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真菌孢子是真菌的主要繁殖器官，分为有性孢子和无性孢子两类。

有性孢子通过细胞融合形成，无性孢子由菌丝分裂产生。

孢子可在适宜环境中萌发为菌丝体，恶劣条件下则进入休眠状态长期存活。
{| class="wikitable"
|+
! colspan="2" |孢子类型
!染色体倍性
!外或内生
!其他特点
!来源
!去向
!代表菌种
|-
| rowspan="7" |无性孢子
|游动孢子
|n
|内生
|有鞭毛，能游动。其实是有鞭毛能游动的孢囊孢子
|在由菌丝膨大而成的游动孢子囊内产生
| rowspan="4" |萌发成菌丝体
|鞭毛菌亚门（壶菌、水霉、卵菌）
|-
|孢囊孢子
|n
|内生
|水生型有鞭毛
|形成于菌丝的特化结构——孢子囊内
|接合菌亚门（根霉、毛霉）
|-
|分生孢子
|n
|外生
|少数为多细胞
|由分生孢子梗顶端细胞特化而成的单个或簇生的孢子
|子囊菌亚门中多细胞种类（青霉）、半知菌亚门（曲霉）
|-
|节孢子（粉孢子）
|n
|外生
|各孢子同时形成
|菌丝上生出横隔断裂形成的
|白地霉（半知菌亚门）
|-
|厚垣孢子（厚壁孢子）
|n
|外生
|在菌丝顶或中间形成
|部分菌丝细胞变圆，原生质浓缩，周围生出厚壁形成的
|休眠结构，环境好转时萌发成菌丝体
|总状毛霉（接合菌亚门）
|-
|芽孢子
|n
|外生
|在酵母细胞上出芽形成
|在酵母细胞上出芽形成，即酵母出芽形成的芽体
|长成新的酵母菌
|假丝酵母（子囊菌亚门）
|-
|掷孢子
|n
|外生
|成熟时从母细胞射出
|少数酵母菌在卵圆形营养细胞上长成小梗，其上产生肾形的掷孢子
|成熟后通过特有的喷射机制将孢子射出。长成新的酵母菌
|掷孢酵母（子囊菌亚门）
|-
| rowspan="4" |有性孢子
|卵孢子
|2n
|内生
|厚壁，休眠
|两个大小不同的配子囊结合后发育而成的。，小配子囊称为雄器。，大配子囊称为藏卵器
|萌发成菌丝体
|鞭毛菌亚门（同丝水霉（卵菌）、德氏腐霉）
|-
|接合孢子
|2n
|内生
|厚壁，休眠，大，深色
|两个配子囊接合后发育而成
|接合孢子经过一定的休眠期，在适宜的环境条件下，萌发成新的菌丝
|接合菌亚门（根霉、毛霉）
|-
|子囊孢子
|n
|内生
|长在各种子囊内
|在子囊菌子囊内形成，子囊内进行核融合和减数分裂，一般一个子囊内产生8个孢子
|萌发成菌丝体
|子囊菌亚门（脉孢霉、红曲）
|-
|担孢子
|n
|外生
|长在特有的担子上
|在担子中形成。担子经核配、减数分裂形成的单倍体细胞
|成熟的担孢子由小梗弹射散出，萌发后形成初级菌丝
|担子菌亚门（蘑菇、木耳、香菇、银耳）
|}
<ref>也有分类认为孢囊孢子分为两类，游动孢子和静孢子，其中游动对应上表中的游动孢子，静孢子对应上表中的孢囊孢子

沈萍，陈向东.微生物学.8版.北京.高等教育出版社</ref>