生化分子细胞技术列表

• 染色质构象捕获
  • 3C
  • 4C
  • 5C
  • Hi-C
  • ChIP-loop
  • ChIA-PET
• 蛋白质-蛋白质互作
  • Y2H酵母双杂交
  • CoIP免疫共沉淀
  • pull down下拉实验
  • FERT荧光共振能量转移
  • BiFC双分子荧光互补
  • SPR表面等离子共振
  • ITC等温滴定量热法
• 蛋白质-RNA互作
  • RIP-RNA结合蛋白免疫共沉淀：甲醛交联，裂解细胞，抗体沉淀特定蛋白，去交联获得RNA。
  • RNA pull down：标记的诱饵RNA与细胞裂解物孵育；检测与诱饵RNA结合的蛋白
  • MeRIP-RNA甲基化免疫沉淀：用甲基化RNA特异抗体沉淀并检测结合蛋白
• 染色质开放性检测
  • MNase-seq
  • FAIRE-seq
  • DNase-seq
  • ATAC-seq
• 各种印记
  • western blotting：蛋白质
  • northern blotting：RNA
  • southern blotting：DNA
  • eastern blotting：二维电泳蛋白质
  • dot blotting ：不经电泳
  • Southwestern blotting：DNA探针检测蛋白质电泳结果
  • Far-western blotting：不用抗体而用可能互作的蛋白
  • northwestern blotting：RNA探针检测蛋白质电泳结果
  • middle eastern：DNA检测RNA
  • far western：检测脂质
• 层析/色谱技术
  • 凝胶过滤层析
  • 亲和层析
    • IMAC
  • 聚焦层析：固定相上有缓冲剂，酸性的层析液流过，从上到下被缓冲，形成ph梯度；蛋白质会在进入等电点以上的pH后吸附在层析柱上；随着层析液不断流入，层析柱缓冲能力被逐渐耗竭，pH梯度移动(原来某一pH的位置下移)，不同的蛋白就随等电点相应的梯度流出。
  • 离子交换层析
  • 疏水层析
  • 反向层析
• 克隆某特定基因的办法
  • 功能克隆：已知基因产物(蛋白质)，获得编码序列
  • 定位克隆：已知基因位置，染色体步移
  • 序列克隆：已知基因部分序列，获得全部序列
  • 表型克隆：
• 基因克隆的具体技术
  • 鸟枪克隆法：将基因组打成片段，转入受体，寻找相关表型变化
  • 消减杂交：将两份cDNA混合，去除双链，剩余的可能是与表型差异有关的序列。
  • 转座子标签：转座子插入使得基因突变，在有相关表型改变的个体中寻找转座子，就能找到被突变的基因。
  • 图位克隆：染色体步移
• PCR万世同堂
  • 一代PCR
  • 二代PCR：实时荧光定量PCR（real-time PCR/qPCR）
  • 三代PCR：微滴PCR（dPCR），常用数字微滴PCR（ddPCR）
  • 特种PCR：
    • 易错PCR，可以应用于DNA序列的人工进化和SELEX等；
    • 原位PCR，即将FISH和PCR结合，在组织内部in situ PCR；
    • 热启动PCR，目的简要概述为减少非特异性扩增，实现方法诸如发夹引物、琼脂包埋、抗体失活等等；
    • 重叠PCR（overlap PCR），采用跨模板片段作为引物扩增，运用了第一次的扩增产物作为长引物进行二次扩增；
    • 定点诱变PCR，可以大致分成两代：第一代是运用诱变引物在质粒上直接引入点突变，并且在筛选过程中运用了DpnI这一IV型酶，缺点是由于质粒比较大，扩增效率不高，而且筛选过程略微麻烦一点；第二代是运用线性片段和两组引物先分别进行扩增，再运用类似于overlap PCR的方法，利用长引物扩增得到目的片段；
    • 多突变PCR，有DNA洗牌技术和随机启动重组，主要是获得依托答辩一样序列混乱的DNA；
    • 不对称PCR，某一向引物比另一向多，扩增产物的量不对等，主要是获取探针和长引物；
    • 反向PCR，很简单了，其中有一个引伸技术质粒获救；
    • 反转录PCR，原理简单，引出来了一堆子技术如SMART、RACE、锚定PCR；
    • 巢式PCR，在克隆里面就叫染色体步移了，原理没甚区别，但讲起来费劲，不赘述；
    • TAIL-PCR，又称热不对称交错PCR，貌似除了朱玉贤院士的《现代分子生物学》没见谁讲过，有兴趣可参阅，原理复杂，不赘述；
    • cDNA差异分析，类似于运用PCR对两个不同样本的基因表达多少进行粗略比较，一个样本加引物的接头，一个不加，混合样本后进行扩增，线性扩增则量一致，指数则前大于后，扩增缓慢则后大于前，当然定量精确度差，应用实例较少。
• 基因工程(genetic engineering)
  • 基因打靶
    • 胸苷激酶和新霉素抗性
    • 条件性敲除：Cre-loxP、Flp-FRT
  • 基因编辑
    • ZFN锌指核酸酶
    • TALEN类转录活化因子核酸酶
    • CRISPER-Cas9
      • prime-editing引物编辑
      • dCas9
      • Cas9n
• 电泳
  • 脉冲场凝胶电泳
  • 二维琼脂糖凝胶电泳
  • 非变性电泳native page
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