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osm&bio - 用户贡献 [zh-cn]
2026-04-08T12:23:29Z
用户贡献
MediaWiki 1.45.1
https://osm.bio/index.php?title=Reikoko_biochem&diff=13605
Reikoko biochem
2026-03-05T14:50:02Z
<p>Reikoko：文献积累</p>
<hr />
<div>Reikoko biochem<br />
<br />
“Protein Misfolding Involving Entanglements Provides a Structural Explanation for the Origin of Stretched-Exponential Refolding Kinetics.” ''Science Advances'', vol. 11, no. 11, 14 Mar. 2025, eads7379. <nowiki>https://doi.org/10.1126/sciadv.ads7379</nowiki>. PMID: 40085700<br />
<br />
PGK 蛋白折叠偏离二态模型是因为形成了'''非共价套索缠绕'''，导致动力学陷阱，产生拉伸指数动力学行为<br />
<br />
Dynamic TOM-TIM23 supercomplex directs mitochondrial protein translocation and sorting. Nature Structural & Molecular Biology. <nowiki>https://doi.org/10.1038/s41594-025-01662-x</nowiki> (PMID: 40877479)<br />
<br />
TOM-TIM23 通路是线粒体蛋白转运的核心途径<br />
<br />
* 前体蛋白如何通过 TOM-TIM23 超级复合体完成跨双层膜的连续转运？<br />
<br />
* TIM23 复合体如何根据底物特性（疏水性）精确分选蛋白至基质或内膜？<br />
<br />
外膜转运（TOM）<br />
<br />
Tom40 为亲水内壁 β- 桶通道<br />
<br />
靠氢键 / 静电作用稳定带正电前导肽<br />
<br />
动态多构象适配不同底物<br />
<br />
内膜分选（TIM23）<br />
<br />
* 通道主体：'''Tim17–Mgr2 半开放沟槽'''<br />
* '''Mgr2 = 疏水传感器/核心'''<br />
* 中央 4 个高度保守疏水残基 = '''分子安检门'''<br />
<br />
* 按底物疏水性决定：'''送入基质 / 侧向插入内膜'''<br />
<br />
* '''Tim17'''：TIM23 通道骨架，负责底物推进<br />
* '''Mgr2'''：分选开关，感知底物疏水区段<br />
* '''Tim21'''：连接 TOM 与 TIM23<br />
<br />
* '''Tom40'''：外膜通道核心<br />
<br />
{| class="wikitable"<br />
!底物性质<br />
!Mgr2 状态<br />
!通道行为<br />
!最终定位<br />
|-<br />
|亲水、基质靶向蛋白<br />
|结合<br />
|通道全开，直穿<br />
|线粒体基质<br />
|-<br />
|含疏水跨膜区段的内膜蛋白<br />
|解离<br />
|侧向开放，侧插<br />
|线粒体内膜<br />
|}</div>
Reikoko
https://osm.bio/index.php?title=Reikoko_biochem&diff=13604
Reikoko biochem
2026-03-05T14:11:58Z
<p>Reikoko：文献积累</p>
<hr />
<div>Reikoko biochem<br />
<br />
“Protein Misfolding Involving Entanglements Provides a Structural Explanation for the Origin of Stretched-Exponential Refolding Kinetics.” ''Science Advances'', vol. 11, no. 11, 14 Mar. 2025, eads7379. <nowiki>https://doi.org/10.1126/sciadv.ads7379</nowiki>. PMID: 40085700<br />
<br />
PGK 蛋白折叠偏离二态模型是因为形成了'''非共价套索缠绕'''，导致动力学陷阱，产生拉伸指数动力学行为</div>
Reikoko
https://osm.bio/index.php?title=THOMAS_CALCULUS_by_Reikoko&diff=11862
THOMAS CALCULUS by Reikoko
2025-09-01T10:51:50Z
<p>Reikoko：</p>
<hr />
<div>托马斯微积分<br />
<br />
函数<br />
<br />
一些函数和他们的图像<br />
<br />
函数对于微积分的学习是基础的。在这个章节，我们回顾函数们是什么，他们如何以图像的形式可视化，他们如何被结合，变形，以及他们被分类的方法。<br />
<br />
1.1 一些函数和他们的图像<br />
<br />
函数们是用数学语言描述现实世界的工具。一个函数可以用一个等式代表，一个图像，或者一个文字的描述；我们会用一共四种表示形式在这本书中。这一个段落表述了这些想法。<br />
<br />
海拔决定沸点，圆的半径决定圆的面积，经过的时间决定了一个物体移动的距离。<br />
<br />
在这些例子中，这个可变化的量的值，称为y，决定y的另一个可以变化的量的值我们一般称为x。我们说："y是一个x的函数"，并代表性的写出如下：<br />
<br />
y=f(x)</div>
Reikoko
https://osm.bio/index.php?title=Reikoko_math&diff=11861
Reikoko math
2025-09-01T08:18:37Z
<p>Reikoko：链接页面</p>
<hr />
<div>Reikoko关于数学的内容<br />
<br />
[[THOMAS CALCULUS by Reikoko]]</div>
Reikoko
https://osm.bio/index.php?title=THOMAS_CALCULUS_by_Reikoko&diff=11860
THOMAS CALCULUS by Reikoko
2025-09-01T08:18:00Z
<p>Reikoko：THOMAS CALCULUS开坑</p>
<hr />
<div>托马斯微积分</div>
Reikoko
https://osm.bio/index.php?title=%E7%94%A8%E6%88%B7:Reikoko&diff=11850
用户:Reikoko
2025-08-31T00:19:19Z
<p>Reikoko：链接页面</p>
<hr />
<div>Reikoko<br />
<br />
[[Reikoko math]]<br />
<br />
[[Reikoko biochem]]</div>
Reikoko
https://osm.bio/index.php?title=Reikoko_biochem&diff=11849
Reikoko biochem
2025-08-31T00:18:43Z
<p>Reikoko：生物化学页面初始化</p>
<hr />
<div>Reikoko biochem</div>
Reikoko
https://osm.bio/index.php?title=%E7%94%A8%E6%88%B7:Reikoko&diff=11844
用户:Reikoko
2025-08-30T10:10:31Z
<p>Reikoko：用户页连接内容页面（math）</p>
<hr />
<div>Reikoko<br />
<br />
[[Reikoko math]]</div>
Reikoko
https://osm.bio/index.php?title=Reikoko_math&diff=11843
Reikoko math
2025-08-30T10:03:58Z
<p>Reikoko：数学内容页面初始化</p>
<hr />
<div>Reikoko关于数学的内容</div>
Reikoko
https://osm.bio/index.php?title=%E7%94%A8%E6%88%B7:Reikoko&diff=11830
用户:Reikoko
2025-08-30T05:16:16Z
<p>Reikoko：初始化用户页</p>
<hr />
<div>Reikoko</div>
Reikoko
https://osm.bio/index.php?title=%E6%8A%A5%E5%91%8A%E5%9F%BA%E5%9B%A0%E6%95%B4%E7%90%86&diff=10516
报告基因整理
2025-08-01T00:29:42Z
<p>Reikoko：/* spt 链霉素磷酸转移酶基因 */</p>
<hr />
<div>报告基因是用于筛选和指示转化的细胞、组织的有效标记，有时也可作为目的基因，应为显性基因，非转化者不能生存，对自身发育等无伤害，易得到，无抗性。<ref>本文来自：袁婺洲.基因工程.2版.北京：化学工业出版社</ref><br />
<br />
=植物报告基因=<br />
<br />
==''npt'' 新霉素磷酸转移酶基因==<br />
来自转座子Tn5，对卡那霉素、G418、巴龙霉素、新霉素有抗性，其中卡那霉素抗性基因（''kan''<sup>r</sup>）或新霉素抗性基因（''NPT II''）为第一个使用并现在常用的标记基因，<br />
<br />
==''aph IV'' 潮霉素磷酸转移酶基因==<br />
来自大肠杆菌，对潮霉素抗性，在禾谷类的选择效率比新霉素高，对人无食品安全问题（因为潮霉素只用于兽医临床）。<br />
<br />
==''spt'' 链霉素磷酸转移酶基因==<br />
来源于转座子Tn5，对链霉素有抗性，特别用于叶绿体转化，转化子能生长，而非转化子死亡。<ref>李立家.基因工程（第 2 版）[M]. 北京：科学出版社，2017. ISBN：978-7-03-052780-6</ref><br />
<br />
==''cat'' 氯霉素乙酰转移酶基因==<br />
其编码产物氯霉素乙酰转移酶（CAT）催化乙酰CoA转向氯霉素形成乙酰化产物，乙酰化了的氯霉素不再具有氯霉素的活性，失去干扰蛋白质合作的作用。cat基因转化的植物细胞能够产生对氯霉素的抗性，而非转基因植物不具有这种抗性。cat基因的表达能力不如NPT-Ⅱ强，故应用并不广泛。但是，由于植物细胞内非特异性活性本底很低，不易造成对基因产物分析的干扰，因此适合于对基因产物进行定性和定量分析。cat作为报道基因已在番茄、烟草等作物上得到应用。<br /><br />
<br />
==''aacc3''和''aacc4'' 庆大霉素-3-N-乙酰转移酶基因==<br />
对庆大霉素有抗性。<br />
<br />
==''ble'' 博来霉素抗性基因==<br />
来源于Tn5，对博来霉素有抗性。<br />
<br />
==''bar'' 膦化麦黄酮乙酰转移酶（PAT）基因==<br />
<br />
==''epsps'' 草甘膦抗性标记基因==<br />
<br />
==''als'' 绿黄隆抗性标记基因==<br />
<br />
==''GUS'' β-葡萄糖苷酶基因==<br />
<br />
==荧光素酶基因==<br />
荧光素酶一般催化萤光素 +ATP→ 萤光素化腺苷酸（luciferyl adenylate） +PPi<br />
<br />
萤光素化腺苷酸 +O2→ 氧萤光素 +AMP+ 光<br />
<br />
反应光产物具有最高的量子效率<br />
<br />
==GFP基因==<br />
绿色荧光蛋白基因<br />
<references />pEGFP-N1载体为真核细胞表达载体，具有这方面的优点。<br />
<br />
绿色荧光蛋白基因来源于Jellyfish Aequorea Victoria， 是Shimomura等于1962年发现的蛋白质，由238个氨基酸组成，分子量约为27Kd。GFP在包括热、极端PH和化学变性剂等苛刻条件下都很稳定，用甲醛固定后会持续发出荧光，但在还原环境下荧光会很快熄灭。<br />
<br />
与以往常用的报告基因相比，GFP具有以下优点：<br />
<br />
①在荧光显微镜下，用波长约490 nm的紫外线激发后，即可观察到绿色荧光，直接、简捷、便于检测；<br />
<br />
②无需任何的作用底物或共作用物,检测的灵敏度不受反应效率的影响，保证了极高的检出率；<br />
<br />
③蛋白本身性质稳定；<br />
<br />
④可在多种异源生物中表达且无细胞毒性；<br />
<br />
⑤其基因片段长度较小(约717 bp)，易于构建融合蛋白，且融合蛋白仍能保持荧光激发活性，为研究其他基因表达产物的分布提供了方便。<br />
<br />
pEGFP是一种优化的突变型GFP，使其产生的荧光较普通GFP强35倍，大大增强了其报告基因的敏感度。pEGFP与其他蛋白的融合表达已有很多成功的例子，而且其N及C端均可融合，并不影响其发光。<br />
<br />
pEGFP-N1载体上携带有EGFP蛋白表达基因，如上图质粒图谱所示。<br />
<br />
①从结构上看，该质粒具有很强的复制能力，可以满足随宿主细胞分裂时跟随胞质遗传给新生的子细胞，这是保证目的基因稳定表达的因素之一；<br />
<br />
②含有高效的功能强大的启动子SV40和PCMV，可以使目的基因在增殖的细胞中稳定表达；<br />
<br />
③具有多克隆位点，便于目的基因的插入；<br />
<br />
④该载体具有neo基因，可以采用G418来筛选已成功转染了该载体的靶细胞。<br />
<br />
这些特殊的结构可以实现目的基因在靶细胞内的稳定表达。</div>
Reikoko