重要的同源器官

脊椎动物

	软骨鱼类	硬骨鱼类	两栖类	爬行类	鸟类	哺乳类
第一咽弓（颌弓）	腭方软骨（上颌）麦氏软骨（下颌）	腭骨与方骨关节骨	腭骨与方骨关节骨	腭骨与方骨关节骨	腭骨与方骨关节骨	方骨变为砧骨关节骨变为锤骨腭骨与前颌骨、颌骨变为假颚
第二咽弓（舌弓）	舌颌软骨角舌软骨基舌软骨	舌颌骨和续骨角舌骨基舌骨	耳柱骨角舌骨基舌骨	耳柱骨角舌骨基舌骨	耳柱骨角舌骨基舌骨	镫骨角舌骨基舌骨
第三咽弓	鳃弓	鳃弓	舌骨	舌骨	舌骨	舌骨
第四咽弓	鳃弓	鳃弓	舌骨	舌骨	舌骨	甲状软骨
第五咽弓	鳃弓	鳃弓	喉头软骨	喉头软骨	喉头软骨	喉头软骨
第六咽弓	鳃弓	鳃弓	消失	消失	消失	消失
第七咽弓	鳃弓	鳃弓	消失	消失	消失	消失

咽囊

在演化的过程中，咽囊经历了显著的变化。首先，原始咽头端有口咽膜封闭，尾段与食管相通。随着时间的推移，咽的两侧壁内胚层向外膨出，形成了5对咽囊，这些咽囊与鳃沟相对应。

具体来看每一对咽囊的演化：

第一对咽囊：外侧份膨大，形成中耳鼓室；内侧份伸长，演化为咽鼓管。这对咽囊的演化与听觉器官的形成密切相关。

第二对咽囊：外侧份退化；内侧份残留的浅窝演化为腭扁桃体窝，其内胚层上皮分化为扁桃体的表面上皮。腭扁桃体在免疫系统中扮演着重要角色。

第三对咽囊：腹侧份上皮参与形成胸腺原基，分化为胸腺的上皮性网状细胞；背侧份分化为下一对甲状旁腺。这对咽囊的演化与内分泌和免疫系统的发育有关。

第四对咽囊：腹侧份退化；背侧份分化为上一对甲状旁腺。这进一步强调了咽囊在内分泌系统发育中的重要性。

第五对咽囊：形成后鳃体，其部分细胞迁入甲状腺内，分化为滤泡旁细胞。这体现了咽囊在甲状腺发育中的贡献。

此外，咽囊的内胚层和鳃沟的外胚层互相贴附，并形成双层薄膜——鳃膜，以致将咽囊和鳃沟分隔开。这种结构在咽囊的演化过程中起到了重要作用。