染色质开放性检测技术 - 版本历史

2024年8月5日 (一) 13:08 Imagine

2024-08-05T13:08:44Z

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	FAIRE-Seq的固有优势为直接检测到开放DNA片段而无需和前面两者一样进行反推，但是分辨率低和样本量大这两个问题限制了其进一步发展应用。		FAIRE-Seq的固有优势为直接检测到开放DNA片段而无需和前面两者一样进行反推，但是分辨率低和样本量大这两个问题限制了其进一步发展应用。
	=== ATAC-Seq ===		=== ATAC-Seq ===
	'''原理：'''通过使用高度活跃的突变体Tn5转座酶探测开放染色质，该突变体Tn5转座酶将测序接头插入基因组的开放区域。虽然天然存在的转座酶活性较低，但ATAC-seq使用突变的高活性转座酶。在一个称为“标签化”的过程中，Tn5转座酶使用测序接头切割并标记双链 DNA，然后对标记的DNA片段进行纯化、PCR扩增，并使用下一代测序进行测序。<br>		'''原理：'''通过使用高度活跃的突变体Tn5转座酶探测开放染色质，该突变体Tn5转座酶将测序接头插入基因组的开放区域。虽然天然存在的转座酶活性较低，但ATAC-seq使用突变的高活性转座酶。在一个称为“标签化”的过程中，Tn5转座酶使用测序接头切割并标记双链 DNA，然后对标记的DNA片段进行纯化、PCR扩增，并使用下一代测序进行测序。<ref name="le">[https://en.wikipedia.org/wiki/ATAC-seq]ATAC-Seq--Wikipedia,the free encyclopedia</ref><br>
	'''特点：'''①快速高效：不需要像FAIRE-seq那样进行超声处理或苯酚-氯仿提取，没有像MNase-seq或DNase-seq这样敏感的酶消化，整个工作可在三小时内完成；<br>		'''特点：'''①快速高效：不需要像FAIRE-seq那样进行超声处理或苯酚-氯仿提取，没有像MNase-seq或DNase-seq这样敏感的酶消化，整个工作可在三小时内完成；<br>
	②分辨率高：相比于其他三种方法，其操作位点更为精细，因此分辨率可以达到单核苷酸水平；		②分辨率高：相比于其他三种方法，其操作位点更为精细，因此分辨率可以达到单核苷酸水平；<br>
	~~abcdefg~~		③样本量少：ATAC是完全适用于单细胞操作的，其制备体系所需材料和操作简便，因此可以搭载细胞分型设备同步工作，比如和流式细胞仪连用，识别特定细胞条形码，进而拓展到对异质性癌细胞全基因组景观分析等等更为复杂的应用上。<ref name="le"/>
			ATAC的出现可以说是极大地促进了表观遗传学工作和细胞学工作的进展，也同时对前三种技术造成了不小的冲击。不过，作为消费者，这种东西，爽就完了！
			== 后记 ==
			（编了一晚上真的很累~）（祝各位和我自己国赛大捷，统统国集 :)）

2024年8月5日 (一) 12:59 Imagine

2024-08-05T12:59:48Z

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	=== ATAC-Seq ===		=== ATAC-Seq ===
	'''原理：'''通过使用高度活跃的突变体Tn5转座酶探测开放染色质，该突变体Tn5转座酶将测序接头插入基因组的开放区域。虽然天然存在的转座酶活性较低，但ATAC-seq使用突变的高活性转座酶。在一个称为“标签化”的过程中，Tn5转座酶使用测序接头切割并标记双链 DNA，然后对标记的DNA片段进行纯化、PCR扩增，并使用下一代测序进行测序。<br>		'''原理：'''通过使用高度活跃的突变体Tn5转座酶探测开放染色质，该突变体Tn5转座酶将测序接头插入基因组的开放区域。虽然天然存在的转座酶活性较低，但ATAC-seq使用突变的高活性转座酶。在一个称为“标签化”的过程中，Tn5转座酶使用测序接头切割并标记双链 DNA，然后对标记的DNA片段进行纯化、PCR扩增，并使用下一代测序进行测序。<br>
	'''特点：'''①快速高效：不需要像FAIRE-seq那样进行超声处理或苯酚-氯仿提取，没有像MNase-seq或DNase-~~seq这样敏感的酶消化，整个工作可在三小时内完成。~~<br>		'''特点：'''①快速高效：不需要像FAIRE-seq那样进行超声处理或苯酚-氯仿提取，没有像MNase-seq或DNase-seq这样敏感的酶消化，整个工作可在三小时内完成；<br>
	②		②分辨率高：相比于其他三种方法，其操作位点更为精细，因此分辨率可以达到单核苷酸水平；
	abcdefg		abcdefg

2024年8月5日 (一) 12:57 Imagine

2024-08-05T12:57:21Z

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 == 前言 ==
-染色质开放性检测技术，又可称为染色质可及性检测技术，是用于观测蛋白质因子获得和维持对DNA的物理访问的控制能力（通常称为染色质可及性）的一类技术。对于“染色质可及性”这一术语，通常的基础教材停留于“常染色质”和“异染色质”这两种区分方法上，即可及性强为前者，反之为后者，这种划分方法简便且易于验证，常用的显带技术就可以做到这一点。然而，随着研究尺度不断深入，简单的二分法已不能完整描述观测到的染色质状态，其更接近于一个连续体，过去所说的“常染色质”和“异染色质”位于连续体两端，中间存在大量过渡。
+'''染色质开放性检测技术'''，又可称为'''染色质可及性检测技术'''，是用于'''观测蛋白质因子获得和维持对DNA的物理访问的控制能力（通常称为染色质可及性）'''的一类技术。对于“染色质可及性”这一术语，通常的基础教材停留于“常染色质”和“异染色质”这两种区分方法上，即可及性强为前者，反之为后者，这种划分方法简便且易于验证，常用的显带技术就可以做到这一点。然而，随着研究尺度不断深入，简单的二分法已不能完整描述观测到的染色质状态，其更接近于一个'''连续体'''，过去所说的“常染色质”和“异染色质”位于连续体两端，中间存在大量过渡。
-空口无凭，这里引用Nucleus的一篇文献（Nucleus. 2022; 13(1): 236–276）中的表述：在细胞核内，DNA 的可及性状态多种多样，从超级可及性（通常称为“开放”染色质）到可及性较为温和的状态（称为“允许”染色质）以及更难接近或抑制的状态（称为“封闭”染色质）。开放和允许状态通常是具有转录活性的染色质，常与术语“真染色质”互换使用，而封闭状态通常称为“异染色质”。但值得注意的是，这些术语最初是用来定性描述大型基因组区域，随着对染色质复杂性的认识不断更新，真染色质和异染色质不一定是可及性的最佳描述。评估 DNA 和蛋白质之间的关系为定义染色质可及性提供了一个更有用的定量框架。构建这种关系的三种可能方式是通过（1）蛋白质扩散到基因组位点附近，(2) 蛋白质以非序列特异性的方式结合和/或修饰 DNA 的能力，或 (3) 蛋白质在特定基序上结合/修饰 DNA 的能力。
+<br>空口无凭，这里引用Nucleus的一篇文献（Nucleus. 2022; 13(1): 236–276）中的表述：<br>“在细胞核内，DNA 的可及性状态多种多样，从超级可及性（通常称为“开放”染色质）到可及性较为温和的状态（称为“允许”染色质）以及更难接近或抑制的状态（称为“封闭”染色质）。开放和允许状态通常是具有转录活性的染色质，常与术语“常染色质”互换使用，而封闭状态通常称为“异染色质”。但值得注意的是，这些术语最初是用来定性描述大型基因组区域，随着对染色质复杂性的认识不断更新，常染色质和异染色质不一定是可及性的最佳描述。评估 DNA 和蛋白质之间的关系为定义染色质可及性提供了一个更有用的定量框架。构建这种关系的三种可能方式是通过：<br>（1）蛋白质扩散到基因组位点附近；<br>（2）蛋白质以非序列特异性的方式结合和/或修饰 DNA 的能力；<br>（3）蛋白质在特定基序上结合/修饰 DNA 的能力。”<ref name="first">[https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/19491034.2022.2143106]Andrés R. Mansisidor,Viviana I. Risca.Chromatin accessibility: methods, mechanisms, and biological insights.Nucleus.Nov.2022,13(1):238-278.doi:10.1080/19491034.2022.2143106</ref>
 [[文件:16263.jpg|缩略图|染色质可及性状态]]

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2024-08-05T09:20:11Z

创建页面，内容为“== 前言 == 染色质开放性检测技术，又可称为染色质可及性检测技术，是用于观测蛋白质因子获得和维持对DNA的物理访问的控制能力（通常称为染色质可及性）的一类技术。对于“染色质可及性”这一术语，通常的基础教材停留于“常染色质”和“异染色质”这两种区分方法上，即可及性强为前者，反之为后者，这种划分方法简便且易于验证，常用的…”

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== 前言 ==
染色质开放性检测技术，又可称为染色质可及性检测技术，是用于观测蛋白质因子获得和维持对DNA的物理访问的控制能力（通常称为染色质可及性）的一类技术。对于“染色质可及性”这一术语，通常的基础教材停留于“常染色质”和“异染色质”这两种区分方法上，即可及性强为前者，反之为后者，这种划分方法简便且易于验证，常用的显带技术就可以做到这一点。然而，随着研究尺度不断深入，简单的二分法已不能完整描述观测到的染色质状态，其更接近于一个连续体，过去所说的“常染色质”和“异染色质”位于连续体两端，中间存在大量过渡。
空口无凭，这里引用Nucleus的一篇文献（Nucleus. 2022; 13(1): 236–276）中的表述：在细胞核内，DNA 的可及性状态多种多样，从超级可及性（通常称为“开放”染色质）到可及性较为温和的状态（称为“允许”染色质）以及更难接近或抑制的状态（称为“封闭”染色质）。开放和允许状态通常是具有转录活性的染色质，常与术语“真染色质”互换使用，而封闭状态通常称为“异染色质”。但值得注意的是，这些术语最初是用来定性描述大型基因组区域，随着对染色质复杂性的认识不断更新，真染色质和异染色质不一定是可及性的最佳描述。评估 DNA 和蛋白质之间的关系为定义染色质可及性提供了一个更有用的定量框架。构建这种关系的三种可能方式是通过（1）蛋白质扩散到基因组位点附近，(2) 蛋白质以非序列特异性的方式结合和/或修饰 DNA 的能力，或 (3) 蛋白质在特定基序上结合/修饰 DNA 的能力。
[[文件:16263.jpg|缩略图|染色质可及性状态]]