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锥虫在系统发育上属于“古虫界”（古虫界是并系群，可以舍弃）眼虫门动质体纲，和它同属一个纲的还有贾克第虫和利什曼虫。和它同属一个门的还有眼虫。眼虫门的特征是它们的鞭毛中除正常的由微管组成的轴丝外还有一种副轴丝。（图待补充）

动质体，又叫动基体。锥虫虫体只有一个大线粒体，线粒体中有一个大网状mtDNA，可以占锥虫总遗传物质的13%。其由几个大环和大量小环构成，大环用于合成正常mtRNA，小环用于合成gRNA，并在编辑体结构中为mtRNA进行添加或删除U的操作，这也是科学家发现大环DNA与mRNA同源但序列差别大的原因。

糖酵体

同时它还有糖酵体，为一膜性细胞器，在其中完成Glc->1,3 BPG的六步反应
酸钙体 具体不明，有文献认为它具有调节渗透压的作用。





VSG


波动膜

（待完成）