生化分子细胞技术列表：修订间差异

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第1行： 第1行：
* 染色体构象捕获
* '''[[染色质构象捕获]]'''
** 3C
** 3C
** 4C
** 4C
第6行： 第6行：
** ChIP-loop
** ChIP-loop
** ChIA-PET
** ChIA-PET
* 蛋白质-蛋白质互作
* '''蛋白质-蛋白质互作'''
** Y2H酵母双杂交
** Y2H酵母双杂交
** CoIP免疫共沉淀
** CoIP免疫共沉淀
第14行： 第14行：
** SPR表面等离子共振
** SPR表面等离子共振
** ITC等温滴定量热法
** ITC等温滴定量热法
* 蛋白质-RNA互作
* '''[[荧光相关技术]]'''
** FRAP
** FLIP
** FLAP
** FERT
** FLIM
* '''蛋白质-RNA互作'''
** RIP-RNA结合蛋白免疫共沉淀：甲醛交联，裂解细胞，抗体沉淀特定蛋白，去交联获得RNA。
** RIP-RNA结合蛋白免疫共沉淀：甲醛交联，裂解细胞，抗体沉淀特定蛋白，去交联获得RNA。
** RNA pull down：标记的诱饵RNA与细胞裂解物孵育；检测与诱饵RNA结合的蛋白
** RNA pull down：标记的诱饵RNA与细胞裂解物孵育；检测与诱饵RNA结合的蛋白
** MeRIP-RNA甲基化免疫沉淀：用甲基化RNA特异抗体沉淀并检测结合蛋白
** MeRIP-RNA甲基化免疫沉淀：用甲基化RNA特异抗体沉淀并检测结合蛋白
* 染色质开放性检测
* '''[[染色质开放性检测技术|染色质开放性检测]]'''
** MNase-seq
** [[染色质开放性检测技术|MNase-seq]]
** FAIRE-seq
** [[染色质开放性检测技术|FAIRE-seq]]
** DNase-seq
** [[染色质开放性检测技术|DNase-seq]]
** ATAC-seq
** [[染色质开放性检测技术|ATAC-seq]]
* 各种印记
* '''各种印记'''
** western blotting：蛋白质
** western blotting：蛋白质
** northern blotting：RNA
** northern blotting：RNA
第34行： 第40行：
** middle eastern：DNA检测RNA
** middle eastern：DNA检测RNA
** far western：检测脂质
** far western：检测脂质
* 层析/色谱技术
* '''层析/色谱技术'''
** 凝胶过滤层析
** 凝胶过滤层析
** 亲和层析
** 亲和层析
第42行： 第48行：
** 疏水层析
** 疏水层析
** 反向层析
** 反向层析
* 克隆某特定基因的办法
* '''克隆某特定基因的办法'''
** 功能克隆：已知基因产物(蛋白质)，获得编码序列
** 功能克隆：已知基因产物(蛋白质)，获得编码序列
** 定位克隆：已知基因位置，染色体步移
** 定位克隆：已知基因位置，染色体步移
** 序列克隆：已知基因部分序列，获得全部序列
** 序列克隆：已知基因部分序列，获得全部序列
** 表型克隆：
** 表型克隆：
* 基因克隆的具体技术
* '''基因克隆的具体技术'''
** 鸟枪克隆法：将基因组打成片段，转入受体，寻找相关表型变化
** 鸟枪克隆法：将基因组打成片段，转入受体，寻找相关表型变化
** 消减杂交：将两份cDNA混合，去除双链，剩余的可能是与表型差异有关的序列。
** 消减杂交：将两份cDNA混合，去除双链，剩余的可能是与表型差异有关的序列。
** 转座子标签：转座子插入使得基因突变，在有相关表型改变的个体中寻找转座子，就能找到被突变的基因。
** 转座子标签：转座子插入使得基因突变，在有相关表型改变的个体中寻找转座子，就能找到被突变的基因。
** 图位克隆：染色体步移
** 图位克隆：染色体步移
* '''PCR万世同堂'''
** 一代PCR
** 二代PCR：实时荧光定量PCR（real-time PCR/qPCR）
** 三代PCR：微滴PCR（dPCR），常用数字微滴PCR（ddPCR）
** 特种PCR：
*** 易错PCR，可以应用于DNA序列的人工进化和SELEX等；
*** 原位PCR，即将FISH和PCR结合，在组织内部''in situ'' PCR；
*** 热启动PCR，目的简要概述为减少非特异性扩增，实现方法诸如发夹引物、琼脂包埋、抗体失活等等；
*** 重叠PCR（overlap PCR），采用跨模板片段作为引物扩增，运用了第一次的扩增产物作为长引物进行二次扩增；
*** 定点诱变PCR，可以大致分成两代：第一代是运用诱变引物在质粒上直接引入点突变，并且在筛选过程中运用了DpnI这一IV型酶，缺点是由于质粒比较大，扩增效率不高，而且筛选过程略微麻烦一点；第二代是运用线性片段和两组引物先分别进行扩增，再运用类似于overlap PCR的方法，利用长引物扩增得到目的片段；
*** 多突变PCR，有DNA洗牌技术和随机启动重组，主要是获得依托答辩一样序列混乱的DNA；
*** 不对称PCR，某一向引物比另一向多，扩增产物的量不对等，主要是获取探针和长引物；
*** 反向PCR，很简单了，其中有一个引伸技术质粒获救；
*** 反转录PCR，原理简单，引出来了一堆子技术如SMART、RACE、锚定PCR；
*** 巢式PCR，在克隆里面就叫染色体步移了，原理没甚区别，但讲起来费劲，不赘述；
*** TAIL-PCR，又称热不对称交错PCR，貌似除了朱玉贤院士的《现代分子生物学》没见谁讲过，有兴趣可参阅，原理复杂，不赘述；
*** cDNA差异分析，类似于运用PCR对两个不同样本的基因表达多少进行粗略比较，一个样本加引物的接头，一个不加，混合样本后进行扩增，线性扩增则量一致，指数则前大于后，扩增缓慢则后大于前，当然定量精确度差，应用实例较少。
* '''基因工程'''(genetic engineering)
** 基因打靶
*** 胸苷激酶和新霉素抗性
*** 条件性敲除：Cre-loxP、Flp-FRT
** 基因编辑
*** ZFN锌指核酸酶
*** TALEN类转录活化因子核酸酶
*** CRISPER-Cas9
**** prime-editing引物编辑
**** dCas9
**** Cas9n
*电泳
**'''[[脉冲场凝胶电泳]]'''
**二维琼脂糖凝胶电泳
**非变性电泳native page
***blue native page
***clear native page
***quantitative preparative native continuous（QPNC-PAGE）

2024年10月28日 (一) 10:23的最新版本

  • 染色质构象捕获
    • 3C
    • 4C
    • 5C
    • Hi-C
    • ChIP-loop
    • ChIA-PET
  • 蛋白质-蛋白质互作
    • Y2H酵母双杂交
    • CoIP免疫共沉淀
    • pull down下拉实验
    • FERT荧光共振能量转移
    • BiFC双分子荧光互补
    • SPR表面等离子共振
    • ITC等温滴定量热法
  • 荧光相关技术
    • FRAP
    • FLIP
    • FLAP
    • FERT
    • FLIM
  • 蛋白质-RNA互作
    • RIP-RNA结合蛋白免疫共沉淀：甲醛交联，裂解细胞，抗体沉淀特定蛋白，去交联获得RNA。
    • RNA pull down：标记的诱饵RNA与细胞裂解物孵育；检测与诱饵RNA结合的蛋白
    • MeRIP-RNA甲基化免疫沉淀：用甲基化RNA特异抗体沉淀并检测结合蛋白
  • 染色质开放性检测
  • 各种印记
    • western blotting：蛋白质
    • northern blotting：RNA
    • southern blotting：DNA
    • eastern blotting：二维电泳蛋白质
    • dot blotting ：不经电泳
    • Southwestern blotting：DNA探针检测蛋白质电泳结果
    • Far-western blotting：不用抗体而用可能互作的蛋白
    • northwestern blotting：RNA探针检测蛋白质电泳结果
    • middle eastern：DNA检测RNA
    • far western：检测脂质
  • 层析/色谱技术
    • 凝胶过滤层析
    • 亲和层析
      • IMAC
    • 聚焦层析：固定相上有缓冲剂，酸性的层析液流过，从上到下被缓冲，形成ph梯度；蛋白质会在进入等电点以上的pH后吸附在层析柱上；随着层析液不断流入，层析柱缓冲能力被逐渐耗竭，pH梯度移动(原来某一pH的位置下移)，不同的蛋白就随等电点相应的梯度流出。
    • 离子交换层析
    • 疏水层析
    • 反向层析
  • 克隆某特定基因的办法
    • 功能克隆：已知基因产物(蛋白质)，获得编码序列
    • 定位克隆：已知基因位置，染色体步移
    • 序列克隆：已知基因部分序列，获得全部序列
    • 表型克隆：
  • 基因克隆的具体技术
    • 鸟枪克隆法：将基因组打成片段，转入受体，寻找相关表型变化
    • 消减杂交：将两份cDNA混合，去除双链，剩余的可能是与表型差异有关的序列。
    • 转座子标签：转座子插入使得基因突变，在有相关表型改变的个体中寻找转座子，就能找到被突变的基因。
    • 图位克隆：染色体步移
  • PCR万世同堂
    • 一代PCR
    • 二代PCR：实时荧光定量PCR（real-time PCR/qPCR）
    • 三代PCR：微滴PCR（dPCR），常用数字微滴PCR（ddPCR）
    • 特种PCR：
      • 易错PCR，可以应用于DNA序列的人工进化和SELEX等；
      • 原位PCR，即将FISH和PCR结合，在组织内部in situ PCR；
      • 热启动PCR，目的简要概述为减少非特异性扩增，实现方法诸如发夹引物、琼脂包埋、抗体失活等等；
      • 重叠PCR（overlap PCR），采用跨模板片段作为引物扩增，运用了第一次的扩增产物作为长引物进行二次扩增；
      • 定点诱变PCR，可以大致分成两代：第一代是运用诱变引物在质粒上直接引入点突变，并且在筛选过程中运用了DpnI这一IV型酶，缺点是由于质粒比较大，扩增效率不高，而且筛选过程略微麻烦一点；第二代是运用线性片段和两组引物先分别进行扩增，再运用类似于overlap PCR的方法，利用长引物扩增得到目的片段；
      • 多突变PCR，有DNA洗牌技术和随机启动重组，主要是获得依托答辩一样序列混乱的DNA；
      • 不对称PCR，某一向引物比另一向多，扩增产物的量不对等，主要是获取探针和长引物；
      • 反向PCR，很简单了，其中有一个引伸技术质粒获救；
      • 反转录PCR，原理简单，引出来了一堆子技术如SMART、RACE、锚定PCR；
      • 巢式PCR，在克隆里面就叫染色体步移了，原理没甚区别，但讲起来费劲，不赘述；
      • TAIL-PCR，又称热不对称交错PCR，貌似除了朱玉贤院士的《现代分子生物学》没见谁讲过，有兴趣可参阅，原理复杂，不赘述；
      • cDNA差异分析，类似于运用PCR对两个不同样本的基因表达多少进行粗略比较，一个样本加引物的接头，一个不加，混合样本后进行扩增，线性扩增则量一致，指数则前大于后，扩增缓慢则后大于前，当然定量精确度差，应用实例较少。
  • 基因工程(genetic engineering)
    • 基因打靶
      • 胸苷激酶和新霉素抗性
      • 条件性敲除：Cre-loxP、Flp-FRT
    • 基因编辑
      • ZFN锌指核酸酶
      • TALEN类转录活化因子核酸酶
      • CRISPER-Cas9
        • prime-editing引物编辑
        • dCas9
        • Cas9n
  • 电泳
    • 脉冲场凝胶电泳
    • 二维琼脂糖凝胶电泳
    • 非变性电泳native page
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