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=== DNA/RNA === ==== Blot ==== * 众所周知的southern对应DNA northern对应RNA * 核酸探针杂交之前要预杂交(一般用鲑鱼精子???) * 硝酸纤维素膜和尼龙膜:前者靠疏水作用结合核酸 比较脆;后者靠共价键结合核酸 比较坚韧(所以多轮杂交一般用尼龙膜) ==== PCR(及其衍生操作) ==== * T4DNA聚合酶在低dNTP浓度下表现3'-5'外切酶活性 高浓度下表现聚合酶活性 应用于3'末端标记 同时klenow片段也可应用于3'末端标记;5'末端标记用碱性磷酸酶和T4多核苷酸激酶 ** 末端标记法一般较少用于杂交探针制备(但可以用)早期DNA测序会使用末端标记 现在多用于测序 * 引物设计原则(老生常谈系列) ** 长度18-30 ** 避免二聚体/二级结构(电泳胶底下一大坨二聚体预警) ** 碱基最好随机分布 同种碱基不要成串出现 GC比例40%-60% ** Tm在55-80 ** 3'端最好以G/C结尾 两条引物3'端绝对不能互补(二聚体预警)避免多个A/T ** 5'端可以灵活修饰 影响没有那么大 ** 对真核生物mRNA可设计跨内含子引物防止非特异性扩增 * 甘油和DMSO可以竞争核酸内部的氢键 进而打开二级结构 提高产量 * RT-PCR的ct法要看本底基因 本底是内参基因!!要用本底基因的Δct进行矫正算ΔΔct 具体计算公式是ΔΔct=Δct实验-Δct对照 用于排除RNA提取效率 反转录效率和你每个管加的cDNA量有轻微不一样的误差 ===== 一些奇怪的PCR ===== ====== 巢式PCR ====== 两对引物 第一轮扩增后要对产物进行稀释 避免外引物产生干扰 可以极大提高反应的特异性 ====== 5'/3'RACE ====== 适用于RNA一端已知一端未知 先利用反转录酶得到一段DNA 接着给它加上一个尾巴 然后利用已知片段和尾巴进行PCR 用两对引物增强特异性 ==== 提取 ==== ==== 测序 ==== * sanger法等多种末端终止法电泳的时候用(SDS-)PAGE胶电泳 琼脂糖孔洞太大了分辨率不够 * 一代末端终止 二代边合成边测序 三代单分子合成测序 ** 准确率上1>2>3 ** 读长3>1>2 ** 效率3>2>1 ** 现在最常用的是二代 * 某些非光学显微镜(比如扫描隧道显微镜)可以直接“阅读”DNA === 蛋白质 === ==== Blot ==== * 如果是
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