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与自交不亲和(SI)相关的基因被称为S基因，尽管不同植物的SI可能完全不同，S基因也大相径庭，还是统一称为S基因。

=== 配子体自交不亲和 ===
出现在'''禾本科，茄科，蔷薇科，豆科，'''玄参科，罂粟科等等，

==== RNase介导 ====
如果具有相同的S基因，柱头的S-RNase会降解花粉管的RNA。此机制存在于真双子叶植物共同祖先中，且在现代植物种广泛存在。

==== S-糖蛋白介导 ====
罂粟科。当柱头，花粉的蛋白相互识别，引发钙离子内流，和下游一系列反应，导致花粉管生长停滞和最后的凋亡。

=== 孢子体自交不亲和 ===
出现在'''十字花科'''，菊科，旋花科，石竹科等等。

==== 芸薹的自交不亲和 ====
孢子外壁上有SCR或SP1，SRK在柱头中表达，结合使SRK自磷酸化，激活柱头蛋白酶体，降解乙二醛酶I（GLO1），导致甲基乙二醛不能被降解，进而导致了不亲和。