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生化代谢产能分析
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== '''糖代谢基础知识:糖酵解,三羧酸循环,呼吸链及糖异生''' == [[糖酵解]]:一分子葡萄糖经糖酵解净生成了两分子ATP([[磷酸甘油酸激酶|己糖激酶、磷酸甘油酸激酶]])、两分子NADH([[3-磷酸甘油醛脱氢酶]])以及两分子丙酮酸。其余站内已有详细的解释,这里不再赘述。 ----'''[[三羧酸循环]]''':(宁异勿同,虎虎言平<ref>柠檬酸,异柠檬酸,α-酮戊二酸,琥珀酰-CoA,琥珀酸,延胡索酸,草酰乙酸。</ref>) 预备反应(严格来讲,不属于三羧酸循环):[[丙酮酸脱氢酶复合体]]将[[丙酮酸]]转变为[[乙酰-CoA]]与CO<sub>2</sub>,需要的辅因子有FAD、NAD<sup>+</sup>、硫辛酸、TPP、CoA、Mg<sup>2+</sup>等。这一步生成了NADH。 循环反应1:由[[柠檬酸合成酶]]催化,将[[乙酰-CoA]]与[[草酰乙酸(OAA)]]化合为[[柠檬酸]]。这是一步很强的放能反应,该反应不可逆。但并不产生还原性辅酶或ATP。 循环反应2:由[[顺乌头酸酶]]催化,使柠檬酸异构为[[异柠檬酸]]。这一步经过乌头酸这一中间产物,是可逆反应。 循环反应3:由[[异柠檬酸脱氢酶]]催化,将异柠檬酸的仲醇氧化为羰基,并快速脱羧生成[[α-酮戊二酸(αKG)]],该反应不可逆。反应有草酰琥珀酸的中间产物。需要NAD<sup>+</sup>作辅酶,即生成[[NADH]]。 循环反应4:在[[αKG脱氢酶复合体]](该复合体类似于丙酮酸脱氢复合体)的作用下,αKG氧化脱羧。需要的辅酶与丙酮酸脱氢酶复合体一致,是不可逆反应。生成[[NADH]]以及[[琥珀酰-CoA]]。 循环反应5:由[[琥珀酰硫激酶]]催化,琥珀酰-CoA与GDP(哺乳动物)发生底物水平的磷酸化生成[[琥珀酸]](即[[丁二酸]])及GTP,后者再生成一分子ATP。 循环反应6:由[[琥珀酸脱氢酶]]催化(即呼吸链中复合物Ⅱ),琥珀酸脱氢生成[[延胡索酸]]。这一步产生[[FADH2|FADH<sub>2</sub>]]。 循环反应7:由[[延胡索酸酶]]催化,延胡索酸水和产生[[L-苹果酸]]。 循环反应8:由[[苹果酸脱氢酶]]催化,将苹果酸的仲醇基氧化为羰基产生[[OAA]]。这一步需要的辅酶是NAD<sup>+</sup>。 '''总结:乙酰-CoA+3NAD<sup>+</sup>+FAD+GDP+Pi+2H<sub>2</sub>O→2CO<sub>2</sub>+3NADH+FADH<sub>2</sub>+GTP+3H<sup>+</sup>+CoA-SH''' 其中产生的能量物质有'''NADH(丙酮酸脱氢酶系、异柠檬酸脱氢酶、αKG脱氢酶复合体、苹果酸脱氢酶)、FADH<sub>2</sub>(琥珀酸脱氢酶)、GTP(琥珀酸硫激酶)。''' ----'''呼吸链''' 需要的知识: 1.由于ATP合酶c亚基的数目特点,大概每有4个氢离子流过F<sub>o</sub>亚基,就有1个ATP的合成。 2.呼吸链复合体Ⅰ每有两个电子流过,就将4个氢离子泵入膜间隙。复合体Ⅱ并不泵氢离子。复合体Ⅲ同样泵4个,复合体Ⅳ泵2个。 3.NADH中的一对电子经复合物Ⅰ→Ⅲ→Ⅳ传递给氧气;而FADH<sub>2</sub>经Ⅱ→Ⅲ→Ⅳ。 推论: 一分子NADH相当于2.5ATP,一分子FADH<sub>2</sub>相当于1.5ATP<ref>旧观点认为1NADH~3ATP,1FADH<sub>2</sub>~2ATP,这是对c亚基数目估计的不同导致的。请不要使用旧算法。</ref> ----'''糖异生''' 大部分过程是糖酵解的反演。 这里用到的步骤主要是PEP(磷酸烯醇式丙酮酸)的再生。 <nowiki>**</nowiki>丙酮酸(Pyr)在丙酮酸羧化酶的作用下生成OAA,消耗了一分子ATP及CO<sub>2</sub>。 <nowiki>**</nowiki>接着,OAA在PEP羧激酶的作用下转化为PEP,消耗一分子GTP 结论:OAA转化为Pyr相当于消耗了一分子GTP(PEP羧激酶)又生成了一分子ATP(丙酮酸激酶),因此可以在计算中将OAA与Pyr同等看待。 == 常见糖代谢有关物质的产能分析 == '''1.葡萄糖(30~32'''<ref>省流版</ref>''')''' 2.5×2+2(糖酵解<ref>2NADH+2ATP</ref>)+(2.5(乙酰辅酶A的生成<ref>1NADH</ref>)+1+2.5×3+1.5(TCA循环<ref>1GTP+3NADH+1FADH<sub>2</sub></ref>))×2=32. 注意糖酵解中产生的NADH进入线粒体有两种穿梭方式,其中较为简单的α-磷酸甘油穿梭相当于把NADH转化为了FADH<sub>2</sub>,故有1ATP的损失 所以一分子葡萄糖应该是32,31或30个ATP。 '''2.丙酮酸(12.5)''' 就是取上述步骤的后半段。 2.5+1+2.5×3+1.5=12.5 ATP. '''3.乙酰辅酶A(10)''' 在上述基础上减去2.5(生成乙酰辅酶A伴随的NADH)即可。 12.5-2.5=10 ATP. '''4.乳酸(14~15)''' 先在乳酸脱氢酶的作用下生成一分子的丙酮酸(相当于生成乳酸的逆反应)产生1 NADH 丙酮酸前文已分析 2.5(1.5)+12.5=15(14) ATP. '''5.草酰乙酸(12.5)'''<ref>一些初学者或许会放到TCA中分析,但是TCA的碳在每一轮循环后的变化太过复杂,不易分析。</ref> 在“糖异生”板块已分析,看到OAA将其视为Pyr即可 (-1+1)<ref>见糖异生板块。</ref>+2.5+1+2.5×3+1.5=12.5 ATP '''6.琥珀酸(16.5)''' 先在TCA中转化为OAA(琥珀酸→苹果酸→OAA)1.5+2.5<ref>1 FADH<sub>2</sub>+1 NADH</ref>=4 ATP. OAA前文已分析。 4+12.5=16.5 ATP -(未完结) ----
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