讨论:生物网上资源
生物学课本只是信息来源的一个方面。要想追上日新月异的生物学前沿， 还需要善于利用网上的生物学资源。本文整理了若干编者学习过程中发现的生物学资料库，都可以免费查阅。有些网站可能要翻墙访问。
NCBI
全称：National Center for Biotechnology Information（美国国立生物技术信息中心）
网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov
NCBI不是一个数据库，而是很多数据库汇集在一个网站上。
Taxonomy
Taxonomy是NCBI中的生物分类数据库。它采用根据分子生物学的最新发现建立的生物进化关系树，因此跟一般生物课本上介绍的生物分类都不太一样。它收录得非常全，只要是目前能测定部分DNA，建立与其它物种关系的物种，都有收录。
GenBank
GenBank是NCBI最重要的数据库，但对于中学阶段而言比较“鸡肋”。它收录的是已经测定的所有DNA片段的数据。当然对于绝大多数物种，我们还没有测定它的基因组。我们只是获取了其中比较重要的部分，比如核糖体（特别是16S、18S）序列。GenBank的数据可以以FASTA格式下载。GenBank有两个子库：dbEST和dbGSS。
dbEST是表达序列标签数据库。
dbGSS是单端测序中的短片段数据库，将来用于拼成完整的序列。
Gene
Gene收录各种基因的相关资料。比如在基因组中的位置、常见变异及其产生的表现型，等等。
Genome
Genome是基因组数据库，比如人的基因组测定结果可以在上面下载。
dbSNP
dbSNP是单核苷酸变异数据库。
SRA和Trace
SRA和Trace是和GenBank紧密关联的两个数据库。它们收录测序过程中产生的原始数据。
OMIM
全称：Online Mendelian Inheritance in Man（人类孟德尔式遗传数据库）
OMIM是人类遗传病数据库，既可以用基因名搜，也可以用症状搜。但是很多遗传病还没有确定控制它的基因。
KEGG、MetaCyc、Reactome
KEGG网址：http://www.kegg.jp
MetaCyc网址：http://metacyc.org
Reactome网址：http://www.reactome.org
之所以把这三个放在一起是因为它们都是生物反应和通路数据库。KEGG和MetaCyc比较老成，Reactome则是EMBL（欧洲分子生物学中心）推出的新秀。KEGG比较传统，收录的是常见通路在不同物种中的细节不同。MetaCyc收录了很多不常见的通路，比如胆固醇合成的完整过程，包括形成羊毛固醇后的15步反应。Reactome主要收录细胞生物学通路，也有很多不常见通路，比如新发现的细胞程序性坏死（Necroptosis）的过程。
UniProt
UniProt是EMBL推出的蛋白质数据库，事无巨细地收录了我们对每个蛋白质掌握的每个细节，包括序列、三维结构、细胞中的位置、残基修饰、相关疾病，等等。
Rfam
Rfam是EMBL推出的非编码RNA数据库，收录RNA的结果、功能、表达的物种等。
dbPTM
全称：Database of Post-Translational Modifications（蛋白质翻译后修饰数据库）
网址：http://dbptm.mbc.nctu.edu.tw
dbPTM是蛋白质残基修饰数据库，整合了多个数据库的资料，比UniProt略全。
TCDB
全称：Transporter Classification Database（跨膜转运器分类数据库）
TCDB是跨膜转运器的数据库，包括原核生物和真核生物的转运器。
IUPHAR
全称：International Union of Basic and Clinical Pharmacology（国际基础与临床药理学学会）
网址：http://www.guidetopharmacology.org
IUPHAR主要收录人和哺乳动物细胞内能作为药物目标（“靶”）的蛋白质、以及它们对应的药物。
Drugs、PDR
PDR全称：Physicians' Desk Reference（医师案头手册）
Drugs网址：http://www.drugs.com
PDR网址：http://www.pdr.net
这两个网站都是收录药物信息的。
IntEnz
全称：Integrated Relational Enzyme Database（酶的关系型数据库）
网址：http://www.ebi.ac.uk/intenz/
该数据库也是EMBL推出的，收录各种酶的信息。它是“关系型数据库”，也就是可以根据酶的特征反查酶，比如可以列出所有需要某种辅酶的酶，或所有需要某个底物的酶。
GeneMANIA
全称：Gene Multiple Association Network Integration Algorithm（基因多种联系网络构建算法）
该数据库是多伦多大学开发的基于MANIA算法的蛋白质联系数据库。它是世界最大的蛋白质联系数据库，收集了9个模式物种的蛋白质的超过一亿种联系。这些联系可分类为：直接物理联系（配体和受体、酶和抑制蛋白……）、共激活联系（具有相同的调控因子）、功能联系（在AmiGO数据库中记录有参与相同生物过程）等。