生物信息数据库及工具简介整理
现介绍生物信息数据库及工具。
NCBI（National Center for Biotechnology Information，美国国家生物技术信息中心）
已故的参议员克劳德·佩珀（Claude Pepper）认识到计算机信息处理方法对于进行生物医学研究的重要性，并发起了立法。他于1988年11月4日在美国国立卫生研究院（NIH）成立了美国国家生物技术信息中心（NCBI）并作为美国国家医学图书馆（NLM）的一个部门。选择了在NLM是因为它有创建和维护生物医学数据库方面的经验，又因为它是NIH的一部分，因此可以建立计算分子生物学的研究计划。 NIH的集体研究组成了世界上最大的生物医学研究机构。（机翻）
（原文：The late Senator Claude Pepper recognized the importance of computerized information processing methods for the conduct of biomedical research and sponsored legislation that established the National Center for Biotechnology Information (NCBI) on November 4, 1988, as a division of the National Library of Medicine (NLM) at the National Institutes of Health (NIH). NLM was chosen for its experience in creating and maintaining biomedical databases, and because as part of NIH, it could establish an intramural research program in computational molecular biology. The collective research components of NIH make up the largest biomedical research facility in the world.）[1]
数据库
Assembly数据库
标签：综合基因组数据库
一个提供有关组装的基因组结构，组装名称和其他元数据，统计报告以及与基因组序列数据的链接的信息的数据库。（机翻）
（原文：A database providing information on the structure of assembled genomes, assembly names and other meta-data, statistical reports, and links to genomic sequence data.）
Assembly数据库包含有关组装基因组结构的信息，如AGP文件中所示或完整测序的染色体的集合。 该数据库提供了版本化的程序集登录号，该编号可跟踪程序集的更改，这些更改是通过随着时间的推移提交组来更新的。 该Web资源提供有关程序集的元数据，例如程序集名称（和备用名称），简单的程序集统计报告（重叠群，脚手架的类型和数量； N50）以及更新的历史视图。 它还跟踪提交给国际核苷酸序列数据库协作（INSDC）的程序集（即DDBJ，ENA或GenBank）与NCBI参考序列（RefSeq）项目中表示的程序集之间的关系。（机翻）
（原文：The Assembly database has information about the structure of assembled genomes as represented in an AGP file or as a collection of completely sequenced chromosomes. The database provides a versioned Assembly accession number that tracks changes to assemblies as they are updated by submitting groups over time. The web resource provides meta-data about assemblies such as assembly names (and alternate names), simple statistical reports of the assembly (type and number of contigs, scaffolds; N50s) and a history view of updates. It also tracks the relationship between an assembly submitted to the International Nucleotide Sequence Database Collaboration ( INSDC ), i.e. DDBJ , ENA or GenBank , and the assembly represented in the NCBI Reference Sequence (RefSeq) project.）
网页视图：
网页地址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly[2][3]
BioCollections数据库
标签：标本数据库[2]