自噬相关知识总结：修订间差异

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|+ 自噬相关基因及其蛋白质功能描述
|+ 自噬相关基因及其蛋白质功能描述
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! 基因 !! 蛋白质功能描述
! 哺乳动物基因 !! 酵母同源基因 !! 蛋白质功能描述
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| '''哺乳动物''' || '''酵母'''
| ULK1/2 (Unc51样激酶1和2) || Atg1 ||
* 是ULK-ATG13-ATG101-FIP200复合物的一部分，磷酸化Beclin1
* 与Atg13相互作用
* 参与自噬的启动、膜靶向、膜曲率感知和脂质囊泡拴系
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| ULK1/2 (Unc51样激酶1和2) || Atg1
| ATG2A/B || Atg2 ||
* 是ATG9/ATG12-WIPI复合物的一部分，对ATG9的招募以扩展自噬体很重要
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| ATG2A/B || Atg2
| ATG3 || Atg3 ||
* LC3脂化中的E2样酶
* 自催化形成ATG12-ATG3复合物以维持线粒体稳态
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| ATG3 || Atg3
| ATG4A-D || Atg4 ||
* 半胱氨酸蛋白酶，通过去除Atg8的最后一个氨基酸来处理Atg8
* 去结合Atg8-PE，参与LC3激活和去脂化
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| ATG4A-D || Atg4
| ATG5 || Atg5 ||  
* 是ATG12-ATG5复合物的一部分，参与自噬体形成/延伸
* 作为LC3脂化中的E3样酶
* 与Atg16相互作用并在自噬中起关键作用
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| ATG5 || Atg5
| Beclin1 || Atg6 ||
* VPS34-PI3K复合物的亚基
* 招募Atg14或Vps38，与Bcl-2相互作用
* 脂质结合和膜变形功能
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| Beclin1 || Atg6
| ATG7 || Atg7 ||
* E1样酶，与E2酶Atg10或Atg3相互作用
* 参与LC3和ATG12结合，并与Atg8形成硫酯键
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| ATG7 || Atg7
| MAP 1 LC3A-C, GABARAPs, GATE-16 || Atg8 ||
* 泛素样模块与PE结合，用作自噬体标记
* 识别货物特异性适配体，支持体外膜拴系
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| MAP 1 LC3A-C, GABARAPs, GATE-16 || Atg8
| ATG9L1/L2 || Atg9 ||  
* 跨膜蛋白，与ATG2-WIPI复合物相互作用
* 在PAS和外围细胞器之间穿梭以传递脂质/因子
* 具有自相互作用功能
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| ATG9L1/L2 || Atg9
| ATG10 || Atg10 ||
* ATG12与Atg5结合的E2样酶
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| ATG10 || Atg10
| ATG12 || Atg12 ||
* 泛素样模块与Atg5结合
* 与Atg5和Atg16形成E3复合物，与Atg3相互作用
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| ATG12 || Atg12
| ATG13 || Atg13 ||
* 是ULK-ATG13-ATG101-FIP200复合物的一部分，参与自噬启动
* 靶向mTOR信号通路，桥接Atg1和Atg17-Atg31-Atg29
* 通过Atg14招募Vps34复合物，与LC3结合
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| ATG13 || Atg13
| ATG14L(Barkor) || Atg14 ||
* VPS34-PI3K复合物的亚基，与Beclin1相互作用
* 支持膜靶向、膜曲率感知和膜融合
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| ATG14L(Barkor) || Atg14
| ATG16L1/L2 RB1CC1/ FIP200 || Atg16 ||
* 与ATG5-ATG12复合物结合，作为E3酶复合物的一部分
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| ATG16L1/L2 RB1CC1/ FIP200 || Atg16
| WIP11-4 || Atg18 ||
* 是ATG2-WIPI复合物的一部分，对ATG9的招募到自噬体很重要
* 与PI3P结合，支持Atg9的逆行运输
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| WIP11-4 || Atg18
| ATG101 || - ||  
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* 与Atg13相互作用并形成ULK-ATG13-ATG101-FIP200复合物
| ATG101 || -
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| colspan="2" | 是ULK-ATG13-ATG101-FIP200复合物的一部分，磷酸化Beclin1；与Atg13相互作用；参与自噬的启动、膜靶向、膜曲率感知和脂质囊泡拴系
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| colspan="2" | 是ATG9/ATG12-WIPI复合物的一部分，对ATG9的招募以扩展自噬体很重要
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| colspan="2" | LC3脂化中的E2样酶；自催化形成ATG12-ATG3复合物以维持线粒体稳态
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| colspan="2" | 半胱氨酸蛋白酶，通过去除Atg8的最后一个氨基酸来处理Atg8；并去结合Atg8-PE；参与LC3激活和去脂化
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| colspan="2" | 是ATG12-ATG5复合物的一部分，参与自噬体形成/延伸，作为LC3脂化中的E3样酶；与Atg16相互作用并在自噬中起关键作用
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| colspan="2" | VPS34-PI3K复合物的亚基；招募Atg14或Vps38；与Bcl-2相互作用；脂质结合和膜变形
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| colspan="2" | E1样酶，与E2酶Atg10或Atg3相互作用，参与LC3和ATG12结合；并与Atg8形成硫酯键
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| colspan="2" | 修饰剂；泛素样模块与PE结合并用作自噬体标记；识别货物特异性适配体；体外膜拴系
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| colspan="2" | 跨膜蛋白；与ATG2-WIPI复合物相互作用；在PAS和外围细胞器之间穿梭以在吞噬泡扩展期间传递脂质/因子；自相互作用
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| colspan="2" | ATG12与Atg5结合的E2样酶
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| colspan="2" | 修饰剂；泛素样模块与Atg5结合；与Atg5和Atg16形成E3复合物；与Atg3相互作用
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| colspan="2" | 是ULK-ATG13-ATG101-FIP200复合物的一部分，参与自噬的启动；靶向mTOR信号通路；与Atg1相互作用并桥接Atg1和Atg17-Atg31-Atg29；通过Atg14招募Vps34复合物；与LC3结合；与Atg101相互作用
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| colspan="2" | VPS34-PI3K复合物的亚基；与Beclin1相互作用以组装自噬特异性复合物；膜靶向和膜曲率感知；促进膜融合
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| colspan="2" | 与ATG5-ATG12复合物结合，作为E3酶复合物的一部分
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| colspan="2" | 是ULK-ATG13-ATG101-FIP200复合物的一部分，参与自噬的启动；与Atg13和Atg9相互作用；与Atg31和Atg29形成三元复合物；感知膜曲率
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| colspan="2" | 是ATG2-WIPI复合物的一部分，对ATG9的招募到自噬体很重要；与PI3P结合；Atg9的逆行运输所需；与Atg2复合
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| colspan="2" | 与Atg13相互作用并形成ULK-ATG13-ATG101-FIP200复合物
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=== 分子伴侣介导的自噬CMA ===
* 迄今为止只在哺乳动物细胞中发现。
* 被CMA降解的蛋白质都包含一个五肽序列。
** 其中有1-2个K/R、1-2个I/L/V/F、一个E/D，和一个Q在五肽序列的一端。共有序列是KFERQ。
** 可以位于C端/N端/内部，但一定要可接近。
** 这个序列可能通过翻译后修饰来形成，如乙酰化赖氨酸承担Q的功能，磷酸化承担E/D的功能。
* HSC70识别KFERQ。该蛋白是否被降解，是由此基序能否暴露并且被识别调控的。
*

2025年2月5日 (三) 15:28的最新版本

自噬相关基因及其蛋白质功能描述
哺乳动物基因 酵母同源基因 蛋白质功能描述
ULK1/2 (Unc51样激酶1和2) Atg1
  • 是ULK-ATG13-ATG101-FIP200复合物的一部分，磷酸化Beclin1
  • 与Atg13相互作用
  • 参与自噬的启动、膜靶向、膜曲率感知和脂质囊泡拴系
ATG2A/B Atg2
  • 是ATG9/ATG12-WIPI复合物的一部分，对ATG9的招募以扩展自噬体很重要
ATG3 Atg3
  • LC3脂化中的E2样酶
  • 自催化形成ATG12-ATG3复合物以维持线粒体稳态
ATG4A-D Atg4
  • 半胱氨酸蛋白酶，通过去除Atg8的最后一个氨基酸来处理Atg8
  • 去结合Atg8-PE，参与LC3激活和去脂化
ATG5 Atg5
  • 是ATG12-ATG5复合物的一部分，参与自噬体形成/延伸
  • 作为LC3脂化中的E3样酶
  • 与Atg16相互作用并在自噬中起关键作用
Beclin1 Atg6
  • VPS34-PI3K复合物的亚基
  • 招募Atg14或Vps38，与Bcl-2相互作用
  • 脂质结合和膜变形功能
ATG7 Atg7
  • E1样酶，与E2酶Atg10或Atg3相互作用
  • 参与LC3和ATG12结合，并与Atg8形成硫酯键
MAP 1 LC3A-C, GABARAPs, GATE-16 Atg8
  • 泛素样模块与PE结合，用作自噬体标记
  • 识别货物特异性适配体，支持体外膜拴系
ATG9L1/L2 Atg9
  • 跨膜蛋白，与ATG2-WIPI复合物相互作用
  • 在PAS和外围细胞器之间穿梭以传递脂质/因子
  • 具有自相互作用功能
ATG10 Atg10
  • ATG12与Atg5结合的E2样酶
ATG12 Atg12
  • 泛素样模块与Atg5结合
  • 与Atg5和Atg16形成E3复合物，与Atg3相互作用
ATG13 Atg13
  • 是ULK-ATG13-ATG101-FIP200复合物的一部分，参与自噬启动
  • 靶向mTOR信号通路，桥接Atg1和Atg17-Atg31-Atg29
  • 通过Atg14招募Vps34复合物，与LC3结合
ATG14L(Barkor) Atg14
  • VPS34-PI3K复合物的亚基，与Beclin1相互作用
  • 支持膜靶向、膜曲率感知和膜融合
ATG16L1/L2 RB1CC1/ FIP200 Atg16
  • 与ATG5-ATG12复合物结合，作为E3酶复合物的一部分
WIP11-4 Atg18
  • 是ATG2-WIPI复合物的一部分，对ATG9的招募到自噬体很重要
  • 与PI3P结合，支持Atg9的逆行运输
ATG101 -
  • 与Atg13相互作用并形成ULK-ATG13-ATG101-FIP200复合物

分子伴侣介导的自噬CMA

  • 迄今为止只在哺乳动物细胞中发现。
  • 被CMA降解的蛋白质都包含一个五肽序列。
    • 其中有1-2个K/R、1-2个I/L/V/F、一个E/D，和一个Q在五肽序列的一端。共有序列是KFERQ。
    • 可以位于C端/N端/内部，但一定要可接近。
    • 这个序列可能通过翻译后修饰来形成，如乙酰化赖氨酸承担Q的功能，磷酸化承担E/D的功能。
  • HSC70识别KFERQ。该蛋白是否被降解，是由此基序能否暴露并且被识别调控的。
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