合酶开始没有外切酶修复校正功能，修复校正功能是后期进化而来。原始细胞的DNA细胞的DNA聚合酶也是如此

18，最早出现的外切酶修复校正功能为3'→5'外切酶，最晚出现的外切酶修复校正功能为5'→3'外切酶。

19，真核细胞的染色体与现代双链DNA病毒的DNA均为线型，而细胞的末端为由重复序列组成的端粒，现代双链DNA病毒DNA的末端为重复序列。

20，真核细胞的端粒上有端粒酶用以合成替换引物的DNA，腺病毒的DNA末端有磷蛋白作为DNA复制的引物

<ref>病毒进化史 <nowiki>https://www.bilibili.com/read/cv5205466/?from=readlist</nowiki> 来源：bilibili 作者：制御秘书长杜鹃</ref>

== 始祖病毒 ==

== 类病毒 ==

== 朊病毒 ==

== RNA病毒 ==

文件:进化史.png

2022-04-26T04:56:10Z

Cxb：

就这样说明吧

用户:Cxb

2022-04-25T13:11:50Z

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fw一个qwq

病毒分类整理

2022-04-25T13:10:31Z

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== 病毒进化史 ==

== 始祖病毒 ==

== 类病毒 ==

== 朊病毒 ==

== RNA病毒 ==

Bio index

2022-04-25T13:07:00Z

Cxb：/* 任务 */

==任务==
以下为编辑意向的任务
*'''[[生物信息数据库及工具简介整理]]'''''（未完成）''
*'''[[报告基因整理]]'''''（未完成）''
*'''[[生物缩写]]'''''（未完成）''
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==现有条目==
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*'''[[常见受体阻断与激动剂]]'''
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*'''[[人名拟态的典例整理]]'''
*'''[[western blot条带结果分析整理]]

== 题目 ==

* '''[[题目分类]]'''

[[分类:生物|index]]

细胞死亡方式整理

2022-04-22T04:17:28Z

Cxb：/* 铁死亡 */

= 细胞凋亡<ref>翟中和等.2011.细胞生物学.4版.北京：高等教育出版社</ref> =

=== 发现历史 ===
早在1885年，德国生物学家Flemming就曾描述过卵巢滤泡细胞的凋亡形态特征。他观察到卵巢滤泡细胞死亡时伴随染色质的水解，因此将这种细胞死亡现象称为『染色质溶解』。但当时学者们没有意识到这是一种与细胞坏死不同的新的细胞死亡方式。1965年，澳大利亚病理学家John Kerr观察到结扎大鼠门静脉后，在局部缺血的情况下，大鼠肝细胞连续不断地转化为小的圆形的细胞质团。这些细胞质团由质膜包裹的细胞碎片（包括细胞器和染色质）组成。起初他称这种现象为『皱缩型坏死』，后来发现死亡细胞内的溶酶体保持完整，死亡细胞从周围的组织中脱落并被吞噬，机体不发生炎症反应，与细胞坏死的现象有很大区别。经过深思熟虑，1972年J.F.R.Kerr和另两位研究者A.H.Wyllie、A.R.Currie一起将这一现象命名为细胞凋亡（apoptosis)。"apoptosis"源自古希腊语，意指花瓣或树叶的脱落、凋零。这一命名的生理学意义在于强调这种细胞死亡方式是『正常的生理过程』。1977年，M.M.Don发现了生理或病理性刺激条件下淋巴细胞发育过程中的凋亡现象；1980年，Wyllie总结了细胞凋亡的共同形态学特征。1986年，Robert Horvitz利用一系列线虫突变体，发现了线虫发育过程中控制细胞凋亡的关键基因，使原先侧重于形态学描述的细胞凋亡概念在基因水平上得以阐释，即细胞凋亡是受基因调控的主动的生理性自杀行为。Robert Horvitz因这一研究成果获得了2002年诺贝尔生理学或医学奖。

=== 细胞凋亡的特征 ===
典型动物细胞凋亡过程，形态学上具有3个阶段。

==== 1.凋亡的起始 ====
这一阶段的形态学变化表现为：细胞表面的特化结构如微绒毛等消失，细胞间接触消失，细胞膜依然完整，仍具有选择通透性；细胞质中，线粒体大体完整，但核糖体逐渐与内质网分离，内质网囊腔膨胀，并逐渐与质膜融合；细胞核内染色质固缩，形成新月形帽状结构，沿着核膜分布。这一阶段历时数分钟，然后进入第二阶段。

==== 2.凋亡小体的形成 ====
核染色质断裂为大小不等的片段，与某些细胞器如线粒体等聚集在一起，被反折的细胞质膜包裹，形成球形的结构，称为凋亡小体。从外观上看，细胞表面产生许多泡状或芽状突起，随后逐渐分隔，形成单个的凋亡小体。

==== 3.吞噬 ====
凋亡小体逐渐被临近细胞或吞噬细胞吞噬，在溶酶体中被消化分解。

==== 总结 ====
细胞凋亡最重要的特征，是整个过程中细胞膜始终保持完整，细胞内含物不泄露到细胞外，因此不引发机体的炎症反应。细胞凋亡的过程很迅速，从起始到凋亡小体的出现不过数分钟。

= 细胞坏死 =
= 细胞自噬 =
= 细胞程序性坏死 =
= 细胞焦亡 =
= 铁死亡 =
铁死亡（Ferroptosis ）是一种铁依赖性的，区别于细胞凋亡、细胞坏死、细胞自噬的新型的细胞程序性死亡方式。铁死亡的主要机制是，在二价铁或酯氧合酶的作用下，催化细胞膜上高表达的不饱和脂肪酸，发生脂质过氧化，从而诱导细胞死亡；此外，还表现为抗氧化体系（谷胱甘肽系统）的调控核心酶GPX4的降低。事实上，铁死亡的的本质是谷胱甘肽的耗竭，谷胱甘肽过氧化物酶（GPX4）活性下降，脂质氧化物不能通过GPX4催化的谷胱甘肽还原酶反应代谢，之后二价的铁离子氧化脂质产生活性氧，从而促使铁死亡的发生。<ref>翟中和等.2011.细胞生物学.4版.北京：高等教育出版社</ref>

= 植物细胞程序性死亡 =
= 酵母细胞程序性死亡 =

= 胞葬作用 =

糖酵解

2022-04-22T03:18:11Z

Cxb：/* 引发阶段 */

糖酵解（glycolysis）,又称Embedn-Meyerhof-Parnas途径（EMP途径），是生物体内最重要之代谢途径之一，发生在几乎所用活细胞之中，经该途径，[[葡萄糖]]或其他单糖经此氧化成[[丙酮酸]],并产生[[NADH]]和少量[[ATP]]。该途径分为两个阶段（引发阶段和产能阶段），共十个步骤。<ref name="生物化学原理">杨荣武.2018.生物化学原理.3版.北京：高等教育出版社</ref>
== 过程 ==
=== 引发阶段 ===
{| class="wikitable"
|-
! 步骤 !! 项目 !! 图示 !! 注文 !! 参数（ATP/能量变化）（个/kJ/mol）
|-
| [[文件:节点1.jpg|40px]] || [[葡萄糖]] （Glc）|| [[文件:Glc.png|140px|葡萄糖]]||[[文件:箭头3.jpg|40px]][[极限糊精]]、[[麦芽糖]]、[[山梨糖醇]] [[文件:箭头3.jpg|40px]][[果糖]]、[[葡萄糖酸内酯]]、[[1-磷酸葡糖]] || 32
|-
| || ←ATP || || ||
|-
| [[文件:箭头1.jpg|40px]] || [[己糖激酶]]（hexokinase/HK）或 [[葡糖激酶]]（glucokinase/GK） || [[文件:1cza.png|140px|1CZA 来自:PDB]]||参与反应的辅因子：Mg2+（有时可为Mn2+） 长期调控抑制剂：[[胰岛素]] 短期调控抑制剂：[[6-磷酸葡糖]]、[[乙酰辅酶A]]、[[N-乙酰葡糖胺]]
| ΔGΘ'=-16.74 ΔG=-33.47
|-
| || →ADP || || ||
|-
| [[文件:节点3.jpg|40px]] || [[6-磷酸葡糖]] （G6P）|| [[文件:g6p.png|140px]] ||[[文件:箭头3.jpg|40px]][[1-磷酸葡糖]]、 [[6-磷酸葡萄糖酸内酯]] || 33
|-
| [[文件:箭头4.jpg|40px]] || [[磷酸己糖异构酶]]（phosphohexose isomerase/PHI） ||[[文件:1IAT.png|140px|1IAT 来自:PDB]] ||参与反应的辅因子：Mg2+（有时可为Mn2+） 短期调控抑制剂：[[ATP]]、[[磷酸烯醇式丙酮酸]]、[[2-脱氧-6-磷酸葡糖]]、[[6-磷酸葡糖]] || ΔGΘ'=+1.67 ΔG=-2.51
|-
| [[文件:节点3.jpg|40px]] || [[6-磷酸果糖]] （F6P）|| [[文件:F6p.png|160px]] ||[[文件:箭头3.jpg|40px]][[6-磷酸葡糖胺]]、[[7-磷酸景天庚酮糖]] [[文件:箭头3.jpg|40px]][[3-磷酸甘油醛]]、[[6-磷酸己酮糖]]、[[果糖]] [[文件:箭头3.jpg|40px]][[2,6-二磷酸果糖]]、[[6-磷酸甘露糖]]|| 33
|-
| || ←ATP || || ||
|-
| [[文件:箭头1.jpg|40px]] || [[磷酸果糖激酶-1]]（phosphofructose kinase/PFK-1） || [[文件:5PZU.png|140px|5PZU 来自:PDB]]||参与反应的辅因子：Mg2+（有时可为Mn2+） 短期调控激活剂：[[cAMP]][[ADP]][[AMP]][[Pi]][[2,6-二磷酸果糖]] 短期调控抑制剂：[[ATP]]、[[柠檬酸]]、[[磷酸烯醇式丙酮酸]]
糖酵解反应里最关键的限速反应
| ΔGΘ'=-14.23 ΔG=-22.18
|-
| || →ADP || || ||
|-
| [[文件:节点3.jpg|40px]] || [[1,6-二磷酸果糖]] （FBP）|| [[文件:fbp.png|140px]] ||[[文件:箭头3.jpg|40px]][[1-磷酸果糖]] || 34
|-
| [[文件:箭头4.jpg|40px]] || [[醛缩酶]]（aldolase\ALDOA） 生成“1”、“2” ||[[文件:1ALD.png|140px|1ALD 来自:PDB]] ||参与反应的辅因子：Zn2+（真菌和细菌的催化中心） 短期调控抑制剂：[[ATP]]、[[pi]]（仅在肌肉中） || ΔGΘ'=+23.85 ΔG=-1.25
|-
| [[文件:节点4.jpg|40px]] || [[磷酸二羟丙酮]] （DHAP）|| [[文件:dhap.png|140px]] ||[[文件:箭头3.jpg|40px]][[3-磷酸甘油]]、[[1,7-二磷酸景天庚酮糖]] 、[[1-磷酸果糖]]|| 17
|-
| [[文件:箭头4.jpg|40px]] || [[磷酸丙糖异构酶]]（triose phosphate isomerase\TIM\TPI） ||[[文件:4UNL.png|140px|4UNL 来自:PDB]] || || ΔGΘ'=+7.53 ΔG=+2.51
|-
| [[文件:节点5.jpg|40px]] || [[3-磷酸甘油醛]] （GAP）|| [[文件:gap.png|140px]] ||[[文件:箭头3.jpg|40px]][[甘油醛]]、[[4-磷酸赤藓糖]]、[[5-磷酸木酮糖]]、[[5-磷酸核糖]] || 17
|-
| colspan="5" |注：[[文件:节点1.jpg|10px]]：总反应起始物[[文件:节点3.jpg|10px]]：总反应中间产物[[文件:节点2.jpg|10px]]：总反应最终产物[[文件:箭头1.jpg|10px]]：不可逆反应[[文件:箭头4.jpg|10px]] ：可逆反应[[文件:箭头3.jpg|30px]]:指向其他相关反应
|}<ref name="生物化学原理"/><ref name="生物化学（下册）">朱圣庚，徐长法.2016.生物化学（下册）.4版.北京：高等教育出版社</ref>
=== 产能阶段 ===
{| class="wikitable"
|-
! 步骤 !! 项目 !! 图示 !! 注文 !! 参数（ATP/能量变化）（个/kJ/mol）
|-
| [[文件:节点5.jpg|40px]] || [[3-磷酸甘油醛]] （GAP）|| [[文件:gap.png|140px]] ||[[文件:箭头3.jpg|40px]][[甘油醛]]、[[4-磷酸赤藓糖]]、[[5-磷酸木酮糖]]、[[5-磷酸核糖]] || 17
|-
| || ←Pi+NAD+ || || ||
|-
| [[文件:箭头4.jpg|40px]] || [[3-磷酸甘油醛脱氢酶]]（glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase\GAPDH） ||[[文件:1U8F.png|140px|1U8F 来自:PDB]] ||长期调控抑制剂： [[甲状腺激素]] || ΔGΘ'=+6.28 ΔG=-1.67
|-
| || →NADH+H+ || || ||
|-
| [[文件:节点3.jpg|40px]] || [[1,3-二磷酸甘油酸]] （1,3-BPG）|| [[文件:13bpg.png|140px]] ||[[文件:箭头3.jpg|40px]][[2,3-二磷酸甘油酸]] || 14.5
|-
| || ←ADP || || ||
|-
| [[文件:箭头4.jpg|40px]] || [[磷酸甘油酸激酶]]（phosphoglycerate kinase\PGK） ||[[文件:2WZB.png|140px|2WZB 来自:PDB]] || 参与反应的辅因子：Mg2+（有时可为Mn2+） || ΔGΘ'=-18.83 ΔG=+1.26
|-
| || →ATP|| || ||
|-
| [[文件:节点3.jpg|40px]] || [[3-磷酸甘油酸]] （3-PG）|| [[文件:3pg.png|140px]] ||[[文件:箭头3.jpg|40px]][[2,3-二磷酸甘油酸]]、[[3-磷酸羟基丙酮酸]]、[[甘油酸]] || 13.5
|-
| [[文件:箭头4.jpg|40px]] || [[磷酸甘油酸变位酶]]（phosphoglycerate mutase/PGAM） ||[[文件:4GPZ.png|140px|4GPZ 来自:PDB]] || 参与反应的辅因子：Mg2+ || ΔGΘ'=+4.60 ΔG=+0.84
|-
| [[文件:节点3.jpg|40px]] || [[2-磷酸甘油酸]] （2-PG）|| [[文件:2pg.png|140px]] ||[[文件:箭头3.jpg|40px]][[甘油酸]] || 13.5
|-
| [[文件:箭头4.jpg|40px]] || [[烯醇化酶]]（enolase/ENO） ||[[文件:3B97.png|140px|3B97 来自:PDB]] || 参与反应的辅因子：Mg2+（有时可为Mn2+或Zn2+） 短期调控抑制剂：氟化物|| ΔGΘ'=+1.67 ΔG=-3.35
|-
| || →H2O|| || ||
|-
| [[文件:节点3.jpg|40px]] || [[磷酸烯醇式丙酮酸]] （PEP）|| [[文件:pep.png|140px]] ||[[文件:箭头3.jpg|40px]][[α-酮戊二酸]] || 13.5
|-
| || ←ADP || || ||
|-
| [[文件:箭头1.jpg|40px]] || [[丙酮酸激酶]]（pyruvate kinase/PK） ||[[文件:6B6U.png|140px|6B6U 来自:PDB]] || 活化形式：去磷酸化 参与反应的辅因子：Mg2+和K+ 短期调控抑制剂：[[丙氨酸]]（cAMP激活PKA而抑制） 短期调控激活剂：[[胰岛素]]、[[1,6-二磷酸果糖]]、[[磷酸烯醇式丙酮酸]]|| ΔGΘ'=-31.38 ΔG=-16.74
|-
| || →ATP|| || ||
|-
| [[文件:节点2.jpg|40px]] || [[丙酮酸]] （Pyr）|| [[文件:pyr.png|140px]] ||[[文件:箭头3.jpg|40px]][[乙酰辅酶A]]、[[乳酸]]、[[乙酸]]、[[丙氨酸]]、[[苹果酸]]、[[α-酮戊二酸]]|| 12.5
|-
| colspan="5" |注：[[文件:节点1.jpg|10px]]：总反应起始物[[文件:节点3.jpg|10px]]：总反应中间产物[[文件:节点2.jpg|10px]]：总反应最终产物[[文件:箭头1.jpg|10px]]：不可逆反应[[文件:箭头4.jpg|10px]] ：可逆反应[[文件:箭头3.jpg|30px]]:指向其他相关反应
|}<ref name="生物化学原理"/><ref name="生物化学（下册）"/>
== 丙酮酸的去路 ==
=== 生成乳酸 ===
{| class="wikitable"
|-
! 步骤 !! 项目 !! 图示 !! 注文
|-
| [[文件:节点1.jpg|40px]] || [[丙酮酸]] （Pyr）|| [[文件:pyr.png|140px]]||[[文件:箭头3.jpg|40px]][[乙酰辅酶A]]、[[乳酸]]、[[乙酸]]、[[丙氨酸]]、[[苹果酸]]、[[α-酮戊二酸]]
|-
| || ←NADH+H+ || ||
|-
| [[文件:箭头4.jpg|40px]] || [[乳酸脱氢酶]]（lactate dehydrogenase/LDH） ||[[文件:5W8J.png|140px|5W8J 来自:PDB]] || 参与反应的辅因子：Zn2+抑制：PH降低
|-
| || →NAD+ || ||
|-
| [[文件:节点2.jpg|40px]] || [[乳酸]]|| [[文件:lactate123.png|140px]]||[[文件:箭头3.jpg|40px]][[乙酸]]
|}
=== 生成乙醇 ===

[[Category:生物化学]] [[Category:生物]]