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'''超基因（supergenes）'''，是指一系列相邻的等位基因，他们之间的重组受到抑制，因此这些基因紧密连锁，以一个共同体的形式遗传，并且在表型上相互关联。

超基因往往控制一些复杂的表型，如生殖策略。比如(著名的)流苏鹬，其卫星雄性和Faeder雄性就具有一个包含125个基因的超基因，相互之间的重组被倒位所抑制。这125个基因中包含多个基因共同导致了其“卫星”或“伪娘”的性状。

其他的例子包括''Papilio polytes'' 蝴蝶雌性对有毒物种 ''Pachliopta aristolochiae'' 进行贝茨拟态，以逃避捕食；植物的长短柱头和雄蕊抑制了自花授粉；等等，这些性状同样由超基因控制。

有趣的是，我们可以将性染色体视作一个超长的超基因。