生物信息数据库及工具简介整理 - 版本历史

2026年1月9日 (五) 07:07 扶摇棘

2026-01-09T07:07:15Z

←上一版本		2026年1月9日 (五) 15:07的版本
第51行：		第51行：
	Taxonomy是NCBI维护的关于生物分类的数据库，不包含蛋白质与基因序列，只包含域界门纲目科属种		Taxonomy是NCBI维护的关于生物分类的数据库，不包含蛋白质与基因序列，只包含域界门纲目科属种

	~~BLAST是由ncbi开发的序列比对工具，基于局部序列比对，寻找序列之间的相似者~~		BLAST是由NCBI开发的序列比对工具，基于局部序列比对，寻找序列之间的相似者

	* 返回值		* 返回值

Sofia：自动添加 Sofia 模板和分类

2025-08-23T08:35:22Z

自动添加 Sofia 模板和分类

←上一版本		2025年8月23日 (六) 16:35的版本
第405行：		第405行：

	NovoAlign慢而准确<references />		NovoAlign慢而准确<references />

			{{学科分类}}

			[[Category:生物信息学]]

Distjr：/* BioCollections数据库 */

2025-06-27T07:38:00Z

BioCollections数据库

←上一版本		2025年6月27日 (五) 15:38的版本
第153行：		第153行：


	网页地址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/biocollections<ref name=":0" /><ref>[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/biocollections/docs/query/ Biocollections Query Tips]</ref><ref>[[/www.cnblogs.com/yahengwang/p/9550410.html\|生物数据库介绍——NCBI]]</ref>		网页地址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/biocollections<ref name=":0" /><ref>[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/biocollections/docs/query/ Biocollections Query Tips]</ref><ref>[http://www.cnblogs.com/yahengwang/p/9550410.html 生物数据库介绍——NCBI]</ref>

	===BioProject数据库（旧称：Genome Project）===		===BioProject数据库（旧称：Genome Project）===

单位捕捞努力的三倍体：补充分类数据库

2025-05-02T12:47:34Z

补充分类数据库

←上一版本		2025年5月2日 (五) 20:47的版本
第184行：		第184行：

	===BioSystems数据库===		===BioSystems数据库===

			=== Taxonomy数据库（分类数据库） ===
			为生物物种提供标准化的分类信息（界、门、纲、目、科、属、种等），广泛应用于基因、蛋白质、生态学等研究

			[[文件:Taxonomy页面.jpg\|居中\|缩略图\|305x305像素]]

	= UCSC基因组浏览器 =		= UCSC基因组浏览器 =

Shiningstars：/* NCBI（National Center for Biotechnology Information，美国国家生物技术信息中心） */

2025-04-30T00:38:50Z

NCBI（National Center for Biotechnology Information，美国国家生物技术信息中心）

←上一版本		2025年4月30日 (三) 08:38的版本
第48行：		第48行：
	** ESTs是从不同生物体中提取的短序列片段，通常是基因的转录产物。这些ESTs是通过cDNA文库构建和测序获得的，可以提供有关特定基因的信息。ESTs的测序往往是高通量的，可以快速识别和记录大量的基因序列。		** ESTs是从不同生物体中提取的短序列片段，通常是基因的转录产物。这些ESTs是通过cDNA文库构建和测序获得的，可以提供有关特定基因的信息。ESTs的测序往往是高通量的，可以快速识别和记录大量的基因序列。
	ORFfinder由NCBI开发，用于寻找原核生物ORF(ORF是可能的CDS)		ORFfinder由NCBI开发，用于寻找原核生物ORF(ORF是可能的CDS)

			Taxonomy是NCBI维护的关于生物分类的数据库，不包含蛋白质与基因序列，只包含域界门纲目科属种

	BLAST是由ncbi开发的序列比对工具，基于局部序列比对，寻找序列之间的相似者		BLAST是由ncbi开发的序列比对工具，基于局部序列比对，寻找序列之间的相似者

2025年3月19日 (三) 08:15 Shiningstars

2025-03-19T08:15:28Z

←上一版本		2025年3月19日 (三) 16:15的版本
第4行：		第4行：

	其创始成员是信息和系统研究组织、日本国家遗传学研究所（ROIS-NIG）、欧洲分子生物学实验室 - 欧洲生物信息学研究所（EMBL-EBI）和美国国立卫生研究院的一个组成部分,国家医学图书馆-国家生物技术信息中心（NLM-NCBI）。		其创始成员是信息和系统研究组织、日本国家遗传学研究所（ROIS-NIG）、欧洲分子生物学实验室 - 欧洲生物信息学研究所（EMBL-EBI）和美国国立卫生研究院的一个组成部分,国家医学图书馆-国家生物技术信息中心（NLM-NCBI）。

			[https://geekdaxue.co/read/mugpeng@bioinfo/nmbmdk 有现成的]

	=NCBI（National Center for Biotechnology Information，美国国家生物技术信息中心）=		=NCBI（National Center for Biotechnology Information，美国国家生物技术信息中心）=

Shiningstars：/* 蛋白质物理特性识别 */

2025-03-19T08:14:02Z

蛋白质物理特性识别

@@ 第211行： / 第211行： @@
 **SIB,瑞士生物信息学研究所，维护着ExPASy的服务器,Swissprot
 *** '''ExPASy'''是一个集成了多种生物信息学工具和数据库的平台，专门用于蛋白质和蛋白质组学的研究。除了蛋白质相关的数据外，ExPASy还提供了其他生物信息学资源，如代谢通路数据库（KEGG京都代谢通路基因什么什么库）等。其中，Protparam工具是经常使用的功能，它可以根据蛋白质序列估计蛋白质的等电点（pi）、疏水性等特性。
-**** Protscale判断蛋白质序列的疏水性，返回的结果是疏水性曲线，亲水用负值表示,疏水用正值表示。原理是滑动窗口
+**** [https://web.expasy.org/protscale/ Protscale]判断蛋白质序列的疏水性，返回的结果是疏水性曲线，亲水用负值表示,疏水用正值表示。原理是滑动窗口
 **** Prosite数据库是一个用于存储和提供蛋白质序列和结构特征的资源。 主要功能是提供蛋白质的功能和结构信息可以识别功能域和模式，可用于蛋白质家族和亲缘关系的研究，预测蛋白质结构与功能
 ** PIR '''Protein information resource'''，由美国国家生物医学研究基金会（NBRF）于1984年成立,用于支持基因组学、蛋白质组学和系统生物学研究和科学研究。提供蛋白质数据库和分析工具，包括蛋白质序列数据库 （PSD）。PIR-PSD
 *数据库的关系
@@ 第233行： / 第235行： @@
 == 蛋白质结构数据库 ==
 === 一级结构数据库 ===
@@ 第282行： / 第291行： @@
 * SCOPe引入自动化分类，但核心仍保留手动注释。
 <这段deepseek写的，我对着笔记查了一下>
 === 蛋白质三级结构预测 ===
@@ 第355行： / 第362行： @@
 * 预测蛋白质的 信号肽及其切割位点，判断是否为分泌蛋白或膜蛋白。
 * '''输入'''：蛋白质序列。'''输出'''：信号肽位置、切割位点概率、分泌类型（Sec/SPI/Tat）。
 === 调控元件与内含子/外显子 ===
@@ 第367行： / 第389行： @@
 ** 识别DNA序列中的 开放阅读框ORF，基于遗传密码表扫描可能的编码区域。
 ** '''输入'''：DNA序列。'''输出'''：ORF的位置、长度、翻译的氨基酸序列。
 === 基因比对 ===

Shiningstars：/* NCBI（National Center for Biotechnology Information，美国国家生物技术信息中心） */

2025-03-19T07:58:29Z

NCBI（National Center for Biotechnology Information，美国国家生物技术信息中心）

←上一版本		2025年3月19日 (三) 15:58的版本
第29行：		第29行：
	** REFERENCE参考文献		** REFERENCE参考文献
	** ORIGRINS核酸序列 ATCTTGCATAC，用“//”双斜线结束		** ORIGRINS核酸序列 ATCTTGCATAC，用“//”双斜线结束
			Gempept NCBI关于肽段的数据库

			* the GenPept database is a collection of sequences based on translations from annotated coding regions in GenBank.GenPept 数据库是基于 GenBank 中带注释编码区的翻译的序列集合。

			Unigene

			UniGene最初是在缺乏参考基因组的情况下作为转录序列的基因导向分组，用于广泛的生物体。我们后来加入了基于基因组的分组。UniGene已被用作近似表达谱的来源，可用cDNA克隆的索引，并作为转录导向资源设计的指南。然而，随着短读测序技术的出现，每年提交给NCBI的est越来越少，并且具有相当规模的研究社区的大多数生物体都可以获得参考基因组。因此，UniGene的使用和需求显著下降。[https://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov/tag/unigene/ 于2019年7月关闭网页版，仍可以在NCBI找到数据库]
	* FASTA使用于序列比对的，格式第一部分是序列名字，与>相连，第二部分用空格与序列名字相隔，表示注释信息，可以没有。第三部分bp一行60字母		* FASTA使用于序列比对的，格式第一部分是序列名字，与>相连，第二部分用空格与序列名字相隔，表示注释信息，可以没有。第三部分bp一行60字母
	* FASTQ测序仪原始数据，共四行		* FASTQ测序仪原始数据，共四行
第38行：		第45行：
	* dBEST，表达序列标签数据库，由NCBI维护		* dBEST，表达序列标签数据库，由NCBI维护
	** ESTs是从不同生物体中提取的短序列片段，通常是基因的转录产物。这些ESTs是通过cDNA文库构建和测序获得的，可以提供有关特定基因的信息。ESTs的测序往往是高通量的，可以快速识别和记录大量的基因序列。		** ESTs是从不同生物体中提取的短序列片段，通常是基因的转录产物。这些ESTs是通过cDNA文库构建和测序获得的，可以提供有关特定基因的信息。ESTs的测序往往是高通量的，可以快速识别和记录大量的基因序列。
			ORFfinder由NCBI开发，用于寻找原核生物ORF(ORF是可能的CDS)

	BLAST是由ncbi开发的序列比对工具，基于局部序列比对，寻找序列之间的相似者		BLAST是由ncbi开发的序列比对工具，基于局部序列比对，寻找序列之间的相似者

Shiningstars：/* 搞人小数据库，考了之后就把名字全记下来了 */

2025-03-17T14:40:09Z

搞人小数据库，考了之后就把名字全记下来了

@@ 第365行： / 第365行： @@
 * '''输入'''：蛋白质氨基酸序列（FASTA格式）。'''输出'''：pI和Mw的数值结果。
 ExPasy的protogram数据库亦有记载
 <references />

Shiningstars：/* NCBI（National Center for Biotechnology Information，美国国家生物技术信息中心） */

2025-03-17T11:38:45Z

NCBI（National Center for Biotechnology Information，美国国家生物技术信息中心）

←上一版本		2025年3月17日 (一) 19:38的版本
第55行：		第55行：
	** tBLASTn，将蛋白质翻译为核酸后比对核酸		** tBLASTn，将蛋白质翻译为核酸后比对核酸
	** tBLASTx，将核酸翻译成蛋白质后与数据库中翻译成蛋白质的核酸进行比对		** tBLASTx，将核酸翻译成蛋白质后与数据库中翻译成蛋白质的核酸进行比对
			** psi-BLAST用位置特异权重矩阵搜索，适合远缘物种相似蛋白/家族新蛋白
			** phi-BLAST模式发现迭代BLAST，仅输出序列中含有特殊模式的对齐
			*** 精准度phiBLAST>BLASTp>psiBLAST,范围psiBLAST>BLASTp>phiBLAST

	==数据库==		==数据库==

生物信息数据库及工具简介整理 - 版本历史

2026年1月9日 (五) 07:07 扶摇棘

Sofia：​自动添加 Sofia 模板和分类

Distjr：​/* BioCollections数据库 */

单位捕捞努力的三倍体：​补充分类数据库

Shiningstars：​/* NCBI（National Center for Biotechnology Information，美国国家生物技术信息中心） */

2025年3月19日 (三) 08:15 Shiningstars

Shiningstars：​/* 蛋白质物理特性识别 */

Shiningstars：​/* NCBI（National Center for Biotechnology Information，美国国家生物技术信息中心） */

Shiningstars：​/* 搞人小数据库，考了之后就把名字全记下来了 */

Shiningstars：​/* NCBI（National Center for Biotechnology Information，美国国家生物技术信息中心） */

Sofia：自动添加 Sofia 模板和分类

Distjr：/* BioCollections数据库 */

单位捕捞努力的三倍体：补充分类数据库

Shiningstars：/* NCBI（National Center for Biotechnology Information，美国国家生物技术信息中心） */

Shiningstars：/* 蛋白质物理特性识别 */

Shiningstars：/* NCBI（National Center for Biotechnology Information，美国国家生物技术信息中心） */

Shiningstars：/* 搞人小数据库，考了之后就把名字全记下来了 */

Shiningstars：/* NCBI（National Center for Biotechnology Information，美国国家生物技术信息中心） */