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生化分子细胞技术列表：修订间差异

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* [[常见分子克隆元件功能]]
*[[常见分子克隆元件功能]]
* [[NET-seq]]
*[[NET-seq]]
* '''[[染色质构象捕获]]'''
===[[染色质构象捕获]]===
** 3C
*3C
** 4C
*4C
** 5C
*5C
** Hi-C
*Hi-C
** ChIP-loop
*ChIP-loop
** ChIA-PET
*ChIA-PET
* '''蛋白质-蛋白质互作'''
 
** Y2H酵母双杂交
=== 蛋白质-DNA互作 ===
** CoIP免疫共沉淀
 
** pull down下拉实验
* cut&tag
** FERT荧光共振能量转移
* Y1H
** BiFC双分子荧光互补
* Chip-seq
** SPR表面等离子共振
* EMSA
** ITC等温滴定量热法
 
* '''[[荧光相关技术]]'''
===蛋白质-蛋白质互作===
** FRAP
*Y2H酵母双杂交
** FLIP
*CoIP免疫共沉淀
** FLAP
*pull down下拉实验
** FRET
*FERT荧光共振能量转移
** FLIM
*BiFC双分子荧光互补
* '''蛋白质-RNA互作'''
*SPR表面等离子共振
** RIP-RNA结合蛋白免疫共沉淀：甲醛交联，裂解细胞，抗体沉淀特定蛋白，去交联获得RNA。
*ITC等温滴定量热法
** RNA pull down：标记的诱饵RNA与细胞裂解物孵育；检测与诱饵RNA结合的蛋白。也可以已知蛋白找核酸。
*BLI生物膜层干涉
** MeRIP-RNA甲基化免疫沉淀：用甲基化RNA特异抗体沉淀并检测结合蛋白
===[[荧光相关技术]]===
* '''[[染色质开放性检测技术|染色质开放性检测]]'''
*FRAP
** [[染色质开放性检测技术|MNase-seq]]
*FLIP
** [[染色质开放性检测技术|FAIRE-seq]]
*FLAP
** [[染色质开放性检测技术|DNase-seq]]
*FRET
** [[染色质开放性检测技术|ATAC-seq]]
*FLIM
* '''各种印记'''
===蛋白质-RNA互作===
** western blotting：蛋白质，但也可以检测翻译后修饰。
*RIP-RNA结合蛋白免疫共沉淀：甲醛交联，裂解细胞，抗体沉淀特定蛋白，去交联获得RNA。
** northern blotting：检测RNA，探针是什么无所谓。
*RNA pull down：标记的诱饵RNA与细胞裂解物孵育；检测与诱饵RNA结合的蛋白。也可以已知蛋白找核酸。
** southern blotting：检测DNA，探针无所谓。
*MeRIP-RNA甲基化免疫沉淀：用甲基化RNA特异抗体沉淀并检测结合蛋白
** eastern blotting：二维电泳蛋白质，检测修饰，用的较少。
===[[染色质开放性检测技术|染色质开放性检测]]===
** dot blotting ：不经电泳
*[[染色质开放性检测技术|MNase-seq]]
** Southwestern blotting：DNA探针检测蛋白质电泳结果
*[[染色质开放性检测技术|FAIRE-seq]]
** Far-western blotting：不用抗体而用可能互作的蛋白
*[[染色质开放性检测技术|DNase-seq]]
** northwestern blotting：RNA探针检测蛋白质电泳结果
*[[染色质开放性检测技术|ATAC-seq]]
** middle eastern：DNA检测RNA
===各种印记===
** far western：检测脂质
*western blotting：蛋白质，但也可以检测翻译后修饰。
* '''层析/色谱技术'''
*northern blotting：检测RNA，探针是什么无所谓。
** 凝胶过滤层析
*southern blotting：检测DNA，探针无所谓。
** 亲和层析
*eastern blotting：二维电泳蛋白质，检测修饰，用的较少。
*** IMAC
*dot blotting ：不经电泳
** 聚焦层析：固定相上有缓冲剂，酸性的层析液流过，从上到下被缓冲，形成ph梯度；蛋白质会在进入等电点以上的pH后吸附在层析柱上；随着层析液不断流入，层析柱缓冲能力被逐渐耗竭，pH梯度移动(原来某一pH的位置下移)，不同的蛋白就随等电点相应的梯度流出。
*Southwestern blotting：DNA探针检测蛋白质电泳结果
** 离子交换层析
*Far-western blotting：不用抗体而用可能互作的蛋白
** 疏水层析
*northwestern blotting：RNA探针检测蛋白质电泳结果
** 反向层析
*middle eastern：DNA检测RNA
* '''克隆某特定基因的办法'''
*far western：检测脂质翻译后修饰
** 功能克隆：已知基因产物(蛋白质)，获得编码序列
*Eastern-Western：脂质与蛋白互作
** 定位克隆：已知基因位置，染色体步移
*EMSA(本质上属同一个原理)
** 序列克隆：已知基因部分序列，获得全部序列
===层析/色谱技术===
** 表型克隆：
*凝胶过滤层析
* '''基因克隆的具体技术'''
*亲和层析
** 鸟枪克隆法：将基因组打成片段，转入受体，寻找相关表型变化
**IMAC
** 消减杂交：将两份cDNA混合，去除双链，剩余的可能是与表型差异有关的序列。
*聚焦层析：固定相上有缓冲剂，酸性的层析液流过，从上到下被缓冲，形成ph梯度；蛋白质会在进入等电点以上的pH后吸附在层析柱上；随着层析液不断流入，层析柱缓冲能力被逐渐耗竭，pH梯度移动(原来某一pH的位置下移)，不同的蛋白就随等电点相应的梯度流出。
** 转座子标签：转座子插入使得基因突变，在有相关表型改变的个体中寻找转座子，就能找到被突变的基因。
*薄层层析
** 图位克隆：染色体步移
*离子交换层析
* '''PCR万世同堂'''
*疏水层析
** 一代PCR
*反相层析
** 二代PCR：实时荧光定量PCR（real-time PCR/qPCR）
*柱前衍生反相液相层析
** 三代PCR：微滴PCR（dPCR），常用数字微滴PCR（ddPCR）
===克隆某特定基因的办法===
** 特种PCR：
*功能克隆：已知基因产物(蛋白质)，获得编码序列
*** 易错PCR：可以应用于DNA序列的人工进化和SELEX等；
*定位克隆：已知基因位置，染色体步移
*** 原位PCR：即将FISH和PCR结合，在组织内部''in situ'' PCR；
*序列克隆：已知基因部分序列，获得全部序列
*** 热启动PCR：目的简要概述为减少非特异性扩增，实现方法诸如发夹引物、琼脂包埋、抗体失活等等；
*表型克隆：
*** 重叠PCR（overlap PCR）：采用跨模板片段作为引物扩增，运用了第一次的扩增产物作为长引物进行二次扩增；
===基因克隆的具体技术===
*** 定点诱变PCR：可以大致分成两代：第一代是运用诱变引物在质粒上直接引入点突变，并且在筛选过程中运用了DpnI这一IV型酶，缺点是由于质粒比较大，扩增效率不高，而且筛选过程略微麻烦一点；第二代是运用线性片段和两组引物先分别进行扩增，再运用类似于overlap PCR的方法，利用长引物扩增得到目的片段；
*鸟枪克隆法：将基因组打成片段，转入受体，寻找相关表型变化
*** 多突变PCR：有DNA洗牌技术和随机启动重组，主要是获得依托答辩一样序列混乱的DNA；
*消减杂交：将两份cDNA混合，去除双链，剩余的可能是与表型差异有关的序列。
*** 不对称PCR：某一向引物比另一向多，扩增产物的量不对等，主要是获取探针和长引物；
*转座子标签：转座子插入使得基因突变，在有相关表型改变的个体中寻找转座子，就能找到被突变的基因。
*** 反向PCR：很简单了，其中有一个引伸技术质粒获救；
*图位克隆：染色体步移
*** 反转录PCR：原理简单，引出来了一堆子技术如SMART、RACE、锚定PCR；
===PCR万世同堂===
*** 巢式PCR：在克隆里面就叫染色体步移了，原理没甚区别，但讲起来费劲，不赘述；
*一代PCR
*** TAIL-PCR：又称热不对称交错PCR，貌似除了朱玉贤院士的《现代分子生物学》没见谁讲过，有兴趣可参阅，原理复杂，不赘述；其实Yang Sir的分子生物学（第二版）的P564也讲了，不过较为简略，可供参考（Yang Sir的原理上e44-1也有，不过全文字比较抽象，但给了一堆总结，不错）
*二代PCR：实时荧光定量PCR（real-time PCR/qPCR）
*** cDNA差异分析：类似于运用PCR对两个不同样本的基因表达多少进行粗略比较，一个样本加引物的接头，一个不加，混合样本后进行扩增，线性扩增则量一致，指数则前大于后，扩增缓慢则后大于前，当然定量精确度差，应用实例较少。
*三代PCR：微滴PCR（dPCR），常用数字微滴PCR（ddPCR），原理是通过结合微流控等技术，将样本中的核酸分子精确地分到芯片上的一个个小液滴当中，使得每个小液滴中没有或只有一个核酸分子。这样每个小液滴单独扩增并检测信号，可以实现核酸分子的绝对定量
* '''基因工程'''(genetic engineering)
*特种PCR：
** 基因打靶
**易错PCR：可以应用于DNA序列的人工进化和SELEX等；
*** 胸苷激酶和新霉素抗性
**原位PCR：即将FISH和PCR结合，在组织内部''in situ'' PCR；
*** 条件性敲除：Cre-loxP、Flp-FRT
**热启动PCR：目的简要概述为减少非特异性扩增，实现方法诸如发夹引物、琼脂包埋、抗体失活等等；
** 基因编辑
**重叠PCR（overlap PCR）：采用跨模板片段作为引物扩增，运用了第一次的扩增产物作为长引物进行二次扩增；
*** 巨核酸酶
**定点诱变PCR：可以大致分成两代：第一代是运用诱变引物在质粒上直接引入点突变，并且在筛选过程中运用了DpnI这一IV型酶，缺点是由于质粒比较大，扩增效率不高，而且筛选过程略微麻烦一点；第二代是运用线性片段和两组引物先分别进行扩增，再运用类似于overlap PCR的方法，利用长引物扩增得到目的片段；
*** ZFN锌指核酸酶
**多突变PCR：有DNA洗牌技术和随机启动重组，主要是获得依托答辩一样序列混乱的DNA；
*** TALEN类转录活化因子核酸酶
**不对称PCR：某一向引物比另一向多，扩增产物的量不对等，主要是获取探针和长引物；
*** [[CRISPER-Cas9及相关|CRISPR-Cas9及相关]]
**反向PCR：很简单了，其中有一个引伸技术质粒获救；
**** prime-editing引物编辑
**反转录PCR：原理简单，引出来了一堆子技术如SMART、RACE、锚定PCR；
**** dCas9
**巢式PCR：在克隆里面就叫染色体步移了，原理没甚区别，但讲起来费劲，不赘述；
**** Cas9n
**TAIL-PCR：又称热不对称交错PCR，貌似除了朱玉贤院士的《现代分子生物学》没见谁讲过，有兴趣可参阅，原理复杂，不赘述；其实Yang Sir的分子生物学（第二版）的P564也讲了，不过较为简略，可供参考（Yang Sir的原理上e44-1也有，不过全文字比较抽象，但给了一堆总结，不错）
*电泳
**cDNA差异分析：类似于运用PCR对两个不同样本的基因表达多少进行粗略比较，一个样本加引物的接头，一个不加，混合样本后进行扩增，线性扩增则量一致，指数则前大于后，扩增缓慢则后大于前，当然定量精确度差，应用实例较少。
**'''[[脉冲场凝胶电泳]]'''
**接头连接PCR：属于单侧PCR技术，通过将人工合成的特定接头连接到基因组DNA酶切片段末端，结合已知序列的特异性引物和接头通用引物，实现已知序列的侧翼未知区域的定向扩增。
**二维琼脂糖凝胶电泳
**锅柄PCR
**非变性电泳native page
**锚定PCR
***blue native page
**等温PCR
***clear native page
**多态PCR
***quantitative preparative native continuous（QPNC-PAGE）
**桥式PCR
===基因工程(genetic engineering)===
*捕获
**启动子捕获
**外显子捕获
**增强子捕获
*基因打靶
**胸苷激酶和新霉素抗性
**条件性敲除：Cre-loxP、Dre-rox、Flp-FRT
*基因编辑
**巨核酸酶
**ZFN锌指核酸酶
**TALEN类转录活化因子核酸酶
**[[CRISPER-Cas9及相关|CRISPR-Cas9及相关]]
***prime-editing引物编辑
***dCas9
***Cas9n
***CRISPRa
***CRISPRi
***SHERLOCK
***DETECTOR
***NASBA-CRISPR
===电泳===
*[[脉冲场凝胶电泳]]
*二维琼脂糖凝胶电泳
*非变性电泳native page
*blue native page
*clear native page
*quantitative preparative native continuous（QPNC-PAGE）
*SDS-VAGE(垂直的琼脂糖凝胶电泳)预制胶
 
=== 单细胞转录组学 ===
 
* SMART-seq
* CEL-seq
* DROP-seq
 
=== 空间转录组学 ===
 
* merfish（只能检测特定转录本，但是可精准到亚细胞定位）
* visium（空间转录组学，需1-10细胞）
{{学科分类}}
 
[[Category:生物技术]]

2026年2月4日 (三) 07:59的版本

染色质构象捕获

  • 3C
  • 4C
  • 5C
  • Hi-C
  • ChIP-loop
  • ChIA-PET

蛋白质-DNA互作

  • cut&tag
  • Y1H
  • Chip-seq
  • EMSA

蛋白质-蛋白质互作

  • Y2H酵母双杂交
  • CoIP免疫共沉淀
  • pull down下拉实验
  • FERT荧光共振能量转移
  • BiFC双分子荧光互补
  • SPR表面等离子共振
  • ITC等温滴定量热法
  • BLI生物膜层干涉

荧光相关技术

  • FRAP
  • FLIP
  • FLAP
  • FRET
  • FLIM

蛋白质-RNA互作

  • RIP-RNA结合蛋白免疫共沉淀：甲醛交联，裂解细胞，抗体沉淀特定蛋白，去交联获得RNA。
  • RNA pull down：标记的诱饵RNA与细胞裂解物孵育；检测与诱饵RNA结合的蛋白。也可以已知蛋白找核酸。
  • MeRIP-RNA甲基化免疫沉淀：用甲基化RNA特异抗体沉淀并检测结合蛋白

染色质开放性检测

各种印记

  • western blotting：蛋白质，但也可以检测翻译后修饰。
  • northern blotting：检测RNA，探针是什么无所谓。
  • southern blotting：检测DNA，探针无所谓。
  • eastern blotting：二维电泳蛋白质，检测修饰，用的较少。
  • dot blotting ：不经电泳
  • Southwestern blotting：DNA探针检测蛋白质电泳结果
  • Far-western blotting：不用抗体而用可能互作的蛋白
  • northwestern blotting：RNA探针检测蛋白质电泳结果
  • middle eastern：DNA检测RNA
  • far western：检测脂质翻译后修饰
  • Eastern-Western：脂质与蛋白互作
  • EMSA(本质上属同一个原理)

层析/色谱技术

  • 凝胶过滤层析
  • 亲和层析
    • IMAC
  • 聚焦层析：固定相上有缓冲剂，酸性的层析液流过，从上到下被缓冲，形成ph梯度；蛋白质会在进入等电点以上的pH后吸附在层析柱上；随着层析液不断流入，层析柱缓冲能力被逐渐耗竭，pH梯度移动(原来某一pH的位置下移)，不同的蛋白就随等电点相应的梯度流出。
  • 薄层层析
  • 离子交换层析
  • 疏水层析
  • 反相层析
  • 柱前衍生反相液相层析

克隆某特定基因的办法

  • 功能克隆：已知基因产物(蛋白质)，获得编码序列
  • 定位克隆：已知基因位置，染色体步移
  • 序列克隆：已知基因部分序列，获得全部序列
  • 表型克隆：

基因克隆的具体技术

  • 鸟枪克隆法：将基因组打成片段，转入受体，寻找相关表型变化
  • 消减杂交：将两份cDNA混合，去除双链，剩余的可能是与表型差异有关的序列。
  • 转座子标签：转座子插入使得基因突变，在有相关表型改变的个体中寻找转座子，就能找到被突变的基因。
  • 图位克隆：染色体步移

PCR万世同堂

  • 一代PCR
  • 二代PCR：实时荧光定量PCR（real-time PCR/qPCR）
  • 三代PCR：微滴PCR（dPCR），常用数字微滴PCR（ddPCR），原理是通过结合微流控等技术，将样本中的核酸分子精确地分到芯片上的一个个小液滴当中，使得每个小液滴中没有或只有一个核酸分子。这样每个小液滴单独扩增并检测信号，可以实现核酸分子的绝对定量
  • 特种PCR：
    • 易错PCR：可以应用于DNA序列的人工进化和SELEX等；
    • 原位PCR：即将FISH和PCR结合，在组织内部in situ PCR；
    • 热启动PCR：目的简要概述为减少非特异性扩增，实现方法诸如发夹引物、琼脂包埋、抗体失活等等；
    • 重叠PCR（overlap PCR）：采用跨模板片段作为引物扩增，运用了第一次的扩增产物作为长引物进行二次扩增；
    • 定点诱变PCR：可以大致分成两代：第一代是运用诱变引物在质粒上直接引入点突变，并且在筛选过程中运用了DpnI这一IV型酶，缺点是由于质粒比较大，扩增效率不高，而且筛选过程略微麻烦一点；第二代是运用线性片段和两组引物先分别进行扩增，再运用类似于overlap PCR的方法，利用长引物扩增得到目的片段；
    • 多突变PCR：有DNA洗牌技术和随机启动重组，主要是获得依托答辩一样序列混乱的DNA；
    • 不对称PCR：某一向引物比另一向多，扩增产物的量不对等，主要是获取探针和长引物；
    • 反向PCR：很简单了，其中有一个引伸技术质粒获救；
    • 反转录PCR：原理简单，引出来了一堆子技术如SMART、RACE、锚定PCR；
    • 巢式PCR：在克隆里面就叫染色体步移了，原理没甚区别，但讲起来费劲，不赘述；
    • TAIL-PCR：又称热不对称交错PCR，貌似除了朱玉贤院士的《现代分子生物学》没见谁讲过，有兴趣可参阅，原理复杂，不赘述；其实Yang Sir的分子生物学（第二版）的P564也讲了，不过较为简略，可供参考（Yang Sir的原理上e44-1也有，不过全文字比较抽象，但给了一堆总结，不错）
    • cDNA差异分析：类似于运用PCR对两个不同样本的基因表达多少进行粗略比较，一个样本加引物的接头，一个不加，混合样本后进行扩增，线性扩增则量一致，指数则前大于后，扩增缓慢则后大于前，当然定量精确度差，应用实例较少。
    • 接头连接PCR：属于单侧PCR技术，通过将人工合成的特定接头连接到基因组DNA酶切片段末端，结合已知序列的特异性引物和接头通用引物，实现已知序列的侧翼未知区域的定向扩增。
    • 锅柄PCR
    • 锚定PCR
    • 等温PCR
    • 多态PCR
    • 桥式PCR

基因工程(genetic engineering)

  • 捕获
    • 启动子捕获
    • 外显子捕获
    • 增强子捕获
  • 基因打靶
    • 胸苷激酶和新霉素抗性
    • 条件性敲除：Cre-loxP、Dre-rox、Flp-FRT
  • 基因编辑
    • 巨核酸酶
    • ZFN锌指核酸酶
    • TALEN类转录活化因子核酸酶
    • CRISPR-Cas9及相关
      • prime-editing引物编辑
      • dCas9
      • Cas9n
      • CRISPRa
      • CRISPRi
      • SHERLOCK
      • DETECTOR
      • NASBA-CRISPR

电泳

  • 脉冲场凝胶电泳
  • 二维琼脂糖凝胶电泳
  • 非变性电泳native page
  • blue native page
  • clear native page
  • quantitative preparative native continuous（QPNC-PAGE）
  • SDS-VAGE(垂直的琼脂糖凝胶电泳)预制胶

单细胞转录组学

  • SMART-seq
  • CEL-seq
  • DROP-seq

空间转录组学

  • merfish（只能检测特定转录本，但是可精准到亚细胞定位）
  • visium（空间转录组学，需1-10细胞）
学科分类表
分子与细胞生物学
植物科学与微生物学
动物科学与生态学
遗传与进化生物学
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