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讨论:见闻录-Flora of Miracle

2024-08-14T12:48:54Z

Shadowinnorth：

==独蕊草科 Hydatellaceae==
小型水生开花植物。产于澳大利亚、印度。 
原始分类群，在起初被分配到Poales（禾本目），但后来的分子生物学证据将其分配到了Nymphaeales,即我们熟知的睡莲目。产生这种现象的原因就是众所周知的趋同演化。<ref name="f">[https://en.wikipedia.org/wiki/Hydatellaceae]Hydatellaceae,wikipedia</ref> 
'''''科学分类法'''''：Plantae;Tracheophytes;Angiosperms;Nymphaeales;Hydatellaceae(U.Hamann) 
'''''下属'''''：''Trithuria'' Hook.f. 
'''''形态：'''''植物是沉水植物和挺水植物，根植于水下的基质中。它们是微小的植物，只有几厘米高。大多数物种是短暂的水生植物，当水位下降时，它们在春季水池中开花，但也有一些物种是在浅湖中发现的水下多年生植物。单叶主要集中在短茎周围。个别物种是'''同性（具有几种雌雄同体条件）或雌雄异株'''，并且是'''风授粉（风媒）或自花授粉（自花授粉）'''。还已知两种主要'''无融合生殖'''的物种。花状生殖单位由'''微小的雄蕊和/或雌蕊状结构的小集合'''组成，每个结构'''可能代表非常缩小的单个花'''，'''因此生殖单位可能是假花'''。非肉质果实是蓇葖果或瘦果。<ref name="f"/>
[[文件:1.jpg|缩略图|独蕊草科]]
内部分类如下： 
2008年以前，植物学家曾将独蕊草科现存物种分为两属——排水草属（Hydatella）及独蕊草属（Trithuria），并以两个特征来区分两者：一、花单性或两性；二、果实有三瓣开裂或者无瓣不开裂。然而，研究者发现，两属花的类型与果实的形态实际上并无直接关连。另外，过去被视为两个不同属不同物种的澳洲西南特有种——Trithuria occidentalis及Hydatella dioica也被发现实为同一物种的雌株及雄株，因两性异形而被误认。植物学家因而将两属合并，成为单独的独蕊草属。<ref name="s">[https://zh.wikipedia.org/wiki/%E7%8B%AC%E8%95%8A%E8%8D%89%E7%A7%91]独蕊草科，维基百科</ref> 
其与睡莲目的关系为： 
[[文件:2.png|缩略图|睡莲目内部关系]]<ref name="s"/>
'''''奇闻：''''' 存在于1.24亿年前的史前化石类群——'''古果属'''（''Archaefructus''）依其形态而被视为现存独蕊草属的可能旁系群。<ref name="s"/> 
古果属是一种已灭绝的草本水生种子植物属，已知有三个物种。该属的化石材料源自中国东北部的义县组，最初的年代为'''侏罗纪晚期'''，但现在认为距今约 1.25 亿年，即'''白垩纪早期'''。即使修改了年龄，古果属仍被认为是已知最早的开花植物属之一。由于它的年龄、缺乏萼片和花瓣，以及'''它的生殖器官（心皮和雄蕊）是在细长的茎上产生的'''，而不是像现代被子植物那样凝结成花，古生果科被认为是一种新的基础被子植物家庭。然而，'''对同一化石的另一种解释是将细长的茎解释为花序而不是花'''，雄花在下面，雌花在上面。Archaefructus eoflora的发现支持了这种解释，因为两性花存在于雄蕊和雌蕊器官之间的区域。如果这种解释是正确的，那么古果属植物可能不是被子植物的基部，而'''可能接近睡莲目或基部真双子叶植物'''。<ref>[https://en.wikipedia.org/wiki/Archaefructus]''Archaefructus'',wikipedia</ref>
[[文件:3.png|缩略图|古果属]] 
== 凤凰木 ''Delonix regia'' (Bojer) Raf. ==
豆科苏木亚科凤凰木属植物。 
'''''形态学：''''' 高大落叶乔木，无刺。高达20余米，胸径可达1米；树皮粗糙，灰褐色；树冠扁圆形，分枝多而开展；小枝常被短柔毛并有明显的皮孔。叶为二回偶数羽状复叶。 
'''''花结构：''''' 花托盘状或短陀螺状。萼片5，里面红色，边缘绿黄色。花瓣5，匙形，红色，具黄及白色花斑，开花后向花萼反卷，瓣柄细长。雄蕊10枚，红色，长短不等，向上弯，花丝粗，下半部被绵毛，花药红色。子房黄色，被柔毛，无柄或具短柄。 
（貌似有版权，我不放了）<ref>[https://www.iplant.cn/info/%E5%87%A4%E5%87%B0%E6%9C%A8?t=z]中国植物植物智--凤凰木</ref>

文件:凤凰木.jpg

2024-08-14T12:46:52Z

Shadowinnorth：

凤凰木

丢失的五脏六腑

2024-07-16T10:15:56Z

Shadowinnorth：

== 胆 ==

* 鸟类的肝脏分左右两叶，其中左叶没有胆，右叶有胆。鸽子没有胆囊.
* 在啮齿目中，胆囊反复丢失。如小鼠有胆，大鼠无胆。
* 与啮齿目相近的灵长目，兔形目，都有胆。
* 七鳃鳗幼体有胆，成体无胆；盲鳗有两个胆。
* 软骨鱼通常无胆，硬骨鱼通常有胆。
* 牛有胆，鹿科，骆驼羊驼，鲸，马科，象等无胆。

== 脾脏 ==

* 圆口类，肺鱼无脾脏。
* 海马也无脾脏，是一个单基因突变导致的。这可能与雄性育幼和免疫抑制有关。<ref>https://doi.org/10.1038/s41467-022-35338-7</ref>

== 肺 ==

* 蛇的左肺退化。
* 蚓螈的左肺退化。
* 蚓蜥的右肺退化。
* 不知道蛇蜥的肺怎么样。

== 卵巢 ==

* 七鳃鳗，个别硬骨鱼的两侧卵巢愈合为一个，不是退化成一个。
* 鸟类，单孔类，胎生鳐，盲鳗等等都保留左侧卵巢。[隼类往往有两侧卵巢]
* 星鲨和偏文昌鱼保留右侧卵巢。

== 泄殖腔 ==

* 圆口类无泄殖腔。
* 板鳃类有泄殖腔。
* 全头类无泄殖腔。
* 软骨硬鳞鱼，全骨鱼，真骨鱼无泄殖腔。
* 单孔类有泄殖腔，有袋类没有真正的泄殖腔。胎盘类无泄殖腔。[例外：非洲猬目的金毛鼹和马岛猬，一些鼩鼱<ref>[[/en.wikipedia.org/wiki/Cloaca|Cloaca - Wikipedia]]</ref>]

用户:Imagine

2024-06-19T12:45:15Z

Shadowinnorth：（别问为什么这个号能动用户页，问就是小号）

'''剑指国集！'''
 祝您成功QwQ---[[用户:毛蕊花糖|毛蕊花糖]]（[[用户讨论:毛蕊花糖|讨论]]） 2023年7月20日 (四) 21:07 (CST)

摸鱼摸鱼（~0w0~）

提出你的问题

2024-06-19T12:30:17Z

Shadowinnorth：

应该有不少生物竞赛的学生在访问这个网站。为此创建这样一个页面。

提问者：注册一个账号即可编辑，请在“未解答”栏目写下你学竞赛的问题，请注明身份。

回答者：大佬们可以访问这个页面来查看有没有新的问题。如果您可以解答，请在问题下方编辑（没有编辑按钮就去登录）好回答，并将该词条转移到“已解答”栏目。

或者也可以在这里提出您需要的整理。

=== 未解答 ===

来自杨荣武《分子生物学》:DNAP4被用作修复，且在正常生长时被诱导合成，那么为何它“易错”？

来自丁明孝.等《细胞生物学》5th：为何此书上写CFTR突变体是"gain of function"?
=== 已解答 ===

''动物学：''

1.关于弓鳍鱼的鳞片：《普通动物学》“圆形硬鳞”；杨安峰《脊椎动物学》前后分别提到是圆鳞和硬鳞。应是哪个？

（这个网站竟然SSL证书过期了，导致只能用Markdown编辑，气）题主竟然还有上古书籍杨安峰脊椎动物，正好我也有，那就回答一下吧。应该是'''硬鳞'''。首先可以去搜维基百科，因为不太会用Markdown就不放链接了，直接搜弓鳍鱼的词条即可，是硬鳞。题主所说的圆鳞大概来自于杨安峰P84吧，上面说的多鳍鱼目是圆鳞或硬鳞，但是在弓鳍鱼目明确指出了是硬鳞。普通动物学圆形硬鳞本质也是硬鳞。
话说什么时候这个网站才能恢复https访问，现在编辑起来好麻烦。

''生物化学：''

1.from徐长法《生物化学》下册p90，真的有无脊椎动物体内存在乙醛酸循环吗？

解答：有。乙醛酸循环是植物和某些微生物（大肠杆菌、醋酸杆菌等）及一些无脊椎动物细胞内脂肪酸氧化分解为乙酰CoA之后，在乙醛酸循环体(glyoxysome)内生成琥珀酸、乙醛酸和苹果酸的过程。参见[https://baike.baidu.com/item/%E4%B9%99%E9%86%9B%E9%85%B8%E5%BE%AA%E7%8E%AF/619160 百度百科]（百度百科内容不一定正确，请辩证对待）
除了具有双功能融合 ICL-MS 基因的线虫，其他后生动物无。[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1630690 后生动物乙醛酸循环酶的进化]

2.求一个关于金属酶/金属蛋白的整理。比如质膜ATP酶以Na为辅酶，精氨酸酶以Mn作为辅酶等等

解答：先写了一点点。可以参考[https://zh.wikipedia.org/zh-hans/金属蛋白金属蛋白 ]
''细胞生物学：''

''分子生物学：''

1.想求证一下，“DNA复制执照因子假说”中“执照”因子主要成分是Mcm蛋白，这是否是那种DNA解旋酶？毕竟好像在信号通路那里曾出现过一个不是后期促进复合物的APC。

解答：单说Mcm应该是同一个家族。真核生物DNA复制所用到的Mcm2-10同时负责调控复制启动，Mcm不结合DNA也不会开始复制。关于Mcm是否是执照因子的讨论见下：

一个异议：杨荣武《生物化学原理》3rd中，执照因子应是Cdt10和Cdc6，这两者在之后的复制过程被回收或降解。在丁明孝.等《细胞生物学》5th中，细胞周期一章的图中，有对Cdt10和Cdc6的标注，并且和杨荣武书上的过程一致，因此，如果杨荣武改题，这个知识点可能会出现极大争议。

↑杨荣武分子生物学第二版说执照因子是Cdt1和Cdc6，至于是否包括Mcm，杨sir没有正面回答这个问题，仅说明这两种蛋白会首先结合Mcm。不过按照pre-RC的定义，应该不包括Mcm。联赛假如出了建议按杨sir来，因为他可以改题。

''细胞生物学：''

1.
from徐长法《生物化学》下册p153，“不同蛋白O-糖基化的起始起点并不一致，有的在内质网，有的在内质网-高尔基体中间结构，也有的在内侧高尔基体”，这句话准确吗？也就是说不是像翟中和《细胞生物学》那样只在高尔基体进行吗？

解答：这似乎是一个"有争议"的问题。观点一：①如题，但徐长法我没有看过不做评价（我看的是杨sir和王镜岩QwQ，大佬有看过的可以验证一下）。②有[https://zhuanlan.zhihu.com/p/213786542 这篇知乎文章]描述O-linked为大多发生在内质网，黏蛋白发生在高尔基体（这篇文章给出了参考文献，可以自行验证）。观点二：①翟中和描述的是N-linked在内质网和高尔基体发生，O-linked在高尔基体发生（但是他没有给出肯定的判断）。②杨sir分子生物学第二版P393说O-linked只发生在高尔基体，一个很直接的结论。个人认为应该只在高尔基体，因为相关的糖基转移酶分布在高尔基体上。（而且杨sir能改题，直接信杨sir啊）至于其它观点不知从何而来。至少我目前做过的题都是按照高尔基体来的。

补充一下答主的回答：其实O-linked在胞质也可进行（非典型O-linked，由N-GlcNAc连接至Ser上而成，这在丁明孝.等《细胞生物学》5th中有进行描述），而且不典型的/非翟中和的O-linked有很多形式，按糖的种类分可以包括O-GalNAc、O-GlcNAc、O-Gal、O-Man、O-Fuc、O-Glc，后三种在维基百科中提到了，而且这三种是在内质网进行的（O-Man是在内质网起始，在高尔基体完成），因此，说在内质网应该是OK的。

另外，朱斌还在他的书里写过Tyr的“O-linked”，杨荣武也曾在讲课的时候提到蛋白聚糖的“O-linked”，总之说法很多，有很多可拓展之处。（我把维基百科扒下来了，PDF自取：[[:文件:O-linked glycosylation.pdf|O-linked glycosylation---Wikipedia]]）

2.《细胞生物学》：P62提到ABC超家族用于转运分子，而P66又说CFTR属于ABC超家族，是否矛盾？

解答：应该是翟中和的问题，他想说的小分子是小物质的意思，不是分子的意思。离子也可以。ABC超家族是很大一类蛋白，基本上什么类型的物质都能转运。

''生理学：''

1.朱大年《生理学》第九版P295表格中提到本体感觉属于Aα型神经纤维，但是P325却提到肌梭的传入神经包括Ia和II类纤维，其中花枝末梢是II类纤维的末梢且负责本体感觉。已知II类纤维属于Aβ类纤维，前后是否矛盾？John G. Nicholls等《神经生物学》第五版也有肌梭Ia型和II型纤维分别是“动态”和“静态”的传入纤维，是否可类比“肌梭长度感觉”和“本体感觉”？那朱P295表格是否表述不妥？

解答：ABC和 I II III IV是分别两个分类系统，其中ABC多用于传出纤维的分类，I II III IV 多用于传入纤维的分类（不绝对，多用于而已）这个地方就是Aα为支配梭外肌传出纤维、初级肌梭传入纤维（本体感觉）。题主所表述的II类纤维属于Aβ的表述是不妥的，因为根本不是一个分类系统。Aβ多为皮肤触压觉传入纤维。分类标准的话ABC主要按照传导速度，I II III IV主要按照纤维直径。关于分类[https://zhuanlan.zhihu.com/p/68321428 可见这里]，当然这些内容朱大年也写过。

追问《生理学》关于肌梭的传入纤维：抽象的是朱大年的表格上把两种分类系统对比了一下说Aα对应Ia和Ib，Aβ对应II……

解答：在肌紧张里面α运动神经纤维不就是Aα吗。首先注意朱大年是这么写的“I II III IV类纤维分别相当于Aα Aβ Aδ C类'''后根纤维'''，但又'''不完全等同'''”，所以先不要把两种分类混一起。Aα负责肌肉本体感觉应该是没有争议的。II类纤维朱大年只表述了“可能有关”。其实Ia类神经纤维也负责肌肉本体感觉。

''植物生理学''

1. 为什么植物细胞将质子泵出去，再让钾离子进来这一过程对细胞水势下降有贡献？理论上来说不是相同数量的钾离子进来后就进不来了吗？

追问《植物生理学》水势：我的意思是，假如泵出去10个质子，不是只会进来10个钾离子就结束了吗？和氯离子没有关系吧？

解答：在气孔打开时，H+-atp酶会将质子泵出去，氯离子会伴随着钾离子的大量吸收而吸收，于是会导致细胞水势下降。（可见王小菁第八版P25）

↑补充答主回答：质子对水势贡献不大，更多的是通过电荷把钾离子带进来。钾离子和蔗糖是对细胞水势有更大贡献的（见Taiz 5th）。因此相同电荷的质子出去，电荷的钾离子进来，电荷守恒的同时降低了细胞内的水势。答主所说的氯离子我暂时没有找到出处，暂留异议。

另：据苗健老师：玉米黄素并不是介导气孔开放的蓝光受体，应该是向光素介导的磷酸化途径。Taiz 7th已经删除了关于玉米黄素对气孔影响的文字，改成了向光素。但是因为国内教材都是抄的5th与6th所以都写的有玉米黄素。算是对水势的一个补充吧。这里有Taiz 7th的电子书（英文原版，'''856MB'''较大，建议开启浏览器自带多线程下载（不会自行百度）或使用IDM进行下载）：[https://cpucd.cpuikuns.top/s/GOia 分享-Plants Physi...]

追问植物生理学那个问题：“在标准压力下，溶液的渗透势等于溶液的水势，因为溶液的压力势为0MPa。溶液的的渗透势决定于溶液中溶质颗粒（分子或离子）总数。”
钾离子贡献更大，是因为质子可能与有机酸等结合，相对来说颗粒总数更少吗？

↑（个人见解，如有错误请佬指出）质子在此处的作用可以分为两部分：1）通过膜内外电位的改变使得钾离子通道开放，钾离子内流；2）质子-氯离子同向转运（见Taiz 5th，顺便解决了上一个补充回答的异议）。若是单纯质子的产生而不泵出显然无法做到这两点。所以，钾离子、质子、氯离子三者便均参与了水势的降低。另外，根据戈德曼方程可知虽然钾离子的浓度是胞内大于胞外，但电势是胞外大于胞内的。

构建系统发生树常用方法

2024-06-19T12:22:32Z

Shadowinnorth：如果按维基百科走，树的计算公式应该是没错的，缺点在于N不能取全部正整数说的不清楚（不过用错的概率不大），补了。

== 基于字符的建树方法 ==
=== 最大简约法 ===
[[文件:最大简约法示意图.png|缩略图|最大简约法示意图]]
[[最大简约法]]（maximum parsimony method，MP）：系统发生分析中最简单的方法之一（要考手建树也只能考这个）。简约性原理认为，最简单的解释，即需要最少的没有依据的假设条件的解释，应该优于需要更多缺乏证据的假设条件的复杂假说。最大简约法依据的原则是，在针对一组分类群所能想象出来的所有系统发生树中，'''最接近真实系统发生的树就是所要求的进化改变数最多少的那棵系统发生树。'''注意图中仅含有一个非同源相似变化的树的状态改变数目，比带有多个非同源相似变化的树的状态改变数目少得多。'''因此，按照简约原则，拥有最少进化改变的树在特征状态上也拥有最少的非同源相似改变，即在没有其他独立证据的情况下，它要求我们只能假定最少的“额外”进化改变。'''
=== 最大似然法 ===
[[最大似然法]]（maximum likelihood method，ML）：基于不同性状进化物种的分化后的进化是独立的之假说，以特定模型分析数据使每个拓扑结构的似然值最大。在经过一个漫长的进化阶段后，会出现许多长分支，显然一个进化谱系中的任何DNA位点都可能发生了多重核苷酸替换（多击，multiple hit），用最大简约法会被引入歧途得到错误的进化树，而最大似然法可以计算出多击出现在哪里，更好的估算出分支的长度。与最大简约法不同之处在于其采用标准的概率模型分析序列中的各种变异。因而对于比对结果中每一位置序列的改变都要加以考虑，这种方法要穷尽所有可能的树，因而运算极大。主要适用于序列数目较少的情况。
=== 贝叶斯推断 ===
[[贝叶斯推断]]（Bayesian method）：利用'''前概率与似然值'''得出后概率视为树成立的可能性，其与最大似然法的差异在于，在给定的模型和数据下，它把观察到一个特定树的概率最大化。
<ref name="由干锅鸡助教和恺凌编写，由时子延审核校对,毛蕊花糖整理">由干锅鸡助教和恺凌编写，由时子延审核校对,毛蕊花糖整理</ref>
== 基于距离的建树方法 ==
=== UPGMA法 ===
[[UPGMA法]]（Unweighted Pair-Group Method with Arithmetic means，非加权组平均法）：将差异最小的点为节点依次合并。
=== 最小二乘法 ===
[[最小二乘法]]（least square method，LS）：使两序列差异的实际值与理论值之差的平方最小化。
=== 邻接法 ===
[[邻接法]]（Neighbour-joining method，NJ）：以星状树起始，计算各分支长度，并逐个合并使其总长度最小化。其与Fitch-Margoliash法的差别之处在于比较哪两个分类单元组队后树的枝长总和最小。
=== Fitch-Margoliash 法 ===
[[Fitch-Margoliash法]]（FM）:找出关系最近的组，并用剩余的组与已配对组之间进行比较，算出已配对组之间的距离，之后用此配对组作为一个整体对其他组生成新的距离矩阵，重复上述步骤，最后找出最合适的树。
<ref name="由干锅鸡助教和恺凌编写，由时子延审核校对,毛蕊花糖整理"/>
== 建树步骤 ==
# 选择合适的分子序列，DNA比蛋白质更加精准
# 多序列比对，注意特殊的保守位点
# 选择适合的建树方法
# 系统发育树的评估
* 抽样重复检验：主要有自展检验、折刀法
* 内枝检验
<ref name="生物信息学">陈铭.2018.生物信息学.3版.北京：科学出版社</ref>
== 建树软件 ==
=== PHYLIP ===
PHYLIP（the phylogeny inference package），由美国华盛顿大学（University of Washington）开发，包括分子序列、距离矩阵、基因频率、离散字符、进化树绘制等程序组。可选择简约法（DNAPARS）、似然法（DNAML、DNAMLK）、距离法（DNADIST）建树,文件保存为outfile（记录文件）和outtree（树文件）。[http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html Index]
=== PAUP* ===
PAUP*[Phylogenetic Analysis Using Parsimony (and Other Methods)]最初为PAUP，David Swofford教授制作的，可输入多种文件，进行多种方式的建树。[http://paup.phylosolutions.com/ Index]另有一可视化版本AWTY。
=== MEGA ===
MEGA（molecular evolutionary genetics analysis）由美国亚利桑那州立大学Kumar教授编写，提供了多种方法。有几个主要模块（4.0版）：通过网络进行数据搜索、遗传距离的估计、多序列比对、系统发育树的构建、进化假说检验等。新版本为X版。[https://www.megasoftware.net/ Index]
=== TREE-PUZZLE ===
TREE-PUZZLE是利用最大似然法进行建树，还包括统计测试。[http://www.tree-puzzle.de/ Index]
=== MrBayes ===
MrBayes是采用贝叶斯法进行建树，还可推导进化速率。[http://nbisweden.github.io/MrBayes/ Index]
=== PhyML ===
PhyML（PHYlogenetic inference using maximum likelihood），PhyML采用爬山算法，比传统的最大似然法相比更加快捷，由Guindon推出，在ATGC bioinformatics platform上[http://www.atgc-montpellier.fr/phyml/ Index]
<ref name="生物信息学"/>
=== RAxML ===
RAxML (Random Axelerated Maximum Likelikhood) 能使用多线程或并行化使用最大似然法构建进化树。[https://cme.h-its.org/exelixis/software.html Index]（PS：此网站上还含有多个软件等）
=== PAML ===
PAML（Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood）,PAML是一款利用最大似然法对DNA或蛋白质序列进行系统发育分析的软件包，该软件包由著名华裔科学家、英国皇家科学学院士、伦敦大学统计遗传学教授杨子恒开发并免费提供给学术研究使用。 [http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html Index]
=== IQ-tree ===
IQ-TREE主要由来自奥地利维也纳大学（Universität Wien）的越南学者Bùi Quang Minh等人开发。支持大数据，速度快等[http://www.iqtree.org/ Index]<ref>[https://www.jianshu.com/p/3414e662726b 新一代建树工具IQ-Tree介绍-简书]</ref>
=== PhyloSuite ===
由中国科学院水生生物研究所领衔开发，PhyloSuite门槛低，并配有相关资料、教程，可使初学者快速入门系统发育分析。更重要的是PhyloSuite针对基于基因组、转录组以及细胞器基因组（线粒体基因组、叶绿体基因组等）等的多基因联合分析，进行了一系列优化设计：①灵活的序列提取功能，可以快速从海量数据中挖掘到需要的信息；②新增多基因串联功能，可与下游分析完美结合。主要由博士研究生张东等人完成。[https://dongzhang0725.github.io/ download on github]<ref>[http://www.cas.cn/syky/201911/t20191125_4724955.shtml 水生所研发出系统发育分析新平台PhyloSuite]</ref>
=== BEAST ===
BEAST是用于使用MCMC（马尔科夫链蒙特卡洛方法，Markov Chain Monte Carlo）对分子序列进行贝叶斯分析的跨平台程序，为一个开源项目。[http://beast.community/ Index]
=== BEAST2 ===
BEAST2是用于使用MCMC（马尔科夫链蒙特卡洛方法，Markov Chain Monte Carlo）对分子序列进行贝叶斯分析的跨平台程序，是奥克兰大学领导的独立项目。[http://www.beast2.org/ Index]
<ref>[https://www.yuque.com/wusheng/gw7a9p/kmcp00 四种建树方法比较]</ref>
==注意 ==
* 需要注意的是，一般来说，基于字符的建树法准确度高于基于距离的建树法，但基于距离的建树法比基于字符的建树法更快。
* 个数：对于N个分类群来说，共有Y=1×3×5×...×(2N-5)=(2N-5)!/[2N-3×(N-3)!]个无根树,有X=1×3×…×(2N-3)=(2N-3)!/[2N-2×(N-2)!]个有根树。其中，有根树的N≥2，无根树N≥3（把N叫成叶节点也是一样的）。
* 系统树：利用结点和分支方式来表示特定类群之间演化（谱系）关系的树形图。
* 理论基础：达尔文的共同祖先学说
* 建树目的：构建生物体之间的谱系关系；估计生命体谱系分化的时间。
* 节点：
# 内部节点：表示灭绝的祖先
# 外部节点：表示操作分类单元（operational taxonomic units，OTU）可以表示物种、比物种更高的分类阶、也可以是一个物种的不同种群、不同个体、还可以是一个基因位点的不同等位基因。
* 拓扑结构：二岔/多歧单系群
<ref name="由干锅鸡助教和恺凌编写，由时子延审核校对,毛蕊花糖整理"/>

[[Category:生物进化]] [[Category:生物信息学]] [[Category:总结]] [[Category:生物]]

用户:Shadowinnorth

2024-06-19T12:10:43Z

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