自交不亲和
与自交不亲和(SI)相关的基因被称为S基因，尽管不同植物的SI可能完全不同，S基因也大相径庭，还是统一称为S基因。
配子体自交不亲和
出现在禾本科，茄科，蔷薇科，豆科，玄参科，罂粟科等等，
RNase介导
如果具有相同的S基因，柱头的S-RNase会降解花粉管的RNA。此机制存在于真双子叶植物共同祖先中，且在现代植物种广泛存在。
S-糖蛋白介导
罂粟科。当柱头，花粉的蛋白相互识别，引发钙离子内流，和下游一系列反应，导致花粉管生长停滞和最后的凋亡。
孢子体自交不亲和
出现在十字花科，菊科，旋花科，石竹科等等。
芸薹的自交不亲和
孢子外壁上有SCR或SP1，SRK在柱头中表达，结合使SRK自磷酸化，激活柱头蛋白酶体，降解乙二醛酶I（GLO1），导致甲基乙二醛不能被降解，进而导致了不亲和。
孢子体不亲和（SSI）
- 发生于柱头顶，与SCR受体识别有关
- 全或无式萌发，只有基因完全不相同时花粉管才萌发
- 代表：十字花科、菊科
配子体不亲和（GSI）
- 发生在花柱内部（花粉可萌发，花粉管在花柱中生长受阻、断裂）
- 可能出现不亲和、半亲和的情况
- 代表：茄科、蔷薇科、豆科
注意，水稻的雄性不育不是自交不亲和！