生化代谢产能分析:修订间差异

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== '''糖代谢基础知识:糖酵解,三羧酸循环与呼吸链''' ==
== '''糖代谢基础知识:糖酵解,三羧酸循环,呼吸链及糖异生''' ==
[[糖酵解]]:一分子葡萄糖经糖酵解净生成了两分子ATP([[磷酸甘油酸激酶|己糖激酶、磷酸甘油酸激酶]])、两分子NADH([[3-磷酸甘油醛脱氢酶]])以及两分子丙酮酸。其余站内已有详细的解释,这里不再赘述。
[[糖酵解]]:一分子葡萄糖经糖酵解净生成了两分子ATP([[磷酸甘油酸激酶|己糖激酶、磷酸甘油酸激酶]])、两分子NADH([[3-磷酸甘油醛脱氢酶]])以及两分子丙酮酸。其余站内已有详细的解释,这里不再赘述。
----'''[[三羧酸循环]]''':(宁异勿同,虎虎言平<ref>柠檬酸,异柠檬酸,α-酮戊二酸,琥珀酰-CoA,琥珀酸,延胡索酸,草酰乙酸。</ref>)
----'''[[三羧酸循环]]''':(宁异勿同,虎虎言平<ref>柠檬酸,异柠檬酸,α-酮戊二酸,琥珀酰-CoA,琥珀酸,延胡索酸,草酰乙酸。</ref>)
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循环反应3:由[[异柠檬酸脱氢酶]]催化,将异柠檬酸的仲醇氧化为羰基,并快速脱羧生成[[α-酮戊二酸(αKG)]],该反应不可逆。反应有草酰琥珀酸的中间产物。需要NAD<sup>+</sup>作辅酶,即生成[[NADH]]。
循环反应3:由[[异柠檬酸脱氢酶]]催化,将异柠檬酸的仲醇氧化为羰基,并快速脱羧生成[[α-酮戊二酸(αKG)]],该反应不可逆。反应有草酰琥珀酸的中间产物。需要NAD<sup>+</sup>作辅酶,即生成[[NADH]]。


循环反应4:在αKG脱氢酶复合体(该复合体类似于丙酮酸脱氢复合体)的作用下,αKG氧化脱羧。需要的辅酶与丙酮酸脱氢酶复合体一致,是不可逆反应。生成[[NADH]]以及[[琥珀酰-CoA]]。
循环反应4:在[[αKG脱氢酶复合体]](该复合体类似于丙酮酸脱氢复合体)的作用下,αKG氧化脱羧。需要的辅酶与丙酮酸脱氢酶复合体一致,是不可逆反应。生成[[NADH]]以及[[琥珀酰-CoA]]。


循环反应5:由[[琥珀酰硫激酶]]催化,琥珀酰-CoA与GDP(哺乳动物)发生底物水平的磷酸化生成[[琥珀酸]](即[[丁二酸]])及GTP,后者再生成一分子ATP。
循环反应5:由[[琥珀酰硫激酶]]催化,琥珀酰-CoA与GDP(哺乳动物)发生底物水平的磷酸化生成[[琥珀酸]](即[[丁二酸]])及GTP,后者再生成一分子ATP。
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'''总结:乙酰-CoA+3NAD<sup>+</sup>+FAD+GDP+Pi+2H<sub>2</sub>O→2CO<sub>2</sub>+3NADH+FADH<sub>2</sub>+GTP+3H<sup>+</sup>+CoA-SH'''
'''总结:乙酰-CoA+3NAD<sup>+</sup>+FAD+GDP+Pi+2H<sub>2</sub>O→2CO<sub>2</sub>+3NADH+FADH<sub>2</sub>+GTP+3H<sup>+</sup>+CoA-SH'''


其中产生的能量物质有'''NADH(丙酮酸脱氢酶系、异柠檬酸脱氢酶、苹果酸脱氢酶)、FADH<sub>2</sub>(琥珀酸脱氢酶)、GTP(琥珀酸硫激酶)。'''
其中产生的能量物质有'''NADH(丙酮酸脱氢酶系、异柠檬酸脱氢酶、αKG脱氢酶复合体、苹果酸脱氢酶)、FADH<sub>2</sub>(琥珀酸脱氢酶)、GTP(琥珀酸硫激酶)。'''
----呼吸链
----'''呼吸链'''


(施工中)
需要的知识:
 
1.由于ATP合酶c亚基的数目特点,大概每有4个氢离子流过F<sub>o</sub>亚基,就有1个ATP的合成。
 
2.呼吸链复合体Ⅰ每有两个电子流过,就将4个氢离子泵入膜间隙。复合体Ⅱ并不泵氢离子。复合体Ⅲ同样泵4个,复合体Ⅳ泵2个。
 
3.NADH中的一对电子经复合物Ⅰ→Ⅲ→Ⅳ传递给氧气;而FADH<sub>2</sub>经Ⅱ→Ⅲ→Ⅳ。
 
推论:
 
一分子NADH相当于2.5ATP,一分子FADH<sub>2</sub>相当于1.5ATP<ref>旧观点认为1NADH~3ATP,1FADH<sub>2</sub>~2ATP,这是对c亚基数目估计的不同导致的。请不要使用旧算法。</ref>
----'''糖异生'''
 
大部分过程是糖酵解的反演。
 
这里用到的步骤主要是PEP(磷酸烯醇式丙酮酸)的再生。
 
<nowiki>**</nowiki>丙酮酸(Pyr)在丙酮酸羧化酶的作用下生成OAA,消耗了一分子ATP及CO<sub>2</sub>。
 
<nowiki>**</nowiki>接着,OAA在PEP羧激酶的作用下转化为PEP,消耗一分子GTP
 
结论:OAA转化为Pyr相当于消耗了一分子GTP(PEP羧激酶)又生成了一分子ATP(丙酮酸激酶),因此可以在计算中将OAA与Pyr同等看待。
 
== 常见糖代谢有关物质的产能分析 ==
'''1.葡萄糖(30~32'''<ref>省流版</ref>''')'''
 
2.5×2+2(糖酵解<ref>2NADH+2ATP</ref>)+(2.5(乙酰辅酶A的生成<ref>1NADH</ref>)+1+2.5×3+1.5(TCA循环<ref>1GTP+3NADH+1FADH<sub>2</sub></ref>))×2=32.
 
注意糖酵解中产生的NADH进入线粒体有两种穿梭方式,其中较为简单的α-磷酸甘油穿梭相当于把NADH转化为了FADH<sub>2</sub>,故有1ATP的损失
 
所以一分子葡萄糖应该是32,31或30个ATP。
 
'''2.丙酮酸(12.5)'''
 
就是取上述步骤的后半段。
 
2.5+1+2.5×3+1.5=12.5 ATP.
 
'''3.乙酰辅酶A(10)'''
 
在上述基础上减去2.5(生成乙酰辅酶A伴随的NADH)即可。
 
12.5-2.5=10 ATP.
 
'''4.乳酸(14~15)'''
 
先在乳酸脱氢酶的作用下生成一分子的丙酮酸(相当于生成乳酸的逆反应)产生1 NADH
 
丙酮酸前文已分析
 
2.5(1.5)+12.5=15(14) ATP.
 
'''5.草酰乙酸(12.5)'''<ref>一些初学者或许会放到TCA中分析,但是TCA的碳在每一轮循环后的变化太过复杂,不易分析。</ref>
 
在“糖异生”板块已分析,看到OAA将其视为Pyr即可
 
(-1+1)<ref>见糖异生板块。</ref>+2.5+1+2.5×3+1.5=12.5 ATP
 
'''6.琥珀酸(16.5)'''
 
先在TCA中转化为OAA(琥珀酸→苹果酸→OAA)1.5+2.5<ref>1 FADH<sub>2</sub>+1 NADH</ref>=4 ATP.
 
OAA前文已分析。
 
4+12.5=16.5 ATP
 
-(未完结)
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2025年1月17日 (五) 07:40的版本

糖代谢基础知识:糖酵解,三羧酸循环,呼吸链及糖异生

糖酵解:一分子葡萄糖经糖酵解净生成了两分子ATP(己糖激酶、磷酸甘油酸激酶)、两分子NADH(3-磷酸甘油醛脱氢酶)以及两分子丙酮酸。其余站内已有详细的解释,这里不再赘述。


三羧酸循环:(宁异勿同,虎虎言平[1]

预备反应(严格来讲,不属于三羧酸循环):丙酮酸脱氢酶复合体丙酮酸转变为乙酰-CoA与CO2,需要的辅因子有FAD、NAD+、硫辛酸、TPP、CoA、Mg2+等。这一步生成了NADH。

循环反应1:由柠檬酸合成酶催化,将乙酰-CoA草酰乙酸(OAA)化合为柠檬酸。这是一步很强的放能反应,该反应不可逆。但并不产生还原性辅酶或ATP。

循环反应2:由顺乌头酸酶催化,使柠檬酸异构为异柠檬酸。这一步经过乌头酸这一中间产物,是可逆反应。

循环反应3:由异柠檬酸脱氢酶催化,将异柠檬酸的仲醇氧化为羰基,并快速脱羧生成α-酮戊二酸(αKG),该反应不可逆。反应有草酰琥珀酸的中间产物。需要NAD+作辅酶,即生成NADH

循环反应4:在αKG脱氢酶复合体(该复合体类似于丙酮酸脱氢复合体)的作用下,αKG氧化脱羧。需要的辅酶与丙酮酸脱氢酶复合体一致,是不可逆反应。生成NADH以及琥珀酰-CoA

循环反应5:由琥珀酰硫激酶催化,琥珀酰-CoA与GDP(哺乳动物)发生底物水平的磷酸化生成琥珀酸(即丁二酸)及GTP,后者再生成一分子ATP。

循环反应6:由琥珀酸脱氢酶催化(即呼吸链中复合物Ⅱ),琥珀酸脱氢生成延胡索酸。这一步产生FADH2

循环反应7:由延胡索酸酶催化,延胡索酸水和产生L-苹果酸

循环反应8:由苹果酸脱氢酶催化,将苹果酸的仲醇基氧化为羰基产生OAA。这一步需要的辅酶是NAD+

总结:乙酰-CoA+3NAD++FAD+GDP+Pi+2H2O→2CO2+3NADH+FADH2+GTP+3H++CoA-SH

其中产生的能量物质有NADH(丙酮酸脱氢酶系、异柠檬酸脱氢酶、αKG脱氢酶复合体、苹果酸脱氢酶)、FADH2(琥珀酸脱氢酶)、GTP(琥珀酸硫激酶)。


呼吸链

需要的知识:

1.由于ATP合酶c亚基的数目特点,大概每有4个氢离子流过Fo亚基,就有1个ATP的合成。

2.呼吸链复合体Ⅰ每有两个电子流过,就将4个氢离子泵入膜间隙。复合体Ⅱ并不泵氢离子。复合体Ⅲ同样泵4个,复合体Ⅳ泵2个。

3.NADH中的一对电子经复合物Ⅰ→Ⅲ→Ⅳ传递给氧气;而FADH2经Ⅱ→Ⅲ→Ⅳ。

推论:

一分子NADH相当于2.5ATP,一分子FADH2相当于1.5ATP[2]


糖异生

大部分过程是糖酵解的反演。

这里用到的步骤主要是PEP(磷酸烯醇式丙酮酸)的再生。

**丙酮酸(Pyr)在丙酮酸羧化酶的作用下生成OAA,消耗了一分子ATP及CO2

**接着,OAA在PEP羧激酶的作用下转化为PEP,消耗一分子GTP

结论:OAA转化为Pyr相当于消耗了一分子GTP(PEP羧激酶)又生成了一分子ATP(丙酮酸激酶),因此可以在计算中将OAA与Pyr同等看待。

常见糖代谢有关物质的产能分析

1.葡萄糖(30~32[3]

2.5×2+2(糖酵解[4])+(2.5(乙酰辅酶A的生成[5])+1+2.5×3+1.5(TCA循环[6]))×2=32.

注意糖酵解中产生的NADH进入线粒体有两种穿梭方式,其中较为简单的α-磷酸甘油穿梭相当于把NADH转化为了FADH2,故有1ATP的损失

所以一分子葡萄糖应该是32,31或30个ATP。

2.丙酮酸(12.5)

就是取上述步骤的后半段。

2.5+1+2.5×3+1.5=12.5 ATP.

3.乙酰辅酶A(10)

在上述基础上减去2.5(生成乙酰辅酶A伴随的NADH)即可。

12.5-2.5=10 ATP.

4.乳酸(14~15)

先在乳酸脱氢酶的作用下生成一分子的丙酮酸(相当于生成乳酸的逆反应)产生1 NADH

丙酮酸前文已分析

2.5(1.5)+12.5=15(14) ATP.

5.草酰乙酸(12.5)[7]

在“糖异生”板块已分析,看到OAA将其视为Pyr即可

(-1+1)[8]+2.5+1+2.5×3+1.5=12.5 ATP

6.琥珀酸(16.5)

先在TCA中转化为OAA(琥珀酸→苹果酸→OAA)1.5+2.5[9]=4 ATP.

OAA前文已分析。

4+12.5=16.5 ATP

-(未完结)


  1. 柠檬酸,异柠檬酸,α-酮戊二酸,琥珀酰-CoA,琥珀酸,延胡索酸,草酰乙酸。
  2. 旧观点认为1NADH~3ATP,1FADH2~2ATP,这是对c亚基数目估计的不同导致的。请不要使用旧算法。
  3. 省流版
  4. 2NADH+2ATP
  5. 1NADH
  6. 1GTP+3NADH+1FADH2
  7. 一些初学者或许会放到TCA中分析,但是TCA的碳在每一轮循环后的变化太过复杂,不易分析。
  8. 见糖异生板块。
  9. 1 FADH2+1 NADH