系统发育学

这个页面是对近年来分子证据揭示的新系统发育结果的汇总，可以避免你被出题人用“以下哪些是单系群”凌辱。

植物的系统发育

苔藓植物的系统发育

苔藓植物是单系群，依次是以下谱系：(角苔纲,(苔纲,藓纲))。苔纲和藓纲合称“蒴柄植物”。

石松类和真蕨类的系统发育

原蕨类植物不是单系群，依次是以下谱系：(石松类,(蕨类,种子植物))

石松类植物（Lycopodiopsida）

依次是以下谱系：(石松目,(水韭目,卷柏目))，石松目、水韭目、卷柏目仅同名的科。

蕨类植物（Polypodiopsida）

依次是以下谱系：((木贼目,(松叶蕨目,瓶尔小草目)),(合囊蕨目,薄囊蕨类))，木贼目、松叶蕨目、瓶尔小草目、合囊蕨目仅同名的科。

裸子植物的系统发育

有些出题人会用裸子植物不是单系群凌辱你，请各位小伙伴见仁见智，这个说法可能主要是基于化石种的问题出发的，因此会认为在被归为“裸子植物”的化石种中存在被子植物祖先，比如开通目等等，了解就好，古生物学就是天坑。

裸子植物是单系群，原松柏纲不是单系群，柏科和杉科也不是单系群。现生裸子植物主要分为三个纲：((苏铁纲（Cycadopsida）,银杏纲（Ginkgoopsida）),松柏纲（Piniopsida）)

苏铁纲

仅苏铁目（Cycadales），下属苏铁科（Cycadaceae）与泽米铁科（Zamiaceae）。苏铁科仅苏铁属，泽米铁科下还分两亚科，不过鉴于非研究无意义原则不多赘述。

银杏纲

一枝独秀，目、科、属、种都一样，植物界著名独户。

松柏纲

系统发育关系变化较大，首先注意到红豆杉纲和买麻藤纲均取消，归入松柏纲。在现有的松柏纲内，存在三个亚纲（分别代表三个独立单系群）：

柏亚纲（Cupressidae）；松亚纲（Pinidae）；买麻藤亚纲（Gnetidae）。

其中，松亚纲与买麻藤亚纲聚为一支。说实在的是很令人意外的结果。

买麻藤亚纲下仍是原来的三目三科，也仍旧是百岁兰科与买麻藤科聚为一支，这一点与过去的分类系统完全一致。

松亚纲下仅松目、松科，下分冷杉亚科（Abietoideae）与松亚科（Pinoideae），具体的属不再赘述。

柏亚纲是一坨错综复杂的分类群，主要分两个目：

南洋杉目（Araucariales）；柏目（Cupressales）。

当然有的说法不叫柏亚纲而叫柏杉纲，松和买麻藤又另论，这只是把纲的等级降到了更低一级单系群上去，画出来的树是一样的。

南洋杉目下分两科，南洋杉科与罗汉松科（Podacarpaceae），罗汉松进一步分为叶枝杉亚科和罗汉松亚科，下属不赘述。注意到原本被认为是单系的红豆杉纲被拆到了两个目中，变化相当大。

柏目四科，其中金松科（Sciadopityaceae）属于最基部类群（金松终于单独成科了），剩余三科中三尖杉科与红豆杉科聚为一支。

柏科中，原有的杉科作为一个并系群位于柏科的基部，不过水杉没有变成柏亚科还是值得庆幸的。

被子植物的系统发育

单子叶植物是单系群，原双子叶植物不是单系群。

在APG IV系统中，依次是以下谱系：(无油樟目,(睡莲目,(木兰藤目,(木兰类,金粟兰目,(单子叶植物,金鱼藻目,真双子叶植物)))))

应当注意，APG IV也非十全十美的系统。例如，在一些更新的研究中，认为木兰类、金粟兰类与真双子叶植物的关系，比单子叶植物与真双子叶植物的关系更近。

蔷薇科

原蔷薇亚科、李亚科、绣线菊亚科不是单系群，原苹果亚科是单系群。

剔除了几个成员（如棣棠）的原蔷薇亚科构成新的蔷薇亚科

几个成员构成了仙女木亚科

原绣线菊亚科、李亚科、苹果亚科构成了桃亚科

桃亚科、仙女木亚科、新的蔷薇亚科之间的关系尚未确定

豆科

原含羞草亚科和蝶形亚科是单系群，云实亚科不是

现在分为六个亚科：

紫荆亚科：独立自原云实亚科

甘豆亚科：独立自原云实亚科

山姜豆亚科：独立自原云实亚科

酸揽豆亚科：独立自原云实亚科

云实亚科：残留的云实亚科+含羞草亚科

蝶形花亚科：不变。

菊科

原舌状花亚科不是单系群，原管状花亚科是。

禾本科

现在分为十二个亚科：

基部的3个小亚科柊叶竺亚科（Anomochlooideae）、服叶竺亚科（Pharoideae）和姜叶竺亚科（Puelieae）

构成所谓BOP分支（曾用名“BEP分支”）的3个亚科稻亚科（Oryzoideae，曾用名皱稃草亚科Ehrhartoideae）、竹亚科和早熟禾亚科

构成所谓PACMAD分支（或“PACCMAD分支”）的6个亚科三芒草亚科、芦竹亚科、百生草亚科（Micrairoideae）、扁芒草亚科（Danthonioideae）、虎尾草亚科和黍亚科（包括酸模芒亚科），黍亚科是PACMAD分支的基部群

姜科

依次是以下谱系：(管唇姜亚科,(塔氏姜亚科,(姜亚科,山姜亚科)))

苋科

包括原藜科，依次是以下谱系：(多节草亚科,(苋亚科,藜亚科))

动物的系统发育

节肢动物内部的系统发育

首先认为原来的甲壳类是个并系群，昆虫实际是一类甲壳动物，与桨足纲的关系比较近。包含了六足类的甲壳类被称为泛甲壳类。

节肢动物门系统发育示意

其次，几乎所有的结果都支持同一个无根树，争议主要是根在哪里。

多数结果支持的根是红色的①（也是最不雷人的一个），这个根将节肢动物门分为了Mandibulata(有大颚的动物)和螯肢动物。

另一个结果是蓝色的②，认为海蜘蛛是其余所有节肢动物(Cormogonida)的姐妹群。

另一个结果是黄色的③，将节肢动物门分为Paradoxopoda(多足类+有螯类)和泛甲壳类。

螯肢动物

几乎可以肯定，真有螯类是单系群。然而却很少能得出肢口纲+蛛形纲二分的结果，即肢口纲往往嵌套在蛛形纲内部。

多足动物

曾认为多足类是并系群，而昆虫纲从中演化而来。然而昆虫纲被神经解剖学和分子证据强烈的证明其来自于甲壳类，现在多足类的单系性已经得到认可。

昆虫的系统发育

弹尾纲、原尾纲、双尾纲、昆虫纲

原尾纲+（（弹尾纲+ 双尾纲）+ 昆虫纲）

这三个纲曾作为内颚纲下的目，现已独立成纲。系统发育如图，其中浅黄色底部分为新确定的系统发育关系：（其中原尾纲Protura、弹尾纲Collembola、双尾纲Diplura、昆虫纲Insecta）

关于“跳蚤其实是一种蝎蛉”

关于跳蚤是一种蝎蛉这件事

蚤目被发现是蝎蛉目的一部分，从蚤目降级为蚤次目。原蚤目、蝎蛉目、双翅目关系密切，称为“吸吻类”。

关于“白蚁其实是一种蟑螂”

等翅目被发现是蜚蠊目的一部分，从等翅目降级为白蚁领科。

鸟类最新的系统发育

这来自于2024年张国捷团队的最新成果。

古颚类（平胸总目）是现存鸟类最基部类群。

古颚类内部关系一直在变，这篇论文基本又把原来的关系完全推倒；不去管他。

鸡雁小纲（鸡形目+雁形目）是次基部类群。

剩下的所有现生鸟类的最近共同祖先生活在白垩纪大灭绝之后。或者说，白垩纪大灭绝后的辐射演化形成了鸡雁小纲之外的所有突胸总目。这些鸟类称为“新鸟小纲”。

其中最基部类群是奇迹鸟类（火烈鸟+鸊鷉）

次基部类群是（鸽鸠+沙鸡）+（鸨+鹃）

再基部类群是元素鸟类（麝雉、鹤+鸻）、（夜鹰+雨燕）+（潜鸟、鹈鹕、鹱、企鹅）

元素鸟类的概念是这个研究首次提出的，叫这个名字是因为这个类群里又有会水的，又有会爬树的（麝雉），又有特别擅长飞行的（夜鹰雨燕），简直凑齐了四大元素。

最后是陆鸟类，内部分南鸟类（雀，鹦，隼）和非洲禽类（鹰+鸮，犀鸟+佛法僧+鴷）

和之前的结果，差异大致有：

古颚类日常一锅粥

原处新鸟小纲最基部的夜鹰目被提升，奇迹鸟类被下放

新建立了元素鸟类，名字来源于内部成员的“八仙过海性”

麝雉的位置大变

老鹰和猫头鹰成了姐妹群

喜欢看普通动物学的小朋友你们好呀，企鹅一直都不被认为是一个总目。他只是一个有点特化的水鸟罢了。

真菌的系统发育

传统上真菌通常分为：壶菌chytridiomycetes,接合菌zygomycetes,子囊菌ascomycetes,担子菌basidiomycetes。

原壶菌不是单系群，是最基部的三条谱系：Cryptomycota/Microsporidia, Chytridiomycota, Blastocladiomycota。

这暗示“具有鞭毛”不是壶菌的共衍征，而是真菌共同祖先的祖征。在Microsporidia和原壶菌门之外的所有类群中，鞭毛发生了两次丢失。

原接合菌门不是单系群，而是构成了接下来的两条谱系：Zoopagomycota和Mucoromycota。

子囊菌和担子菌是单系群，两者是姐妹群

顺带一提，具有游动孢子的水霉、霜霉、马铃薯晚疫病（爱尔兰大饥荒）属于卵菌门（吴国芳的鞭毛菌门），并不是真菌，而是一种不等鞭毛类，和海带之类是亲戚。