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自用

杂的笔记

细胞生物学

• 脂锚定膜蛋白的例子
  • v-Src：N端共价结合的豆蔻酸插入脂双层
  • Ras、Rab：由烃链共价结合膜蛋白C段Cys残基、另一条烃链/脂肪酸链共价结合近C端的其他Cys残基【双重锚定】
  • 蛋白聚糖：膜蛋白-磷酸己醇胺（寡糖链）-肌醇（PI）【GPI锚定】
• 锇酸能固定&染脂类，戊二醛固定蛋白，柠檬酸铅染蛋白，乙酸双氧铀染核酸
• mTOR类别
  • mTORC1：
    • 包含蛋白质raptor，对雷帕霉素敏感；
    • 主要参与细胞生长的调控，感知营养状况（如氨基酸、能量状态）来调节自噬等过程（营养充足时抑制自噬；营养缺乏时活性降低，诱导自噬复合体的形成）；
    • 与ULK1等蛋白的相互作用，调控自噬体的形成。
  • mTORC2：
    • 包含蛋白质rictor，对雷帕霉素不敏感；
    • 主要参与细胞存活的调控（eg通过激活Akt来促进细胞存活）；
    • 通过调节Rho家族GTP酶影响细胞骨架的动态变化。
• 载体蛋白和通道蛋白
• G蛋白偶联受体及其信号转导
• 信号肽（广义）的名称与基序
  • 内质网：信号肽（狭义）、内质网驻留信号【基序KDEL（可溶）和KKXX（膜）】
  • 叶绿体：转运肽【基序有40～50个aa残基】
  • 线粒体：导肽【基序有20～50个aa残基，富含疏水氨基酸、带正电荷的氨基酸和羟基氨基酸，缺少带负电荷的氨基酸】
  • 过氧化物酶体：内在靶向序列PTS1和PTS2
  • 溶酶体：M6P标记
  • 细胞核：核定位序列（NLS）【含有P、K、R（如SV40的T抗原PKKKRKV）】
• 影响细胞骨架的药物：
  • 秋水仙素：抑制微管聚合；与游离微管蛋白结合
  • 紫杉醇：抑制微管解聚；不影响组装
  • 诺考达唑：抑制微管聚合
  • 细胞松弛素（一类真菌的代谢产物）：抑制微丝聚合；与微丝结合并将其切断
  • 鬼笔环肽（由毒蕈产生的双环杆肽）：抑制微丝解聚；与微丝表面有强亲和力，但不结合游离肌动蛋白
  • 胸腺素β4：抑制微丝聚合；与游离肌动蛋白结合，阻止肌动蛋白组装上微丝
  • 前纤维蛋白/抑制蛋白：与游离肌动蛋白底部（正极端）结合，阻止微丝负极延伸，但不影响正极
  • 成核蛋白：Arp2/3复合物与另5种蛋白，提供组装起始点
  • 加帽蛋白：Arp2/3、原肌球调节蛋白负极端，Capz、凝溶胶蛋白家族正极端（此过程由GPCR及其下游的PIP₂调节）
• 常见序列整理
• Smad
  • R-Smad，R I受体激酶的直接作用底物，包括Smad2、Smad3
  • 辅助性Smad（co-Smad），包括Smad4
  • 抑制性/拮抗性Smad，包括importin-β

生物化学

• 几型几型的酶啊：
  • 己糖激酶：四种同工酶I～IV型
    • II：肌细胞；对Glc高度亲和
    • IV：肝；也称葡糖激酶；不受产物G6P抑制，而受F6P由葡糖激酶调节蛋白（核蛋白）介导的抑制作用（通过把葡糖激酶拉入核内）
  • 磷酸果糖激酶
    • 1：F6P→F-1,6-BP
      • A：心肌&骨骼；对磷酸肌酸、柠檬酸、无肌磷酸的抑制作用最敏感
      • B：肝&红细胞；对2,3-BPG的抑制作用最敏感
      • C：脑；对腺嘌呤核苷酸的作用最敏感
    • 2：F6P→F-2,6-BP
  • 醛缩酶
    • I型：高等动植物中；有4个亚基；催化机制：涉及Lys的ε氨基、质子化希夫碱
      • 醛缩酶A：肌肉
      • 醛缩酶B：肝脏
      • 醛缩酶C：脑组织
    • II型：细菌、酵母、真菌、藻类中；需要2价金属离子和K+
  • 肉碱脂酰转位酶
    • I：线粒体外膜上；脂酰CoA+肉碱→脂酰肉碱+CoA
    • II：线粒体内膜内侧；脂酰肉碱+CoA→脂酰CoA+肉碱
  • 氨甲酰磷酸合成酶CPS
    • I：线粒体；尿素合成：氨+HCO₃^-+2ATP→氨甲酰磷酸+2ADP+Pi
    • II：细胞质；嘧啶核苷酸合成：Gln+HCO₃^-+2ATP→Glu+氨甲酰磷酸+2ADP+Pi
• 从PPi学生化
• 新生儿一夜之间突然死亡，称为婴儿猝死综合症（SIDS）；可能是中长链脂酰脱氢酶的缺欠
• 牙买加呕吐病：惊厥后剧烈呕吐，随后昏迷、死亡；未熟的西非荔枝果（和阿开木果是一个东西吗？）有降糖氨酸A→甲叉环丙基乙酰CoA→脂酰CoA脱氢酶的FAD辅基被修饰→酶钝化
• DEPC：与RNase中心His结合，抑制其活性；PMSF：抑制Ser和巯基蛋白酶；DIPF：抑制Ser蛋白酶；碘代乙酸：抑制巯基蛋白酶
• 羟基磷灰石可分离单链DNA和双链DNA
• 黄嘌呤氧化酶辅因子是Mo
• 生化过程抑制剂整理
• β-氧化中的β-羟脂酰CoA为L型，而脂肪酸合成中的为D型；酮体代谢产生的β-羟丁酸为D型，糖酵解产生的乳酸为L型

分子生物学

• 电泳指示剂：二甲苯菁4kbp、溴酚蓝300bp、橙黄G 50bp
• 核苷酸切除修复：损伤识别-损伤切除-修复合成-切口缝合，NER中的TCR（转录偶联性NER）损伤识别由RNA聚合酶完成（RNA聚合酶转录受阻，TCR系统启动）
• 常见抑制剂整理
• PCR中退火温度一般为引物Tm+5摄氏度

生物技术

• 离子交换树脂：
  • 阳离子交换树脂（含酸性基团）
    • 强酸性～
      • 活性基团：-SO₃H（磺酸基）、-CH₂SO₃H（次甲基磺酸基）
      • pH1～14，选择性差，应用广泛
    • 弱酸性～
      • 活性基团：-COOH、-OCH₂COOH、-C₆H₅OH
      • pH>7，选择性好
  • 阴离子交换树脂（含碱性基团）
    • 强碱性～
      • 活性基团：季胺（eg三甲胺基）
      • pH1～14，选择性差，应用广泛
    • 弱碱性～
      • 活性基团：伯胺、仲胺
      • pH<7，选择性好
• 琼脂糖凝胶电泳：
  • 指示染料
    • 溴酚蓝 300bp DNA
    • 二甲苯青 4000bp DNA
  • DNA染料
    • 溴化乙锭（EB）（致癌）、SYBR Green
  • 速度：超螺旋DNA>线性DNA>开环DNA
• 体外实验/直接相互作用：GST pull down；体内实验/间接相互作用：IP、Co-IP、酵母双杂交…
• 通过OD₂₆₀/OD₂₈₀推算核酸纯度：纯DNA OD₂₆₀/OD₂₈₀约=1.8，>1.9有RNA污染，<1.7有蛋白质、酚等污染，>2.0可能有异硫氰酸残留
• 对于纯DNA，1个OD₂₆₀=50微g/mL双链DNA或35微g/mL单链DNA；对于纯RNA，1个OD₂₆₀=40微g/mL RNA
• 磺基水杨酸可提取Pro
• 2,6-二氯酚靛酚：可滴定维生素C（氧化还原）
• DNA提取跑胶时拖尾的可能原因：
  1. rRNA污染：100bp以下/200～300bp（较小，在后方拖尾）
  2. 胶质量不好
  3. 样品有沉淀
  4. 基因组DNA污染（较大，在前方拖尾）
• PCR反应无结果的可能原因：Mg²⁺加多了→跟dNTP反应形成dNTPMg（MgHPO₄不溶，Mg(H₂PO₄)₂溶）
• 硅基质膜吸附DNA：高盐、低pH→破坏水化层，有利于硅膜&RNA形成氢键

植物学与植物生理学

• 顶端分生组织形成理论：
  • 组织原学说：适用于根；表皮原→表皮、皮层原→皮层、中柱原→维管柱&髓（若有）
  • 原套-原体学说：适用于被子植物茎；原套→一层或几层、只进行垂周分裂→表面生长，原体→多层、平周分裂&各方向→体积增加；认为顶端分生组织组成上没有预先决定的组织分区（除表皮始终来源于原套的表面细胞层）
  • 细胞学分区概念：适用于裸子植物茎；顶端原始细胞群→中央母细胞→髓分生
• 番红能染上的结构：木质部（呈暗红色）、韧皮射线（呈亮红色）、角质层（呈亮红色）
• 显微镜下准确鉴别C3和C4的小技巧：C3叶肉分布均匀、C4叶肉分布在维管束周围；一些不符合传统方法的特例：梨为C4植物但无花环结构，水稻为C3植物但主脉维管束鞘2层、小叶脉1层，不同产地的芦苇有C3有C4
• 真蕨亚门次生壁有颜色（天然（为红棕/黑色）
• 奇妙小蕨类合集：
  • 木贼有3类气腔：髓腔、嵴腔、槽腔（字是这么写的吗？
  • 卷柏孢子囊不成群，单生；
  • 卷柏科翠云草有桥细胞连接中柱、皮层；
  • 海金沙有凯氏点；
  • 贯众网状中柱（长得非常奇妙（）
• 奇妙被子植物的花：
  • 合冠花的雄蕊长在花冠上（花丝基部与花冠形成联合）；雄蕊与花冠往往互生
  • 白花败酱草：苞片宿存，发育为果的翅
  • 唇形科、马鞭草科、菊科、旋花科：萼片高度愈合，但K(5)C(5)
  • 唇形科雄蕊的杠杆是药隔的延伸
  • 唇形科、紫草科：2心皮形成的合生子房分为独立的4室
  • 伞形科、茜草科、忍冬科、绣球科、菊科：一个花序可有2种花
  • 卫矛科、鼠李科、葡萄科：子房半陷入花盘内但不愈合→子房上位，具下位花盘
  • 合欢雄蕊合生：上部分离，基部联合；夹竹桃科的络石：花药和柱头靠合而非联合
• 辽红：染厚角组织
• 石榴下部中轴，上部侧膜；山竹下部中轴，上部特立中央
• 交替氧化酶：含Fe；受水杨基羟肟酸、n-丙基没食子酸抑制；为二聚体，之间以二硫键连接，氧化态-S-S-，还原态-SH HS-，还原型活性为氧化型4～5倍
• 植物线粒体内膜特有：半乳糖基-γ-内酯脱氢酶，氧化半乳糖内酯，生成抗坏血酸
• 非线粒体末端氧化酶：
  • 酚氧化酶：含Cu，存在于质体、微体，将酚类氧化为醌类
    • 单酚氧化酶
    • 多酚氧化酶
  • 抗坏血酸氧化酶：含Cu，催化抗坏血酸形成脱氢抗坏血酸，其中脱去的H传递给O生成H2O
  • 乙醇酸氧化酶：光呼吸；同时，形成的H2O2可在过氧化氢酶作用下产生具有强氧化活性的新生态氧，在根周围形成一层氧化圈，使水稻根系周围保持较高的氧化态，抑制土壤中还原性物质eg:H2S、Fe2+等的毒害
  • 过氧化物酶和过氧化氢酶（=触酶）：含铁卟啉，催化H2O2对芳香族/酚类化合物的氧化作用，消除H2O2的毒害
• GA1主营养生长，控制植物茎节伸长生长；GA4主生殖生长，同时也可促进营养生长
• GA对于花性别分化：对于葫芦科，促进雄花分化（通过抑制乙烯合成实现）；对于玉米，促进雌花分化
• 验证蓝光对气孔开闭的影响是否独立于光合作用：
  1. 红光饱和的情况下照蓝光
  2. 用与“微弱到无法启动光合的红光”相同光强的蓝光照
  3. 去叶绿体实验

微生物学

• 紫色细菌中的光合机构（脱镁叶绿素-醌型）：P870→P870*→BPheo→Q→Cyt bc1复合体【形成质子梯度】→Cyt c2→
  1. 一个单反应中心（P870）&围绕它的天线色素系统
  2. 细胞色素bc1电子传递复合体
  3. ATP合酶
• T偶数噬菌体为裂解型噬菌体，T奇数噬菌体为溶源型噬菌体

动物学与动物生理学

• 动物中首次出现的结构
• 秋水仙碱可以治疗痛风，但无法缓解尿酸积累；别嘌呤醇可以缓解尿酸积累和痛风，但对神经疾病症状无效。
• 一些俗名：干贝-栉孔扇贝后闭壳肌干制品，（江）瑶柱-栉江瑶，蚝豉-牡蛎干制品，蚝油-牡蛎汤浓缩。
• 无齿蚌胃周围有一对葡萄状的褐色肝脏（消化盲囊），分泌淀粉酶、蔗糖酶。
• 环毛蚓：环带14～16体节， 精巢囊10、11体节，贮精囊11、12体节，雄孔18体节，卵巢13体节前部，卵漏斗13体节后部，受精囊6/7、7/8、8/9体节，雌孔14体节（1个）
• 水螅：分层，水螅纲大部分：内移；乌贼：外包，头足纲大部分：内卷
• 咽弓（来自yc）（从左往右软骨鱼类-硬骨鱼类-两栖类&爬行类&鸟类-哺乳类）
  • 第一咽弓（颌弓）：腭方软骨-颚骨&方骨-方骨-砧骨，麦氏软骨-关节骨-关节骨-锤骨
  • 第二咽弓（舌弓）：舌颌软骨-舌颌骨-耳柱骨-镫骨，角舌软骨、基舌软骨-舌骨
  • 第三咽弓（第一鳃弓）：鳃弓-鳃弓-舌骨-舌骨
  • 第四咽弓（第二鳃弓）：鳃弓-鳃弓-舌骨-甲状软骨
  • 第五咽弓（第三鳃弓）：鳃弓-鳃弓-喉头软骨-喉头软骨
  • 第六咽弓（第四鳃弓）：鳃弓-鳃弓-消失-会厌软骨
  • 第七咽弓（第五鳃弓）：鳃弓-鳃弓-消失-杓状软骨
• 两栖类续骨不清晰（但能找到同源结构）；有鳞目、喙头目中续骨清晰可见
• 硬骨鱼中舌颌骨与听软骨囊相接，续骨与方骨相接
• 硬骨鱼3块翼骨中，1块属于软骨原骨，2块属于膜原骨
• 锥体形式
  • 双锥体型（块椎型）：总鳍鱼&最古老的两栖类
  • 古代两栖类 始椎型（侧椎体和间椎体相等大小）、全椎型（侧椎体消失）
  • 早期爬行类 一个大的侧椎体形成主体，间椎体退化成一块小的楔形骨
  • 现代羊膜类 间椎体完全消失，仅侧椎体
• 寄生动物总结
• 上皮类型
  • 单层扁平上皮
    • 内皮：心、血管、淋巴管
    • 间皮（体腔上皮）：胸、腹、心包膜
    • 其他：肺泡、肾小囊壁
  • 单层柱状上皮：胃、肠、子宫、输卵管、腺体导管
  • 单层立方上皮：肾小管、甲状腺、滤泡
  • 假复层纤毛柱状上皮：气管
  • 复层扁平上皮
    • 角质化：皮肤
    • 未角质化：口腔、食道、阴道
  • 复层柱状上皮：眼睑、男性尿道、肛门
  • 变移上皮：胃、肠、膀胱
• 鲸：腰带退化；海豹：后肢合并，有腰带
• 鸟类右房室瓣肌肉质，为一整瓣；左房室瓣2瓣
• 正羽：羽根末端小孔为下脐，真皮乳头突入其中；羽根上端小孔为上脐，由此生出副羽
• 飞羽：着生在腕、掌、指处的为初级飞羽，着生在前臂上的为次级飞羽，着生在上臂部的为三级飞羽
• 羽生长受甲状腺素调节，换羽时旧羽柄从下脐处整个从羽囊中脱离
• 鸟类第一颈椎前凹形，其余颈椎马鞍形
• 雨燕目唾液腺发达，分泌糖蛋白等，能粘合海藻筑巢
• 哺乳类腰椎一般4～7块，鲸21块，单孔类和一些贫齿类2～4块，兔、犬、猫7块
• 再开个新页面，慢慢填…动物的各种“式”
• 线形动物门胚胎发育过程中短暂出现真体腔结构，后真体腔高度退化
• 昆虫生殖系统来源：

	生殖腺	输管	总输管	附腺	其它
雌性	卵巢、卵巢管	侧输卵管	中输卵管	护卵腺	生殖腔
雄性	精巢、贮精囊	输精管	射精管	附腺	阳茎
来源	中胚层	中胚层	外胚层	外胚层	外胚层
功能	生殖细胞发生与发育	生殖细胞通道	生殖细胞通道	保护生殖细胞	交配

• PTH（甲状旁腺激素）、CT（降钙素）主要作用于肾脏、骨骼，维生素D对小肠也有作用；维生素D抑制PTH通路，PTH诱导维生素D合成
• 抗心律失常药物： Ⅰ类（钠通道阻滞剂）（eg利多卡因、奎尼丁）、Ⅱ类（β受体阻滞剂）、Ⅲ类（钾通道阻滞剂）、Ⅳ类（钙通道阻滞剂）（eg维拉帕米）
• 阻塞性/限制性肺病
  • 阻塞性肺病：主要是气道阻塞。eg：慢性阻塞性肺疾病（COPD）包括慢性支气管炎（由气道炎症和黏液分泌增加引起）和肺气肿（小气道塌陷和弹性组织破坏导致气道闭合），以及哮喘（气道高反应性和可逆性狭窄）。 FEV1/FVC比值：显著降低，通常小于70%（气道阻塞导致呼气困难，患者需要更长时间才能呼出气体）。
  • 限制性肺病：主要是肺部或胸廓的扩张受限导致肺容积减少。eg：肺纤维化（肺组织纤维化和弹性下降导致肺无法充分扩张）。胸廓畸形（如脊柱侧弯）或胸膜疾病（如纤维性胸膜炎）也可能导致限制性肺病。 FEV1/FVC比值：正常或接近正常（肺部扩张受限，但气道通畅）。
• 常见动物生理学抑制剂整理
• 平滑肌细胞Ca2+浓度调控
  • 电-机械偶联：在化学信号或牵张刺激作用下产生动作电位→通过兴奋-收缩偶联Ca2+↑（主要来源于胞外
  • 药物-机械偶联：不产生动作电位，通过胞外化学信号→通过GPCR-PLC-IP3生成IP3→激活SR膜中的IP3R→SR内Ca2+释放到胞质内
• 心电图及各种疾病时的变型
• 孕妇只需服用一片沙利度胺就能使新生儿的四肢都出现畸形

生态学与动物行为学

• 动物不同阶段不同分布型：蝗虫成虫散居相随机分布、群居相集群分布，若虫随机分布；蚜虫成虫无翅蚜集群分布（孤雌生殖）、有翅蚜随机分布，若虫随机分布
• 生态学小汇总（1）
• 生态学数学模型小汇总（我又开新坑了XD

遗传学与演化生物学

• 常用遗传学材料染色体数：
  • 蚕豆 2n=12
  • 大蒜、洋葱、大葱 2n=16
  • 玉米 2n=20
  • 蝗虫雌性 2n=24、雄性 2n=23
  • 秀丽隐杆线虫雌雄同体 2n=12、雄性 2n=11
  • 番茄 2n=24
  • 小麦 2n=6x=42
  • 果蝇 2n=8
  • 小鼠 2n=40
  • 大鼠 2n=42
• Molecular Population Genetics
• 性别决定：
  • XY
  • ZW：鳞翅目、鸟类、大多数两栖类（例外：非洲爪蟾为XY型）
  • XO：直翅目
  • 性指数X/A：果蝇
  • 玉米：基因决定
    • Ba__Ts__ 雌雄同株 顶端长雄花、叶腋长雌花
    • Ba__tsts 雌 顶端和叶腋长雌花
    • babaTs__ 雄 顶端长雄花、叶腋不长花
    • babatsts 雌 顶端长雌花、叶腋不长花
  • 小茧蜂：雌性X染色体为杂合，雄性为纯合
  • 酸模：X和Y的比
    • 18A+XX+YY（X:Y=1:1）雌雄同株
    • 18A+XX+Y （X:Y=2:1）雌株
    • 18A+X+YY （X:Y=1:2）雄株
  • 环境因素：龟鳖类、鳄鱼（温度），螠虫（掉到雌虫吻上是雄性、掉到地上是雌性、先掉雌虫上再掉地上是间性）
• 人类进化
  1. 腊玛古猿（不能证明是人科祖先）
  2. 南方古猿（阿法南猿Lucy最早直立人科化石）
  3. 能人（早期猿人）
  4. 直立人（晚期猿人）eg蓝田人、元谋人
  5. 智人

	南方古猿	能人	直立人	智人
又称		早期猿人	晚期猿人	早期（古人）	晚期（新人）
距今年代	420万～100万年	200万～175万年	200万～20万年	20万～5万年	5万～1万年
主要代表	汤恩幼儿、露西	非洲能人	北京直立人、爪哇直立人	尼安德特人、丁村人、马坝人	克罗马人、山顶洞人
体质特征	脑容量450～530mL，两足直立行走	脑容量约680mL，两足直立行走	脑容量约1088mL，行走姿势类似现代人	脑容量与现代人相似，完全直立行走，头骨介于猿人与晚期智人间	脑颅增大，下颌突出
文化		砾石工具	石器全，会用火	有骨器，会人工取火	长矛、标枪、绘画、雕刻

• 构建系统发生树常用方法

生物信息学

• BLAST：
  • p查蛋白
  • n查核酸
  • t翻译数据库
  • x翻译自己（提交序列）

生物统计学

• F检验中，较大的方差放在分子上
• （由于比较完整且冗长，开了个新页面，正在慢慢填…生物统计漫谈