生化分子细胞技术列表

来自osm&bio
Rubisco留言 | 贡献2024年8月5日 (一) 16:46的版本 (加了一点PCR)
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  • 染色体构象捕获
    • 3C
    • 4C
    • 5C
    • Hi-C
    • ChIP-loop
    • ChIA-PET
  • 蛋白质-蛋白质互作
    • Y2H酵母双杂交
    • CoIP免疫共沉淀
    • pull down下拉实验
    • FERT荧光共振能量转移
    • BiFC双分子荧光互补
    • SPR表面等离子共振
    • ITC等温滴定量热法
  • 蛋白质-RNA互作
    • RIP-RNA结合蛋白免疫共沉淀:甲醛交联,裂解细胞,抗体沉淀特定蛋白,去交联获得RNA。
    • RNA pull down:标记的诱饵RNA与细胞裂解物孵育;检测与诱饵RNA结合的蛋白
    • MeRIP-RNA甲基化免疫沉淀:用甲基化RNA特异抗体沉淀并检测结合蛋白
  • 染色质开放性检测
    • MNase-seq
    • FAIRE-seq
    • DNase-seq
    • ATAC-seq
  • 各种印记
    • western blotting:蛋白质
    • northern blotting:RNA
    • southern blotting:DNA
    • eastern blotting:二维电泳蛋白质
    • dot blotting :不经电泳
    • Southwestern blotting:DNA探针检测蛋白质电泳结果
    • Far-western blotting:不用抗体而用可能互作的蛋白
    • northwestern blotting:RNA探针检测蛋白质电泳结果
    • middle eastern:DNA检测RNA
    • far western:检测脂质
  • 层析/色谱技术
    • 凝胶过滤层析
    • 亲和层析
      • IMAC
    • 聚焦层析:固定相上有缓冲剂,酸性的层析液流过,从上到下被缓冲,形成ph梯度;蛋白质会在进入等电点以上的pH后吸附在层析柱上;随着层析液不断流入,层析柱缓冲能力被逐渐耗竭,pH梯度移动(原来某一pH的位置下移),不同的蛋白就随等电点相应的梯度流出。
    • 离子交换层析
    • 疏水层析
    • 反向层析
  • 克隆某特定基因的办法
    • 功能克隆:已知基因产物(蛋白质),获得编码序列
    • 定位克隆:已知基因位置,染色体步移
    • 序列克隆:已知基因部分序列,获得全部序列
    • 表型克隆:
  • 基因克隆的具体技术
    • 鸟枪克隆法:将基因组打成片段,转入受体,寻找相关表型变化
    • 消减杂交:将两份cDNA混合,去除双链,剩余的可能是与表型差异有关的序列。
    • 转座子标签:转座子插入使得基因突变,在有相关表型改变的个体中寻找转座子,就能找到被突变的基因。
    • 图位克隆:染色体步移
  • PCR万世同堂
    • 一代PCR
    • 二代PCR:实时荧光定量PCR(real-time PCR/qPCR)
    • 三代PCR:微滴PCR(dPCR),常用数字微滴PCR(ddPCR)
    • 特种PCR:
      • 易错PCR,可以应用于DNA序列的人工进化和SELEX等;
      • 原位PCR,即将FISH和PCR结合,在组织内部in situ PCR;
      • 热启动PCR,目的简要概述为减少非特异性扩增,实现方法诸如发夹引物、琼脂包埋、抗体失活等等;
      • 重叠PCR(overlap PCR),采用跨模板片段作为引物扩增,运用了第一次的扩增产物作为长引物进行二次扩增;
      • 定点诱变PCR,可以大致分成两代:第一代是运用诱变引物在质粒上直接引入点突变,并且在筛选过程中运用了DpnI这一IV型酶,缺点是由于质粒比较大,扩增效率不高,而且筛选过程略微麻烦一点;第二代是运用线性片段和两组引物先分别进行扩增,再运用类似于overlap PCR的方法,利用长引物扩增得到目的片段;
      • 多突变PCR,有DNA洗牌技术和随机启动重组,主要是获得依托答辩一样序列混乱的DNA;
      • 不对称PCR,某一向引物比另一向多,扩增产物的量不对等,主要是获取探针和长引物;
      • 反向PCR,很简单了,其中有一个引伸技术质粒获救;
      • 反转录PCR,原理简单,引出来了一堆子技术如SMART、RACE、锚定PCR;
      • 巢式PCR,在克隆里面就叫染色体步移了,原理没甚区别,但讲起来费劲,不赘述;
      • TAIL-PCR,又称热不对称交错PCR,貌似除了朱玉贤院士的《现代分子生物学》没见谁讲过,有兴趣可参阅,原理复杂,不赘述;
      • cDNA差异分析,类似于运用PCR对两个不同样本的基因表达多少进行粗略比较,一个样本加引物的接头,一个不加,混合样本后进行扩增,线性扩增则量一致,指数则前大于后,扩增缓慢则后大于前,当然定量精确度差,应用实例较少。