跳转到内容

生化分子细胞技术列表：修订间差异

来自osm&bio
←上一编辑下一编辑→
MangoCat​（留言 | 贡献）
233次编辑
可视化wikitext
MangoCat​（留言 | 贡献）
233次编辑
无编辑摘要
MangoCat​（留言 | 贡献）
233次编辑
无编辑摘要
第1行： 第1行：
* [[常见分子克隆元件功能]]
*[[常见分子克隆元件功能]]
* [[NET-seq]]
*[[NET-seq]]
* '''[[染色质构象捕获]]'''
===[[染色质构象捕获]]===
** 3C
*3C
** 4C
*4C
** 5C
*5C
** Hi-C
*Hi-C
** ChIP-loop
*ChIP-loop
** ChIA-PET
*ChIA-PET
* '''蛋白质-蛋白质互作'''
===蛋白质-蛋白质互作===
** Y2H酵母双杂交
*Y2H酵母双杂交
** CoIP免疫共沉淀
*CoIP免疫共沉淀
** pull down下拉实验
*pull down下拉实验
** FERT荧光共振能量转移
*FERT荧光共振能量转移
** BiFC双分子荧光互补
*BiFC双分子荧光互补
** SPR表面等离子共振
*SPR表面等离子共振
** ITC等温滴定量热法
*ITC等温滴定量热法
* '''[[荧光相关技术]]'''
===[[荧光相关技术]]===
** FRAP
*FRAP
** FLIP
*FLIP
** FLAP
*FLAP
** FRET
*FRET
** FLIM
*FLIM
* '''蛋白质-RNA互作'''
===蛋白质-RNA互作===
** RIP-RNA结合蛋白免疫共沉淀：甲醛交联，裂解细胞，抗体沉淀特定蛋白，去交联获得RNA。
*RIP-RNA结合蛋白免疫共沉淀：甲醛交联，裂解细胞，抗体沉淀特定蛋白，去交联获得RNA。
** RNA pull down：标记的诱饵RNA与细胞裂解物孵育；检测与诱饵RNA结合的蛋白。也可以已知蛋白找核酸。
*RNA pull down：标记的诱饵RNA与细胞裂解物孵育；检测与诱饵RNA结合的蛋白。也可以已知蛋白找核酸。
** MeRIP-RNA甲基化免疫沉淀：用甲基化RNA特异抗体沉淀并检测结合蛋白
*MeRIP-RNA甲基化免疫沉淀：用甲基化RNA特异抗体沉淀并检测结合蛋白
* '''[[染色质开放性检测技术|染色质开放性检测]]'''
===[[染色质开放性检测技术|染色质开放性检测]]===
** [[染色质开放性检测技术|MNase-seq]]
*[[染色质开放性检测技术|MNase-seq]]
** [[染色质开放性检测技术|FAIRE-seq]]
*[[染色质开放性检测技术|FAIRE-seq]]
** [[染色质开放性检测技术|DNase-seq]]
*[[染色质开放性检测技术|DNase-seq]]
** [[染色质开放性检测技术|ATAC-seq]]
*[[染色质开放性检测技术|ATAC-seq]]
* '''各种印记'''
===各种印记===
** western blotting：蛋白质，但也可以检测翻译后修饰。
*western blotting：蛋白质，但也可以检测翻译后修饰。
** northern blotting：检测RNA，探针是什么无所谓。
*northern blotting：检测RNA，探针是什么无所谓。
** southern blotting：检测DNA，探针无所谓。
*southern blotting：检测DNA，探针无所谓。
** eastern blotting：二维电泳蛋白质，检测修饰，用的较少。
*eastern blotting：二维电泳蛋白质，检测修饰，用的较少。
** dot blotting ：不经电泳
*dot blotting ：不经电泳
** Southwestern blotting：DNA探针检测蛋白质电泳结果
*Southwestern blotting：DNA探针检测蛋白质电泳结果
** Far-western blotting：不用抗体而用可能互作的蛋白
*Far-western blotting：不用抗体而用可能互作的蛋白
** northwestern blotting：RNA探针检测蛋白质电泳结果
*northwestern blotting：RNA探针检测蛋白质电泳结果
** middle eastern：DNA检测RNA
*middle eastern：DNA检测RNA
** far western：检测脂质
*far western：检测脂质
* '''层析/色谱技术'''
===层析/色谱技术===
** 凝胶过滤层析
*凝胶过滤层析
** 亲和层析
*亲和层析
*** IMAC
**IMAC
** 聚焦层析：固定相上有缓冲剂，酸性的层析液流过，从上到下被缓冲，形成ph梯度；蛋白质会在进入等电点以上的pH后吸附在层析柱上；随着层析液不断流入，层析柱缓冲能力被逐渐耗竭，pH梯度移动(原来某一pH的位置下移)，不同的蛋白就随等电点相应的梯度流出。
*聚焦层析：固定相上有缓冲剂，酸性的层析液流过，从上到下被缓冲，形成ph梯度；蛋白质会在进入等电点以上的pH后吸附在层析柱上；随着层析液不断流入，层析柱缓冲能力被逐渐耗竭，pH梯度移动(原来某一pH的位置下移)，不同的蛋白就随等电点相应的梯度流出。
** 离子交换层析
*离子交换层析
** 疏水层析
*疏水层析
** 反向层析
*反向层析
* '''克隆某特定基因的办法'''
===克隆某特定基因的办法===
** 功能克隆：已知基因产物(蛋白质)，获得编码序列
*功能克隆：已知基因产物(蛋白质)，获得编码序列
** 定位克隆：已知基因位置，染色体步移
*定位克隆：已知基因位置，染色体步移
** 序列克隆：已知基因部分序列，获得全部序列
*序列克隆：已知基因部分序列，获得全部序列
** 表型克隆：
*表型克隆：
* '''基因克隆的具体技术'''
===基因克隆的具体技术===
** 鸟枪克隆法：将基因组打成片段，转入受体，寻找相关表型变化
*鸟枪克隆法：将基因组打成片段，转入受体，寻找相关表型变化
** 消减杂交：将两份cDNA混合，去除双链，剩余的可能是与表型差异有关的序列。
*消减杂交：将两份cDNA混合，去除双链，剩余的可能是与表型差异有关的序列。
** 转座子标签：转座子插入使得基因突变，在有相关表型改变的个体中寻找转座子，就能找到被突变的基因。
*转座子标签：转座子插入使得基因突变，在有相关表型改变的个体中寻找转座子，就能找到被突变的基因。
** 图位克隆：染色体步移
*图位克隆：染色体步移
* '''PCR万世同堂'''
===PCR万世同堂===
** 一代PCR
*一代PCR
** 二代PCR：实时荧光定量PCR（real-time PCR/qPCR）
*二代PCR：实时荧光定量PCR（real-time PCR/qPCR）
** 三代PCR：微滴PCR（dPCR），常用数字微滴PCR（ddPCR）
*三代PCR：微滴PCR（dPCR），常用数字微滴PCR（ddPCR），原理是通过结合微流控等技术，将样本中的核酸分子精确地分到芯片上的一个个小液滴当中，使得每个小液滴中没有或只有一个核酸分子。这样每个小液滴单独扩增并检测信号，可以实现核酸分子的绝对定量
** 特种PCR：
*特种PCR：
*** 易错PCR：可以应用于DNA序列的人工进化和SELEX等；
**易错PCR：可以应用于DNA序列的人工进化和SELEX等；
*** 原位PCR：即将FISH和PCR结合，在组织内部''in situ'' PCR；
**原位PCR：即将FISH和PCR结合，在组织内部''in situ'' PCR；
*** 热启动PCR：目的简要概述为减少非特异性扩增，实现方法诸如发夹引物、琼脂包埋、抗体失活等等；
**热启动PCR：目的简要概述为减少非特异性扩增，实现方法诸如发夹引物、琼脂包埋、抗体失活等等；
*** 重叠PCR（overlap PCR）：采用跨模板片段作为引物扩增，运用了第一次的扩增产物作为长引物进行二次扩增；
**重叠PCR（overlap PCR）：采用跨模板片段作为引物扩增，运用了第一次的扩增产物作为长引物进行二次扩增；
*** 定点诱变PCR：可以大致分成两代：第一代是运用诱变引物在质粒上直接引入点突变，并且在筛选过程中运用了DpnI这一IV型酶，缺点是由于质粒比较大，扩增效率不高，而且筛选过程略微麻烦一点；第二代是运用线性片段和两组引物先分别进行扩增，再运用类似于overlap PCR的方法，利用长引物扩增得到目的片段；
**定点诱变PCR：可以大致分成两代：第一代是运用诱变引物在质粒上直接引入点突变，并且在筛选过程中运用了DpnI这一IV型酶，缺点是由于质粒比较大，扩增效率不高，而且筛选过程略微麻烦一点；第二代是运用线性片段和两组引物先分别进行扩增，再运用类似于overlap PCR的方法，利用长引物扩增得到目的片段；
*** 多突变PCR：有DNA洗牌技术和随机启动重组，主要是获得依托答辩一样序列混乱的DNA；
**多突变PCR：有DNA洗牌技术和随机启动重组，主要是获得依托答辩一样序列混乱的DNA；
*** 不对称PCR：某一向引物比另一向多，扩增产物的量不对等，主要是获取探针和长引物；
**不对称PCR：某一向引物比另一向多，扩增产物的量不对等，主要是获取探针和长引物；
*** 反向PCR：很简单了，其中有一个引伸技术质粒获救；
**反向PCR：很简单了，其中有一个引伸技术质粒获救；
*** 反转录PCR：原理简单，引出来了一堆子技术如SMART、RACE、锚定PCR；
**反转录PCR：原理简单，引出来了一堆子技术如SMART、RACE、锚定PCR；
*** 巢式PCR：在克隆里面就叫染色体步移了，原理没甚区别，但讲起来费劲，不赘述；
**巢式PCR：在克隆里面就叫染色体步移了，原理没甚区别，但讲起来费劲，不赘述；
*** TAIL-PCR：又称热不对称交错PCR，貌似除了朱玉贤院士的《现代分子生物学》没见谁讲过，有兴趣可参阅，原理复杂，不赘述；其实Yang Sir的分子生物学（第二版）的P564也讲了，不过较为简略，可供参考（Yang Sir的原理上e44-1也有，不过全文字比较抽象，但给了一堆总结，不错）
**TAIL-PCR：又称热不对称交错PCR，貌似除了朱玉贤院士的《现代分子生物学》没见谁讲过，有兴趣可参阅，原理复杂，不赘述；其实Yang Sir的分子生物学（第二版）的P564也讲了，不过较为简略，可供参考（Yang Sir的原理上e44-1也有，不过全文字比较抽象，但给了一堆总结，不错）
*** cDNA差异分析：类似于运用PCR对两个不同样本的基因表达多少进行粗略比较，一个样本加引物的接头，一个不加，混合样本后进行扩增，线性扩增则量一致，指数则前大于后，扩增缓慢则后大于前，当然定量精确度差，应用实例较少。
**cDNA差异分析：类似于运用PCR对两个不同样本的基因表达多少进行粗略比较，一个样本加引物的接头，一个不加，混合样本后进行扩增，线性扩增则量一致，指数则前大于后，扩增缓慢则后大于前，当然定量精确度差，应用实例较少。
***数字PCR：通过结合微流控等技术，将样本中的核酸分子精确地分到芯片上的一个个小液滴当中，使得每个小液滴中没有或只有一个核酸分子。这样每个小液滴单独扩增并检测信号，可以实现核酸分子的绝对定量
**接头连接PCR：属于单侧PCR技术，通过将人工合成的特定接头连接到基因组DNA酶切片段末端，结合已知序列的特异性引物和接头通用引物，实现已知序列的侧翼未知区域的定向扩增。
* '''基因工程'''(genetic engineering)
===基因工程(genetic engineering)===
** 基因打靶
*基因打靶
*** 胸苷激酶和新霉素抗性
**胸苷激酶和新霉素抗性
*** 条件性敲除：Cre-loxP、Flp-FRT
**条件性敲除：Cre-loxP、Flp-FRT
** 基因编辑
*基因编辑
*** 巨核酸酶
**巨核酸酶
*** ZFN锌指核酸酶
**ZFN锌指核酸酶
*** TALEN类转录活化因子核酸酶
**TALEN类转录活化因子核酸酶
*** [[CRISPER-Cas9及相关|CRISPR-Cas9及相关]]
**[[CRISPER-Cas9及相关|CRISPR-Cas9及相关]]
**** prime-editing引物编辑
***prime-editing引物编辑
**** dCas9
***dCas9
**** Cas9n
***Cas9n
*电泳
===电泳===
**'''[[脉冲场凝胶电泳]]'''
*[[脉冲场凝胶电泳]]
**二维琼脂糖凝胶电泳
*二维琼脂糖凝胶电泳
**非变性电泳native page
*非变性电泳native page
***blue native page
*blue native page
***clear native page
*clear native page
***quantitative preparative native continuous（QPNC-PAGE）
*quantitative preparative native continuous（QPNC-PAGE）

2025年5月8日 (四) 15:46的版本

染色质构象捕获

  • 3C
  • 4C
  • 5C
  • Hi-C
  • ChIP-loop
  • ChIA-PET

蛋白质-蛋白质互作

  • Y2H酵母双杂交
  • CoIP免疫共沉淀
  • pull down下拉实验
  • FERT荧光共振能量转移
  • BiFC双分子荧光互补
  • SPR表面等离子共振
  • ITC等温滴定量热法

荧光相关技术

  • FRAP
  • FLIP
  • FLAP
  • FRET
  • FLIM

蛋白质-RNA互作

  • RIP-RNA结合蛋白免疫共沉淀：甲醛交联，裂解细胞，抗体沉淀特定蛋白，去交联获得RNA。
  • RNA pull down：标记的诱饵RNA与细胞裂解物孵育；检测与诱饵RNA结合的蛋白。也可以已知蛋白找核酸。
  • MeRIP-RNA甲基化免疫沉淀：用甲基化RNA特异抗体沉淀并检测结合蛋白

染色质开放性检测

各种印记

  • western blotting：蛋白质，但也可以检测翻译后修饰。
  • northern blotting：检测RNA，探针是什么无所谓。
  • southern blotting：检测DNA，探针无所谓。
  • eastern blotting：二维电泳蛋白质，检测修饰，用的较少。
  • dot blotting ：不经电泳
  • Southwestern blotting：DNA探针检测蛋白质电泳结果
  • Far-western blotting：不用抗体而用可能互作的蛋白
  • northwestern blotting：RNA探针检测蛋白质电泳结果
  • middle eastern：DNA检测RNA
  • far western：检测脂质

层析/色谱技术

  • 凝胶过滤层析
  • 亲和层析
    • IMAC
  • 聚焦层析：固定相上有缓冲剂，酸性的层析液流过，从上到下被缓冲，形成ph梯度；蛋白质会在进入等电点以上的pH后吸附在层析柱上；随着层析液不断流入，层析柱缓冲能力被逐渐耗竭，pH梯度移动(原来某一pH的位置下移)，不同的蛋白就随等电点相应的梯度流出。
  • 离子交换层析
  • 疏水层析
  • 反向层析

克隆某特定基因的办法

  • 功能克隆：已知基因产物(蛋白质)，获得编码序列
  • 定位克隆：已知基因位置，染色体步移
  • 序列克隆：已知基因部分序列，获得全部序列
  • 表型克隆：

基因克隆的具体技术

  • 鸟枪克隆法：将基因组打成片段，转入受体，寻找相关表型变化
  • 消减杂交：将两份cDNA混合，去除双链，剩余的可能是与表型差异有关的序列。
  • 转座子标签：转座子插入使得基因突变，在有相关表型改变的个体中寻找转座子，就能找到被突变的基因。
  • 图位克隆：染色体步移

PCR万世同堂

  • 一代PCR
  • 二代PCR：实时荧光定量PCR（real-time PCR/qPCR）
  • 三代PCR：微滴PCR（dPCR），常用数字微滴PCR（ddPCR），原理是通过结合微流控等技术，将样本中的核酸分子精确地分到芯片上的一个个小液滴当中，使得每个小液滴中没有或只有一个核酸分子。这样每个小液滴单独扩增并检测信号，可以实现核酸分子的绝对定量
  • 特种PCR：
    • 易错PCR：可以应用于DNA序列的人工进化和SELEX等；
    • 原位PCR：即将FISH和PCR结合，在组织内部in situ PCR；
    • 热启动PCR：目的简要概述为减少非特异性扩增，实现方法诸如发夹引物、琼脂包埋、抗体失活等等；
    • 重叠PCR（overlap PCR）：采用跨模板片段作为引物扩增，运用了第一次的扩增产物作为长引物进行二次扩增；
    • 定点诱变PCR：可以大致分成两代：第一代是运用诱变引物在质粒上直接引入点突变，并且在筛选过程中运用了DpnI这一IV型酶，缺点是由于质粒比较大，扩增效率不高，而且筛选过程略微麻烦一点；第二代是运用线性片段和两组引物先分别进行扩增，再运用类似于overlap PCR的方法，利用长引物扩增得到目的片段；
    • 多突变PCR：有DNA洗牌技术和随机启动重组，主要是获得依托答辩一样序列混乱的DNA；
    • 不对称PCR：某一向引物比另一向多，扩增产物的量不对等，主要是获取探针和长引物；
    • 反向PCR：很简单了，其中有一个引伸技术质粒获救；
    • 反转录PCR：原理简单，引出来了一堆子技术如SMART、RACE、锚定PCR；
    • 巢式PCR：在克隆里面就叫染色体步移了，原理没甚区别，但讲起来费劲，不赘述；
    • TAIL-PCR：又称热不对称交错PCR，貌似除了朱玉贤院士的《现代分子生物学》没见谁讲过，有兴趣可参阅，原理复杂，不赘述；其实Yang Sir的分子生物学（第二版）的P564也讲了，不过较为简略，可供参考（Yang Sir的原理上e44-1也有，不过全文字比较抽象，但给了一堆总结，不错）
    • cDNA差异分析：类似于运用PCR对两个不同样本的基因表达多少进行粗略比较，一个样本加引物的接头，一个不加，混合样本后进行扩增，线性扩增则量一致，指数则前大于后，扩增缓慢则后大于前，当然定量精确度差，应用实例较少。
    • 接头连接PCR：属于单侧PCR技术，通过将人工合成的特定接头连接到基因组DNA酶切片段末端，结合已知序列的特异性引物和接头通用引物，实现已知序列的侧翼未知区域的定向扩增。

基因工程(genetic engineering)

  • 基因打靶
    • 胸苷激酶和新霉素抗性
    • 条件性敲除：Cre-loxP、Flp-FRT
  • 基因编辑
    • 巨核酸酶
    • ZFN锌指核酸酶
    • TALEN类转录活化因子核酸酶
    • CRISPR-Cas9及相关
      • prime-editing引物编辑
      • dCas9
      • Cas9n

电泳

  • 脉冲场凝胶电泳
  • 二维琼脂糖凝胶电泳
  • 非变性电泳native page
  • blue native page
  • clear native page
  • quantitative preparative native continuous（QPNC-PAGE）
检索自“https://osm.bio/index.php?title=生化分子细胞技术列表&oldid=7070”