自噬相关知识总结 - 版本历史

2025年2月5日 (三) 07:28 长河

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	* 与Atg13相互作用并形成ULK-ATG13-ATG101-FIP200复合物		* 与Atg13相互作用并形成ULK-ATG13-ATG101-FIP200复合物
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			=== 分子伴侣介导的自噬CMA ===

			* 迄今为止只在哺乳动物细胞中发现。
			* 被CMA降解的蛋白质都包含一个五肽序列。
			** 其中有1-2个K/R、1-2个I/L/V/F、一个E/D，和一个Q在五肽序列的一端。共有序列是KFERQ。
			** 可以位于C端/N端/内部，但一定要可接近。
			** 这个序列可能通过翻译后修饰来形成，如乙酰化赖氨酸承担Q的功能，磷酸化承担E/D的功能。
			* HSC70识别KFERQ。该蛋白是否被降解，是由此基序能否暴露并且被识别调控的。
			*

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	\|+ 自噬相关基因及其蛋白质功能描述		\|+ 自噬相关基因及其蛋白质功能描述
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	! 基因 !! 蛋白质功能描述		! 哺乳动物基因 !! 酵母同源基因 !! 蛋白质功能描述
	\|-		\|-
	\| ~~'''哺乳动物'''~~ \|\| ~~'''酵母'''~~		\| ULK1/2 (Unc51样激酶1和2) \|\| Atg1 \|\|
			* 是ULK-ATG13-ATG101-FIP200复合物的一部分，磷酸化Beclin1
			* 与Atg13相互作用
			* 参与自噬的启动、膜靶向、膜曲率感知和脂质囊泡拴系
	\|-		\|-
	\| ~~ULK1~~/~~2 (Unc51样激酶1和2)~~ \|\| ~~Atg1~~		\| ATG2A/B \|\| Atg2 \|\|
			* 是ATG9/ATG12-WIPI复合物的一部分，对ATG9的招募以扩展自噬体很重要
	\|-		\|-
	\| ~~ATG2A/B~~ \|\| ~~Atg2~~		\| ATG3 \|\| Atg3 \|\|
			* LC3脂化中的E2样酶
			* 自催化形成ATG12-ATG3复合物以维持线粒体稳态
	\|-		\|-
	\| ~~ATG3~~ \|\| ~~Atg3~~		\| ATG4A-D \|\| Atg4 \|\|
			* 半胱氨酸蛋白酶，通过去除Atg8的最后一个氨基酸来处理Atg8
			* 去结合Atg8-PE，参与LC3激活和去脂化
	\|-		\|-
	\| ~~ATG4A-D~~ \|\| ~~Atg4~~		\| ATG5 \|\| Atg5 \|\|
			* 是ATG12-ATG5复合物的一部分，参与自噬体形成/延伸
			* 作为LC3脂化中的E3样酶
			* 与Atg16相互作用并在自噬中起关键作用
	\|-		\|-
	\| ~~ATG5~~ \|\| ~~Atg5~~		\| Beclin1 \|\| Atg6 \|\|
			* VPS34-PI3K复合物的亚基
			* 招募Atg14或Vps38，与Bcl-2相互作用
			* 脂质结合和膜变形功能
	\|-		\|-
	\| ~~Beclin1~~ \|\| ~~Atg6~~		\| ATG7 \|\| Atg7 \|\|
			* E1样酶，与E2酶Atg10或Atg3相互作用
			* 参与LC3和ATG12结合，并与Atg8形成硫酯键
	\|-		\|-
	\| ~~ATG7~~ \|\| ~~Atg7~~		\| MAP 1 LC3A-C, GABARAPs, GATE-16 \|\| Atg8 \|\|
			* 泛素样模块与PE结合，用作自噬体标记
			* 识别货物特异性适配体，支持体外膜拴系
	\|-		\|-
	\| ~~MAP 1 LC3A-C, GABARAPs, GATE-16~~ \|\| ~~Atg8~~		\| ATG9L1/L2 \|\| Atg9 \|\|
			* 跨膜蛋白，与ATG2-WIPI复合物相互作用
			* 在PAS和外围细胞器之间穿梭以传递脂质/因子
			* 具有自相互作用功能
	\|-		\|-
	\| ~~ATG9L1/L2~~ \|\| ~~Atg9~~		\| ATG10 \|\| Atg10 \|\|
			* ATG12与Atg5结合的E2样酶
	\|-		\|-
	\| ~~ATG10~~ \|\| ~~Atg10~~		\| ATG12 \|\| Atg12 \|\|
			* 泛素样模块与Atg5结合
			* 与Atg5和Atg16形成E3复合物，与Atg3相互作用
	\|-		\|-
	\| ~~ATG12~~ \|\| ~~Atg12~~		\| ATG13 \|\| Atg13 \|\|
			* 是ULK-ATG13-ATG101-FIP200复合物的一部分，参与自噬启动
			* 靶向mTOR信号通路，桥接Atg1和Atg17-Atg31-Atg29
			* 通过Atg14招募Vps34复合物，与LC3结合
	\|-		\|-
	\| ~~ATG13~~ \|\| ~~Atg13~~		\| ATG14L(Barkor) \|\| Atg14 \|\|
			* VPS34-PI3K复合物的亚基，与Beclin1相互作用
			* 支持膜靶向、膜曲率感知和膜融合
	\|-		\|-
	\| ~~ATG14L(Barkor)~~ \|\| ~~Atg14~~		\| ATG16L1/L2 RB1CC1/ FIP200 \|\| Atg16 \|\|
			* 与ATG5-ATG12复合物结合，作为E3酶复合物的一部分
	\|-		\|-
	\| ~~ATG16L1/L2 RB1CC1/ FIP200~~ \|\| ~~Atg16~~		\| WIP11-4 \|\| Atg18 \|\|
			* 是ATG2-WIPI复合物的一部分，对ATG9的招募到自噬体很重要
			* 与PI3P结合，支持Atg9的逆行运输
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	~~\| WIP11-4 \|\| Atg18~~		\| ATG101 \|\| - \|\|
	\|-		* 与Atg13相互作用并形成ULK-ATG13-ATG101-FIP200复合物
	\| ATG101 \|\| -
	\|-
	~~\| colspan="2" \| 是ULK-ATG13-ATG101-FIP200复合物的一部分，磷酸化Beclin1；与Atg13相互作用；参与自噬的启动、膜靶向、膜曲率感知和脂质囊泡拴系~~
	\|-
	~~\| colspan="2" \| 是ATG9/ATG12-WIPI复合物的一部分，对ATG9的招募以扩展自噬体很重要~~
	\|-
	~~\| colspan="2" \| LC3脂化中的E2样酶；自催化形成ATG12-ATG3复合物以维持线粒体稳态~~
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	\| ~~colspan="2"~~ \| ~~半胱氨酸蛋白酶，通过去除Atg8的最后一个氨基酸来处理Atg8；并去结合Atg8-PE；参与LC3激活和去脂化~~
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	~~\| colspan="2" \| 是ATG12-ATG5复合物的一部分，参与自噬体形成/延伸，作为LC3脂化中的E3样酶；与Atg16相互作用并在自噬中起关键作用~~
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	~~\| colspan="2" \| VPS34-PI3K复合物的亚基；招募Atg14或Vps38；与Bcl-2相互作用；脂质结合和膜变形~~
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	~~\| colspan="2" \| E1样酶，与E2酶Atg10或Atg3相互作用，参与LC3和ATG12结合；并与Atg8形成硫酯键~~
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	~~\| colspan="2" \| 修饰剂；泛素样模块与PE结合并用作自噬体标记；识别货物特异性适配体；体外膜拴系~~
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	~~\| colspan="2" \| 跨膜蛋白；与ATG2-WIPI复合物相互作用；在PAS和外围细胞器之间穿梭以在吞噬泡扩展期间传递脂质/因子；自相互作用~~
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	~~\| colspan="2" \| ATG12与Atg5结合的E2样酶~~
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	~~\| colspan="2" \| 修饰剂；泛素样模块与Atg5结合；与Atg5和Atg16形成E3复合物；与Atg3相互作用~~
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	\| colspan="2" \| 是ULK-ATG13-ATG101-FIP200复合物的一部分，参与自噬的启动；靶向mTOR信号通路；与Atg1相互作用并桥接Atg1和Atg17-Atg31-Atg29；通过Atg14招募Vps34复合物；与LC3结合；与Atg101相互作用
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	~~\| colspan="2" \| VPS34-PI3K复合物的亚基；与Beclin1相互作用以组装自噬特异性复合物；膜靶向和膜曲率感知；促进膜融合~~
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	~~\| colspan="2" \| 与ATG5-ATG12复合物结合，作为E3酶复合物的一部分~~
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	~~\| colspan="2" \| 是ULK-ATG13-ATG101-FIP200复合物的一部分，参与自噬的启动；与Atg13和Atg9相互作用；与Atg31和Atg29形成三元复合物；感知膜曲率~~
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	~~\| colspan="2" \| 是ATG2-WIPI复合物的一部分，对ATG9的招募到自噬体很重要；与PI3P结合；Atg9的逆行运输所需；与Atg2复合~~
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	~~\| colspan="2" \|~~ 与Atg13相互作用并形成ULK-ATG13-ATG101-FIP200复合物
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|+ 自噬相关基因及其蛋白质功能描述
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! 基因 !! 蛋白质功能描述
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| '''哺乳动物''' || '''酵母'''
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| ULK1/2 (Unc51样激酶1和2) || Atg1
|-
| ATG2A/B || Atg2
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| ATG3 || Atg3
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| ATG4A-D || Atg4
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| ATG5 || Atg5
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| Beclin1 || Atg6
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| ATG7 || Atg7
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| MAP 1 LC3A-C, GABARAPs, GATE-16 || Atg8
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| ATG10 || Atg10
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| ATG12 || Atg12
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| ATG13 || Atg13
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| ATG14L(Barkor) || Atg14
|-
| ATG16L1/L2 RB1CC1/ FIP200 || Atg16
|-
| WIP11-4 || Atg18
|-
| ATG101 || -
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| colspan="2" | 是ULK-ATG13-ATG101-FIP200复合物的一部分，磷酸化Beclin1；与Atg13相互作用；参与自噬的启动、膜靶向、膜曲率感知和脂质囊泡拴系
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| colspan="2" | 是ATG9/ATG12-WIPI复合物的一部分，对ATG9的招募以扩展自噬体很重要
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| colspan="2" | LC3脂化中的E2样酶；自催化形成ATG12-ATG3复合物以维持线粒体稳态
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| colspan="2" | 半胱氨酸蛋白酶，通过去除Atg8的最后一个氨基酸来处理Atg8；并去结合Atg8-PE；参与LC3激活和去脂化
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| colspan="2" | 是ATG12-ATG5复合物的一部分，参与自噬体形成/延伸，作为LC3脂化中的E3样酶；与Atg16相互作用并在自噬中起关键作用
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| colspan="2" | VPS34-PI3K复合物的亚基；招募Atg14或Vps38；与Bcl-2相互作用；脂质结合和膜变形
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| colspan="2" | E1样酶，与E2酶Atg10或Atg3相互作用，参与LC3和ATG12结合；并与Atg8形成硫酯键
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| colspan="2" | 修饰剂；泛素样模块与PE结合并用作自噬体标记；识别货物特异性适配体；体外膜拴系
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| colspan="2" | 跨膜蛋白；与ATG2-WIPI复合物相互作用；在PAS和外围细胞器之间穿梭以在吞噬泡扩展期间传递脂质/因子；自相互作用
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| colspan="2" | ATG12与Atg5结合的E2样酶
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| colspan="2" | 修饰剂；泛素样模块与Atg5结合；与Atg5和Atg16形成E3复合物；与Atg3相互作用
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| colspan="2" | 是ULK-ATG13-ATG101-FIP200复合物的一部分，参与自噬的启动；靶向mTOR信号通路；与Atg1相互作用并桥接Atg1和Atg17-Atg31-Atg29；通过Atg14招募Vps34复合物；与LC3结合；与Atg101相互作用
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| colspan="2" | VPS34-PI3K复合物的亚基；与Beclin1相互作用以组装自噬特异性复合物；膜靶向和膜曲率感知；促进膜融合
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| colspan="2" | 与ATG5-ATG12复合物结合，作为E3酶复合物的一部分
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| colspan="2" | 是ULK-ATG13-ATG101-FIP200复合物的一部分，参与自噬的启动；与Atg13和Atg9相互作用；与Atg31和Atg29形成三元复合物；感知膜曲率
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| colspan="2" | 是ATG2-WIPI复合物的一部分，对ATG9的招募到自噬体很重要；与PI3P结合；Atg9的逆行运输所需；与Atg2复合
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| colspan="2" | 与Atg13相互作用并形成ULK-ATG13-ATG101-FIP200复合物
|}

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