染色质开放性检测技术
前言
染色质开放性检测技术,又可称为染色质可及性检测技术,是用于观测蛋白质因子获得和维持对DNA的物理访问的控制能力(通常称为染色质可及性)的一类技术。对于“染色质可及性”这一术语,通常的基础教材停留于“常染色质”和“异染色质”这两种区分方法上,即可及性强为前者,反之为后者,这种划分方法简便且易于验证,常用的显带技术就可以做到这一点。然而,随着研究尺度不断深入,简单的二分法已不能完整描述观测到的染色质状态,其更接近于一个连续体,过去所说的“常染色质”和“异染色质”位于连续体两端,中间存在大量过渡。 空口无凭,这里引用Nucleus的一篇文献(Nucleus. 2022; 13(1): 236–276)中的表述:在细胞核内,DNA 的可及性状态多种多样,从超级可及性(通常称为“开放”染色质)到可及性较为温和的状态(称为“允许”染色质)以及更难接近或抑制的状态(称为“封闭”染色质)。开放和允许状态通常是具有转录活性的染色质,常与术语“真染色质”互换使用,而封闭状态通常称为“异染色质”。但值得注意的是,这些术语最初是用来定性描述大型基因组区域,随着对染色质复杂性的认识不断更新,真染色质和异染色质不一定是可及性的最佳描述。评估 DNA 和蛋白质之间的关系为定义染色质可及性提供了一个更有用的定量框架。构建这种关系的三种可能方式是通过(1)蛋白质扩散到基因组位点附近,(2) 蛋白质以非序列特异性的方式结合和/或修饰 DNA 的能力,或 (3) 蛋白质在特定基序上结合/修饰 DNA 的能力。