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一．核酸数据库（一下三个数据库合作，每日交换信息，组成INSDC)

1.GenBank数据库（由NCBI提供）

 核苷酸序列数据库：EST数据库，GSS数据库

 蛋白质结构数据库：PDB

 参考序列数据库：RefSeq数据库

 第三方注释数据：TPA

2.欧洲核酸档案EDA（由EMBL提供，原EMBL-Bank发展而来）

 序列片段归档SRA，Trace归档（收录高通量测序获得的短读段及测序质量）

 EMBL-Bank（收录核酸序列及相关信息）

3.DDBJ数据库（由NIG日本国立遗传学研究所提供）

二．蛋白质序列数据库

  1.PIR数据库（由NBRF创建）

iProClass数据库（整合各种蛋白质数据，是一个全面的蛋白质信息数据库）

PIRSF数据库（提供蛋白质家族分类信息，反应蛋白质进化关系）

  2.Swiss-Prot数据库（由EBI创建，并入UniProt）

    Swiss-Prot数据库（高质量的，手工注释的，非冗余的蛋白质序列数据库）

    TrEMBL数据库（计算机注释的蛋白质数据库，包含编码序列翻译的蛋白质序列）

3.UnitProt数据库（universal protein resource通用蛋白质资源库，整合了上文三个数据库）

 1.UnitProt知识库（UnitProtKB)

  UnitProtKB/Swiss-Prot（手工注释，已检查）

  UnitProtKB/TrEMBL（计算机注释，未检查）

2.UnitProt档案（UnitParc）

综合性非冗余数据库，包含所有主要的，公开的蛋白质序列

3.UnitProt参考资料库（UnitRef）                                                                                                           

对UnitProtKB与UnitParc中一些数据提供聚类信息

三．蛋白质结构数据库

  1.蛋白质结构数据库PDB

存储实验测定的生物大分子三维结构（90%蛋白质，也包括核酸，核酸复合物）

  2.蛋白质结构分类数据库SCOP

对已知三维结构的蛋白质分类，描述结构与进化关系，工作需人工完成

基于类（class），折叠（fold），超家族（superfamily），家族（family），蛋白质结构域（protein domains），物种（species）

  3.蛋白质二级结构数据库DSSP

对蛋白质结构中的氨基酸残基进行二级结构构想分类的标准化算法，根据PDB数据库中的三维结构推导出二级结构