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上课去了の笔记：修订间差异

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第1行： 第1行：
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'''（欢迎加🛰！或许可以开一个生竞的wx群吗（）'''
微生物很烂，可能会写错的有点多


== 杂乱知识点 ==
== 杂乱知识点 ==
=== 生物化学 ===
关于细古真的甘油构型：
甘油本身无手性。甘油磷酸构型才是差异之处。
* '''细菌/真核：D型甘油-3-磷酸'''
* '''古菌：L型甘油-1-磷酸'''
G250（游离465/结合595）比R250多两个甲基。R250更灵敏，但不用于定量（背景容易混淆）
=== 分子生物学 ===
细菌：-35TTGACA  -10TAATAT
TFII'''H'''磷酸化CTD→启动子清空
线粒体DNA pol与T3、T7噬菌体高度同源（均为单亚基），需转录因子TFAM、TFB2M（哺乳动物）
* T3、T7不需转录因子（自带RNA pol）
* 要转录且依赖宿主pol的，λ、T4需宿主σ+自带转录因子
色氨酸操纵子：3、4构成终止子


=== 细胞生物学 ===
=== 细胞生物学 ===
第7行： 第31行：


核纤层蛋白：V型中间丝
核纤层蛋白：V型中间丝
钒酸盐抑制P型泵<!-- 其实挺好理解，和磷酸像嘛 -->
MAP2：树突
tau：轴突
EB1结合维管正极（稳定维管）
stathmin结合α/β二聚体负极（稳定单体）
核仁中'''纤维中心电子密度最高'''
=== 微生物学 ===
胃八叠球菌：纤维素厚壁
固氮酶类型：铁-铁、锌-铁、钒-铁
Park：五肽尾+NAM+UDP'''（无NAG）'''
'''热原体属'''Thermoplasma无细胞壁


=== 植物学 ===
=== 植物学 ===
第13行： 第58行：
花粉胚珠比：闭花受精<专性自交<兼性自交<兼性异交<专性自交
花粉胚珠比：闭花受精<专性自交<兼性自交<兼性异交<专性自交


自交不亲和识别位点
红藻：有单细胞种类，淡水种类多


* 孢子体：柱头
褐藻：无单细胞种类，淡水种类少


* 配子体：花柱上端
间苯二酚蓝/苯胺蓝：胼胝质


红藻：有单细胞种类，淡水种类多
盐酸间苯三酚：木质素
 
被子植物多数是同株异花
 
原核RecA→植物Rad51
 
动物CDK1/2→植物CDKA
 
玉米雄小穗：2雄花、各3雄蕊
 
野生水稻有芒。无芒水稻是驯化的结果。
 
青蒿素：环状倍半萜。青蒿不含/极少含有青蒿素，青蒿素提取自黄花蒿<!-- 那为什么要叫青蒿素啊喂:) -->
 
尼古丁：在烟草根部合成，通过木质部运输至叶片（储存在液泡中）
 
天然橡胶：顺式-1,4-聚异戊二烯。韧皮部乳管细胞合成，受伤时通过乳管破裂分泌
 
萝藦科有合蕊柱、花粉块，'''无唇瓣'''
 
 
 
ABA可促使一些短植物如浮萍、红藜、草莓在长日条件下开花，同时对长日植物的开花有抑制作用
 
外施IAA会抑制短日植物如苍耳成花，一些长日植物如天仙子、毒麦等的成花受外源IAA（低浓度？）的促进


褐藻：无单细胞种类，淡水种类少
（但一般来说，高浓度生长素处理对植物成花都表现为抑制效应）


=== 植物生理学 ===
=== 植物生理学 ===
导管流速：泊肃叶方程Q=πr<sup>4</sup>·Δq/8ηL
导管流速：泊肃叶方程Q=πr<sup>4</sup>·Δq/8ηL


== 新研究 ==
=== 动物学 ===
海盘属于海蛇尾（无皮鳃）
 
圆口纲鳃篮软骨条9横4纵
 
人肾为平滑多乳头，似猪（牛有沟多乳头，兔平滑单乳头）
 
观察果蝇唾腺染色体取用果蝇三龄'''雌'''幼虫
 
=== 动物生理学 ===
血红素氧合酶HO：血红素→胆绿素+Fe<sup>2+</sup>+CO
 
=== 生态学 ===
地面火对植被破坏更小（相比林冠火）
 
=== 遗传学 ===
人'''编码序列'''（并非基因）占全基因组1.5%
 
=== 演化生物学 ===
'''蓝氏贾第虫'''：研究细胞核起源。'''有双层核膜，无核仁'''
 
== 新研究/与书上不符 ==
 
=== 生物化学 ===
 
* 核磁共振：多维核磁共振应用范围不被分子大小限制


=== 植物学 ===
=== 植物学 ===
草莓：内生菌根（书上为内外生菌根）


柑橘属：裂溶生'''先裂后溶'''（书上为溶生型）
* 草莓：内生菌根（书上为内外生菌根）
 
* 柑橘属：裂溶生'''先裂后溶'''（书上为溶生型）


核磁共振：多维核磁共振应用范围不被分子大小限制
=== 微生物学 ===


== 环的整理 ==
* 真核细胞固氮：The nitroplast: A nitrogen-fixing organelle
 
首次证实海洋单细胞藻类Braarudosphaera bigelowii中存在由蓝细菌UCYN-A内共生演化而来的硝质体（nitroplast），这是首个被发现的真核生物固氮细胞器，其复制分裂与宿主细胞高度同步，且依赖宿主编码的蛋白完成核心功能，完全符合细胞器的定义。
 
* 固氮酶新增钒-铁类型
 
== ''生物化学'' ==
 
=== 脂肪反应 ===
'''碘值'''：100克物质所能加成的碘的克数
 
碘会与双键发生加成反应，碘值越高，说明该物质中碳碳双键的数量越多，不饱和程度越高
 
'''皂化值'''：1克油脂碱水解时所需KOH的量
 
可用干计算油脂的相对分子质量
 
'''酸值'''：中和1克油脂中游离脂肪酸所需KOH的量
 
可用于表示油脂水解、缓慢氧化后的酸败程度，酸值越高，说明油脂中游离脂肪酸越多，油脂的酸败程度可能越严重
 
'''乙酰化值'''：1克乙酰化的油脂所分解出的乙酸用KOH中和时所需KOH的质量
 
可以用于衡量油脂羟基数目。羟基反应生成乙酰酯，同时释放出乙酸，乙酰化值越高，说明原物质中含有的羟基数量越多。
 
=== 肠道细菌可以合成的维生素 ===
所有B、K₂
 
=== 环的整理 ===


=== 含氮杂环 ===
=== 含氮杂环 ===
第42行： 第165行：
B3、B6
B3、B6


==== 吡咯：五元环，4C1N ====
===== 吡咯：五元环，4C1N =====
4吡咯＝1卟啉（血红素、叶绿素、细胞色素）
4吡咯＝1卟啉（血红素、叶绿素、细胞色素）


第49行： 第172行：
苯环＋吡咯＝吲哚环
苯环＋吡咯＝吲哚环


==== 吡咯烷：饱和吡咯（无双键） ====
===== 吡咯烷：饱和吡咯（无双键） =====
脯氨酸
脯氨酸


==== 咪唑：五元环，3C2N ====
===== 咪唑：五元环，3C2N =====
组氨酸
组氨酸


==== 吲哚：苯环+吡咯 ====
===== 吲哚：苯环+吡咯 =====
色氨酸
色氨酸


==== 嘧啶：六元环，4C2N ====
===== 嘧啶：六元环，4C2N =====
B1、B2（异咯嗪环）
B1、B2（异咯嗪环）


==== 嘌呤：嘧啶＋咪唑 ====
===== 嘌呤：嘧啶＋咪唑 =====


==== 蝶啶：嘧啶＋吡嗪 ====
===== 蝶啶：嘧啶＋吡嗪 =====
B9
B9


==== 异咯嗪：苯环＋嘧啶＋吡嗪稠合 ====
===== 异咯嗪：苯环＋嘧啶＋吡嗪稠合 =====
B2
B2


==== 噻唑环：五元芳香环，3C1N1S ====
===== 噻唑环：五元芳香环，3C1N1S =====
B1
B1


=== 纯碳环/碳氧环 ===
==== 纯碳环/碳氧环 ====


==== 苯环 ====
===== 苯环 =====


==== 萘环：2苯环稠合 ====
===== 萘环：2苯环稠合 =====
K（萘醌）
K（萘醌）


==== 菲环：3苯环稠合 ====
===== 菲环：3苯环稠合 =====
环戊烷多氢菲（所有甾醇类的母体）
环戊烷多氢菲（所有甾醇类的母体）


==== 色原烷环：苯环＋吡喃环 ====
===== 色原烷环：苯环＋吡喃环 =====
E（生育酚）
E（生育酚）


== 革兰氏染色（进化上） ==
== ''分子生物学'' ==
 
=== 阳性G+ ===
（低GC比）梭菌、乳杆菌、葡萄球菌、明串珠菌、链球菌、高温放线菌、支原体、芽胞杆菌、李斯特菌
 
（高GC比/放线菌）棒杆菌、丙酸杆菌、双歧杆菌、分枝杆菌、链
 
霉菌、弗兰克氏菌、诺卡氏菌
 
=== 阴性G- ===
假单胞菌、固氮菌、根瘤菌、醋杆菌、埃希氏菌、志贺氏菌、沙门氏菌、耶森氏菌、肠杆菌、变形杆菌、奈瑟氏球菌、弧菌、克雷伯氏菌、发光杆菌、立克次氏体、衣原体、蓝藻、硝化菌＆亚硝化菌、嗜盐古菌、紫色光合细菌
 
== γ/α僵直 ==
'''易化区'''：前庭核、小脑前叶两侧＆后叶中间部
 
'''抑制区'''：大脑皮层运动区、纹状体、小脑前叶蚓部


* '''γ僵直：'''中脑上下丘之间切断脑干（大脑运动区＆纹状体失衡）
=== 关于“某某子”之类调控元件 ===
 
解除：切断腰骶部后根
 
* '''α僵直：'''γ+切除小脑前叶蚓部（易化区通过前庭脊髓束直接兴奋α）
 
解除：切断VIII听神经
 
== 关于“某某子”之类调控元件 ==
{| class="wikitable"
{| class="wikitable"
|+
|+
第162行： 第262行：
|}
|}


== 维管植物起源 ==
=== σ类型 ===
70：正常
 
'''54：氮饥饿'''
 
'''32：热休克'''
 
== 细胞生物学 ==
 
=== 细胞程序性死亡PCD ===
 
== 生物技术 ==
双向电泳：
 
横为IFE，纵为SDS-PAGE（横为等电，纵测分子）。
 
约靠近左下Mr/pI越小。
 
== ''植物学'' ==
===自交不亲和识别位点===
 
* SSI孢子体：柱头乳突细胞
'''十字花科、菊科、旋花科'''
* GSI配子体：花柱上端/胚囊
'''蔷薇科、茄科、豆科、禾本科、芸香科'''
 
=== 缠绕茎类型 ===
左旋：牵牛、马兜铃、菜豆
 
右旋：忍冬、葎草
 
中性：何首乌
 
=== 藻类光合相关 ===
 
==== 载色体膜层数 ====
'''2层膜：'''红藻、绿藻


=== 莱尼蕨 ===
'''3层膜：'''裸藻、甲藻
 
'''4层膜：'''金藻、黄藻、硅藻、褐藻
 
=== 藻类世代交替 ===
 
==== 红藻 ====
紫菜成熟的配子体上会形成精子囊和顶端有受精丝的'''果孢'''n，精子与果胞受精形成合子，合子发育为'''果孢子'''2n，成熟后长成丝状体即'''壳斑藻'''2n，壳班藻通过减数分裂产生'''壳孢子'''n，再由壳孢子萌发为紫菜，完成一次世代交替
 
=== 维管植物起源 ===
 
==== 莱尼蕨 ====
中志留纪出现（425Ma）→中泥盆纪灭绝
中志留纪出现（425Ma）→中泥盆纪灭绝


第177行： 第324行：
化石证据中央疏导组织未加厚，类似苔藓植物导水细胞。
化石证据中央疏导组织未加厚，类似苔藓植物导水细胞。


=== 工蕨 ===
==== 工蕨 ====
泥盆纪出现（408～360Ma）
泥盆纪出现（408～360Ma）


第185行： 第332行：
* '''现代石松类祖先'''（孢子囊侧生、木质部外始式）
* '''现代石松类祖先'''（孢子囊侧生、木质部外始式）


=== 三相蕨 ===
==== 三相蕨 ====
'''可能由莱尼蕨演化而来'''
'''可能由莱尼蕨演化而来'''


第198行： 第345行：
|+
|+
|
|
!
!松科
!
!杉科
!
!柏科
|-
!叶形
|针形、条形
|披针形、钻形、鳞形、'''条形'''
|鳞形、刺形
|-
!叶着生方式
|针形：2、3、5针一束，簇生于短枝
条形：螺旋状互生/单生
|螺旋状互生/单生（水杉：对生）
|鳞形：对生/轮生，紧贴小枝
刺形：3叶轮生
|-
!珠鳞和苞鳞
|离生
|半合生（下部愈合）
|合生
|-
!球果
|木质，成熟开裂
|木质，成熟开裂
|木质，成熟开裂/肉质浆果状，不开裂
|-
!种子
|长翅
|窄翅
|窄翅/无翅
|-
|-
!
!气囊
|
|有
|
|无
|无
|}
 
=== 木质素类型 ===
 
* '''H：p-香豆醇（对羟基苯基）'''
* '''G：松柏醇（愈创木基）'''
* '''S：芥子醇（紫丁香基）'''
 
蕨类：H
 
裸子：G
 
双子叶：G+S
 
单子叶：G+S+H
 
=== 被子花粉粒类型 ===
 
* 2细胞型：大多数被子
* 3细胞型：'''禾本科、十字花科、菊科'''
 
=== 细胞学分区：茎尖分生组织SAM ===
 
* '''中心区CZ：'''分裂频率低，保持未分化状态
* '''周缘区PZ：'''分裂旺盛。根据位置信息分化形成叶原基/花原基，外侧细胞分化为皮层
* '''肋状区RZ：'''分化成髓、维管组织原始细胞
 
所需基因：'''STM、WUS、CLAVATA1 2 3（CLV1 2 3）'''
 
== 植物生理学 ==
 
=== 光能分配 ===
 
* 状态I：用主要被PS I吸收的光，激发能向PS II分配增加
* 状态II：用主要被PS II吸收的光，激发能向PS I分配增加
 
光、Mg<sup>2+</sup>、ATP→LHC II磷酸化→状态II
 
PS II优先激发→PQ还原→LHC II激酶活化→LHC II磷酸化
 
状态'''II'''：b6f向'''非垛叠区'''分配
 
=== Rubisco ===
560kDa
 
最丰富的'''可溶性'''蛋白质（最丰富不可溶蛋白质为LHCP）
 
'''8大亚基'''（56kDa）'''8小亚基'''（14kDa）
 
大476AA 小123AA
 
* 每个大亚基1催化位点1调节位点。2个大亚基为一组，Mg<sup>2+</sup>作为连接桥
* 小亚基仅调节
'''光诱导：'''
 
* 大小亚基转录。光敏色素参与
* 翻译后修饰：钝化or锐化
 
钝化：暗中RuBP结合Rubisco
 
锐化：
 
# 光激活Rubisco活化酶（核基因编码）ATPase类似伴侣蛋白
# 结合ATP，14～16个活化酶多肽自聚合
# 结合Rubisco，ATP水解
# 多肽解聚，Rubisco构象变化，释放RuBP
 
== ''微生物学'' ==
（微生物实在是太差，故有很多单开的链接
 
=== [[上课去了の细菌染色整理]] ===
 
=== [[上课去了の微生物结构整理]] ===
 
=== IMViC ===
'''I：吲哚试验'''
 
'''M：甲基红试验'''
 
'''V：V-P试验'''
 
'''C：枸橼酸盐利用试验'''
{| class="wikitable"
|+
|
|
!原理
!阳性
!阴性
|-
|-
!
!I吲哚
|
|色氨酸酶产生吲哚+'''对二甲基氨基苯甲醛'''
|
|红色
|
|无色
|-
|-
!
!M甲基红
|
|分解葡萄糖大量产酸
|
|红色
|
|黄色
|-
|-
!
!V-P
|
|分解葡萄糖产生'''乙酰甲基甲酯'''，'''碱性'''下氧化
|
|红色
|
|无色
|-
|-
!
!C枸橼酸盐
|
|以枸橼酸为唯一碳源生长产生碱，溴麝香草酚蓝变色
|
|蓝色
|
|绿色
|}
|}
=== 微生物计数法 ===
* '''比浊法'''（浊度计比色法/光电比浊法）：测OD<sub>600</sub>
总菌数。快、简便、无损、可连续测生长曲线
细菌生长动态监测
* '''血球计数板法'''
总菌数。直观、快、能看形态
酵母菌、霉菌孢子、单细胞微生物
* '''平板菌落计数法'''
活菌数。慢、操作繁杂、稀释易造成误差
食品/水/样品活菌定量、药敏、菌种计数
=== 病原体类型 ===
==== 细菌 ====
肺结核、百日咳、白喉、猩红热、伤寒、副伤寒、霍乱、破伤风、炭疽、淋病、梅毒、鼠疫、败血症
==== 病毒 ====
麻疹、风疹、水痘、带状疱疹、流行性腮腺炎、传染性单核细胞增多症、手足口病、艾滋病、狂犬病、登革热、脊髓灰质炎
=== 细菌抗药性机制 ===
* 外排泵：四环素、喹诺酮类
* 结核分枝杆菌→异烟肼
katG（过氧化氢酶-过氧化物酶）突变，异烟肼无法被激活
* 四环素
结合30S亚基的S12蛋白，阻止氨酰tRNA结合核糖体
=== 群体聚集现象 ===
* '''G+：AIP（寡肽类自诱导多肽）'''
* '''G-：高丝氨酸内酯'''<!-- 费氏发光弧菌 -->
== 动物学 ==
== 动物生理学 ==
=== [[上课去了の生理学疾病整理]] ===
=== 平滑肌 ===
* '''单个单位：小血管、消化道、输尿管、子宫'''
* '''多个单位：大血管、气道、睫状肌、虹膜肌、竖毛肌'''
去极化方式
* '''Ca<sup>2+</sup>内流：肠道、输精管'''
* '''Na<sup>+</sup>内流：膀胱、输尿管'''
=== γ/α僵直 ===
'''易化区'''：前庭核、小脑前叶两侧＆后叶中间部
'''抑制区'''：大脑皮层运动区、纹状体、小脑前叶蚓部
* '''γ僵直：'''中脑上下丘之间切断脑干（大脑运动区＆纹状体失衡）
解除：切断腰骶部后根
* '''α僵直：'''γ僵直+切除小脑前叶蚓部（易化区通过前庭脊髓束直接兴奋α）
解除：切断VIII听神经
== 遗传学 ==
=== 转座子 ===
==== Class I（Retrotransposon） ====
转座机制为'''复制-粘贴'''，以'''RNA'''为中间体，依赖'''逆转录酶、整合酶'''
主要存在于'''真核'''生物
===== LTR反转录转座子 =====
两端有长末端重复序列LTR，含调控元件，内部编码'''gag、pol'''基因，'''无env基因'''
转录为RNA→逆转录合成cDNA→整合酶插入新位点
结构类似逆转录病毒，'''无感染性'''
酵母'''Ty'''元件、植物Ty1-copia、人类HERV
===== 非LTR反转录转座子 =====
* '''LINE'''（长散在核元件，自主型）
6~8kb，含ORF1（'''RNA结合蛋白'''）、ORF2（'''逆转录酶+核酸内切酶'''）
靶位点引发逆转录（TPRT）
'''人类唯一具自主转座活性的转座子'''
* '''SINE'''（短散在核元件，非自主型）
100~400bp，'''无编码区'''，源自细胞小RNA
依赖LINE提供酶系完成转座，'''拷贝数极高'''
人类Alu元件
* '''SVA'''元件
由SINE-R、VNTR、Alu片段组成的复合元件
'''人类特有，非自主，依赖L1转座'''
==== Class II（DNA Transposon） ====
以'''剪切-粘贴'''为主要机制，'''无RNA中间体'''，直接以DNA移动；依赖'''转座酶'''
'''原核、真核均有分布，人类中多已失活'''
* '''IS'''（插入序列）
最简单，两端反向重复序列IR，'''仅编码转座酶'''
无外源功能基因，多见于细菌
* '''Tn'''（复合转座子）
两端为完整IS元件（提供转座酶），中间携带抗性等功能基因
Tn'''5'''（'''卡那霉素'''抗性）、Tn'''10'''（'''四环素'''抗性）
* '''Tn3家族'''（非复合转座子）
'''无IS臂'''，自身编码'''转座酶、解离酶、抗性基因'''
部分为复制型转座
Tn'''3'''（'''氨苄青霉素'''抗性）
* '''MITEs'''（微型反向重复转座元件）
短序列，'''两端有IR，无转座酶基因'''，非自主
'''高等植物'''中丰富，常调控邻近基因
玉米Tourist、Stowaway
特殊机制DNA转座子
滚环转座子（IS91）、Peel-and-Paste转座子（IS200）、DIRS、Polinton/Maverick，均属于Class Ⅱ
== 演化生物学 ==
== 生物信息学 ==
=== 数据库 ===
==== '''KEGG'''（京都基因和基因组百科全书）数据库 ====
整合了基因组、化学和系统功能信息的数据库，其中最核心的为KEGG  PATHWAY＆ORTHOLOGY
KEGG PATHWAY将生物代谢通路划分为6类
'''细胞过程'''（Cellular  Processes）
'''环境信息处理'''（Environmental  information  Processing）
'''遗传信息处理'''（Geneticinformation  Processing)
'''人类疾病'''（Human  Diseases）
'''新陈代谢'''（Metabolism）
'''生物体系统'''（Organismal  Systems）
==== '''GO'''数据库 ====
基因注释数据库，把基因的功能分成了'''细胞组分CC、分子功能MF、生物过程BP'''三个部分。
== 生物统计学 ==
=== GWAS ===
* 实验组：患病
* 对照组：健康
'''预期值'''E=(行合计×列合计)÷总合计
'''卡方'''χ²=Σ[(观测值-预期值)²÷预期值]
'''优势比'''OR=(病例×对照)÷ (病例×对照)
'''相对危险度'''RR=病例组暴露率÷对照组暴露率
暴露：携带某种与疾病可能连锁的SNP概率
'''归因危险度'''AR=病例组暴露率−对照组暴露率
'''自由度'''df=(行数-1)×(列数-1)
=== 诊断试验 ===
'''灵敏度'''=真阳性数÷(真阳性数+假阴性数)
'''特异度'''=真阴性数÷(真阴性数+假阳性数)
'''假阳性率'''=假阳性数÷(真阴性数+假阳性数)
'''假阴性率'''=假阴性数÷(真阳性数+假阴性数)
'''约登指数'''=灵敏度+特异度-1
'''阳性预测值'''=真阳性数÷(真阳性数+假阳性数)
'''阴性预测值'''=真阴性数÷(真阴性数+假阴性数)
'''符合率'''=(真阳性数+真阴性数)÷总例数
=== 检验方法 ===
方差检验：单因素ANOVA、Tukey 检验、Dunnett 检验、LSD 检验、SNK检验
==== 独立样本t检验 ====
适用数据：'''定量'''（连续、正态）
组数/设计：2组独立
核心用途：两组独立样本的均值差异比较
文献标志：t=、p=、两根柱状图对比
备注：生物、医学、实验类最基础检验，两组定量对比必用
==== 配对t检验 ====
适用数据：定量（连续、正态）
组数/设计：自身前后测/配对样本
核心用途：同一对象两次测量结果的差值比较
文献标志：t=、p=、前后数据对比图
备注：处理前vs处理后、配对样本对比最常用
==== 卡方检验(χ²) ====
适用数据：'''定性！'''（频数、率、分类变量）
组数/设计：≥2组独立
核心用途：两组及以上的比例、分布、构成比差异比较
文献标志：χ²=、df=、p=、百分比/堆积柱状图
备注：分类数据最常用统计方法
==== 单因素ANOVA ====
适用数据：定量（连续、正态）
组数/设计：≥3组独立
核心用途：判断多组独立样本整体是否存在显著差异
文献标志：F=、p=
备注：多组定量数据必做的前置检验，为事后两两比较做铺垫
==== Tukey检验 ====
适用数据：定量（连续、正态）
组数/设计：≥3组，ANOVA结果显著后使用
核心用途：所有组之间两两比较差异
文献标志：字母'''a/b/c'''标注
备注：多组两两对比的标准方法，文献中最常见
==== Dunnett检验 ====
适用数据：定量（连续、正态）
组数/设计：≥3组，ANOVA结果显著后使用
核心用途：仅各处理组与对照组比较，不做组间两两对比
文献标志：'''*、ns'''
备注：药物、处理组vs空白对照的首选检验
==== Fisher精确检验 ====
适用数据：定性（频数、分类变量）
组数/设计：≥2组，样本量小
核心用途：小样本分类数据的比例差异比较
文献标志：Fisher's exact、p=
备注：卡方检验不满足条件时的首选替代方法
==== Pearson相关 ====
适用数据：双定量变量（连续、正态）
组数/设计：2个变量
核心用途：分析两个变量间的线性相关程度
文献标志：r=、p=、散点图
备注：最常用的相关分析方法
==== Spearman相关 ====
适用数据：等级数据/偏态数据/非线性趋势
组数/设计：2个变量
核心用途：分析变量间的秩相关或趋势相关
文献标志：r=、p=
备注：数据不正态时替代Pearson相关
==== Bonferroni校正 ====
适用数据：任意数据类型
组数/设计：多组比较场景
核心用途：校正多次比较带来的假阳性问题
文献标志：校正后p值、α'=α/n
备注：保守但通用，多用于多重比较的p值校正
==== Wilcoxon秩和检验 ====
适用数据：定量（偏态、非正态）
组数/设计：2组独立
核心用途：非正态定量数据的两组差异比较，替代t检验
文献标志：Z=、p=
备注：数据不符合正态分布时的常用非参数检验
==== Kruskal-Wallis检验 ====
适用数据：定量（偏态、非正态）
组数/设计：≥3组独立
核心用途：非正态定量数据的多组差异比较，替代ANOVA
文献标志：H=、p=
备注：多组非参数检验中最常用
==== McNemar检验 ====
适用数据：定性（配对分类变量）
组数/设计：自身前后两次分类测量
核心用途：配对分类数据的前后率差异比较，即配对卡方
文献标志：χ²=、p=
备注：仅用于配对分类数据，使用场景较少
==== LSD检验 ====
适用数据：定量（连续、正态）
组数/设计：≥3组，ANOVA后
核心用途：多组两两比较
文献标志：p值标注
备注：检验标准宽松，假阳性率高，目前文献中已很少使用
==== SNK检验 ====
适用数据：定量（连续、正态）
组数/设计：≥3组，ANOVA后
核心用途：多组两两比较
文献标志：字母标注
备注：检验严格度介于LSD与Tukey之间，正逐步被淘汰
==== Cochran's Q检验 ====
适用数据：定性（多组配对分类变量）
组数/设计：≥3次重复测量
核心用途：多组配对分类数据的差异比较
文献标志：Q=、p=
备注：使用场景极特殊，日常文献中极少见到

2026年4月3日 (五) 15:30的最新版本

如你发现有错误，可以点我用户页加联系方式沟通。谢谢。

（欢迎加🛰！或许可以开一个生竞的wx群吗（）

微生物很烂，可能会写错的有点多

杂乱知识点

生物化学

关于细古真的甘油构型：

甘油本身无手性。甘油磷酸构型才是差异之处。

  • 细菌/真核：D型甘油-3-磷酸
  • 古菌：L型甘油-1-磷酸

G250（游离465/结合595）比R250多两个甲基。R250更灵敏，但不用于定量（背景容易混淆）

分子生物学

细菌：-35TTGACA -10TAATAT

TFIIH磷酸化CTD→启动子清空

线粒体DNA pol与T3、T7噬菌体高度同源（均为单亚基），需转录因子TFAM、TFB2M（哺乳动物）

  • T3、T7不需转录因子（自带RNA pol）
  • 要转录且依赖宿主pol的，λ、T4需宿主σ+自带转录因子

色氨酸操纵子：3、4构成终止子

细胞生物学

层粘连蛋白：IV型胶原

核纤层蛋白：V型中间丝

钒酸盐抑制P型泵

MAP2：树突

tau：轴突

EB1结合维管正极（稳定维管）

stathmin结合α/β二聚体负极（稳定单体）

核仁中纤维中心电子密度最高

微生物学

胃八叠球菌：纤维素厚壁

固氮酶类型：铁-铁、锌-铁、钒-铁

Park：五肽尾+NAM+UDP（无NAG）

热原体属Thermoplasma无细胞壁

植物学

通气组织属于薄壁组织

花粉胚珠比：闭花受精<专性自交<兼性自交<兼性异交<专性自交

红藻：有单细胞种类，淡水种类多

褐藻：无单细胞种类，淡水种类少

间苯二酚蓝/苯胺蓝：胼胝质

盐酸间苯三酚：木质素

被子植物多数是同株异花

原核RecA→植物Rad51

动物CDK1/2→植物CDKA

玉米雄小穗：2雄花、各3雄蕊

野生水稻有芒。无芒水稻是驯化的结果。

青蒿素：环状倍半萜。青蒿不含/极少含有青蒿素，青蒿素提取自黄花蒿

尼古丁：在烟草根部合成，通过木质部运输至叶片（储存在液泡中）

天然橡胶：顺式-1,4-聚异戊二烯。韧皮部乳管细胞合成，受伤时通过乳管破裂分泌

萝藦科有合蕊柱、花粉块，无唇瓣


ABA可促使一些短植物如浮萍、红藜、草莓在长日条件下开花，同时对长日植物的开花有抑制作用

外施IAA会抑制短日植物如苍耳成花，一些长日植物如天仙子、毒麦等的成花受外源IAA（低浓度？）的促进

（但一般来说，高浓度生长素处理对植物成花都表现为抑制效应）

植物生理学

导管流速：泊肃叶方程Q=πr4·Δq/8ηL

动物学

海盘属于海蛇尾（无皮鳃）

圆口纲鳃篮软骨条9横4纵

人肾为平滑多乳头，似猪（牛有沟多乳头，兔平滑单乳头）

观察果蝇唾腺染色体取用果蝇三龄雌幼虫

动物生理学

血红素氧合酶HO：血红素→胆绿素+Fe2++CO

生态学

地面火对植被破坏更小（相比林冠火）

遗传学

人编码序列（并非基因）占全基因组1.5%

演化生物学

蓝氏贾第虫：研究细胞核起源。有双层核膜，无核仁

新研究/与书上不符

生物化学

  • 核磁共振：多维核磁共振应用范围不被分子大小限制

植物学

  • 草莓：内生菌根（书上为内外生菌根）
  • 柑橘属：裂溶生先裂后溶（书上为溶生型）

微生物学

  • 真核细胞固氮：The nitroplast: A nitrogen-fixing organelle

首次证实海洋单细胞藻类Braarudosphaera bigelowii中存在由蓝细菌UCYN-A内共生演化而来的硝质体（nitroplast），这是首个被发现的真核生物固氮细胞器，其复制分裂与宿主细胞高度同步，且依赖宿主编码的蛋白完成核心功能，完全符合细胞器的定义。

  • 固氮酶新增钒-铁类型

生物化学

脂肪反应

碘值：100克物质所能加成的碘的克数

碘会与双键发生加成反应，碘值越高，说明该物质中碳碳双键的数量越多，不饱和程度越高

皂化值：1克油脂碱水解时所需KOH的量

可用干计算油脂的相对分子质量

酸值：中和1克油脂中游离脂肪酸所需KOH的量

可用于表示油脂水解、缓慢氧化后的酸败程度，酸值越高，说明油脂中游离脂肪酸越多，油脂的酸败程度可能越严重

乙酰化值：1克乙酰化的油脂所分解出的乙酸用KOH中和时所需KOH的质量

可以用于衡量油脂羟基数目。羟基反应生成乙酰酯，同时释放出乙酸，乙酰化值越高，说明原物质中含有的羟基数量越多。

肠道细菌可以合成的维生素

所有B、K₂

环的整理

含氮杂环

吡啶：六元环，5C1N

B3、B6

吡咯：五元环，4C1N

4吡咯＝1卟啉（血红素、叶绿素、细胞色素）

4吡咯＝1咕啉（比卟啉少一个亚甲基桥）（B12）

苯环＋吡咯＝吲哚环

吡咯烷：饱和吡咯（无双键）

脯氨酸

咪唑：五元环，3C2N

组氨酸

吲哚：苯环+吡咯

色氨酸

嘧啶：六元环，4C2N

B1、B2（异咯嗪环）

嘌呤：嘧啶＋咪唑
蝶啶：嘧啶＋吡嗪

B9

异咯嗪：苯环＋嘧啶＋吡嗪稠合

B2

噻唑环：五元芳香环，3C1N1S

B1

纯碳环/碳氧环

苯环
萘环：2苯环稠合

K（萘醌）

菲环：3苯环稠合

环戊烷多氢菲（所有甾醇类的母体）

色原烷环：苯环＋吡喃环

E（生育酚）

分子生物学

关于“某某子”之类调控元件

原核 古核 真核 病毒
启动子 ✅ ✅ ✅ ✅
终止子 ✅ ✅ ✅ ✅
增强子 ❌ ❌ ✅ ✅
沉默子 ❌ ❌ ✅ ✅（部分）
衰减子（弱化子） ✅ ❌ ❌ ❌
操纵子 ✅ ✅ ❌ ❌
绝缘子 ❌ ❌ ✅ ❌

σ类型

70：正常

54：氮饥饿

32：热休克

细胞生物学

细胞程序性死亡PCD

生物技术

双向电泳：

横为IFE，纵为SDS-PAGE（横为等电，纵测分子）。

约靠近左下Mr/pI越小。

植物学

自交不亲和识别位点

  • SSI孢子体：柱头乳突细胞

十字花科、菊科、旋花科

  • GSI配子体：花柱上端/胚囊

蔷薇科、茄科、豆科、禾本科、芸香科

缠绕茎类型

左旋：牵牛、马兜铃、菜豆

右旋：忍冬、葎草

中性：何首乌

藻类光合相关

载色体膜层数

2层膜：红藻、绿藻

3层膜：裸藻、甲藻

4层膜：金藻、黄藻、硅藻、褐藻

藻类世代交替

红藻

紫菜成熟的配子体上会形成精子囊和顶端有受精丝的果孢n，精子与果胞受精形成合子，合子发育为果孢子2n，成熟后长成丝状体即壳斑藻2n，壳班藻通过减数分裂产生壳孢子n，再由壳孢子萌发为紫菜，完成一次世代交替

维管植物起源

莱尼蕨

中志留纪出现（425Ma）→中泥盆纪灭绝

  • 二叉分枝。无其他器官（具假根）
  • 孢子囊顶生。
  • 木质部内始式
  • 大型配子体（化石证据和孢子体同型）

大莱尼蕨：曾经为莱尼蕨类代表→被归入前维管植物

化石证据中央疏导组织未加厚，类似苔藓植物导水细胞。

工蕨

泥盆纪出现（408～360Ma）

  • 无叶。二叉分枝
  • 孢子囊侧生
  • 木质部外始式
  • 现代石松类祖先（孢子囊侧生、木质部外始式）

三相蕨

可能由莱尼蕨演化而来

早泥盆纪出现→中泥盆纪灭绝（历时20Ma）

  • 无叶。分枝更复杂，侧枝系统多样
  • 孢子囊侧生
  • 木质部内始式

传统分类 松杉柏

松科 杉科 柏科
叶形 针形、条形 披针形、钻形、鳞形、条形 鳞形、刺形
叶着生方式 针形：2、3、5针一束，簇生于短枝

条形：螺旋状互生/单生

螺旋状互生/单生（水杉：对生） 鳞形：对生/轮生，紧贴小枝

刺形：3叶轮生

珠鳞和苞鳞 离生 半合生（下部愈合） 合生
球果 木质，成熟开裂 木质，成熟开裂 木质，成熟开裂/肉质浆果状，不开裂
种子 长翅 窄翅 窄翅/无翅
气囊 有 无 无

木质素类型

  • H：p-香豆醇（对羟基苯基）
  • G：松柏醇（愈创木基）
  • S：芥子醇（紫丁香基）

蕨类：H

裸子：G

双子叶：G+S

单子叶：G+S+H

被子花粉粒类型

  • 2细胞型：大多数被子
  • 3细胞型：禾本科、十字花科、菊科

细胞学分区：茎尖分生组织SAM

  • 中心区CZ：分裂频率低，保持未分化状态
  • 周缘区PZ：分裂旺盛。根据位置信息分化形成叶原基/花原基，外侧细胞分化为皮层
  • 肋状区RZ：分化成髓、维管组织原始细胞

所需基因：STM、WUS、CLAVATA1 2 3（CLV1 2 3）

植物生理学

光能分配

  • 状态I：用主要被PS I吸收的光，激发能向PS II分配增加
  • 状态II：用主要被PS II吸收的光，激发能向PS I分配增加

光、Mg2+、ATP→LHC II磷酸化→状态II

PS II优先激发→PQ还原→LHC II激酶活化→LHC II磷酸化

状态II：b6f向非垛叠区分配

Rubisco

560kDa

最丰富的可溶性蛋白质（最丰富不可溶蛋白质为LHCP）

8大亚基（56kDa）8小亚基（14kDa）

大476AA 小123AA

  • 每个大亚基1催化位点1调节位点。2个大亚基为一组，Mg2+作为连接桥
  • 小亚基仅调节

光诱导：

  • 大小亚基转录。光敏色素参与
  • 翻译后修饰：钝化or锐化

钝化：暗中RuBP结合Rubisco

锐化：

  1. 光激活Rubisco活化酶（核基因编码）ATPase类似伴侣蛋白
  2. 结合ATP，14～16个活化酶多肽自聚合
  3. 结合Rubisco，ATP水解
  4. 多肽解聚，Rubisco构象变化，释放RuBP

微生物学

（微生物实在是太差，故有很多单开的链接

上课去了の细菌染色整理

上课去了の微生物结构整理

IMViC

I：吲哚试验

M：甲基红试验

V：V-P试验

C：枸橼酸盐利用试验

原理 阳性 阴性
I吲哚 色氨酸酶产生吲哚+对二甲基氨基苯甲醛 红色 无色
M甲基红 分解葡萄糖大量产酸 红色 黄色
V-P 分解葡萄糖产生乙酰甲基甲酯，碱性下氧化 红色 无色
C枸橼酸盐 以枸橼酸为唯一碳源生长产生碱，溴麝香草酚蓝变色 蓝色 绿色

微生物计数法

  • 比浊法（浊度计比色法/光电比浊法）：测OD600

总菌数。快、简便、无损、可连续测生长曲线

细菌生长动态监测

  • 血球计数板法

总菌数。直观、快、能看形态

酵母菌、霉菌孢子、单细胞微生物

  • 平板菌落计数法

活菌数。慢、操作繁杂、稀释易造成误差

食品/水/样品活菌定量、药敏、菌种计数

病原体类型

细菌

肺结核、百日咳、白喉、猩红热、伤寒、副伤寒、霍乱、破伤风、炭疽、淋病、梅毒、鼠疫、败血症

病毒

麻疹、风疹、水痘、带状疱疹、流行性腮腺炎、传染性单核细胞增多症、手足口病、艾滋病、狂犬病、登革热、脊髓灰质炎

细菌抗药性机制

  • 外排泵：四环素、喹诺酮类
  • 结核分枝杆菌→异烟肼

katG（过氧化氢酶-过氧化物酶）突变，异烟肼无法被激活

  • 四环素

结合30S亚基的S12蛋白，阻止氨酰tRNA结合核糖体

群体聚集现象

  • G+：AIP（寡肽类自诱导多肽）
  • G-：高丝氨酸内酯

动物学

动物生理学

上课去了の生理学疾病整理

平滑肌

  • 单个单位：小血管、消化道、输尿管、子宫
  • 多个单位：大血管、气道、睫状肌、虹膜肌、竖毛肌

去极化方式

  • Ca2+内流：肠道、输精管
  • Na+内流：膀胱、输尿管

γ/α僵直

易化区：前庭核、小脑前叶两侧＆后叶中间部

抑制区：大脑皮层运动区、纹状体、小脑前叶蚓部

  • γ僵直：中脑上下丘之间切断脑干（大脑运动区＆纹状体失衡）

解除：切断腰骶部后根

  • α僵直：γ僵直+切除小脑前叶蚓部（易化区通过前庭脊髓束直接兴奋α）

解除：切断VIII听神经

遗传学

转座子

Class I（Retrotransposon）

转座机制为复制-粘贴，以RNA为中间体，依赖逆转录酶、整合酶

主要存在于真核生物

LTR反转录转座子

两端有长末端重复序列LTR，含调控元件，内部编码gag、pol基因，无env基因

转录为RNA→逆转录合成cDNA→整合酶插入新位点

结构类似逆转录病毒，无感染性

酵母Ty元件、植物Ty1-copia、人类HERV

非LTR反转录转座子
  • LINE（长散在核元件，自主型）

6~8kb，含ORF1（RNA结合蛋白）、ORF2（逆转录酶+核酸内切酶）

靶位点引发逆转录（TPRT）

人类唯一具自主转座活性的转座子

  • SINE（短散在核元件，非自主型）

100~400bp，无编码区，源自细胞小RNA

依赖LINE提供酶系完成转座，拷贝数极高

人类Alu元件

  • SVA元件

由SINE-R、VNTR、Alu片段组成的复合元件

人类特有，非自主，依赖L1转座

Class II（DNA Transposon）

以剪切-粘贴为主要机制，无RNA中间体，直接以DNA移动；依赖转座酶

原核、真核均有分布，人类中多已失活

  • IS（插入序列）

最简单，两端反向重复序列IR，仅编码转座酶

无外源功能基因，多见于细菌

  • Tn（复合转座子）

两端为完整IS元件（提供转座酶），中间携带抗性等功能基因

Tn5（卡那霉素抗性）、Tn10（四环素抗性）

  • Tn3家族（非复合转座子）

无IS臂，自身编码转座酶、解离酶、抗性基因

部分为复制型转座

Tn3（氨苄青霉素抗性）

  • MITEs（微型反向重复转座元件）

短序列，两端有IR，无转座酶基因，非自主

高等植物中丰富，常调控邻近基因

玉米Tourist、Stowaway


特殊机制DNA转座子

滚环转座子（IS91）、Peel-and-Paste转座子（IS200）、DIRS、Polinton/Maverick，均属于Class Ⅱ

演化生物学

生物信息学

数据库

KEGG（京都基因和基因组百科全书）数据库

整合了基因组、化学和系统功能信息的数据库，其中最核心的为KEGG PATHWAY＆ORTHOLOGY

KEGG PATHWAY将生物代谢通路划分为6类

细胞过程（Cellular Processes）

环境信息处理（Environmental information Processing）

遗传信息处理（Geneticinformation Processing)

人类疾病（Human Diseases）

新陈代谢（Metabolism）

生物体系统（Organismal Systems）

GO数据库

基因注释数据库，把基因的功能分成了细胞组分CC、分子功能MF、生物过程BP三个部分。

生物统计学

GWAS

  • 实验组：患病
  • 对照组：健康

预期值E=(行合计×列合计)÷总合计

卡方χ²=Σ[(观测值-预期值)²÷预期值]

优势比OR=(病例×对照)÷ (病例×对照)

相对危险度RR=病例组暴露率÷对照组暴露率

暴露：携带某种与疾病可能连锁的SNP概率

归因危险度AR=病例组暴露率−对照组暴露率

自由度df=(行数-1)×(列数-1)

诊断试验

灵敏度=真阳性数÷(真阳性数+假阴性数)

特异度=真阴性数÷(真阴性数+假阳性数)

假阳性率=假阳性数÷(真阴性数+假阳性数)

假阴性率=假阴性数÷(真阳性数+假阴性数)

约登指数=灵敏度+特异度-1

阳性预测值=真阳性数÷(真阳性数+假阳性数)

阴性预测值=真阴性数÷(真阴性数+假阴性数)

符合率=(真阳性数+真阴性数)÷总例数

检验方法

方差检验：单因素ANOVA、Tukey 检验、Dunnett 检验、LSD 检验、SNK检验

独立样本t检验

适用数据：定量（连续、正态）

组数/设计：2组独立

核心用途：两组独立样本的均值差异比较

文献标志：t=、p=、两根柱状图对比

备注：生物、医学、实验类最基础检验，两组定量对比必用

配对t检验

适用数据：定量（连续、正态）

组数/设计：自身前后测/配对样本

核心用途：同一对象两次测量结果的差值比较

文献标志：t=、p=、前后数据对比图

备注：处理前vs处理后、配对样本对比最常用

卡方检验(χ²)

适用数据：定性！（频数、率、分类变量）

组数/设计：≥2组独立

核心用途：两组及以上的比例、分布、构成比差异比较

文献标志：χ²=、df=、p=、百分比/堆积柱状图

备注：分类数据最常用统计方法

单因素ANOVA

适用数据：定量（连续、正态）

组数/设计：≥3组独立

核心用途：判断多组独立样本整体是否存在显著差异

文献标志：F=、p=

备注：多组定量数据必做的前置检验，为事后两两比较做铺垫

Tukey检验

适用数据：定量（连续、正态）

组数/设计：≥3组，ANOVA结果显著后使用

核心用途：所有组之间两两比较差异

文献标志：字母a/b/c标注

备注：多组两两对比的标准方法，文献中最常见

Dunnett检验

适用数据：定量（连续、正态）

组数/设计：≥3组，ANOVA结果显著后使用

核心用途：仅各处理组与对照组比较，不做组间两两对比

文献标志：*、ns

备注：药物、处理组vs空白对照的首选检验

Fisher精确检验

适用数据：定性（频数、分类变量）

组数/设计：≥2组，样本量小

核心用途：小样本分类数据的比例差异比较

文献标志：Fisher's exact、p=

备注：卡方检验不满足条件时的首选替代方法

Pearson相关

适用数据：双定量变量（连续、正态）

组数/设计：2个变量

核心用途：分析两个变量间的线性相关程度

文献标志：r=、p=、散点图

备注：最常用的相关分析方法

Spearman相关

适用数据：等级数据/偏态数据/非线性趋势

组数/设计：2个变量

核心用途：分析变量间的秩相关或趋势相关

文献标志：r=、p=

备注：数据不正态时替代Pearson相关

Bonferroni校正

适用数据：任意数据类型

组数/设计：多组比较场景

核心用途：校正多次比较带来的假阳性问题

文献标志：校正后p值、α'=α/n

备注：保守但通用，多用于多重比较的p值校正

Wilcoxon秩和检验

适用数据：定量（偏态、非正态）

组数/设计：2组独立

核心用途：非正态定量数据的两组差异比较，替代t检验

文献标志：Z=、p=

备注：数据不符合正态分布时的常用非参数检验

Kruskal-Wallis检验

适用数据：定量（偏态、非正态）

组数/设计：≥3组独立

核心用途：非正态定量数据的多组差异比较，替代ANOVA

文献标志：H=、p=

备注：多组非参数检验中最常用

McNemar检验

适用数据：定性（配对分类变量）

组数/设计：自身前后两次分类测量

核心用途：配对分类数据的前后率差异比较，即配对卡方

文献标志：χ²=、p=

备注：仅用于配对分类数据，使用场景较少

LSD检验

适用数据：定量（连续、正态）

组数/设计：≥3组，ANOVA后

核心用途：多组两两比较

文献标志：p值标注

备注：检验标准宽松，假阳性率高，目前文献中已很少使用

SNK检验

适用数据：定量（连续、正态）

组数/设计：≥3组，ANOVA后

核心用途：多组两两比较

文献标志：字母标注

备注：检验严格度介于LSD与Tukey之间，正逐步被淘汰

Cochran's Q检验

适用数据：定性（多组配对分类变量）

组数/设计：≥3次重复测量

核心用途：多组配对分类数据的差异比较

文献标志：Q=、p=

备注：使用场景极特殊，日常文献中极少见到

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