生化代谢产能分析:修订间差异
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== '''一.有点甜:糖代谢''' == | == '''一.有点甜:糖代谢''' == | ||
[[糖酵解]] | [[糖酵解]]:一分子葡萄糖经糖酵解净生成了两分子 ATP([[磷酸甘油酸激酶|己糖激酶、磷酸甘油酸激酶]])、两分子 NADH([[3-磷酸甘油醛脱氢酶]])以及两分子丙酮酸。其余站内已有详细的解释,这里不再赘述。 | ||
'''[[三羧酸循环]]''':(宁异勿同,虎虎言平<ref>柠檬酸,异柠檬酸,α-酮戊二酸,琥珀酰-CoA,琥珀酸,延胡索酸,草酰乙酸。</ref>) | '''[[三羧酸循环]]''':(宁异勿同,虎虎言平<ref>柠檬酸,异柠檬酸,α-酮戊二酸,琥珀酰-CoA,琥珀酸,延胡索酸,草酰乙酸。</ref>) | ||
预备反应(严格来讲,不属于三羧酸循环):[[丙酮酸脱氢酶复合体]]将[[丙酮酸]]转变为[[乙酰-CoA]]与CO<sub>2</sub> | 预备反应(严格来讲,不属于三羧酸循环):[[丙酮酸脱氢酶复合体]]将[[丙酮酸]]转变为[[乙酰-CoA]]与CO<sub>2</sub>,需要的辅因子有 FAD、NAD<sup>+</sup>、硫辛酸、TPP、CoA、Mg<sup>2+</sup>等。这一步生成了 NADH。 | ||
循环反应1:由[[柠檬酸合成酶]]催化,将[[乙酰-CoA]]与[[草酰乙酸(OAA)]]化合为[[柠檬酸]] | 循环反应1:由[[柠檬酸合成酶]]催化,将[[乙酰-CoA]]与[[草酰乙酸(OAA)]]化合为[[柠檬酸]]。这是一步很强的放能反应,该反应不可逆。但并不产生还原性辅酶或 ATP。 | ||
循环反应2:由[[顺乌头酸酶]]催化,使柠檬酸异构为[[异柠檬酸]]。这一步经过乌头酸这一中间产物,是可逆反应。 | 循环反应2:由[[顺乌头酸酶]]催化,使柠檬酸异构为[[异柠檬酸]]。这一步经过乌头酸这一中间产物,是可逆反应。 | ||
循环反应3:由[[异柠檬酸脱氢酶]]催化,将异柠檬酸的仲醇氧化为羰基,并快速脱羧生成[[α-酮戊二酸(αKG)]],该反应不可逆。反应有草酰琥珀酸的中间产物。需要NAD<sup>+</sup>作辅酶,即生成[[NADH]] | 循环反应3:由[[异柠檬酸脱氢酶]]催化,将异柠檬酸的仲醇氧化为羰基,并快速脱羧生成[[α-酮戊二酸(αKG)]],该反应不可逆。反应有草酰琥珀酸的中间产物。需要NAD<sup>+</sup>作辅酶,即生成[[NADH]]。部分微生物此步产NADPH(周德庆 微生物学教程) | ||
循环反应4:在[[αKG脱氢酶复合体]](该复合体类似于丙酮酸脱氢复合体)的作用下,αKG氧化脱羧。需要的辅酶与丙酮酸脱氢酶复合体一致,是不可逆反应。生成[[NADH]]以及[[琥珀酰-CoA]]。 | 循环反应4:在[[αKG脱氢酶复合体]](该复合体类似于丙酮酸脱氢复合体)的作用下,αKG氧化脱羧。需要的辅酶与丙酮酸脱氢酶复合体一致,是不可逆反应。生成[[NADH]]以及[[琥珀酰-CoA]]。 | ||
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循环反应7:由[[延胡索酸酶]]催化,延胡索酸水和产生[[L-苹果酸]]。 | 循环反应7:由[[延胡索酸酶]]催化,延胡索酸水和产生[[L-苹果酸]]。 | ||
循环反应8:由[[苹果酸脱氢酶]]催化,将苹果酸的仲醇基氧化为羰基产生[[OAA]] | 循环反应8:由[[苹果酸脱氢酶]]催化,将苹果酸的仲醇基氧化为羰基产生 [[OAA]]。这一步需要的辅酶是 NAD<sup>+</sup>。 | ||
'''总结:乙酰-CoA+3NAD<sup>+</sup>+FAD+GDP+Pi+2H<sub>2</sub>O→2CO<sub>2</sub>+3NADH+FADH<sub>2</sub>+GTP+3H<sup>+</sup>+CoA-SH''' | '''总结:乙酰-CoA+3NAD<sup>+</sup>+FAD+GDP+Pi+2H<sub>2</sub>O→2CO<sub>2</sub>+3NADH+FADH<sub>2</sub>+GTP+3H<sup>+</sup>+CoA-SH.''' | ||
其中产生的能量物质有'''NADH(丙酮酸脱氢酶系、异柠檬酸脱氢酶、αKG脱氢酶复合体、苹果酸脱氢酶)、FADH<sub>2</sub>(琥珀酸脱氢酶)、GTP(琥珀酸硫激酶)。''' | 其中产生的能量物质有 '''NADH(丙酮酸脱氢酶系、异柠檬酸脱氢酶、αKG脱氢酶复合体、苹果酸脱氢酶)、FADH<sub>2</sub>(琥珀酸脱氢酶)、GTP(琥珀酸硫激酶)。''' | ||
'''呼吸链''' | '''呼吸链''' | ||
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需要的知识: | 需要的知识: | ||
1. | 1.由于 ATP 合酶 c 亚基的数目(12 个 c 亚基对应一圈 3 个 ATP)特点,大概每有 4 个氢离子流过 F<sub>o</sub> 亚基,就有 1 个 ATP 的合成。 | ||
2.呼吸链复合体Ⅰ每有两个电子流过,就将4个氢离子泵入膜间隙。复合体Ⅱ并不泵氢离子。复合体Ⅲ同样泵4个,复合体Ⅳ泵2个。 | 2.呼吸链复合体Ⅰ每有两个电子流过,就将4个氢离子泵入膜间隙。复合体Ⅱ并不泵氢离子。复合体Ⅲ同样泵4个,复合体Ⅳ泵2个。 | ||
3.NADH中的一对电子经复合物Ⅰ→Ⅲ→Ⅳ传递给氧气;而FADH<sub>2</sub> | 3.NADH中的一对电子经复合物Ⅰ→Ⅲ→Ⅳ传递给氧气;而FADH<sub>2</sub>经Ⅱ→Ⅲ→Ⅳ或不依赖复合物Ⅱ(主要是脂肪酸氧化产生的FADH<sub>2</sub>,但最后产生的ATP数一致)。 | ||
推论: | 推论: | ||
一分子NADH 经呼吸链产生 2.5 ATP,一分子 FADH<sub>2</sub> 经呼吸链产生 1.5 ATP<ref>旧观点认为1NADH~3ATP,1FADH<sub>2</sub>~2ATP,这是对c亚基数目估计的不同导致的。请不要使用旧算法。</ref>. | |||
'''糖异生''' | '''糖异生''' | ||
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大部分过程是糖酵解的反演。 | 大部分过程是糖酵解的反演。 | ||
这里用到的步骤主要是 PEP(磷酸烯醇式丙酮酸)的再生。 | |||
'''丙酮酸(Pyr)在丙酮酸羧化酶的作用下生成 OAA,消耗了一分子 ATP 及CO<sub>2</sub>''' | |||
'''接着,OAA 在 PEP 羧激酶的作用下转化为PEP,消耗一分子 GTP''' | |||
OAA 若想完全氧化,则借用了糖异生的第二步,转化为PEP后重新进入糖酵解。 | |||
2.5×2+ | 因此,OAA 转化为 Pyr 相当于消耗了一分子 GTP(PEP 羧激酶)又生成了一分子 ATP(丙酮酸激酶),因此可以在计算中将 OAA 与 Pyr 同等看待(12.5 ATP)。 | ||
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====== '''1.葡萄糖(30~32'''<ref>省流版</ref>''')''' ====== | |||
2.5×2+2<sup>(糖酵解<ref>2NADH+2ATP</ref>)</sup>+( 2.5<sup>(乙酰辅酶A的生成<ref>1NADH</ref>)</sup>+1+2.5×3+1.5<sup>(TCA循环<ref>1GTP+3NADH+1FADH<sub>2</sub></ref>)</sup>)×2=32. | |||
注意糖酵解中产生的NADH进入线粒体有两种穿梭方式,其中较为简单的α-磷酸甘油穿梭相当于把NADH转化为了FADH<sub>2</sub>,故有1ATP的损失 | 注意糖酵解中产生的NADH进入线粒体有两种穿梭方式,其中较为简单的α-磷酸甘油穿梭相当于把NADH转化为了FADH<sub>2</sub>,故有1ATP的损失 | ||
所以一分子葡萄糖应是 32、31或 30 个ATP。 | |||
====== '''2.丙酮酸(12.5)''' ====== | |||
就是取上述步骤的后半段。 | 就是取上述步骤的后半段。 | ||
2.5+1+2.5×3+1.5=12.5 ATP. | 2.5+1+2.5×3+1.5=12.5 ATP. | ||
'''3.乙酰辅酶A(10)''' | ====== '''3.乙酰辅酶A(10)''' ====== | ||
在上述基础上减去2.5(生成乙酰辅酶A 伴随的 NADH )即可。 | |||
在上述基础上减去2. | |||
12.5-2.5=10 ATP. | 12.5-2.5=10 ATP. | ||
'''4.乳酸(14~15)''' | ====== '''4.乳酸(14~15)''' ====== | ||
先在乳酸脱氢酶的作用下生成一分子的丙酮酸(相当于生成乳酸的逆反应)产生1 NADH | 先在乳酸脱氢酶的作用下生成一分子的丙酮酸(相当于生成乳酸的逆反应)产生1 NADH | ||
丙酮酸前文已分析 | 丙酮酸前文已分析 | ||
(1.5~2.5)+12.5=14~15 ATP. | |||
====== '''5.草酰乙酸(12.5)'''<ref>一些初学者或许会放到TCA中分析,但是TCA的碳在每一轮循环后的变化太过复杂,不易分析。</ref> ====== | |||
在“糖异生”板块已分析,看到 OAA 将其视为 Pyr 即可 | |||
(-1+1)<ref>见糖异生板块。</ref>+2.5+1+2.5×3+1.5=12.5 ATP. | |||
''' | ====== '''6.琥珀酸(16.5)''' ====== | ||
先在 TCA 中转化为 OAA(琥珀酸→苹果酸→OAA)1.5+2.5<ref>1 FADH<sub>2</sub>+1 NADH</ref>=4 ATP. | |||
OAA 前文已分析。 | |||
4+12.5=16.5 ATP. | |||
''' | ====== '''7.甘油(16.5~18.5)''' ====== | ||
甘油先被活化为3-磷酸甘油(-1ATP),而后经过脱氢生成磷酸二羟丙酮,并产生了一分子NADH | |||
磷酸二羟丙酮分析较为简单(ATP+NADH+ATP+12.5ATP) | |||
由于穿梭途径的不同,在细胞质发生的步骤产生的NADH产生1.5~2.5个ATP. | |||
于是总计 1+(1.5~2.5)×2+12.5=16.5~18.5 ATP. | |||
== '''二.含氮废物:尿素循环与蛋白质代谢''' == | == '''二.含氮废物:尿素循环与蛋白质代谢''' == | ||
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尿素循环的基本步骤可总结为右图,从图中可以看出,每有一分子的尿素生成,就有4个ATP的消耗 | 尿素循环的基本步骤可总结为右图,从图中可以看出,每有一分子的尿素生成,就有4个ATP的消耗 | ||
这也决定了蛋白质代谢含氮产物(尿素或铵)的不同,能量的产生也不同,这里认为每有一个铵转化为 '''1/2 个'''尿素就有 2 ATP 的消耗。 | |||
据此,可分析一些简单的氨基酸产能(这里默认转化为尿素)。 | |||
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====== '''8.丙氨酸(13<ref>大部分考研题给出的是13 ATP,实际上脱氨基方式的不同产能也就不同,这里给出算得13 ATP的情况。其他情况可见[https://www.zhihu.com/question/627839555 一篇知乎回答。]</ref>)''' ====== | |||
丙氨酸经转氨酶和谷氨酸脱氢酶联合作用脱去氨基产生丙酮酸与 NAD(P)H<ref>NADPH先转化为NADH再进入呼吸链</ref>,同时有一分子铵的生成。 | |||
2.5+12.5-2=13 ATP. | 2.5+12.5-2=13 ATP. | ||
====== '''9.谷氨酸(20.5)''' ====== | |||
谷氨酸经脱氢酶作用生成α-酮戊二酸,生成一分子铵与NADH,前者可放到TCA循环中分析α-KG→→→OAA+2NADH(α-KG脱氢酶,苹果酸脱氢酶)+1 FADH<sub>2</sub>(琥珀酸脱氢酶)+1 GTP(琥珀酸硫激酶) | |||
OAA前文已分析,12.5ATP. | |||
总计:2.5+2×2.5+1.5+1+12.5-2=20.5 ATP. | |||
====== '''10.天冬氨酸(13)''' ====== | |||
经转氨酶和谷氨酸脱氢酶联合作用脱去氨基产生 OAA,NADH 和一分子铵 | |||
== '''三.成双成对:β- | OAA 12.5ATP. | ||
总计2.5+12.5-2=13 ATP. | |||
====== '''11.苏氨酸(16)''' ====== | |||
一分子苏氨酸会裂解成甘氨酸与乙醛,两个甘氨酸可以合成一个丝氨酸(脱一分子CO<sub>2</sub>与氨,得到一分子NADH+H<sup>+</sup>),再经过脱水产生丙酮酸(不产能)。乙醛经过加水脱氢成为乙酸再活化成为乙酰-CoA。故共产能1/2(2.5+12.5)+2.5+10-2(尿素循环)-2(乙酸活化)=16 | |||
== '''三.成双成对:β-氧化及脂肪代谢''' == | |||
需要的知识: | 需要的知识: | ||
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3.脂肪酸发生β-氧化包含四个基本的重复步骤,即脱氢、加水,再脱氢及硫解。其中「脱氢」步骤生成一分子FADH<sub>2</sub>(与三羧酸循环中琥珀酸的脱氢),「再脱氢」步骤生成一分子NADH(与三羧酸循环中苹果酸的脱氢类似)。 | 3.脂肪酸发生β-氧化包含四个基本的重复步骤,即脱氢、加水,再脱氢及硫解。其中「脱氢」步骤生成一分子FADH<sub>2</sub>(与三羧酸循环中琥珀酸的脱氢),「再脱氢」步骤生成一分子NADH(与三羧酸循环中苹果酸的脱氢类似)。 | ||
4.如果在β- | 4.如果在β-氧化中遇到了奇数位的不饱和双键,那么最后这个双键会处在3号位,需要烯酰CoA异构酶将3号位的双键移位到2号位(注意此时的双键变为反式双键),不发生「脱氢」步骤,少生成了一分子FADH<sub>2</sub>即1.5 ATP;如果在 β-氧化中遇到了偶数位的不饱和双键,那么最后这个双键会处在4号位,而2号位也会因为β-氧化产生一个双键,这就形成一对共轭双键。此时需要2,4-二烯酰CoA还原酶消耗一个NADPH,将位于2和4号位的两个双键,变为位于3号位的一个双键,而这个双键会被烯酰CoA异构酶移位到2号位。因此最终少了一个NADPH,即少了2.5个ATP。<ref>[[多不饱和脂肪酸的氧化|多不饱和脂肪酸的氧化 - osm&bio]]</ref><ref>两种常见的单不饱和脂肪酸棕榈油酸(16:1Δ<sup>9c</sup>)和亚油酸(18:1Δ<sup>9c</sup>)都是奇数位的不饱和</ref><ref>偶数碳位的不饱和双键的处理与亚油酸(18:1Δ<sup>9c,12c</sup>)类似,可见后文图</ref> | ||
5.每发生一次β-氧化,相当于将原脂肪酸的α,β碳转化为乙酰辅酶A。直至剩两个碳(乙酰辅酶A)(或三个,此时为丙酰辅酶A)为止。 | 5.每发生一次β-氧化,相当于将原脂肪酸的α,β碳转化为乙酰辅酶A。直至剩两个碳(乙酰辅酶A)(或三个,此时为丙酰辅酶A)为止。 | ||
6.丙酰辅酶A的命运(计算奇数碳脂肪酸氧化时需要):丙酰辅酶A进行一次羧化反应,'''消耗''' | 6.丙酰辅酶A的命运(计算奇数碳脂肪酸氧化时需要):丙酰辅酶A进行一次羧化反应,'''消耗'''一分子 ATP 生成 D-甲基丙二酸单酰辅酶A先后后经消旋酶、L-甲基丙二酸单酰辅酶A的异构作用生成了一分子琥珀酰CoA。琥珀酰辅酶A产能数显而易见(1 GTP<ref>琥珀酸硫激酶的作用,生成一分子琥珀酸及GTP</ref>+16.5 ATP<ref>琥珀酸的产能前文已分析。</ref>=17.5 ATP),从而一分子丙酰辅酶A产生16.5 ATP. | ||
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据此,可做如下推导: | 据此,可做如下推导: | ||
''' | ====== '''12.偶数碳(2n)饱和脂肪酸(14n-6,记碳数为 m 即 7m-6)''' ====== | ||
-2+n×10 + ( n-1 ) × ( 1.5+2.5 ) = 14n-6 ATP. | |||
-2+n×10+ | |||
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n×10:n个乙酰辅酶A; | n×10:n个乙酰辅酶A; | ||
( n-1 )×( 1.5+2. 5):n-1 次 β-氧化。 | |||
若有m个'''奇数位的'''不饱和双键,则在上面的数的基础上减去1.5m<ref>有例外,见下文10。</ref>. | |||
''' | ====== '''13.奇数碳(2n+1)饱和脂肪酸(14n+0.5,记碳数为 m 即 7m-6.5)''' ====== | ||
-2+ | -2+( n-1 )×10+( n-1 )×( 1.5+2.5 )+16.5=14n+0.5 ATP.[[文件:亚油酸的氧化.webp|缩略图]]解析: | ||
-2:活化消耗; | -2:活化消耗; | ||
( n-1 )×10:n-1 个乙酰辅酶A; | |||
( n-1 )×( 1.5+2.5 ):n-1 次β-氧化; | |||
16.5:一分子丙酰辅酶A。 | 16.5:一分子丙酰辅酶A。 | ||
''' | ====== '''13:一种例外:亚油酸(18:2Δ<sup>9c,12c</sup>)的完全氧化(116,而非依上述公式所得的117)''' ====== | ||
右图来自第六版 Lehninger 生物化学原理第 678 页(文字描述见上文“需要的知识”栏4) | |||
由该图不难看出,亚油酸因其双键位置的特殊性(共轭双键), 需要发生一次 1,4-加成反应减少一个双键,这步加成反应由 2,4-烯酰 CoA 还原酶催化, 消耗了一分子 NADPH. 而新生成的单键经「脱氢」步骤生成了一分子 FADH<sub>2</sub>, 如此算下来有-2.5+1.5=-1的ATP损耗 | |||
这也就解释了按照公式计算的 117 恰比实际情况的 '''116''' 多 1 . | |||
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作者-Tsusha | |||
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2025年8月23日 (六) 16:35的最新版本
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一.有点甜:糖代谢
糖酵解:一分子葡萄糖经糖酵解净生成了两分子 ATP(己糖激酶、磷酸甘油酸激酶)、两分子 NADH(3-磷酸甘油醛脱氢酶)以及两分子丙酮酸。其余站内已有详细的解释,这里不再赘述。
预备反应(严格来讲,不属于三羧酸循环):丙酮酸脱氢酶复合体将丙酮酸转变为乙酰-CoA与CO2,需要的辅因子有 FAD、NAD+、硫辛酸、TPP、CoA、Mg2+等。这一步生成了 NADH。
循环反应1:由柠檬酸合成酶催化,将乙酰-CoA与草酰乙酸(OAA)化合为柠檬酸。这是一步很强的放能反应,该反应不可逆。但并不产生还原性辅酶或 ATP。
循环反应2:由顺乌头酸酶催化,使柠檬酸异构为异柠檬酸。这一步经过乌头酸这一中间产物,是可逆反应。
循环反应3:由异柠檬酸脱氢酶催化,将异柠檬酸的仲醇氧化为羰基,并快速脱羧生成α-酮戊二酸(αKG),该反应不可逆。反应有草酰琥珀酸的中间产物。需要NAD+作辅酶,即生成NADH。部分微生物此步产NADPH(周德庆 微生物学教程)
循环反应4:在αKG脱氢酶复合体(该复合体类似于丙酮酸脱氢复合体)的作用下,αKG氧化脱羧。需要的辅酶与丙酮酸脱氢酶复合体一致,是不可逆反应。生成NADH以及琥珀酰-CoA。
循环反应5:由琥珀酰硫激酶催化,琥珀酰-CoA与GDP(哺乳动物)发生底物水平的磷酸化生成琥珀酸(即丁二酸)及GTP,后者再生成一分子ATP。
循环反应6:由琥珀酸脱氢酶催化(即呼吸链中复合物Ⅱ),琥珀酸脱氢生成延胡索酸。这一步产生FADH2。
循环反应8:由苹果酸脱氢酶催化,将苹果酸的仲醇基氧化为羰基产生 OAA。这一步需要的辅酶是 NAD+。
总结:乙酰-CoA+3NAD++FAD+GDP+Pi+2H2O→2CO2+3NADH+FADH2+GTP+3H++CoA-SH.
其中产生的能量物质有 NADH(丙酮酸脱氢酶系、异柠檬酸脱氢酶、αKG脱氢酶复合体、苹果酸脱氢酶)、FADH2(琥珀酸脱氢酶)、GTP(琥珀酸硫激酶)。
呼吸链
需要的知识:
1.由于 ATP 合酶 c 亚基的数目(12 个 c 亚基对应一圈 3 个 ATP)特点,大概每有 4 个氢离子流过 Fo 亚基,就有 1 个 ATP 的合成。
2.呼吸链复合体Ⅰ每有两个电子流过,就将4个氢离子泵入膜间隙。复合体Ⅱ并不泵氢离子。复合体Ⅲ同样泵4个,复合体Ⅳ泵2个。
3.NADH中的一对电子经复合物Ⅰ→Ⅲ→Ⅳ传递给氧气;而FADH2经Ⅱ→Ⅲ→Ⅳ或不依赖复合物Ⅱ(主要是脂肪酸氧化产生的FADH2,但最后产生的ATP数一致)。
推论:
一分子NADH 经呼吸链产生 2.5 ATP,一分子 FADH2 经呼吸链产生 1.5 ATP[2].
糖异生
大部分过程是糖酵解的反演。
这里用到的步骤主要是 PEP(磷酸烯醇式丙酮酸)的再生。
丙酮酸(Pyr)在丙酮酸羧化酶的作用下生成 OAA,消耗了一分子 ATP 及CO2
接着,OAA 在 PEP 羧激酶的作用下转化为PEP,消耗一分子 GTP
OAA 若想完全氧化,则借用了糖异生的第二步,转化为PEP后重新进入糖酵解。
因此,OAA 转化为 Pyr 相当于消耗了一分子 GTP(PEP 羧激酶)又生成了一分子 ATP(丙酮酸激酶),因此可以在计算中将 OAA 与 Pyr 同等看待(12.5 ATP)。
1.葡萄糖(30~32[3])
2.5×2+2(糖酵解[4])+( 2.5(乙酰辅酶A的生成[5])+1+2.5×3+1.5(TCA循环[6]))×2=32.
注意糖酵解中产生的NADH进入线粒体有两种穿梭方式,其中较为简单的α-磷酸甘油穿梭相当于把NADH转化为了FADH2,故有1ATP的损失
所以一分子葡萄糖应是 32、31或 30 个ATP。
2.丙酮酸(12.5)
就是取上述步骤的后半段。
2.5+1+2.5×3+1.5=12.5 ATP.
3.乙酰辅酶A(10)
在上述基础上减去2.5(生成乙酰辅酶A 伴随的 NADH )即可。
12.5-2.5=10 ATP.
4.乳酸(14~15)
先在乳酸脱氢酶的作用下生成一分子的丙酮酸(相当于生成乳酸的逆反应)产生1 NADH
丙酮酸前文已分析
(1.5~2.5)+12.5=14~15 ATP.
5.草酰乙酸(12.5)[7]
在“糖异生”板块已分析,看到 OAA 将其视为 Pyr 即可
(-1+1)[8]+2.5+1+2.5×3+1.5=12.5 ATP.
6.琥珀酸(16.5)
先在 TCA 中转化为 OAA(琥珀酸→苹果酸→OAA)1.5+2.5[9]=4 ATP.
OAA 前文已分析。
4+12.5=16.5 ATP.
7.甘油(16.5~18.5)
甘油先被活化为3-磷酸甘油(-1ATP),而后经过脱氢生成磷酸二羟丙酮,并产生了一分子NADH
磷酸二羟丙酮分析较为简单(ATP+NADH+ATP+12.5ATP)
由于穿梭途径的不同,在细胞质发生的步骤产生的NADH产生1.5~2.5个ATP.
于是总计 1+(1.5~2.5)×2+12.5=16.5~18.5 ATP.
二.含氮废物:尿素循环与蛋白质代谢

尿素循环的基本步骤可总结为右图,从图中可以看出,每有一分子的尿素生成,就有4个ATP的消耗
这也决定了蛋白质代谢含氮产物(尿素或铵)的不同,能量的产生也不同,这里认为每有一个铵转化为 1/2 个尿素就有 2 ATP 的消耗。
据此,可分析一些简单的氨基酸产能(这里默认转化为尿素)。
8.丙氨酸(13[10])
丙氨酸经转氨酶和谷氨酸脱氢酶联合作用脱去氨基产生丙酮酸与 NAD(P)H[11],同时有一分子铵的生成。
2.5+12.5-2=13 ATP.
9.谷氨酸(20.5)
谷氨酸经脱氢酶作用生成α-酮戊二酸,生成一分子铵与NADH,前者可放到TCA循环中分析α-KG→→→OAA+2NADH(α-KG脱氢酶,苹果酸脱氢酶)+1 FADH2(琥珀酸脱氢酶)+1 GTP(琥珀酸硫激酶)
OAA前文已分析,12.5ATP.
总计:2.5+2×2.5+1.5+1+12.5-2=20.5 ATP.
10.天冬氨酸(13)
经转氨酶和谷氨酸脱氢酶联合作用脱去氨基产生 OAA,NADH 和一分子铵
OAA 12.5ATP.
总计2.5+12.5-2=13 ATP.
11.苏氨酸(16)
一分子苏氨酸会裂解成甘氨酸与乙醛,两个甘氨酸可以合成一个丝氨酸(脱一分子CO2与氨,得到一分子NADH+H+),再经过脱水产生丙酮酸(不产能)。乙醛经过加水脱氢成为乙酸再活化成为乙酰-CoA。故共产能1/2(2.5+12.5)+2.5+10-2(尿素循环)-2(乙酸活化)=16
三.成双成对:β-氧化及脂肪代谢
需要的知识:
1.生物体中的脂肪酸大多为偶数(2n)碳的
2.脂肪酸的β-氧化发生前必须进行活化反应,活化一分子脂肪酸需要将一分子ATP转化为一分子AMP,辅因子含CoA,相当于消耗了2分子ATP.
3.脂肪酸发生β-氧化包含四个基本的重复步骤,即脱氢、加水,再脱氢及硫解。其中「脱氢」步骤生成一分子FADH2(与三羧酸循环中琥珀酸的脱氢),「再脱氢」步骤生成一分子NADH(与三羧酸循环中苹果酸的脱氢类似)。
4.如果在β-氧化中遇到了奇数位的不饱和双键,那么最后这个双键会处在3号位,需要烯酰CoA异构酶将3号位的双键移位到2号位(注意此时的双键变为反式双键),不发生「脱氢」步骤,少生成了一分子FADH2即1.5 ATP;如果在 β-氧化中遇到了偶数位的不饱和双键,那么最后这个双键会处在4号位,而2号位也会因为β-氧化产生一个双键,这就形成一对共轭双键。此时需要2,4-二烯酰CoA还原酶消耗一个NADPH,将位于2和4号位的两个双键,变为位于3号位的一个双键,而这个双键会被烯酰CoA异构酶移位到2号位。因此最终少了一个NADPH,即少了2.5个ATP。[12][13][14]
5.每发生一次β-氧化,相当于将原脂肪酸的α,β碳转化为乙酰辅酶A。直至剩两个碳(乙酰辅酶A)(或三个,此时为丙酰辅酶A)为止。
6.丙酰辅酶A的命运(计算奇数碳脂肪酸氧化时需要):丙酰辅酶A进行一次羧化反应,消耗一分子 ATP 生成 D-甲基丙二酸单酰辅酶A先后后经消旋酶、L-甲基丙二酸单酰辅酶A的异构作用生成了一分子琥珀酰CoA。琥珀酰辅酶A产能数显而易见(1 GTP[15]+16.5 ATP[16]=17.5 ATP),从而一分子丙酰辅酶A产生16.5 ATP.
据此,可做如下推导:
12.偶数碳(2n)饱和脂肪酸(14n-6,记碳数为 m 即 7m-6)
-2+n×10 + ( n-1 ) × ( 1.5+2.5 ) = 14n-6 ATP.
解析:
-2:活化消耗;
n×10:n个乙酰辅酶A;
( n-1 )×( 1.5+2. 5):n-1 次 β-氧化。
若有m个奇数位的不饱和双键,则在上面的数的基础上减去1.5m[17].
13.奇数碳(2n+1)饱和脂肪酸(14n+0.5,记碳数为 m 即 7m-6.5)
-2+( n-1 )×10+( n-1 )×( 1.5+2.5 )+16.5=14n+0.5 ATP.

解析:
-2:活化消耗;
( n-1 )×10:n-1 个乙酰辅酶A;
( n-1 )×( 1.5+2.5 ):n-1 次β-氧化;
16.5:一分子丙酰辅酶A。
13:一种例外:亚油酸(18:2Δ9c,12c)的完全氧化(116,而非依上述公式所得的117)
右图来自第六版 Lehninger 生物化学原理第 678 页(文字描述见上文“需要的知识”栏4)
由该图不难看出,亚油酸因其双键位置的特殊性(共轭双键), 需要发生一次 1,4-加成反应减少一个双键,这步加成反应由 2,4-烯酰 CoA 还原酶催化, 消耗了一分子 NADPH. 而新生成的单键经「脱氢」步骤生成了一分子 FADH2, 如此算下来有-2.5+1.5=-1的ATP损耗
这也就解释了按照公式计算的 117 恰比实际情况的 116 多 1 .
(基本完成)
作者-Tsusha
- ↑ 柠檬酸,异柠檬酸,α-酮戊二酸,琥珀酰-CoA,琥珀酸,延胡索酸,草酰乙酸。
- ↑ 旧观点认为1NADH~3ATP,1FADH2~2ATP,这是对c亚基数目估计的不同导致的。请不要使用旧算法。
- ↑ 省流版
- ↑ 2NADH+2ATP
- ↑ 1NADH
- ↑ 1GTP+3NADH+1FADH2
- ↑ 一些初学者或许会放到TCA中分析,但是TCA的碳在每一轮循环后的变化太过复杂,不易分析。
- ↑ 见糖异生板块。
- ↑ 1 FADH2+1 NADH
- ↑ 大部分考研题给出的是13 ATP,实际上脱氨基方式的不同产能也就不同,这里给出算得13 ATP的情况。其他情况可见一篇知乎回答。
- ↑ NADPH先转化为NADH再进入呼吸链
- ↑ 多不饱和脂肪酸的氧化 - osm&bio
- ↑ 两种常见的单不饱和脂肪酸棕榈油酸(16:1Δ9c)和亚油酸(18:1Δ9c)都是奇数位的不饱和
- ↑ 偶数碳位的不饱和双键的处理与亚油酸(18:1Δ9c,12c)类似,可见后文图
- ↑ 琥珀酸硫激酶的作用,生成一分子琥珀酸及GTP
- ↑ 琥珀酸的产能前文已分析。
- ↑ 有例外,见下文10。