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这个页面是对近年来分子证据揭示的新系统发育结果的汇总，可以避免你被出题人用“以下哪些是单系群”凌辱。

== 真核生物的系统发育 ==

== 植物的系统发育 ==

=== 泛植物类的系统发育 ===

=== 苔藓植物的系统发育 ===

* 苔藓植物是单系群
** 苔纲和藓纲是姐妹群，合称“蒴柄植物”
** “蒴柄植物”和角苔纲是姐妹群
** 苔纲，藓纲，角苔纲都是单系群

=== 石松类和真蕨类的系统发育 ===

=== 裸子植物的系统发育 ===

* 有些出题人会用裸子植物不是单系群凌辱你，请各位小伙伴见仁见智，这个说法可能主要是基于化石种的问题出发的，因此会认为在被归为“裸子植物”的化石种中存在被子植物祖先，比如开通目等等，了解就好，古生物学就是天坑。
* 基于现有的研究，裸子植物的分子系统学分类大面上定了，主要分为三个纲（基于单系群理念划分），分别为：
** 苏铁纲（Cycadopsida）；
** 银杏纲（Ginkgoopsida）；
** 松柏纲（Piniopsida）。
* 其中，苏铁纲与银杏纲聚为一支，属于较为古老的裸子植物。
** 苏铁纲的下属：苏铁目（Cycadales），下属科：苏铁科（Cycadaceae）与泽米铁科（Zamiaceae）。泽米铁科下还分两亚科，不过鉴于非研究无意义原则不多赘述。
** 银杏纲一枝独秀，目、科、属、种都一样（植物界著名独户）。
* 松柏纲的系统发育关系变化较大，首先注意到红豆杉纲和买麻藤纲均取消，归入松柏纲。在现有的松柏纲内，存在三个亚纲（分别代表三个独立单系群）：
**

=== 被子植物的系统发育 ===

* 单子叶植物是单系群，原双子叶植物不是单系群。

==== 蔷薇科 ====

* 原蔷薇亚科、李亚科、绣线菊亚科不是单系群，原苹果亚科是单系群。
* 剔除了几个成员(如棣棠)的原蔷薇亚科构成新的蔷薇亚科
* 几个成员构成了仙女木亚科
* 原绣线菊亚科、李亚科、苹果亚科构成了桃亚科
* 桃亚科、仙女木亚科、新的蔷薇亚科之间的关系尚未确定

==== 豆科 ====

* 原含羞草亚科和蝶形亚科是单系群，云实亚科不是
* 现在分为六个亚科：
** 紫荆亚科：独立自原云实亚科
** 甘豆亚科：独立自原云实亚科
** 山姜豆亚科：独立自原云实亚科
** 酸揽豆亚科：独立自原云实亚科
** 云实亚科：残留的云实亚科+含羞草亚科
** 蝶形花亚科：不变。

==== 菊科 ====

* 原舌状花亚科不是单系群，原管状花亚科是。

== 动物的系统发育 ==

== 真菌的系统发育 ==
传统上真菌通常分为：壶菌chytridiomycetes,接合菌zygomycetes,子囊菌ascomycetes,担子菌basidiomycetes。

* 原壶菌不是单系群，是最基部的三条谱系：Cryptomycota/Microsporidia, Chytridiomycota, Blastocladiomycota。
** 这暗示“具有鞭毛”不是壶菌的共衍征，而是真菌共同祖先的祖征。在Microsporidia和原壶菌门之外的所有类群中，鞭毛发生了两次丢失。
* 原接合菌门不是单系群，而是构成了接下来的两条谱系：Zoopagomycota和Mucoromycota。
* 子囊菌和担子菌是单系群，两者是姐妹群
顺带一提，具有游动孢子的水霉、霜霉、马铃薯晚疫病（爱尔兰大饥荒）属于卵菌门（吴国芳的鞭毛菌门），并不是真菌，而是一种不等鞭毛类，和海带之类是亲戚。[[文件:真菌的系统发育.png|缩略图]]