系统发育学 - 版本历史

Glucoselover：/* 泛植物的系统发育 */

2026-05-01T14:12:02Z

泛植物的系统发育

←上一版本		2026年5月1日 (五) 22:12的版本
第44行：		第44行：
	=== 泛植物的系统发育 ===		=== 泛植物的系统发育 ===
	古质体类（Archaeplastida，包括灰藻、红藻、广义绿藻、轮藻和有胚植物）是并系群，一类叫做皮胆虫类的非光合原虫演化支嵌在古质体类中，和红藻类构成姐妹群。鞘毛藻纲和双星藻纲事实上要比轮藻纲在系统发生上更接近有胚植物。<ref name=":0" /><ref>Cole, Theodor & Hilger, Hartmut & Jiang, Chen-Kun & Hu, Xue-Ying. (2022). 有胚植物陆生植物：演化关系与特征 (EmbPP, Chinese). </ref>		古质体类（Archaeplastida，包括灰藻、红藻、广义绿藻、轮藻和有胚植物）是并系群，一类叫做皮胆虫类的非光合原虫演化支嵌在古质体类中，和红藻类构成姐妹群。鞘毛藻纲和双星藻纲事实上要比轮藻纲在系统发生上更接近有胚植物。<ref name=":0" /><ref>Cole, Theodor & Hilger, Hartmut & Jiang, Chen-Kun & Hu, Xue-Ying. (2022). 有胚植物陆生植物：演化关系与特征 (EmbPP, Chinese). </ref>
	[[文件:EmbPP-CN-2022-V1 页面 2.jpg\|居中\|无框\|700x700像素\|有胚植物]]		[[文件:EmbPP-CN-2022-V1 页面 2.jpg\|居中\|无框\|700x700像素\|有胚植物]]在植物演化过程中，有许多类群的藻类都成功登陆过，但几乎所有证据都表明现生陆地植物来自同一共同祖先：链形藻（Streptophyta）类。具有争议的现生植物起源主要集中在链形藻的几个分支：与现存陆生植物形态类似的鞘毛藻类（Coleochaetophyceae）、轮藻类（Charophyceae）或者结构更简单的双星藻纲（Zygnematophyceae）。基于进化比较基因组学的一项研究表明，双星藻纲早期分化出的一种陆生单细胞藻类''Spirogloea muscicola''是已知所有陆生植物的姐妹群。<ref name=":02">Cheng S, Xian W, Fu Y, et al. Genomes of Subaerial Zygnematophyceae Provide Insights into Land Plant Evolution. ''Cell'', 179, 1057-1067.</ref>

			研究表明，从土壤细菌的水平基因转移（HGTs）使其获得的两个重要基因''GRAS''和''PYL''是其登陆过程中的重要因素：''GRAS''参与植物的多项生理过程，''GRAS''家族包括了调控丛枝菌根形成和根瘤发生的''NSP1''、''NSP2''和''RAM1''等多个亚家族的转录因子，而''PYL''则是ABA信号转导途径的重要受体因子。在最先的观点中，它们被认为只在陆生植物中存在，但后续研究（在此文章之前）已陆续证明它们在双星藻类登陆途中即已出现。基于这两个基因的基因树中，S. ''muscicola''在双星藻类中最后与有胚植物分离。<ref name=":02" />

	=== 苔藓植物的系统发育 ===		=== 苔藓植物的系统发育 ===

Moxi：更新了MSL40

2026-01-09T12:08:18Z

更新了MSL40

←上一版本		2026年1月9日 (五) 20:08的版本
第14行：		第14行：
	由于基于核心蛋白质结构和生物学机制的病毒的高级分类结构的确立，国际病毒分类委员会(ICTV)在2018年决定将整个病毒分类体系彻底林奈化。这就是说，全面采用域(realm,''-viria'')、界(kingdom, ''-virae'')、门(phylum, ''-viricota'')、纲(class, ''-viricetes'')、目(order, ''-virales'')、科(family, ''-viridae'')、属(genus, ''-virus'')及种(species)的分类阶元，来将自然界存在的各种生物病毒进行分类。		由于基于核心蛋白质结构和生物学机制的病毒的高级分类结构的确立，国际病毒分类委员会(ICTV)在2018年决定将整个病毒分类体系彻底林奈化。这就是说，全面采用域(realm,''-viria'')、界(kingdom, ''-virae'')、门(phylum, ''-viricota'')、纲(class, ''-viricetes'')、目(order, ''-virales'')、科(family, ''-viridae'')、属(genus, ''-virus'')及种(species)的分类阶元，来将自然界存在的各种生物病毒进行分类。

	2023版病毒分类表（也称MSL39）包含6域、10界、18门、41纲、81目、314科、3 522属、14 690种（截止2023年7月）<ref>[https://zhuanlan.zhihu.com/p/698182263 ICTV生物病毒分类系统：2024更新情况介绍（上）]</ref>		* 2023版病毒分类表（也称MSL39）包含6域、10界、18门、41纲、81目、314科、3 522属、14 690种（截止2023年7月）<ref>[https://zhuanlan.zhihu.com/p/698182263 ICTV生物病毒分类系统：2024更新情况介绍（上）]</ref>

	新分类系统的ICTV在线报告中，移除了第9版ICTV report中属于亚病毒因子（subviral agents）的真菌朊粒（fungal prions）、脊椎动物朊粒（vertebrate prions），以及卫星病毒及病毒依赖性核酸侵染子（satellites and other virus-dependent nucleic acids）。目前认为，朊粒不符合基于核酸特性的ICTV分类原则（ICTV code, 3.3），故未纳入病毒分类系统中。尽管如此，亚病毒因子模块中类病毒（viroid）的内容仍得以保留。鳄梨日斑类病毒科（Avsunviroidae）和马铃薯病毒科（Pospiviroidae）现分为2个独立的亚病毒因子，相关内容也可以按照科直接进行查询和检索。<ref>熊芮,高文轩,彭宜红.国际病毒分类委员会及其在线报告现状及发展[J].中国生物化学与分子生物学报,2024,40(03):274-280.DOI:10.13865/j.cnki.cjbmb.2024.03.1442.</ref>		新分类系统的ICTV在线报告中，移除了第9版ICTV report中属于亚病毒因子（subviral agents）的真菌朊粒（fungal prions）、脊椎动物朊粒（vertebrate prions），以及卫星病毒及病毒依赖性核酸侵染子（satellites and other virus-dependent nucleic acids）。目前认为，朊粒不符合基于核酸特性的ICTV分类原则（ICTV code, 3.3），故未纳入病毒分类系统中。尽管如此，亚病毒因子模块中类病毒（viroid）的内容仍得以保留。鳄梨日斑类病毒科（Avsunviroidae）和马铃薯病毒科（Pospiviroidae）现分为2个独立的亚病毒因子，相关内容也可以按照科直接进行查询和检索。<ref>熊芮,高文轩,彭宜红.国际病毒分类委员会及其在线报告现状及发展[J].中国生物化学与分子生物学报,2024,40(03):274-280.DOI:10.13865/j.cnki.cjbmb.2024.03.1442.</ref>

			* 2025版病毒分类表（也称MSL40）包含7域、11界、22门、49纲、93目、368科、3 768属、16 213种（截止2025年8月）<ref>Current ICTV Taxonomy Release \| [https://ictv.global/taxonomy ICTV]</ref>

			MSL40的更新除新增了1,563个病毒物种、243个属、55个科、11个目和8个纲的分类单元外，还对更高层级的分类阶元进行了重大补充。其中包括建立了一个新域——单卷病毒域（Singelaviria），其设立基于对海尔维蒂病毒界（Helvetiavirae）成员标志性衣壳基因独立进化起源的确认。这些基因表达的衣壳蛋白形成单果冻卷折叠结构，在结构和进化上与属于多变DNA病毒域（Varidnaviria）的班福德病毒界（Bamfordvirae）成员的双果冻卷结构不同。此外，多变DNA病毒域（Varidnaviria）经历了重大重组，新增了一个界——Abadenavirae。另一项显著变化是将感染脊椎动物的单链DNA指环病毒科（anellovirids）归入新增的门——Commensaviricota，该门隶属于称德病毒界（Shotokuvirae）、单链DNA病毒域（Monodnaviria）。感染超高温古菌——古丸菌纲（Archaeoglobi）的古菌病毒被归入单链DNA病毒域（Monodnaviria）特拉帕尼病毒界（Trapavirae）下的一个新门——Calorviricota。而感染超高温细菌的RNA病毒则被归入核糖病毒域（Riboviria）下的一个新门——Artimaviricota。<ref>Changes to Virus Taxonomy 2025 \| [https://ictv.global/news/AoV-MSL40 ICTV]</ref>

	== 真核生物的系统发育 ==		== 真核生物的系统发育 ==

World.search()：/* 节肢动物的系统发育 */

2025-12-16T14:04:03Z

节肢动物的系统发育

←上一版本		2025年12月16日 (二) 22:04的版本
第128行：		第128行：
	==== 节肢动物的系统发育 ====		==== 节肢动物的系统发育 ====
	[[文件:节肢动物门系统发育示意图.png\|节肢动物门系统发育示意图\|替代=节肢动物门系统发育示意图\|缩略图]]		[[文件:节肢动物门系统发育示意图.png\|节肢动物门系统发育示意图\|替代=节肢动物门系统发育示意图\|缩略图]]
	首先认为原来的甲壳类是个并系群，昆虫实际是一类甲壳动物，与桨足纲的关系比较近。包含了六足类的甲壳类被称为泛甲壳类，目前最多支持的内部分类如下：六足类和桨足纲合并为唇甲类（Labiocarida)~~再和鳃足类合并为非海甲类（Athalossocarida~~)~~再和头虾合成异甲类（Allotriocarida~~)~~再和共甲类（Communostraca~~)~~（桡足、鞘甲、软甲（叶虾、掠虾、真软甲））合并，再和基部的寡甲类合并为泛甲壳动物~~		首先认为原来的甲壳类是个并系群，昆虫实际是一类甲壳动物，与桨足纲的关系比较近。包含了六足类的甲壳类被称为泛甲壳类，目前最多支持的内部分类如下：六足类和桨足纲合并为唇甲类(Labiocarida)再和鳃足纲合并为非海甲类(Athalossocarida)再和头虾纲合成异甲类(Allotriocarida)再和共甲类(Communostraca)(桡足,鞘甲,软甲(叶虾,掠虾,真软甲))合并，再和基部的寡甲类(Oligostraca)合并为泛甲壳动物，即(((((六足类,桨足纲),鳃足纲),头虾纲),(共甲类)),(寡甲类)）

	其次，几乎所有的结果都支持同一个无根树，争议主要是根在哪里。多数结果支持的根是红色的①（也是最不雷人的一个），这个根将节肢动物门分为了Mandibulata（有大颚的动物）和螯肢动物。另一个结果是蓝色的②，认为海蜘蛛是其余所有节肢动物（Cormogonida）的姐妹群。还有一个结果是黄色的③，将节肢动物门分为Paradoxopoda（多足类和有螯类）和泛甲壳类。		其次，几乎所有的结果都支持同一个无根树，争议主要是根在哪里。多数结果支持的根是红色的①（也是最不雷人的一个），这个根将节肢动物门分为了Mandibulata（有大颚的动物）和螯肢动物。另一个结果是蓝色的②，认为海蜘蛛是其余所有节肢动物（Cormogonida）的姐妹群。还有一个结果是黄色的③，将节肢动物门分为Paradoxopoda（多足类和有螯类）和泛甲壳类。

World.search()：/* 节肢动物的系统发育 */

2025-12-16T13:48:06Z

节肢动物的系统发育

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第128行：		第128行：
	==== 节肢动物的系统发育 ====		==== 节肢动物的系统发育 ====
	[[文件:节肢动物门系统发育示意图.png\|节肢动物门系统发育示意图\|替代=节肢动物门系统发育示意图\|缩略图]]		[[文件:节肢动物门系统发育示意图.png\|节肢动物门系统发育示意图\|替代=节肢动物门系统发育示意图\|缩略图]]
	首先认为原来的甲壳类是个并系群，昆虫实际是一类甲壳动物，与桨足纲的关系比较近。包含了六足类的甲壳类被称为泛甲壳类，目前最多支持的内部分类如下：六足类和桨足纲合并为唇甲类（Labiocarida)再和鳃足类合并为非海甲类（Athalossocarida)再和共甲类（Communostraca)（桡足、鞘甲、软甲（叶虾、掠虾、真软甲））合并，再和基部的寡甲类合并为泛甲壳动物		首先认为原来的甲壳类是个并系群，昆虫实际是一类甲壳动物，与桨足纲的关系比较近。包含了六足类的甲壳类被称为泛甲壳类，目前最多支持的内部分类如下：六足类和桨足纲合并为唇甲类（Labiocarida)再和鳃足类合并为非海甲类（Athalossocarida)再和头虾合成异甲类（Allotriocarida)再和共甲类（Communostraca)（桡足、鞘甲、软甲（叶虾、掠虾、真软甲））合并，再和基部的寡甲类合并为泛甲壳动物

	其次，几乎所有的结果都支持同一个无根树，争议主要是根在哪里。多数结果支持的根是红色的①（也是最不雷人的一个），这个根将节肢动物门分为了Mandibulata（有大颚的动物）和螯肢动物。另一个结果是蓝色的②，认为海蜘蛛是其余所有节肢动物（Cormogonida）的姐妹群。还有一个结果是黄色的③，将节肢动物门分为Paradoxopoda（多足类和有螯类）和泛甲壳类。		其次，几乎所有的结果都支持同一个无根树，争议主要是根在哪里。多数结果支持的根是红色的①（也是最不雷人的一个），这个根将节肢动物门分为了Mandibulata（有大颚的动物）和螯肢动物。另一个结果是蓝色的②，认为海蜘蛛是其余所有节肢动物（Cormogonida）的姐妹群。还有一个结果是黄色的③，将节肢动物门分为Paradoxopoda（多足类和有螯类）和泛甲壳类。

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2025-12-16T13:40:45Z

节肢动物的系统发育

←上一版本		2025年12月16日 (二) 21:40的版本
第128行：		第128行：
	==== 节肢动物的系统发育 ====		==== 节肢动物的系统发育 ====
	[[文件:节肢动物门系统发育示意图.png\|节肢动物门系统发育示意图\|替代=节肢动物门系统发育示意图\|缩略图]]		[[文件:节肢动物门系统发育示意图.png\|节肢动物门系统发育示意图\|替代=节肢动物门系统发育示意图\|缩略图]]
	首先认为原来的甲壳类是个并系群，昆虫实际是一类甲壳动物，与桨足纲的关系比较近。包含了六足类的甲壳类被称为泛甲壳类，目前最多支持的内部分类如下：六足类和桨足纲合并为唇甲类（Labiocarida)再和鳃足类合并为非海甲类（Athalossocarida)~~再和内部尚不明晰的共甲类（Communostraca~~)~~合并，再和基部的寡甲类合并为泛甲壳动物~~		首先认为原来的甲壳类是个并系群，昆虫实际是一类甲壳动物，与桨足纲的关系比较近。包含了六足类的甲壳类被称为泛甲壳类，目前最多支持的内部分类如下：六足类和桨足纲合并为唇甲类（Labiocarida)再和鳃足类合并为非海甲类（Athalossocarida)再和共甲类（Communostraca)（桡足、鞘甲、软甲（叶虾、掠虾、真软甲））合并，再和基部的寡甲类合并为泛甲壳动物

	其次，几乎所有的结果都支持同一个无根树，争议主要是根在哪里。多数结果支持的根是红色的①（也是最不雷人的一个），这个根将节肢动物门分为了Mandibulata（有大颚的动物）和螯肢动物。另一个结果是蓝色的②，认为海蜘蛛是其余所有节肢动物（Cormogonida）的姐妹群。还有一个结果是黄色的③，将节肢动物门分为Paradoxopoda（多足类和有螯类）和泛甲壳类。		其次，几乎所有的结果都支持同一个无根树，争议主要是根在哪里。多数结果支持的根是红色的①（也是最不雷人的一个），这个根将节肢动物门分为了Mandibulata（有大颚的动物）和螯肢动物。另一个结果是蓝色的②，认为海蜘蛛是其余所有节肢动物（Cormogonida）的姐妹群。还有一个结果是黄色的③，将节肢动物门分为Paradoxopoda（多足类和有螯类）和泛甲壳类。

World.search()：/* 节肢动物的系统发育 */

2025-12-16T13:35:25Z

节肢动物的系统发育

←上一版本		2025年12月16日 (二) 21:35的版本
第128行：		第128行：
	==== 节肢动物的系统发育 ====		==== 节肢动物的系统发育 ====
	[[文件:节肢动物门系统发育示意图.png\|节肢动物门系统发育示意图\|替代=节肢动物门系统发育示意图\|缩略图]]		[[文件:节肢动物门系统发育示意图.png\|节肢动物门系统发育示意图\|替代=节肢动物门系统发育示意图\|缩略图]]
	~~首先认为原来的甲壳类是个并系群，昆虫实际是一类甲壳动物，与桨足纲的关系比较近。包含了六足类的甲壳类被称为泛甲壳类。~~		首先认为原来的甲壳类是个并系群，昆虫实际是一类甲壳动物，与桨足纲的关系比较近。包含了六足类的甲壳类被称为泛甲壳类，目前最多支持的内部分类如下：六足类和桨足纲合并为唇甲类（Labiocarida)再和鳃足类合并为非海甲类（Athalossocarida)再和内部尚不明晰的共甲类（Communostraca)合并，再和基部的寡甲类合并为泛甲壳动物

	其次，几乎所有的结果都支持同一个无根树，争议主要是根在哪里。多数结果支持的根是红色的①（也是最不雷人的一个），这个根将节肢动物门分为了Mandibulata（有大颚的动物）和螯肢动物。另一个结果是蓝色的②，认为海蜘蛛是其余所有节肢动物（Cormogonida）的姐妹群。还有一个结果是黄色的③，将节肢动物门分为Paradoxopoda（多足类和有螯类）和泛甲壳类。		其次，几乎所有的结果都支持同一个无根树，争议主要是根在哪里。多数结果支持的根是红色的①（也是最不雷人的一个），这个根将节肢动物门分为了Mandibulata（有大颚的动物）和螯肢动物。另一个结果是蓝色的②，认为海蜘蛛是其余所有节肢动物（Cormogonida）的姐妹群。还有一个结果是黄色的③，将节肢动物门分为Paradoxopoda（多足类和有螯类）和泛甲壳类。

Sofia：自动添加 Sofia 模板和分类

2025-08-23T08:35:04Z

自动添加 Sofia 模板和分类

←上一版本		2025年8月23日 (六) 16:35的版本
第182行：		第182行：

	顺带一提，具有游动孢子的水霉、霜霉、马铃薯晚疫病（爱尔兰大饥荒）属于卵菌门（吴国芳的鞭毛菌门），并不是真菌，而是一种不等鞭毛类，和海带之类是亲戚。核形虫与真菌关系密切。<ref>赵进东. 陈阅增普通生物学. 5版. 北京：高等教育出版社, 2023</ref>[[文件:真菌的系统发育.png\|真菌的系统发育\|居中\|无框\|629x629px]]		顺带一提，具有游动孢子的水霉、霜霉、马铃薯晚疫病（爱尔兰大饥荒）属于卵菌门（吴国芳的鞭毛菌门），并不是真菌，而是一种不等鞭毛类，和海带之类是亲戚。核形虫与真菌关系密切。<ref>赵进东. 陈阅增普通生物学. 5版. 北京：高等教育出版社, 2023</ref>[[文件:真菌的系统发育.png\|真菌的系统发育\|居中\|无框\|629x629px]]

			{{学科分类}}

			[[Category:演化生物学]]

Astelle：/* 非细胞生物 */

2025-07-01T12:22:49Z

非细胞生物

←上一版本		2025年7月1日 (二) 20:22的版本
第12行：		第12行：

	=== 非细胞生物 ===		=== 非细胞生物 ===
	~~病毒学界习惯使用国际病毒分类委员会（International Committee on Taxonomy of Viruses~~, ICTV）制定的病毒分类系统。ICTV系统对病毒和类病毒设立科、属、种3个正式等级，但不设域、界、门、纲等高等级分类群，而且仅为可以证明起源于一个共同祖先（即为单系）的科设立目级分类群。目前，ICTV系统共承认7个病毒目，此外还有大量的病毒科没有目级归属。卫星和缺损干扰颗粒的分类则还没有纳入到林奈系统之中。		由于基于核心蛋白质结构和生物学机制的病毒的高级分类结构的确立，国际病毒分类委员会(ICTV)在2018年决定将整个病毒分类体系彻底林奈化。这就是说，全面采用域(realm,''-viria'')、界(kingdom, ''-virae'')、门(phylum, ''-viricota'')、纲(class, ''-viricetes'')、目(order, ''-virales'')、科(family, ''-viridae'')、属(genus, ''-virus'')及种(species)的分类阶元，来将自然界存在的各种生物病毒进行分类。

			2023版病毒分类表（也称MSL39）包含6域、10界、18门、41纲、81目、314科、3 522属、14 690种（截止2023年7月）<ref>[https://zhuanlan.zhihu.com/p/698182263 ICTV生物病毒分类系统：2024更新情况介绍（上）]</ref>

			新分类系统的ICTV在线报告中，移除了第9版ICTV report中属于亚病毒因子（subviral agents）的真菌朊粒（fungal prions）、脊椎动物朊粒（vertebrate prions），以及卫星病毒及病毒依赖性核酸侵染子（satellites and other virus-dependent nucleic acids）。目前认为，朊粒不符合基于核酸特性的ICTV分类原则（ICTV code, 3.3），故未纳入病毒分类系统中。尽管如此，亚病毒因子模块中类病毒（viroid）的内容仍得以保留。鳄梨日斑类病毒科（Avsunviroidae）和马铃薯病毒科（Pospiviroidae）现分为2个独立的亚病毒因子，相关内容也可以按照科直接进行查询和检索。<ref>熊芮,高文轩,彭宜红.国际病毒分类委员会及其在线报告现状及发展[J].中国生物化学与分子生物学报,2024,40(03):274-280.DOI:10.13865/j.cnki.cjbmb.2024.03.1442.</ref>

	== 真核生物的系统发育 ==		== 真核生物的系统发育 ==

长河：/* 后口动物的系统发育 */

2025-06-10T16:12:35Z

后口动物的系统发育

←上一版本		2025年6月11日 (三) 00:12的版本
第144行：		第144行：
	脊索动物门（Chordates）依次是以下谱系：(头索动物亚门,(尾索动物亚门,脊椎动物亚门))，尾索动物亚门（Tunicata、tunicates）和脊椎动物亚门（Vertebrata）的共衍征是具有神经嵴。		脊索动物门（Chordates）依次是以下谱系：(头索动物亚门,(尾索动物亚门,脊椎动物亚门))，尾索动物亚门（Tunicata、tunicates）和脊椎动物亚门（Vertebrata）的共衍征是具有神经嵴。

	~~'''~~爬行动物的系统发育~~'''~~		==== 爬行动物的系统发育 ====

	蜥蜴亚目是并系群，蛇亚目是单系群<ref>[https://www.wienslab.com/Publications_files/Sites_et_al_AREES_2011.pdf Phylogenetic Insights on Evolutionary Novelties in Lizards and Snakes: Sex, Birth, Bodies, Niches, and Venom]</ref>		蜥蜴亚目是并系群，蛇亚目是单系群<ref>[https://www.wienslab.com/Publications_files/Sites_et_al_AREES_2011.pdf Phylogenetic Insights on Evolutionary Novelties in Lizards and Snakes: Sex, Birth, Bodies, Niches, and Venom]</ref>

Astelle：/* 后口动物的系统发育 */

2025-06-09T14:15:24Z

后口动物的系统发育

←上一版本		2025年6月9日 (一) 22:15的版本
第143行：		第143行：

	脊索动物门（Chordates）依次是以下谱系：(头索动物亚门,(尾索动物亚门,脊椎动物亚门))，尾索动物亚门（Tunicata、tunicates）和脊椎动物亚门（Vertebrata）的共衍征是具有神经嵴。		脊索动物门（Chordates）依次是以下谱系：(头索动物亚门,(尾索动物亚门,脊椎动物亚门))，尾索动物亚门（Tunicata、tunicates）和脊椎动物亚门（Vertebrata）的共衍征是具有神经嵴。

			'''爬行动物的系统发育'''

			蜥蜴亚目是并系群，蛇亚目是单系群<ref>[https://www.wienslab.com/Publications_files/Sites_et_al_AREES_2011.pdf Phylogenetic Insights on Evolutionary Novelties in Lizards and Snakes: Sex, Birth, Bodies, Niches, and Venom]</ref>

	==== 哺乳动物的系统发育 ====		==== 哺乳动物的系统发育 ====

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