生化分子细胞技术列表

• 常见分子克隆元件功能
• NET-seq

染色质构象捕获

• 3C
• 4C
• 5C
• Hi-C
• ChIP-loop
• ChIA-PET

蛋白质-DNA互作

• cut&tag
• Y1H
• Chip-seq
• EMSA

蛋白质-蛋白质互作

• Y2H酵母双杂交
• CoIP免疫共沉淀
• pull down下拉实验
• FERT荧光共振能量转移
• BiFC双分子荧光互补
• SPR表面等离子共振
• ITC等温滴定量热法
• BLI生物膜层干涉
• MST微量热泳动

荧光相关技术

• FRAP
• FLIP
• FLAP
• FRET
• FLIM

蛋白质-RNA互作

• RIP-RNA结合蛋白免疫共沉淀：甲醛交联，裂解细胞，抗体沉淀特定蛋白，去交联获得RNA。
• RNA pull down：标记的诱饵RNA与细胞裂解物孵育；检测与诱饵RNA结合的蛋白。也可以已知蛋白找核酸。
• MeRIP-RNA甲基化免疫沉淀：用甲基化RNA特异抗体沉淀并检测结合蛋白

染色质开放性检测

• MNase-seq
• FAIRE-seq
• DNase-seq
• ATAC-seq

各种印记

• western blotting：蛋白质，但也可以检测翻译后修饰。
• northern blotting：检测RNA，探针是什么无所谓。
• southern blotting：检测DNA，探针无所谓。
• eastern blotting：二维电泳蛋白质，检测修饰，用的较少。
• dot blotting ：不经电泳
• Southwestern blotting：DNA探针检测蛋白质电泳结果
• Far-western blotting：不用抗体而用可能互作的蛋白
• northwestern blotting：RNA探针检测蛋白质电泳结果
• middle eastern：DNA检测RNA
• far western：检测脂质翻译后修饰
• Eastern-Western：脂质与蛋白互作
• EMSA(本质上属同一个原理)

层析/色谱技术

• 凝胶过滤层析
• 亲和层析
  • IMAC
• 聚焦层析：固定相上有缓冲剂，酸性的层析液流过，从上到下被缓冲，形成ph梯度；蛋白质会在进入等电点以上的pH后吸附在层析柱上；随着层析液不断流入，层析柱缓冲能力被逐渐耗竭，pH梯度移动(原来某一pH的位置下移)，不同的蛋白就随等电点相应的梯度流出。
• 薄层层析
• 离子交换层析
• 疏水层析
• 反相层析
• 柱前衍生反相液相层析

克隆某特定基因的办法

• 功能克隆：已知基因产物(蛋白质)，获得编码序列
• 定位克隆：已知基因位置，染色体步移
• 序列克隆：已知基因部分序列，获得全部序列
• 表型克隆：

基因克隆的具体技术

• 鸟枪克隆法：将基因组打成片段，转入受体，寻找相关表型变化
• 消减杂交：将两份cDNA混合，去除双链，剩余的可能是与表型差异有关的序列。
• 转座子标签：转座子插入使得基因突变，在有相关表型改变的个体中寻找转座子，就能找到被突变的基因。
• 图位克隆：染色体步移

PCR万世同堂

• 一代PCR
• 二代PCR：实时荧光定量PCR（real-time PCR/qPCR）
• 三代PCR：微滴PCR（dPCR），常用数字微滴PCR（ddPCR），原理是通过结合微流控等技术，将样本中的核酸分子精确地分到芯片上的一个个小液滴当中，使得每个小液滴中没有或只有一个核酸分子。这样每个小液滴单独扩增并检测信号，可以实现核酸分子的绝对定量
• 特种PCR：
  • 易错PCR：可以应用于DNA序列的人工进化和SELEX等；
  • 原位PCR：即将FISH和PCR结合，在组织内部in situ PCR；
  • 热启动PCR：目的简要概述为减少非特异性扩增，实现方法诸如发夹引物、琼脂包埋、抗体失活等等；
  • 重叠PCR（overlap PCR）：采用跨模板片段作为引物扩增，运用了第一次的扩增产物作为长引物进行二次扩增；
  • 定点诱变PCR：可以大致分成两代：第一代是运用诱变引物在质粒上直接引入点突变，并且在筛选过程中运用了DpnI这一IV型酶，缺点是由于质粒比较大，扩增效率不高，而且筛选过程略微麻烦一点；第二代是运用线性片段和两组引物先分别进行扩增，再运用类似于overlap PCR的方法，利用长引物扩增得到目的片段；
  • 多突变PCR：有DNA洗牌技术和随机启动重组，主要是获得依托答辩一样序列混乱的DNA；
  • 不对称PCR：某一向引物比另一向多，扩增产物的量不对等，主要是获取探针和长引物；
  • 反向PCR：很简单了，其中有一个引伸技术质粒获救；
  • 反转录PCR：原理简单，引出来了一堆子技术如SMART、RACE、锚定PCR；
  • 巢式PCR：在克隆里面就叫染色体步移了，原理没甚区别，但讲起来费劲，不赘述；
  • TAIL-PCR：又称热不对称交错PCR，貌似除了朱玉贤院士的《现代分子生物学》没见谁讲过，有兴趣可参阅，原理复杂，不赘述；其实Yang Sir的分子生物学（第二版）的P564也讲了，不过较为简略，可供参考（Yang Sir的原理上e44-1也有，不过全文字比较抽象，但给了一堆总结，不错）
  • cDNA差异分析：类似于运用PCR对两个不同样本的基因表达多少进行粗略比较，一个样本加引物的接头，一个不加，混合样本后进行扩增，线性扩增则量一致，指数则前大于后，扩增缓慢则后大于前，当然定量精确度差，应用实例较少。
  • 接头连接PCR：属于单侧PCR技术，通过将人工合成的特定接头连接到基因组DNA酶切片段末端，结合已知序列的特异性引物和接头通用引物，实现已知序列的侧翼未知区域的定向扩增。
  • 锅柄PCR
  • 锚定PCR
  • 等温PCR
  • 多态PCR
  • 桥式PCR

基因工程(genetic engineering)

• 捕获
  • 启动子捕获
  • 外显子捕获
  • 增强子捕获
• 基因打靶
  • 胸苷激酶和新霉素抗性
  • 条件性敲除：Cre-loxP、Dre-rox、Flp-FRT
• 基因编辑
  • 巨核酸酶
  • ZFN锌指核酸酶
  • TALEN类转录活化因子核酸酶
  • CRISPR-Cas9及相关
    • prime-editing引物编辑
    • dCas9
    • Cas9n
    • CRISPRa
    • CRISPRi
    • SHERLOCK
    • DETECTOR
    • NASBA-CRISPR

电泳

• 脉冲场凝胶电泳
• 二维琼脂糖凝胶电泳
• 非变性电泳native page
• blue native page
• clear native page
• quantitative preparative native continuous（QPNC-PAGE）
• SDS-VAGE(垂直的琼脂糖凝胶电泳)预制胶

单细胞转录组学

• SMART-seq
• CEL-seq
• DROP-seq

空间转录组学

• merfish（只能检测特定转录本，但是可精准到亚细胞定位）
• visium（空间转录组学，需1-10细胞）

学科分类表

分子与细胞生物学

• 生物化学

• 分子生物学

• 细胞生物学

• 生物技术

植物科学与微生物学

• 植物学

• 植物生理学

• 微生物学

动物科学与生态学

• 动物学

• 生理学

• 生态学

• 动物行为学

遗传与进化生物学

• 遗传学

• 演化生物学

• 生物信息学