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所有适合做分子克隆的菌株基本都有两个共同的突变：endA1和recA1。endA1编码核酸内切酶I，具有该突变的菌种能够减少质粒被非特异性核酸内切酶降解，提高质粒的产量和质量；recA1编码ATP依赖的重组酶，缺失该基因能够降低质粒发生意外重组的概率（质粒内部重组或者与大肠杆菌基因组发生重组），大大提高了质粒的稳定性。

但是克隆菌株都不具有lon和OmpT突变，这两个基因都编码了蛋白酶，而几乎所有的蛋白表达菌株都具有这两种突变，因此能够提高外源蛋白在大肠杆菌中的稳定性。分子克隆菌株一般都可以非常方便地制作效率很高（>109 CFU/μg DNA）的化学转化感受态细胞和电转化感受态细胞。

克隆菌种还有一个共同特点，就是lacZΔM15突变。这个突变去除了β-半乳糖苷酶lacZ基因氨基端的第11~41位氨基酸，使得菌种本身不能使含有X-β-Gal底物的平板变蓝。当转化了含有lacZ基因α-片段的质粒时，如果是空载体则会发生α-互补，重新组成具有酶活的半乳糖苷酶，催化平板变蓝。如果插入片段破坏了α片段，则菌落呈现白色。具有lacZΔM15突变是可以进行蓝白斑筛选的分子基础，虽然现在由于In-Fusion克隆、Gateway克隆等技术的流行使得这一特性变得越来越不重要。<ref>http://www.360doc.com/content/23/0326/09/10034736_1073647601.shtml</ref>