查看“︁第八章连锁选择”︁的源代码

=== 选择性扫除/搭便车 ===
对有利突变的正选择会降低多样性。这被描述为：

1.搭便车效应，即和该有利突变连锁的中性突变搭便车而变得频率很高。
[[文件:MPG 8-1.png|缩略图|选择性扫除的三个阶段：A有利突变刚刚产生，B有利突变已经占据主导，C有利突变已经固定。]]
2.选择性扫除，即与之连锁的多态性位点完全被“扫除”。

对于一个选择系数为S的有利突变在有效种群大小为Ne的二倍体种群中的固定速率为：2ln(2Ne)/S个世代。
[[文件:MPG 8-2.png|缩略图|S,C,T三个参数对选择性扫除的影响。1和2具有相同的选择优势，但2在更古老时发生；1和3在同一时间发生，但1的选择优势更大。]]
影响选择性扫除的程度有三个因素：选择强度S，重组率C，自从有利突变产生依赖的时间T。

选择的强度越大，新生有利等位基因的固定就越快，在完全固定前通过重组来逃避扫除就越难；

重组率越高，在完全固定前通过重组逃避扫除就越简单。

* 因此，S/C的比值决定了选择扫除的谷的宽度。

在有利基因固定以后，多样性会再次通过突变产生，多样性会随着时间逐渐恢复到平均水平。

* 因此，T的大小决定了谷的深度。

硬扫描：有利等位基因来自同一个拷贝。软扫描：有利等位基因来自多个拷贝，比如同一个基因多次起源，或时在这个基因变得有利前，这个基因已经广泛存在。显然，软扫描的强度低于硬扫描，更难被检测到。

=== 平衡选择 ===
平衡选择会使得一段区域的多样性显著高于周围。

=== 背景选择 ===
描述的是不利等位基因造成的多样性低。

重要结论：连锁选择对两个种群的分歧程度没有影响。

'''Hill-Robertson effect'''：指当具有连锁时，有利等位基因固定的概率降低，不利等位基因固定概率升高。

== HKA 检验 ==
HKA检验的目的：检测一个异常低多样性的位点是由于此处突变率低还是发生了选择性扫除？一个异常高多样性的位点是由于此处突变率高还是发生了平衡选择？

关键点：连锁的中性位点的分歧程度不会受连锁选择的影响（见上），因此分歧程度可以不受影响地反映突变率。

HKA检验需要两个或多个基因座，每个基因座上测量一个物种内的多样性程度S，和此物种与近缘物种的分歧程度d。

只要检验某位点的多态性和分歧程度是否成正比就可以知道某位点是否受选择的影响，还是一个中性位点。
[[文件:HKA检验.png|左|无框]]



为什么不能用2×2列联表检验（就像在MK检验中、许多题目中那个有关果蝇的实验那样）两个位点呢？

{{:Molecular Population Genetics}}

{{学科分类}}

[[Category:遗传学]]

{{学科分类}}

[[Category:分子生物学]]